MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 chromosome

Total Repeats: 2458

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007384	CGCTG	2	10	693	702	0 %	20 %	40 %	40 %	74310616
2	NC_007384	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	74310617
3	NC_007384	CGCAG	2	10	9136	9145	20 %	0 %	40 %	40 %	74310622
4	NC_007384	CGTAC	2	10	10564	10573	20 %	20 %	20 %	40 %	74310623
5	NC_007384	CGCGC	2	10	11551	11560	0 %	0 %	40 %	60 %	74310625
6	NC_007384	CGGGG	2	10	17207	17216	0 %	0 %	80 %	20 %	74310630
7	NC_007384	AAGGT	2	10	18597	18606	40 %	20 %	40 %	0 %	74310631
8	NC_007384	CCGAT	2	10	20924	20933	20 %	20 %	20 %	40 %	74310634
9	NC_007384	AGCGA	2	10	21312	21321	40 %	0 %	40 %	20 %	74310634
10	NC_007384	GTTTT	2	10	23730	23739	0 %	80 %	20 %	0 %	74310637
11	NC_007384	ATTGC	2	10	26892	26901	20 %	40 %	20 %	20 %	74310640
12	NC_007384	CAGTA	2	10	33839	33848	40 %	20 %	20 %	20 %	74310647
13	NC_007384	GCGAA	2	10	39634	39643	40 %	0 %	40 %	20 %	74310651
14	NC_007384	CCGTT	2	10	40528	40537	0 %	40 %	20 %	40 %	74310651
15	NC_007384	CACGG	2	10	40905	40914	20 %	0 %	40 %	40 %	74310651
16	NC_007384	CGAAT	2	10	44514	44523	40 %	20 %	20 %	20 %	74310656
17	NC_007384	CCGTA	2	10	48965	48974	20 %	20 %	20 %	40 %	74310659
18	NC_007384	TTAAA	2	10	49703	49712	60 %	40 %	0 %	0 %	74310659
19	NC_007384	ACCCA	2	10	50446	50455	40 %	0 %	0 %	60 %	74310660
20	NC_007384	TTTGA	2	10	52073	52082	20 %	60 %	20 %	0 %	161986600
21	NC_007384	CGGCG	2	10	52324	52333	0 %	0 %	60 %	40 %	161986600
22	NC_007384	AATCA	2	10	52606	52615	60 %	20 %	0 %	20 %	74310662
23	NC_007384	CGGTT	2	10	53561	53570	0 %	40 %	40 %	20 %	74310663
24	NC_007384	TGCAC	2	10	57015	57024	20 %	20 %	20 %	40 %	74310665
25	NC_007384	AGGGC	2	10	58100	58109	20 %	0 %	60 %	20 %	74310666
26	NC_007384	GAAAC	2	10	58947	58956	60 %	0 %	20 %	20 %	74310666
27	NC_007384	AACGT	2	10	60859	60868	40 %	20 %	20 %	20 %	74310669
28	NC_007384	GCGTC	2	10	63843	63852	0 %	20 %	40 %	40 %	74310672
29	NC_007384	ATGTT	2	10	64657	64666	20 %	60 %	20 %	0 %	74310673
30	NC_007384	CTTCG	2	10	65090	65099	0 %	40 %	20 %	40 %	74310673
31	NC_007384	TGCGT	2	10	65376	65385	0 %	40 %	40 %	20 %	74310673
32	NC_007384	AAAGT	2	10	71110	71119	60 %	20 %	20 %	0 %	74310676
33	NC_007384	AGTCG	2	10	72078	72087	20 %	20 %	40 %	20 %	74310677
34	NC_007384	GGTGA	2	10	73357	73366	20 %	20 %	60 %	0 %	74310677
35	NC_007384	TCGCG	2	10	75964	75973	0 %	20 %	40 %	40 %	74310679
36	NC_007384	TTGCT	2	10	83550	83559	0 %	60 %	20 %	20 %	74310686
