MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Shigella flexneri 5 str. 8401 chromosome

Total Repeats: 75589

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5001	NC_008258	GCA	2	6	291419	291424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804334
5002	NC_008258	ATGCA	2	10	291438	291447	40 %	20 %	20 %	20 %	110804334
5003	NC_008258	TCGCG	2	10	291599	291608	0 %	20 %	40 %	40 %	110804334
5004	NC_008258	AAC	2	6	291681	291686	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804334
5005	NC_008258	CT	3	6	291751	291756	0 %	50 %	0 %	50 %	110804334
5006	NC_008258	ACG	2	6	291791	291796	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804334
5007	NC_008258	T	6	6	291927	291932	0 %	100 %	0 %	0 %	110804334
5008	NC_008258	TGA	2	6	291955	291960	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804334
5009	NC_008258	CGA	2	6	292045	292050	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804334
5010	NC_008258	GAA	2	6	292210	292215	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804334
5011	NC_008258	GTT	2	6	292238	292243	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804334
5012	NC_008258	ATT	2	6	292344	292349	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804334
5013	NC_008258	TGA	2	6	292378	292383	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804334
5014	NC_008258	TCC	2	6	292390	292395	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	110804334
5015	NC_008258	CTG	2	6	292497	292502	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804334
5016	NC_008258	GCC	2	6	292509	292514	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804334
5017	NC_008258	AAG	2	6	292538	292543	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804334
5018	NC_008258	AGG	2	6	292546	292551	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	110804334
5019	NC_008258	TGA	2	6	292556	292561	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804334
5020	NC_008258	AGAA	2	8	293676	293683	75 %	0 %	25 %	0 %	110804335
5021	NC_008258	GT	3	6	293747	293752	0 %	50 %	50 %	0 %	110804335
5022	NC_008258	CTG	2	6	293758	293763	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804335
5023	NC_008258	TGA	2	6	293772	293777	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804335
5024	NC_008258	GAA	2	6	293804	293809	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804335
5025	NC_008258	ATGA	2	8	293814	293821	50 %	25 %	25 %	0 %	110804335
5026	NC_008258	TAA	2	6	293824	293829	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804336
5027	NC_008258	TCA	2	6	293839	293844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804336
5028	NC_008258	TGG	2	6	293872	293877	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804336
5029	NC_008258	GAA	2	6	293962	293967	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804336
5030	NC_008258	TG	3	6	293997	294002	0 %	50 %	50 %	0 %	110804336
5031	NC_008258	TTG	2	6	294082	294087	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804336
5032	NC_008258	GAA	2	6	294105	294110	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804336
5033	NC_008258	TGC	2	6	294155	294160	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804336
5034	NC_008258	CAAA	2	8	294295	294302	75 %	0 %	0 %	25 %	110804336
5035	NC_008258	AT	3	6	294374	294379	50 %	50 %	0 %	0 %	110804336
5036	NC_008258	GAAA	2	8	294401	294408	75 %	0 %	25 %	0 %	110804336
5037	NC_008258	CAC	2	6	294446	294451	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804336
5038	NC_008258	GCT	2	6	294491	294496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804336
5039	NC_008258	GCT	2	6	294528	294533	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804336
5040	NC_008258	ATGA	2	8	294823	294830	50 %	25 %	25 %	0 %	110804337
5041	NC_008258	CCG	2	6	294853	294858	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804337
5042	NC_008258	ATC	2	6	294943	294948	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804337
5043	NC_008258	CGC	3	9	295021	295029	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804337
5044	NC_008258	GAC	2	6	295090	295095	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804337
5045	NC_008258	GTG	2	6	295124	295129	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804337
5046	NC_008258	GAT	2	6	295411	295416	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804338
5047	NC_008258	CAC	2	6	295425	295430	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804338
5048	NC_008258	CT	3	6	295447	295452	0 %	50 %	0 %	50 %	110804338
5049	NC_008258	TGATG	2	10	295462	295471	20 %	40 %	40 %	0 %	110804338
5050	NC_008258	GCT	2	6	295472	295477	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804338
