MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254 plasmid pSN254

Total Repeats: 229

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009140	AT	3	6	2637	2642	50 %	50 %	0 %	0 %	134047218
2	NC_009140	CA	3	6	2746	2751	50 %	0 %	0 %	50 %	134047218
3	NC_009140	CA	3	6	6422	6427	50 %	0 %	0 %	50 %	134047216
4	NC_009140	CA	3	6	6571	6576	50 %	0 %	0 %	50 %	134047216
5	NC_009140	AC	3	6	9365	9370	50 %	0 %	0 %	50 %	134047167
6	NC_009140	AC	3	6	9869	9874	50 %	0 %	0 %	50 %	134047262
7	NC_009140	CA	3	6	10900	10905	50 %	0 %	0 %	50 %	134047090
8	NC_009140	GA	3	6	11948	11953	50 %	0 %	50 %	0 %	134047154
9	NC_009140	TA	3	6	11973	11978	50 %	50 %	0 %	0 %	134047154
10	NC_009140	GA	3	6	13971	13976	50 %	0 %	50 %	0 %	134047145
11	NC_009140	GA	3	6	14263	14268	50 %	0 %	50 %	0 %	134047232
12	NC_009140	GA	3	6	14677	14682	50 %	0 %	50 %	0 %	134047206
13	NC_009140	AC	3	6	15738	15743	50 %	0 %	0 %	50 %	134047121
14	NC_009140	AG	3	6	15853	15858	50 %	0 %	50 %	0 %	134047121
15	NC_009140	GC	3	6	19411	19416	0 %	0 %	50 %	50 %	134047087
16	NC_009140	GA	3	6	19530	19535	50 %	0 %	50 %	0 %	134047087
17	NC_009140	TC	3	6	20714	20719	0 %	50 %	0 %	50 %	134047092
18	NC_009140	CG	3	6	20832	20837	0 %	0 %	50 %	50 %	134047092
19	NC_009140	CG	3	6	21156	21161	0 %	0 %	50 %	50 %	134047139
20	NC_009140	CG	3	6	21292	21297	0 %	0 %	50 %	50 %	134047139
21	NC_009140	GC	3	6	21531	21536	0 %	0 %	50 %	50 %	134047139
22	NC_009140	GT	3	6	23491	23496	0 %	50 %	50 %	0 %	134047191
23	NC_009140	GC	3	6	26923	26928	0 %	0 %	50 %	50 %	134047131
24	NC_009140	CG	4	8	28152	28159	0 %	0 %	50 %	50 %	134047112
25	NC_009140	GC	3	6	28348	28353	0 %	0 %	50 %	50 %	134047112
26	NC_009140	CG	3	6	28582	28587	0 %	0 %	50 %	50 %	134047112
27	NC_009140	GC	4	8	28935	28942	0 %	0 %	50 %	50 %	134047255
28	NC_009140	CT	3	6	29454	29459	0 %	50 %	0 %	50 %	134047104
29	NC_009140	CG	3	6	29515	29520	0 %	0 %	50 %	50 %	134047104
30	NC_009140	GA	3	6	30028	30033	50 %	0 %	50 %	0 %	134047221
31	NC_009140	GC	3	6	30302	30307	0 %	0 %	50 %	50 %	134047221
32	NC_009140	GA	3	6	30448	30453	50 %	0 %	50 %	0 %	134047221
33	NC_009140	GC	3	6	30809	30814	0 %	0 %	50 %	50 %	134047125
34	NC_009140	GT	3	6	31648	31653	0 %	50 %	50 %	0 %	134047177
35	NC_009140	GC	4	8	31740	31747	0 %	0 %	50 %	50 %	134047177
36	NC_009140	GC	3	6	31924	31929	0 %	0 %	50 %	50 %	134047177
37	NC_009140	CG	3	6	32195	32200	0 %	0 %	50 %	50 %	134047177
38	NC_009140	CT	3	6	33657	33662	0 %	50 %	0 %	50 %	134047169
39	NC_009140	TG	3	6	34467	34472	0 %	50 %	50 %	0 %	134047105
40	NC_009140	TC	3	6	35729	35734	0 %	50 %	0 %	50 %	134047269
41	NC_009140	GA	3	6	35979	35984	50 %	0 %	50 %	0 %	134047269
42	NC_009140	GA	3	6	36121	36126	50 %	0 %	50 %	0 %	134047269
43	NC_009140	TG	3	6	36950	36955	0 %	50 %	50 %	0 %	134047210
44	NC_009140	AC	3	6	39548	39553	50 %	0 %	0 %	50 %	134047186
45	NC_009140	TC	3	6	40093	40098	0 %	50 %	0 %	50 %	134047186
46	NC_009140	AG	3	6	40353	40358	50 %	0 %	50 %	0 %	134047186