37	NC_007384	GATGG	2	10	84286	84295	20 %	20 %	60 %	0 %	74310686
38	NC_007384	CTGGA	2	10	86186	86195	20 %	20 %	40 %	20 %	74310687
39	NC_007384	CCTGG	2	10	88536	88545	0 %	20 %	40 %	40 %	74310690
40	NC_007384	CTGGT	2	10	90255	90264	0 %	40 %	40 %	20 %	161986599
41	NC_007384	GACCG	2	10	90803	90812	20 %	0 %	40 %	40 %	74310692
42	NC_007384	ATGTT	2	10	93352	93361	20 %	60 %	20 %	0 %	161986598
43	NC_007384	TGCAT	2	10	94294	94303	20 %	40 %	20 %	20 %	74310695
44	NC_007384	ATTCC	2	10	94464	94473	20 %	40 %	0 %	40 %	74310695
45	NC_007384	AGTTC	2	10	100334	100343	20 %	40 %	20 %	20 %	74310701
46	NC_007384	CGTGG	2	10	101707	101716	0 %	20 %	60 %	20 %	74310703
47	NC_007384	TATCG	2	10	102214	102223	20 %	40 %	20 %	20 %	74310703
48	NC_007384	GCCTG	2	10	106552	106561	0 %	20 %	40 %	40 %	74310707
49	NC_007384	GTTTG	2	10	106996	107005	0 %	60 %	40 %	0 %	74310707
50	NC_007384	ACCGT	2	10	108465	108474	20 %	20 %	20 %	40 %	74310708
51	NC_007384	ATCAG	2	10	110238	110247	40 %	20 %	20 %	20 %	74310710
52	NC_007384	AGCCG	2	10	112006	112015	20 %	0 %	40 %	40 %	74310711
53	NC_007384	GCGCA	2	10	114334	114343	20 %	0 %	40 %	40 %	74310713
54	NC_007384	TGGCG	2	10	115328	115337	0 %	20 %	60 %	20 %	74310714
55	NC_007384	CCGGC	2	10	118298	118307	0 %	0 %	40 %	60 %	74310717
56	NC_007384	CGCGG	2	10	121507	121516	0 %	0 %	60 %	40 %	74310721
57	NC_007384	ATCCC	2	10	123751	123760	20 %	20 %	0 %	60 %	74310725
58	NC_007384	CATCG	2	10	123764	123773	20 %	20 %	20 %	40 %	74310725
59	NC_007384	TAACG	2	10	124458	124467	40 %	20 %	20 %	20 %	74310725
60	NC_007384	ATGCC	2	10	124917	124926	20 %	20 %	20 %	40 %	74310725
61	NC_007384	TCTGT	2	10	127147	127156	0 %	60 %	20 %	20 %	74310727
62	NC_007384	AGCAG	2	10	129578	129587	40 %	0 %	40 %	20 %	74310730
63	NC_007384	CGAAG	2	10	131493	131502	40 %	0 %	40 %	20 %	74310731
64	NC_007384	ACACG	2	10	131626	131635	40 %	0 %	20 %	40 %	74310731
65	NC_007384	TCGCG	2	10	131887	131896	0 %	20 %	40 %	40 %	74310731
66	NC_007384	GCATC	2	10	131977	131986	20 %	20 %	20 %	40 %	74310731
67	NC_007384	GACTG	2	10	133295	133304	20 %	20 %	40 %	20 %	74310732
68	NC_007384	AGAGC	2	10	133705	133714	40 %	0 %	40 %	20 %	74310732
69	NC_007384	GGTTG	2	10	139634	139643	0 %	40 %	60 %	0 %	74310735
70	NC_007384	TCTGG	2	10	142280	142289	0 %	40 %	40 %	20 %	74310736
71	NC_007384	GGGCA	2	10	143691	143700	20 %	0 %	60 %	20 %	74310737
72	NC_007384	CAGCG	2	10	143970	143979	20 %	0 %	40 %	40 %	74310738
73	NC_007384	GGCTG	2	10	146681	146690	0 %	20 %	60 %	20 %	74310741