5051	NC_008258	ACAA	2	8	295551	295558	75 %	0 %	0 %	25 %	110804338
5052	NC_008258	CA	3	6	295587	295592	50 %	0 %	0 %	50 %	110804338
5053	NC_008258	GTG	2	6	295611	295616	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804338
5054	NC_008258	ATT	2	6	295683	295688	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804338
5055	NC_008258	GTT	2	6	295781	295786	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804338
5056	NC_008258	ACCCA	2	10	295880	295889	40 %	0 %	0 %	60 %	110804338
5057	NC_008258	TGG	2	6	295926	295931	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804338
5058	NC_008258	AGA	2	6	295945	295950	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804338
5059	NC_008258	ACA	2	6	295962	295967	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804338
5060	NC_008258	AGC	2	6	295989	295994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804338
5061	NC_008258	GCC	2	6	296689	296694	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804339
5062	NC_008258	TA	3	6	296875	296880	50 %	50 %	0 %	0 %	110804339
5063	NC_008258	GCT	2	6	296941	296946	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804339
5064	NC_008258	A	6	6	296947	296952	100 %	0 %	0 %	0 %	110804339
5065	NC_008258	AGA	2	6	296961	296966	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804339
5066	NC_008258	TGG	2	6	296967	296972	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804339
5067	NC_008258	AAT	2	6	296978	296983	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804339
5068	NC_008258	TTG	2	6	297072	297077	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804340
5069	NC_008258	CAG	3	9	297150	297158	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804340
5070	NC_008258	CTT	2	6	297170	297175	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804340
5071	NC_008258	TGG	2	6	297182	297187	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804340
5072	NC_008258	AGC	2	6	297201	297206	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804340
5073	NC_008258	TC	3	6	297222	297227	0 %	50 %	0 %	50 %	110804340
5074	NC_008258	GCA	2	6	297253	297258	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804340
5075	NC_008258	GAT	2	6	297284	297289	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804340
5076	NC_008258	CAT	2	6	297481	297486	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804341
5077	NC_008258	GTCT	2	8	297488	297495	0 %	50 %	25 %	25 %	110804341
5078	NC_008258	AGC	2	6	297543	297548	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804341
5079	NC_008258	TGA	2	6	297667	297672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804341
5080	NC_008258	CTG	2	6	297678	297683	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804341
5081	NC_008258	CGC	2	6	297703	297708	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804341
5082	NC_008258	CAG	2	6	297771	297776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804341
5083	NC_008258	ATT	2	6	297789	297794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804341
5084	NC_008258	GA	3	6	298160	298165	50 %	0 %	50 %	0 %	110804342
5085	NC_008258	GTG	2	6	298317	298322	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804342
5086	NC_008258	TG	3	6	298384	298389	0 %	50 %	50 %	0 %	110804342
5087	NC_008258	ACTG	2	8	298426	298433	25 %	25 %	25 %	25 %	110804342
5088	NC_008258	AGC	2	6	298434	298439	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804342
5089	NC_008258	AGCA	2	8	298449	298456	50 %	0 %	25 %	25 %	110804342
5090	NC_008258	AG	3	6	298502	298507	50 %	0 %	50 %	0 %	110804342
5091	NC_008258	TAA	2	6	299112	299117	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804343
5092	NC_008258	CCG	2	6	299253	299258	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804343
5093	NC_008258	AT	3	6	299361	299366	50 %	50 %	0 %	0 %	110804343
5094	NC_008258	A	7	7	299368	299374	100 %	0 %	0 %	0 %	110804343
5095	NC_008258	CGG	2	6	299596	299601	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804344
5096	NC_008258	CAT	2	6	299628	299633	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804344
5097	NC_008258	CGAACC	2	12	299714	299725	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	110804344
5098	NC_008258	CTG	2	6	299749	299754	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804344
5099	NC_008258	CA	3	6	299817	299822	50 %	0 %	0 %	50 %	110804344
5100	NC_008258	CCA	2	6	299970	299975	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804344
5101	NC_008258	GTCTG	2	10	300030	300039	0 %	40 %	40 %	20 %	110804344
5102	NC_008258	TAA	2	6	300138	300143	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804344
5103	NC_008258	CGT	2	6	300202	300207	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804344
