MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 plasmid pSS_046

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007385	CATTG	2	10	3539	3548	20 %	40 %	20 %	20 %	74314843
2	NC_007385	TGCAA	2	10	6017	6026	40 %	20 %	20 %	20 %	74314845
3	NC_007385	CTGAT	2	10	7869	7878	20 %	40 %	20 %	20 %	74314846
4	NC_007385	TGCTG	2	10	8862	8871	0 %	40 %	40 %	20 %	74314847
5	NC_007385	ATTTT	2	10	9967	9976	20 %	80 %	0 %	0 %	74314848
6	NC_007385	GGCCT	2	10	13865	13874	0 %	20 %	40 %	40 %	74314855
7	NC_007385	GAACG	2	10	14112	14121	40 %	0 %	40 %	20 %	74314855
8	NC_007385	GATGT	2	10	14584	14593	20 %	40 %	40 %	0 %	74314856
9	NC_007385	ACCGG	2	10	15059	15068	20 %	0 %	40 %	40 %	74314856
10	NC_007385	GTTCG	2	10	22170	22179	0 %	40 %	40 %	20 %	74314864
11	NC_007385	AAGGT	2	10	22519	22528	40 %	20 %	40 %	0 %	74314864
12	NC_007385	TCGCT	2	10	23613	23622	0 %	40 %	20 %	40 %	74314865
13	NC_007385	CCCCG	2	10	25436	25445	0 %	0 %	20 %	80 %	74314866
14	NC_007385	ACGCA	2	10	26167	26176	40 %	0 %	20 %	40 %	74314867
15	NC_007385	ACCGC	2	10	27145	27154	20 %	0 %	20 %	60 %	74314868
16	NC_007385	TTATG	2	10	27228	27237	20 %	60 %	20 %	0 %	74314868
17	NC_007385	ACAAA	2	10	27306	27315	80 %	0 %	0 %	20 %	74314868
18	NC_007385	TTCCA	2	10	27469	27478	20 %	40 %	0 %	40 %	74314868
19	NC_007385	CAAAT	2	10	30437	30446	60 %	20 %	0 %	20 %	74314871
20	NC_007385	AAGGT	2	10	32269	32278	40 %	20 %	40 %	0 %	74314873
21	NC_007385	CCCCG	2	10	39450	39459	0 %	0 %	20 %	80 %	74314879
22	NC_007385	AGCGA	2	10	41789	41798	40 %	0 %	40 %	20 %	74314883
23	NC_007385	AATGA	2	10	46864	46873	60 %	20 %	20 %	0 %	74314887
24	NC_007385	TAAAA	2	10	47046	47055	80 %	20 %	0 %	0 %	74314887
25	NC_007385	CAGAC	2	10	48375	48384	40 %	0 %	20 %	40 %	74314888
26	NC_007385	ATAAA	2	10	49637	49646	80 %	20 %	0 %	0 %	74314890
27	NC_007385	GCTCT	2	10	54832	54841	0 %	40 %	20 %	40 %	74314895
28	NC_007385	GCTCT	2	10	57023	57032	0 %	40 %	20 %	40 %	74314896
29	NC_007385	CATTG	2	10	61613	61622	20 %	40 %	20 %	20 %	74314902
30	NC_007385	AAATT	2	10	61809	61818	60 %	40 %	0 %	0 %	74314902
31	NC_007385	CTGGT	2	10	66443	66452	0 %	40 %	40 %	20 %	74314908
32	NC_007385	AATTT	2	10	68537	68546	40 %	60 %	0 %	0 %	74314909
33	NC_007385	CAATG	2	10	68733	68742	40 %	20 %	20 %	20 %	74314909
34	NC_007385	GTCTG	2	10	70068	70077	0 %	40 %	40 %	20 %	74314911
35	NC_007385	CCACT	2	10	72386	72395	20 %	20 %	0 %	60 %	161986603
36	NC_007385	CAGTG	2	10	72492	72501	20 %	20 %	40 %	20 %	161986603
37	NC_007385	AGCGA	2	10	74143	74152	40 %	0 %	40 %	20 %	74314918