47	NC_009140	AG	3	6	40439	40444	50 %	0 %	50 %	0 %	134047186
48	NC_009140	GA	3	6	40477	40482	50 %	0 %	50 %	0 %	134047186
49	NC_009140	GA	3	6	40893	40898	50 %	0 %	50 %	0 %	134047162
50	NC_009140	TC	3	6	43480	43485	0 %	50 %	0 %	50 %	134047127
51	NC_009140	TC	3	6	44788	44793	0 %	50 %	0 %	50 %	134047127
52	NC_009140	CT	3	6	46606	46611	0 %	50 %	0 %	50 %	134047158
53	NC_009140	AG	3	6	47182	47187	50 %	0 %	50 %	0 %	134047158
54	NC_009140	AC	3	6	47430	47435	50 %	0 %	0 %	50 %	134047158
55	NC_009140	TC	3	6	48547	48552	0 %	50 %	0 %	50 %	134047158
56	NC_009140	TC	3	6	48729	48734	0 %	50 %	0 %	50 %	134047158
57	NC_009140	GA	3	6	49761	49766	50 %	0 %	50 %	0 %	134047236
58	NC_009140	TG	3	6	51255	51260	0 %	50 %	50 %	0 %	134047096
59	NC_009140	AG	4	8	51522	51529	50 %	0 %	50 %	0 %	134047096
60	NC_009140	TG	3	6	52085	52090	0 %	50 %	50 %	0 %	134047224
61	NC_009140	TC	3	6	52681	52686	0 %	50 %	0 %	50 %	134047258
62	NC_009140	AG	3	6	52879	52884	50 %	0 %	50 %	0 %	134047258
63	NC_009140	GT	3	6	53004	53009	0 %	50 %	50 %	0 %	134047170
64	NC_009140	AC	3	6	53141	53146	50 %	0 %	0 %	50 %	134047170
65	NC_009140	TC	3	6	55018	55023	0 %	50 %	0 %	50 %	134047157
66	NC_009140	TC	3	6	55343	55348	0 %	50 %	0 %	50 %	134047205
67	NC_009140	TG	3	6	56429	56434	0 %	50 %	50 %	0 %	134047107
68	NC_009140	AG	3	6	61337	61342	50 %	0 %	50 %	0 %	134047123
69	NC_009140	AG	3	6	61714	61719	50 %	0 %	50 %	0 %	134047225
70	NC_009140	TC	3	6	61868	61873	0 %	50 %	0 %	50 %	134047225
71	NC_009140	CA	3	6	63199	63204	50 %	0 %	0 %	50 %	134047225
72	NC_009140	AG	3	6	64107	64112	50 %	0 %	50 %	0 %	134047225
73	NC_009140	AC	3	6	64551	64556	50 %	0 %	0 %	50 %	134047225
74	NC_009140	AG	3	6	64686	64691	50 %	0 %	50 %	0 %	134047225
75	NC_009140	GA	3	6	66026	66031	50 %	0 %	50 %	0 %	134047225
76	NC_009140	TC	3	6	66167	66172	0 %	50 %	0 %	50 %	134047225
77	NC_009140	CA	3	6	67802	67807	50 %	0 %	0 %	50 %	134047260
78	NC_009140	CT	3	6	68011	68016	0 %	50 %	0 %	50 %	134047260
79	NC_009140	GC	3	6	68580	68585	0 %	0 %	50 %	50 %	134047101
80	NC_009140	GC	3	6	69422	69427	0 %	0 %	50 %	50 %	134047199
81	NC_009140	GT	3	6	70019	70024	0 %	50 %	50 %	0 %	134047199
82	NC_009140	TA	3	6	71728	71733	50 %	50 %	0 %	0 %	134047113
83	NC_009140	AC	3	6	72305	72310	50 %	0 %	0 %	50 %	134047254
84	NC_009140	GC	3	6	72902	72907	0 %	0 %	50 %	50 %	134047254
85	NC_009140	GC	3	6	73744	73749	0 %	0 %	50 %	50 %	134047098
86	NC_009140	AG	3	6	74313	74318	50 %	0 %	50 %	0 %	134047220
87	NC_009140	TG	3	6	74522	74527	0 %	50 %	50 %	0 %	134047220
88	NC_009140	GA	3	6	76157	76162	50 %	0 %	50 %	0 %	134047272
89	NC_009140	CT	3	6	76297	76302	0 %	50 %	0 %	50 %	134047272
90	NC_009140	CT	3	6	77638	77643	0 %	50 %	0 %	50 %	134047272
91	NC_009140	GT	3	6	77773	77778	0 %	50 %	50 %	0 %	134047272
92	NC_009140	CT	3	6	78217	78222	0 %	50 %	0 %	50 %	134047272
93	NC_009140	TG	3	6	79125	79130	0 %	50 %	50 %	0 %	134047272
94	NC_009140	GA	3	6	80456	80461	50 %	0 %	50 %	0 %	134047272
95	NC_009140	TC	3	6	80609	80614	0 %	50 %	0 %	50 %	134047272
