MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Shigella boydii Sb227 plasmid pSB4_227

Total Repeats: 45

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007608	TCAGAT	2	12	5093	5104	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	82524672
2	NC_007608	CGGCTT	2	12	9048	9059	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82524677
3	NC_007608	CCCTTC	2	12	16302	16313	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	82524686
4	NC_007608	GCCGGA	2	12	17840	17851	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	82524687
5	NC_007608	AGGGAA	2	12	21707	21718	50 %	0 %	50 %	0 %	82524694
6	NC_007608	TCAGAT	2	12	24970	24981	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	82524698
7	NC_007608	CAGGAG	2	12	26494	26505	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	82524699
8	NC_007608	GCAGAA	2	12	28288	28299	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	82524702
9	NC_007608	TTTAAT	2	12	35264	35275	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	82524711
10	NC_007608	GCAACA	2	12	36992	37003	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	82524714
11	NC_007608	ATGCCC	2	12	37632	37643	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	82524714
12	NC_007608	TCGATA	2	12	38986	38997	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	82524715
13	NC_007608	TTCTGC	2	12	40144	40155	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	82524717
14	NC_007608	TCAGAT	2	12	46222	46233	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	82524724
15	NC_007608	AAGCCG	2	12	47084	47095	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82524725
16	NC_007608	TTGAGT	2	12	52660	52671	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	82524730
17	NC_007608	CTTCAT	2	12	54618	54629	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	82524732
18	NC_007608	CCCTTC	2	12	56678	56689	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	82524737
19	NC_007608	TCTTTT	2	12	68854	68865	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	82524746
20	NC_007608	GAAGGG	2	12	71899	71910	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	82524749
21	NC_007608	CGTAAA	2	12	73104	73115	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	82524751
22	NC_007608	CCGGTG	2	12	74219	74230	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	82524753
23	NC_007608	CATTTT	2	12	75648	75659	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	82524755
24	NC_007608	AATCTG	2	12	78242	78253	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	82524757
25	NC_007608	GCAACA	2	12	79827	79838	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	82524759
26	NC_007608	ATGCCC	2	12	80467	80478	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	82524759
27	NC_007608	TTTACG	2	12	83080	83091	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	82524763
28	NC_007608	TCAGCA	2	12	83230	83241	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	82524764
29	NC_007608	ACATTT	2	12	83804	83815	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	82524764
30	NC_007608	GCAGAA	2	12	85225	85236	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	82524766
31	NC_007608	AAGCCG	2	12	87479	87490	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82524768
32	NC_007608	TTCTGC	2	12	89043	89054	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	82524770
33	NC_007608	GATGCG	2	12	94022	94033	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	82524776
34	NC_007608	TCAGAT	2	12	94970	94981	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	82524778
35	NC_007608	CTTCAT	2	12	100783	100794	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	82524783
36	NC_007608	TCAGAT	2	12	101092	101103	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	82524784
37	NC_007608	ATGTGG	2	12	105689	105700	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	82524789
38	NC_007608	TGGGGC	2	12	105995	106006	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	82524789
39	NC_007608	GCAGGT	2	12	106698	106709	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	82524789
40	NC_007608	TGCCCT	2	12	106788	106799	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	82524789
41	NC_007608	AACACG	2	12	108236	108247	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	82524790
42	NC_007608	TGGGGA	2	12	108503	108514	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	82524790
43	NC_007608	GTTTTG	2	12	120850	120861	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	82524804
44	NC_007608	AGTCTG	2	12	120899	120910	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	82524804
45	NC_007608	AAGCCG	2	12	121010	121021	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82524805

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.