74	NC_007384	GCGCG	2	10	150009	150018	0 %	0 %	60 %	40 %	74310742
75	NC_007384	CCGTC	2	10	150800	150809	0 %	20 %	20 %	60 %	161986596
76	NC_007384	GTGAA	2	10	150810	150819	40 %	20 %	40 %	0 %	161986596
77	NC_007384	GTTCA	2	10	151197	151206	20 %	40 %	20 %	20 %	74310744
78	NC_007384	ATCCA	2	10	151523	151532	40 %	20 %	0 %	40 %	74310744
79	NC_007384	CTTTA	2	10	152786	152795	20 %	60 %	0 %	20 %	74310746
80	NC_007384	TGGCG	2	10	153013	153022	0 %	20 %	60 %	20 %	74310746
81	NC_007384	TTTCA	2	10	155326	155335	20 %	60 %	0 %	20 %	74310749
82	NC_007384	GGGAG	2	10	156651	156660	20 %	0 %	80 %	0 %	74310750
83	NC_007384	TGAAG	2	10	158761	158770	40 %	20 %	40 %	0 %	74310752
84	NC_007384	GCACT	2	10	161121	161130	20 %	20 %	20 %	40 %	161986595
85	NC_007384	AGTGG	2	10	161228	161237	20 %	20 %	60 %	0 %	161986595
86	NC_007384	CCACT	2	10	164380	164389	20 %	20 %	0 %	60 %	161986594
87	NC_007384	CAGTG	2	10	164486	164495	20 %	20 %	40 %	20 %	161986594
88	NC_007384	TTTGC	2	10	170812	170821	0 %	60 %	20 %	20 %	74310762
89	NC_007384	GCGAG	2	10	172620	172629	20 %	0 %	60 %	20 %	161986592
90	NC_007384	GGCGT	2	10	173058	173067	0 %	20 %	60 %	20 %	161986592
91	NC_007384	ATCAG	2	10	173696	173705	40 %	20 %	20 %	20 %	161986591
92	NC_007384	ACCAC	2	10	175961	175970	40 %	0 %	0 %	60 %	74310768
93	NC_007384	GGCGT	2	10	177664	177673	0 %	20 %	60 %	20 %	74310769
94	NC_007384	CGACG	2	10	178703	178712	20 %	0 %	40 %	40 %	74310769
95	NC_007384	TGAAA	2	10	182688	182697	60 %	20 %	20 %	0 %	74310771
96	NC_007384	GGAAT	2	10	183024	183033	40 %	20 %	40 %	0 %	74310771
97	NC_007384	AACCT	2	10	184974	184983	40 %	20 %	0 %	40 %	74310773
98	NC_007384	TGGTC	2	10	185016	185025	0 %	40 %	40 %	20 %	74310773
99	NC_007384	TGGCG	2	10	186261	186270	0 %	20 %	60 %	20 %	74310774
100	NC_007384	TTCCA	2	10	187502	187511	20 %	40 %	0 %	40 %	74310774
101	NC_007384	GGTCC	2	10	191948	191957	0 %	20 %	40 %	40 %	74310779
102	NC_007384	GTGAT	2	10	196801	196810	20 %	40 %	40 %	0 %	74310782
103	NC_007384	GTGAT	2	10	197092	197101	20 %	40 %	40 %	0 %	74310782
104	NC_007384	CCACG	2	10	199239	199248	20 %	0 %	20 %	60 %	161986589
105	NC_007384	GCCAG	2	10	201525	201534	20 %	0 %	40 %	40 %	74310787
106	NC_007384	GTTCT	2	10	202966	202975	0 %	60 %	20 %	20 %	74310787
107	NC_007384	CTGAA	2	10	204958	204967	40 %	20 %	20 %	20 %	74310789
108	NC_007384	AAGCG	2	10	205022	205031	40 %	0 %	40 %	20 %	74310789
109	NC_007384	TGGTG	2	10	206928	206937	0 %	40 %	60 %	0 %	74310791