96	NC_009140	CT	3	6	80987	80992	0 %	50 %	0 %	50 %	134047146
97	NC_009140	TG	3	6	81662	81667	0 %	50 %	50 %	0 %	134047203
98	NC_009140	TG	3	6	81674	81679	0 %	50 %	50 %	0 %	134047203
99	NC_009140	CT	3	6	82505	82510	0 %	50 %	0 %	50 %	134047203
100	NC_009140	TC	3	6	83330	83335	0 %	50 %	0 %	50 %	134047203
101	NC_009140	AC	3	6	83760	83765	50 %	0 %	0 %	50 %	134047203
102	NC_009140	AG	3	6	84685	84690	50 %	0 %	50 %	0 %	134047165
103	NC_009140	CA	3	6	85980	85985	50 %	0 %	0 %	50 %	134047266
104	NC_009140	CT	3	6	86161	86166	0 %	50 %	0 %	50 %	134047159
105	NC_009140	CT	3	6	86256	86261	0 %	50 %	0 %	50 %	134047159
106	NC_009140	CT	3	6	86392	86397	0 %	50 %	0 %	50 %	134047159
107	NC_009140	AG	3	6	87014	87019	50 %	0 %	50 %	0 %	134047249
108	NC_009140	TA	3	6	89867	89872	50 %	50 %	0 %	0 %	134047133
109	NC_009140	AT	3	6	90095	90100	50 %	50 %	0 %	0 %	134047133
110	NC_009140	CT	3	6	90281	90286	0 %	50 %	0 %	50 %	134047133
111	NC_009140	GC	3	6	90615	90620	0 %	0 %	50 %	50 %	134047133
112	NC_009140	AG	3	6	91880	91885	50 %	0 %	50 %	0 %	134047093
113	NC_009140	TC	3	6	94984	94989	0 %	50 %	0 %	50 %	134047175
114	NC_009140	AG	3	6	95719	95724	50 %	0 %	50 %	0 %	134047264
115	NC_009140	GA	3	6	97554	97559	50 %	0 %	50 %	0 %	134047100
116	NC_009140	AG	4	8	97839	97846	50 %	0 %	50 %	0 %	134047100
117	NC_009140	AG	3	6	98131	98136	50 %	0 %	50 %	0 %	134047100
118	NC_009140	CA	3	6	102274	102279	50 %	0 %	0 %	50 %	134047195
119	NC_009140	TC	4	8	102313	102320	0 %	50 %	0 %	50 %	134047195
120	NC_009140	CT	3	6	102603	102608	0 %	50 %	0 %	50 %	134047195
121	NC_009140	TG	3	6	104035	104040	0 %	50 %	50 %	0 %	134047202
122	NC_009140	GA	3	6	104270	104275	50 %	0 %	50 %	0 %	134047202
123	NC_009140	GT	3	6	104832	104837	0 %	50 %	50 %	0 %	134047237
124	NC_009140	CT	3	6	105006	105011	0 %	50 %	0 %	50 %	134047237
125	NC_009140	AG	3	6	105290	105295	50 %	0 %	50 %	0 %	134047128
126	NC_009140	CT	3	6	108299	108304	0 %	50 %	0 %	50 %	134047248
127	NC_009140	GA	3	6	108535	108540	50 %	0 %	50 %	0 %	134047248
128	NC_009140	TC	3	6	108561	108566	0 %	50 %	0 %	50 %	134047248
129	NC_009140	AG	3	6	109714	109719	50 %	0 %	50 %	0 %	134047156
130	NC_009140	TG	3	6	110010	110015	0 %	50 %	50 %	0 %	134047156
131	NC_009140	AC	3	6	111272	111277	50 %	0 %	0 %	50 %	134047259
132	NC_009140	AG	3	6	112118	112123	50 %	0 %	50 %	0 %	134047259
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134	NC_009140	TC	3	6	115471	115476	0 %	50 %	0 %	50 %	134047085
135	NC_009140	CT	3	6	116375	116380	0 %	50 %	0 %	50 %	134047178
136	NC_009140	AG	3	6	116407	116412	50 %	0 %	50 %	0 %	134047178
137	NC_009140	TC	3	6	116508	116513	0 %	50 %	0 %	50 %	134047178
138	NC_009140	GA	3	6	118224	118229	50 %	0 %	50 %	0 %	134047267
139	NC_009140	CA	3	6	118404	118409	50 %	0 %	0 %	50 %	134047267
140	NC_009140	GT	3	6	119126	119131	0 %	50 %	50 %	0 %	134047267
141	NC_009140	TC	3	6	119331	119336	0 %	50 %	0 %	50 %	134047201
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.