5104	NC_008258	ATC	2	6	300254	300259	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804344
5105	NC_008258	GCT	2	6	300265	300270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804344
5106	NC_008258	A	7	7	300272	300278	100 %	0 %	0 %	0 %	110804344
5107	NC_008258	TTTA	2	8	300875	300882	25 %	75 %	0 %	0 %	110804345
5108	NC_008258	CG	3	6	300953	300958	0 %	0 %	50 %	50 %	110804345
5109	NC_008258	TG	3	6	300968	300973	0 %	50 %	50 %	0 %	110804345
5110	NC_008258	GCC	2	6	301006	301011	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804345
5111	NC_008258	TG	3	6	301118	301123	0 %	50 %	50 %	0 %	110804345
5112	NC_008258	CCA	2	6	301227	301232	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804345
5113	NC_008258	GCCT	2	8	301243	301250	0 %	25 %	25 %	50 %	110804345
5114	NC_008258	CGC	2	6	301290	301295	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804345
5115	NC_008258	TTTG	2	8	301305	301312	0 %	75 %	25 %	0 %	110804345
5116	NC_008258	TCA	2	6	301442	301447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804345
5117	NC_008258	ACC	2	6	301471	301476	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804345
5118	NC_008258	CCA	2	6	301529	301534	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804345
5119	NC_008258	GCA	2	6	301569	301574	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804345
5120	NC_008258	CCG	2	6	301623	301628	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804345
5121	NC_008258	ACC	2	6	301699	301704	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804345
5122	NC_008258	AGCGA	2	10	301739	301748	40 %	0 %	40 %	20 %	110804345
5123	NC_008258	GC	3	6	301768	301773	0 %	0 %	50 %	50 %	110804345
5124	NC_008258	CGA	2	6	301808	301813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804345
5125	NC_008258	CGC	2	6	301842	301847	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804345
5126	NC_008258	TCG	2	6	301898	301903	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804345
5127	NC_008258	TCGCT	2	10	301950	301959	0 %	40 %	20 %	40 %	110804345
5128	NC_008258	CG	3	6	301973	301978	0 %	0 %	50 %	50 %	110804345
5129	NC_008258	GAT	2	6	302008	302013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804345
5130	NC_008258	T	6	6	302043	302048	0 %	100 %	0 %	0 %	110804345
5131	NC_008258	T	7	7	302060	302066	0 %	100 %	0 %	0 %	110804345
5132	NC_008258	GCTT	2	8	302099	302106	0 %	50 %	25 %	25 %	110804345
5133	NC_008258	TCA	2	6	302161	302166	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804346
5134	NC_008258	GTG	2	6	302223	302228	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804346
5135	NC_008258	TGT	2	6	302255	302260	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804346
5136	NC_008258	CAC	2	6	302318	302323	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804346
5137	NC_008258	GGC	2	6	302388	302393	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804346
5138	NC_008258	CGG	2	6	302427	302432	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804346
5139	NC_008258	CATCA	2	10	302511	302520	40 %	20 %	0 %	40 %	110804346
5140	NC_008258	TGC	2	6	302537	302542	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804346
5141	NC_008258	AAT	2	6	302550	302555	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804346
5142	NC_008258	GCC	2	6	302610	302615	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804346
5143	NC_008258	CG	3	6	302649	302654	0 %	0 %	50 %	50 %	110804346
5144	NC_008258	TCA	2	6	302662	302667	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804346
5145	NC_008258	CTGC	2	8	302693	302700	0 %	25 %	25 %	50 %	110804346
5146	NC_008258	TGC	2	6	302705	302710	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804346
5147	NC_008258	CAG	2	6	302745	302750	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804346
5148	NC_008258	CGC	2	6	302778	302783	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804346
5149	NC_008258	GTTATC	2	12	302796	302807	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	110804346
5150	NC_008258	ACGC	2	8	302879	302886	25 %	0 %	25 %	50 %	110804346
5151	NC_008258	CAG	2	6	302940	302945	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804346
5152	NC_008258	CCG	2	6	303017	303022	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110804346
5153	NC_008258	CAG	2	6	303024	303029	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804346
5154	NC_008258	CGG	2	6	303083	303088	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804346
5155	NC_008258	CGG	2	6	303125	303130	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804346
5156	NC_008258	GC	3	6	303140	303145	0 %	0 %	50 %	50 %	110804346