38	NC_007385	ACCTT	2	10	75237	75246	20 %	40 %	0 %	40 %	74314919
39	NC_007385	CGAAC	2	10	75586	75595	40 %	0 %	20 %	40 %	74314919
40	NC_007385	GTTAT	2	10	77335	77344	20 %	60 %	20 %	0 %	74314921
41	NC_007385	TGTTT	2	10	79075	79084	0 %	80 %	20 %	0 %	74314922
42	NC_007385	TCTTT	2	10	79127	79136	0 %	80 %	0 %	20 %	74314922
43	NC_007385	AAGTT	2	10	79373	79382	40 %	40 %	20 %	0 %	74314922
44	NC_007385	ATGCT	2	10	79541	79550	20 %	40 %	20 %	20 %	74314922
45	NC_007385	GGTGA	2	10	83796	83805	20 %	20 %	60 %	0 %	74314926
46	NC_007385	ATTTT	2	10	85738	85747	20 %	80 %	0 %	0 %	74314927
47	NC_007385	TTTTA	2	10	85755	85764	20 %	80 %	0 %	0 %	74314927
48	NC_007385	TTGAA	2	10	88973	88982	40 %	40 %	20 %	0 %	74314931
49	NC_007385	TTTCA	2	10	89614	89623	20 %	60 %	0 %	20 %	74314932
50	NC_007385	CTTCT	2	10	90418	90427	0 %	60 %	0 %	40 %	74314932
51	NC_007385	GAGAG	2	10	90451	90460	40 %	0 %	60 %	0 %	74314932
52	NC_007385	ATATT	2	10	91508	91517	40 %	60 %	0 %	0 %	74314933
53	NC_007385	TTTTA	2	10	93741	93750	20 %	80 %	0 %	0 %	74314938
54	NC_007385	TTGAT	2	10	93932	93941	20 %	60 %	20 %	0 %	74314938
55	NC_007385	TTAAA	2	10	96394	96403	60 %	40 %	0 %	0 %	74314942
56	NC_007385	ATTGT	2	10	96422	96431	20 %	60 %	20 %	0 %	74314942
57	NC_007385	ATTGT	2	10	97207	97216	20 %	60 %	20 %	0 %	74314944
58	NC_007385	TGGCT	2	10	99000	99009	0 %	40 %	40 %	20 %	74314945
59	NC_007385	TTGTT	2	10	101204	101213	0 %	80 %	20 %	0 %	74314946
60	NC_007385	GTTAT	2	10	102196	102205	20 %	60 %	20 %	0 %	74314947
61	NC_007385	ATGGT	2	10	106775	106784	20 %	40 %	40 %	0 %	157042766
62	NC_007385	CAGAC	2	10	109619	109628	40 %	0 %	20 %	40 %	74314956
63	NC_007385	AAGGT	2	10	118929	118938	40 %	20 %	40 %	0 %	74314968
64	NC_007385	ATGGA	2	10	126322	126331	40 %	20 %	40 %	0 %	74314980
65	NC_007385	TCAGC	2	10	128507	128516	20 %	20 %	20 %	40 %	74314980
66	NC_007385	TTTCC	2	10	131955	131964	0 %	60 %	0 %	40 %	74314984
67	NC_007385	CCACT	2	10	136341	136350	20 %	20 %	0 %	60 %	161986602
68	NC_007385	CAGTG	2	10	136447	136456	20 %	20 %	40 %	20 %	161986602
69	NC_007385	GGCTG	2	10	137470	137479	0 %	20 %	60 %	20 %	74314992
70	NC_007385	ATTTT	2	10	139844	139853	20 %	80 %	0 %	0 %	74314995
71	NC_007385	CATCA	2	10	141753	141762	40 %	20 %	0 %	40 %	74314998
72	NC_007385	ACCTT	2	10	143235	143244	20 %	40 %	0 %	40 %	74315000
73	NC_007385	GTCTG	2	10	144844	144853	0 %	40 %	40 %	20 %	74315002
74	NC_007385	GCTCT	2	10	147565	147574	0 %	40 %	20 %	40 %	74315004
75	NC_007385	GGCAG	2	10	148702	148711	20 %	0 %	60 %	20 %	74315006