110	NC_007384	TGCAC	2	10	207054	207063	20 %	20 %	20 %	40 %	74310791
111	NC_007384	TGCGC	2	10	207447	207456	0 %	20 %	40 %	40 %	74310791
112	NC_007384	CATGG	2	10	209290	209299	20 %	20 %	40 %	20 %	74310793
113	NC_007384	CAGAT	2	10	210329	210338	40 %	20 %	20 %	20 %	74310794
114	NC_007384	ACTTT	2	10	210462	210471	20 %	60 %	0 %	20 %	74310794
115	NC_007384	GTTGG	2	10	210873	210882	0 %	40 %	60 %	0 %	161986588
116	NC_007384	GACGT	2	10	214382	214391	20 %	20 %	40 %	20 %	74310797
117	NC_007384	CGACG	2	10	216209	216218	20 %	0 %	40 %	40 %	74310799
118	NC_007384	ATGCC	2	10	218777	218786	20 %	20 %	20 %	40 %	74310802
119	NC_007384	GGATG	2	10	219039	219048	20 %	20 %	60 %	0 %	74310802
120	NC_007384	TGGCC	2	10	220103	220112	0 %	20 %	40 %	40 %	74310804
121	NC_007384	GTAAC	2	10	220846	220855	40 %	20 %	20 %	20 %	74310804
122	NC_007384	AGCCG	2	10	221474	221483	20 %	0 %	40 %	40 %	74310804
123	NC_007384	GGTGG	2	10	221583	221592	0 %	20 %	80 %	0 %	74310804
124	NC_007384	GGCAA	2	10	225768	225777	40 %	0 %	40 %	20 %	74310806
125	NC_007384	ACGGT	2	10	234031	234040	20 %	20 %	40 %	20 %	74310815
126	NC_007384	ACCAG	2	10	235821	235830	40 %	0 %	20 %	40 %	74310816
127	NC_007384	TGATT	2	10	236872	236881	20 %	60 %	20 %	0 %	74310818
128	NC_007384	TAATT	2	10	248791	248800	40 %	60 %	0 %	0 %	74310825
129	NC_007384	ACTTA	2	10	250762	250771	40 %	40 %	0 %	20 %	74310827
130	NC_007384	ACTGG	2	10	251730	251739	20 %	20 %	40 %	20 %	74310828
131	NC_007384	CGCGG	2	10	252775	252784	0 %	0 %	60 %	40 %	74310830
132	NC_007384	TGATC	2	10	256530	256539	20 %	40 %	20 %	20 %	74310833
133	NC_007384	GCGCG	2	10	258235	258244	0 %	0 %	60 %	40 %	74310835
134	NC_007384	CCAGA	2	10	258304	258313	40 %	0 %	20 %	40 %	74310835
135	NC_007384	CCACT	2	10	260266	260275	20 %	20 %	0 %	60 %	161986585
136	NC_007384	CAGTG	2	10	260372	260381	20 %	20 %	40 %	20 %	161986585
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139	NC_007384	GGTCA	2	10	269069	269078	20 %	20 %	40 %	20 %	74310845
140	NC_007384	GGGCA	2	10	269100	269109	20 %	0 %	60 %	20 %	74310845
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143	NC_007384	CCAGG	2	10	272497	272506	20 %	0 %	40 %	40 %	74310849
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149	NC_007384	TGACC	2	10	283057	283066	20 %	20 %	20 %	40 %	74310857
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157	NC_007384	GATGC	2	10	309890	309899	20 %	20 %	40 %	20 %	74310880
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