MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 chromosome

Total Repeats: 78676

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4001	NC_007384	TGG	2	6	228737	228742	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310809
4002	NC_007384	GCG	2	6	228749	228754	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310809
4003	NC_007384	CTG	2	6	228772	228777	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310809
4004	NC_007384	CGGA	2	8	228796	228803	25 %	0 %	50 %	25 %	74310809
4005	NC_007384	CAT	2	6	228838	228843	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310809
4006	NC_007384	TGG	2	6	228914	228919	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310809
4007	NC_007384	AAG	2	6	228941	228946	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310809
4008	NC_007384	CGA	2	6	229041	229046	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310809
4009	NC_007384	CTG	2	6	229063	229068	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310809
4010	NC_007384	TTGC	2	8	229153	229160	0 %	50 %	25 %	25 %	74310809
4011	NC_007384	G	6	6	229169	229174	0 %	0 %	100 %	0 %	74310809
4012	NC_007384	GAC	2	6	229234	229239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310809
4013	NC_007384	GCA	2	6	229284	229289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310809
4014	NC_007384	AG	3	6	229347	229352	50 %	0 %	50 %	0 %	74310809
4015	NC_007384	CTG	2	6	229366	229371	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310809
4016	NC_007384	GAT	2	6	229375	229380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310809
4017	NC_007384	CG	3	6	229450	229455	0 %	0 %	50 %	50 %	74310809
4018	NC_007384	CCG	2	6	229464	229469	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310809
4019	NC_007384	CTGG	2	8	229470	229477	0 %	25 %	50 %	25 %	74310809
4020	NC_007384	TGGCGC	2	12	229535	229546	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	74310809
4021	NC_007384	TGG	2	6	229612	229617	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310809
4022	NC_007384	CGG	2	6	229688	229693	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310809
4023	NC_007384	GCGT	2	8	229760	229767	0 %	25 %	50 %	25 %	74310809
4024	NC_007384	TGC	2	6	229784	229789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310809
4025	NC_007384	CGG	2	6	229806	229811	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310809
4026	NC_007384	GCC	2	6	229848	229853	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310809
4027	NC_007384	CTG	2	6	229876	229881	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310809
4028	NC_007384	GCG	2	6	229903	229908	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310809
4029	NC_007384	AAG	2	6	229928	229933	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310809
4030	NC_007384	ACC	3	9	230051	230059	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310810
4031	NC_007384	CGA	2	6	230130	230135	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310810
4032	NC_007384	ATG	2	6	230224	230229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310810
4033	NC_007384	ATC	2	6	230257	230262	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310810
4034	NC_007384	ATTG	2	8	230266	230273	25 %	50 %	25 %	0 %	74310810
4035	NC_007384	CAT	2	6	230283	230288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310810
4036	NC_007384	TGC	2	6	230330	230335	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310811
4037	NC_007384	CGT	2	6	230362	230367	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310811
4038	NC_007384	TTCA	2	8	230378	230385	25 %	50 %	0 %	25 %	74310811
4039	NC_007384	CT	3	6	230725	230730	0 %	50 %	0 %	50 %	74310812
4040	NC_007384	GC	3	6	230738	230743	0 %	0 %	50 %	50 %	74310812
4041	NC_007384	ATG	2	6	230768	230773	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310812
4042	NC_007384	CTG	2	6	230780	230785	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310812
4043	NC_007384	TGA	2	6	230803	230808	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310812
4044	NC_007384	TG	3	6	230832	230837	0 %	50 %	50 %	0 %	74310812
4045	NC_007384	GCG	2	6	230917	230922	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310812
4046	NC_007384	GCG	2	6	230981	230986	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310812
4047	NC_007384	TGG	2	6	230993	230998	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310812
4048	NC_007384	TG	3	6	231017	231022	0 %	50 %	50 %	0 %	74310812
4049	NC_007384	AAC	2	6	231060	231065	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310812
4050	NC_007384	GAT	2	6	231143	231148	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310812
4051	NC_007384	AAT	2	6	231152	231157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310812
4052	NC_007384	CAA	2	6	231182	231187	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310812
4053	NC_007384	ATGG	2	8	231624	231631	25 %	25 %	50 %	0 %	74310813
4054	NC_007384	A	6	6	231634	231639	100 %	0 %	0 %	0 %	74310813
4055	NC_007384	TAA	2	6	231690	231695	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310813
4056	NC_007384	GCG	2	6	231764	231769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310813
4057	NC_007384	TGC	2	6	231770	231775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310813
4058	NC_007384	CT	3	6	231804	231809	0 %	50 %	0 %	50 %	74310813
4059	NC_007384	TGA	2	6	231836	231841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310813
4060	NC_007384	GAA	2	6	231865	231870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310813
4061	NC_007384	TCC	2	6	231874	231879	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	74310813
4062	NC_007384	GCG	2	6	232102	232107	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310813
4063	NC_007384	GC	3	6	232183	232188	0 %	0 %	50 %	50 %	74310813
4064	NC_007384	CCAA	2	8	232264	232271	50 %	0 %	0 %	50 %	74310813
4065	NC_007384	CGG	2	6	232289	232294	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310813
4066	NC_007384	AGT	2	6	232321	232326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310813