76	NC_007385	TGAGT	2	10	149219	149228	20 %	40 %	40 %	0 %	74315007
77	NC_007385	TTGCC	2	10	150225	150234	0 %	40 %	20 %	40 %	74315010
78	NC_007385	ACGCC	2	10	150473	150482	20 %	0 %	20 %	60 %	74315010
79	NC_007385	CAGTG	2	10	153674	153683	20 %	20 %	40 %	20 %	74315013
80	NC_007385	AAATG	2	10	156786	156795	60 %	20 %	20 %	0 %	74315016
81	NC_007385	TCTGG	2	10	157112	157121	0 %	40 %	40 %	20 %	74315016
82	NC_007385	AGTTC	2	10	157167	157176	20 %	40 %	20 %	20 %	74315016
83	NC_007385	TGGTA	2	10	158337	158346	20 %	40 %	40 %	0 %	74315017
84	NC_007385	ACCGT	2	10	164903	164912	20 %	20 %	20 %	40 %	74315024
85	NC_007385	GTCTG	2	10	165982	165991	0 %	40 %	40 %	20 %	74315026
86	NC_007385	CACGG	2	10	166935	166944	20 %	0 %	40 %	40 %	74315027
87	NC_007385	GTGCT	2	10	167386	167395	0 %	40 %	40 %	20 %	74315027
88	NC_007385	GACCT	2	10	169582	169591	20 %	20 %	20 %	40 %	74315029
89	NC_007385	GTCTG	2	10	174595	174604	0 %	40 %	40 %	20 %	74315031
90	NC_007385	GCCGT	2	10	175098	175107	0 %	20 %	40 %	40 %	74315032
91	NC_007385	ACCTG	2	10	175636	175645	20 %	20 %	20 %	40 %	74315032
92	NC_007385	CCGGG	2	10	178164	178173	0 %	0 %	60 %	40 %	74315036
93	NC_007385	AAAAC	2	10	178360	178369	80 %	0 %	0 %	20 %	74315037
94	NC_007385	TAAAG	2	10	180462	180471	60 %	20 %	20 %	0 %	74315039
95	NC_007385	ATTCC	2	10	188652	188661	20 %	40 %	0 %	40 %	74315049
96	NC_007385	GGGCG	2	10	189320	189329	0 %	0 %	80 %	20 %	74315050
97	NC_007385	CAGAC	2	10	189786	189795	40 %	0 %	20 %	40 %	74315051
98	NC_007385	GATTT	2	10	193745	193754	20 %	60 %	20 %	0 %	74315058
99	NC_007385	TTAAA	2	10	196066	196075	60 %	40 %	0 %	0 %	74315060
100	NC_007385	TTAAT	2	10	196801	196810	40 %	60 %	0 %	0 %	74315060
101	NC_007385	GTATT	2	10	198117	198126	20 %	60 %	20 %	0 %	74315061
102	NC_007385	TTTTA	2	10	198154	198163	20 %	80 %	0 %	0 %	74315061
103	NC_007385	TTTTA	2	10	198313	198322	20 %	80 %	0 %	0 %	74315061
104	NC_007385	TAAGG	2	10	200809	200818	40 %	20 %	40 %	0 %	74315064
105	NC_007385	GAAAA	2	10	201958	201967	80 %	0 %	20 %	0 %	74315064
106	NC_007385	TCTTT	2	10	202787	202796	0 %	80 %	0 %	20 %	74315065
107	NC_007385	TATCC	2	10	203867	203876	20 %	40 %	0 %	40 %	74315066
108	NC_007385	ATTCC	2	10	208841	208850	20 %	40 %	0 %	40 %	74315072
109	NC_007385	GGGCG	2	10	209509	209518	0 %	0 %	80 %	20 %	74315073
110	NC_007385	TGGGC	2	10	210357	210366	0 %	20 %	60 %	20 %	74315074
111	NC_007385	CAAAA	2	10	213206	213215	80 %	0 %	0 %	20 %	74315076
112	NC_007385	ACTGG	2	10	213260	213269	20 %	20 %	40 %	20 %	74315076

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.