5157	NC_008258	ACC	2	6	303223	303228	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804346
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5159	NC_008258	TCAGAT	2	12	303546	303557	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110804347
5160	NC_008258	GCCA	2	8	303633	303640	25 %	0 %	25 %	50 %	110804347
5161	NC_008258	CAG	2	6	303673	303678	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804347
5162	NC_008258	AGA	2	6	303683	303688	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804347
5163	NC_008258	TCC	2	6	303738	303743	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	110804347
5164	NC_008258	CAGC	2	8	303766	303773	25 %	0 %	25 %	50 %	110804347
5165	NC_008258	ATCAC	2	10	303830	303839	40 %	20 %	0 %	40 %	110804347
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5169	NC_008258	ATGGAA	2	12	304120	304131	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	110804348
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5171	NC_008258	GCA	2	6	304181	304186	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804348
5172	NC_008258	AATGAA	2	12	304305	304316	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110804349
5173	NC_008258	GTG	2	6	304336	304341	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804349
5174	NC_008258	GCATCT	2	12	304354	304365	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	110804349
5175	NC_008258	AT	3	6	304381	304386	50 %	50 %	0 %	0 %	110804349
5176	NC_008258	TAA	2	6	304398	304403	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804349
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5178	NC_008258	A	6	6	304589	304594	100 %	0 %	0 %	0 %	110804349
5179	NC_008258	TGG	2	6	304707	304712	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804349
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5188	NC_008258	CAAC	2	8	305289	305296	50 %	0 %	0 %	50 %	110804349
5189	NC_008258	ATA	2	6	305306	305311	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804349
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5191	NC_008258	TGA	2	6	305328	305333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804349
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5201	NC_008258	ATG	2	6	305969	305974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804351
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5209	NC_008258	GCATC	2	10	306491	306500	20 %	20 %	20 %	40 %	110804351
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5214	NC_008258	TGT	2	6	306710	306715	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804351
5215	NC_008258	TCT	2	6	306760	306765	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804351
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5226	NC_008258	ACC	2	6	307375	307380	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804352
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5231	NC_008258	AGGT	2	8	308072	308079	25 %	25 %	50 %	0 %	110804353
5232	NC_008258	GTC	2	6	308131	308136	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804353
5233	NC_008258	GC	3	6	308239	308244	0 %	0 %	50 %	50 %	110804353
5234	NC_008258	CAC	2	6	308247	308252	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804353
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5238	NC_008258	G	6	6	308463	308468	0 %	0 %	100 %	0 %	110804353
5239	NC_008258	CGG	2	6	308568	308573	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804353
5240	NC_008258	CAA	2	6	308601	308606	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804353
5241	NC_008258	CTG	2	6	308608	308613	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804353
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5243	NC_008258	CGG	2	6	308670	308675	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110804353
5244	NC_008258	AGAGAA	2	12	308796	308807	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804353
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5246	NC_008258	CTG	2	6	308887	308892	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804353
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5251	NC_008258	CTGG	2	8	309110	309117	0 %	25 %	50 %	25 %	110804353
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5362	NC_008258	ATG	2	6	315623	315628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804359
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5364	NC_008258	GGA	2	6	315678	315683	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	110804359
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5366	NC_008258	GCT	2	6	315732	315737	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804359
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