MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254 plasmid pSN254

Total Repeats: 45

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009140	CAAAGA	2	12	1189	1200	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	134047215
2	NC_009140	GGTGAA	2	12	1408	1419	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	134047215
3	NC_009140	TGCCAA	2	12	3545	3556	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	134047132
4	NC_009140	GAGCTT	2	12	7637	7648	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	134047223
5	NC_009140	ACGGCC	2	12	18044	18055	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	134047230
6	NC_009140	TGCTTT	2	12	18133	18144	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	134047230
7	NC_009140	CGGGAT	2	12	22935	22946	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	134047191
8	NC_009140	GGGGCA	2	12	24115	24126	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	134047191
9	NC_009140	TCGCCG	2	12	26854	26865	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	134047131
10	NC_009140	CCCGAA	2	12	28115	28126	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	134047112
11	NC_009140	ACTACG	2	12	33562	33573	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	134047169
12	NC_009140	GGAAGC	2	12	37937	37948	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	134047148
13	NC_009140	CCGGAG	2	12	43644	43655	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	134047127
14	NC_009140	GAACTC	2	12	44171	44182	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	134047127
15	NC_009140	GCCTTT	2	12	45900	45911	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	134047182
16	NC_009140	GATGGC	2	12	49545	49556	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	134047236
17	NC_009140	AGCGGA	2	12	58156	58167	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	134047241
18	NC_009140	CTCTTC	2	12	58526	58537	0 %	50 %	0 %	50 %	134047118
19	NC_009140	CCATGC	2	12	61216	61227	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	134047123
20	NC_009140	GCGCAA	2	12	69137	69148	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	134047199
21	NC_009140	AACGGC	2	12	69807	69818	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	134047199
22	NC_009140	ACTTCA	2	12	71073	71084	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	134047113
23	NC_009140	ATTGAT	2	12	71165	71176	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	134047113
24	NC_009140	GCCGTT	2	12	72511	72522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	134047254
25	NC_009140	TTGCGC	2	12	73181	73192	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	134047254
26	NC_009140	GCATGG	2	12	81102	81113	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	134047146
27	NC_009140	GGGACC	2	12	82792	82803	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	134047203
28	NC_009140	CAATCG	2	12	83995	84006	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	134047176
29	NC_009140	GACAAA	2	12	85878	85889	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	134047266
30	NC_009140	AGGTAG	2	12	90776	90787	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	134047164
31	NC_009140	TGCCGG	2	12	100747	100758	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134047208
32	NC_009140	AAGGTC	2	12	128372	128383	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134047194
33	NC_009140	CGCCCG	2	12	128576	128587	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	134047129
34	NC_009140	CCGACA	2	12	129004	129015	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	134047129
35	NC_009140	TGCCTG	2	12	136415	136426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	134047265
36	NC_009140	CGTGGG	2	12	140451	140462	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	134047171
37	NC_009140	GACAGG	2	12	144140	144151	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	134047137
38	NC_009140	GAGCGT	2	12	145630	145641	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	134047172
39	NC_009140	GGTGCT	2	12	150688	150699	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	134047115
40	NC_009140	TCCAGT	2	12	152231	152242	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	134047119
41	NC_009140	CAGTAC	2	12	152293	152304	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	134047119
42	NC_009140	GCTATG	2	12	154385	154396	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	134047119
43	NC_009140	AAACAA	2	12	157835	157846	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	134047239
44	NC_009140	CACCGG	2	12	167896	167907	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	134047246
45	NC_009140	CCTTGG	2	12	173007	173018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	134047211

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.