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4068	NC_007384	TTG	2	6	232904	232909	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161986586
4069	NC_007384	T	6	6	232964	232969	0 %	100 %	0 %	0 %	161986586
4070	NC_007384	TTA	2	6	233013	233018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161986586
4071	NC_007384	AGAT	2	8	233025	233032	50 %	25 %	25 %	0 %	161986586
4072	NC_007384	GAG	2	6	233097	233102	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	161986586
4073	NC_007384	ATTG	2	8	233148	233155	25 %	50 %	25 %	0 %	161986586
4074	NC_007384	CTG	2	6	233215	233220	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161986586
4075	NC_007384	CTGG	2	8	233233	233240	0 %	25 %	50 %	25 %	161986586
4076	NC_007384	AAAG	2	8	233269	233276	75 %	0 %	25 %	0 %	161986586
4077	NC_007384	GGC	2	6	233290	233295	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	161986586
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4079	NC_007384	TTAA	2	8	233416	233423	50 %	50 %	0 %	0 %	74310815
4080	NC_007384	CGA	2	6	233440	233445	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310815
4081	NC_007384	TCG	2	6	233461	233466	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310815
4082	NC_007384	CAG	2	6	233562	233567	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310815
4083	NC_007384	TCG	2	6	233704	233709	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310815
4084	NC_007384	CGC	2	6	233724	233729	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310815
4085	NC_007384	CAG	2	6	233877	233882	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310815
4086	NC_007384	GCCA	2	8	233910	233917	25 %	0 %	25 %	50 %	74310815
4087	NC_007384	AGT	2	6	233978	233983	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310815
4088	NC_007384	CAG	2	6	234005	234010	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310815
4089	NC_007384	CGC	2	6	234024	234029	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310815
4090	NC_007384	ACGGT	2	10	234031	234040	20 %	20 %	40 %	20 %	74310815
4091	NC_007384	CAC	2	6	234045	234050	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310815
4092	NC_007384	TCT	2	6	234112	234117	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310815
4093	NC_007384	CAG	2	6	234198	234203	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310815
4094	NC_007384	GCT	2	6	234219	234224	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310815
4095	NC_007384	CAG	2	6	234243	234248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310815
4096	NC_007384	AGC	3	9	234345	234353	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310815
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4098	NC_007384	GCC	2	6	234477	234482	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310815
4099	NC_007384	TCA	2	6	234617	234622	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310815
4100	NC_007384	TCG	2	6	234664	234669	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310815
4101	NC_007384	CTT	2	6	234752	234757	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310815
4102	NC_007384	CAA	2	6	234797	234802	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310815
4103	NC_007384	GCA	2	6	234806	234811	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310815
4104	NC_007384	CT	3	6	234841	234846	0 %	50 %	0 %	50 %	74310815
4105	NC_007384	GGCT	2	8	234858	234865	0 %	25 %	50 %	25 %	74310815
4106	NC_007384	ACC	2	6	234868	234873	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310815
4107	NC_007384	GTT	2	6	234900	234905	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310815
4108	NC_007384	CACG	2	8	234914	234921	25 %	0 %	25 %	50 %	74310815
4109	NC_007384	T	6	6	234933	234938	0 %	100 %	0 %	0 %	74310815
4110	NC_007384	TA	3	6	234968	234973	50 %	50 %	0 %	0 %	74310815
4111	NC_007384	ATC	2	6	234994	234999	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310815
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4113	NC_007384	TGT	2	6	235088	235093	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310815
4114	NC_007384	GCT	2	6	235390	235395	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310816
4115	NC_007384	CTGGCA	2	12	235455	235466	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	74310816
4116	NC_007384	AAC	2	6	235574	235579	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310816
4117	NC_007384	CCG	2	6	235662	235667	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310816
4118	NC_007384	GCC	2	6	235697	235702	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310816
4119	NC_007384	TGA	2	6	235713	235718	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310816
4120	NC_007384	ACCAG	2	10	235821	235830	40 %	0 %	20 %	40 %	74310816
4121	NC_007384	GCGA	2	8	235864	235871	25 %	0 %	50 %	25 %	74310816
4122	NC_007384	ATAC	2	8	235934	235941	50 %	25 %	0 %	25 %	74310817
4123	NC_007384	AGC	2	6	235953	235958	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310817
4124	NC_007384	CG	3	6	236042	236047	0 %	0 %	50 %	50 %	74310817
4125	NC_007384	CGG	2	6	236059	236064	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310817
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4128	NC_007384	CTA	2	6	236280	236285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310817
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4493	NC_007384	GC	5	10	262232	262241	0 %	0 %	50 %	50 %	74310839
4494	NC_007384	CAGC	2	8	262250	262257	25 %	0 %	25 %	50 %	74310839
4495	NC_007384	GTT	2	6	262375	262380	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310839
4496	NC_007384	ATAA	2	8	262406	262413	75 %	25 %	0 %	0 %	74310839
4497	NC_007384	CGGA	2	8	262417	262424	25 %	0 %	50 %	25 %	74310839
4498	NC_007384	GCA	2	6	262435	262440	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310839
4499	NC_007384	CCG	2	6	262459	262464	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310839
4500	NC_007384	CGG	2	6	262503	262508	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310839

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