MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 chromosome

Total Repeats: 78676

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_007384	CAT	2	6	30048	30053	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310644
502	NC_007384	CG	3	6	30055	30060	0 %	0 %	50 %	50 %	74310644
503	NC_007384	ATC	2	6	30070	30075	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310644
504	NC_007384	GCGGAA	2	12	30142	30153	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	74310644
505	NC_007384	CTGC	2	8	30295	30302	0 %	25 %	25 %	50 %	74310644
506	NC_007384	TGC	2	6	30464	30469	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310644
507	NC_007384	GAC	2	6	30577	30582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310644
508	NC_007384	TCG	2	6	30701	30706	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310644
509	NC_007384	GCT	2	6	30711	30716	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310644
510	NC_007384	GC	3	6	30728	30733	0 %	0 %	50 %	50 %	74310644
511	NC_007384	TGC	2	6	30734	30739	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310644
512	NC_007384	GCA	2	6	30753	30758	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310644
513	NC_007384	TGC	2	6	30769	30774	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310644
514	NC_007384	ATC	2	6	30793	30798	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310644
515	NC_007384	CG	3	6	30802	30807	0 %	0 %	50 %	50 %	74310644
516	NC_007384	CGC	2	6	30809	30814	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310644
517	NC_007384	TGCG	2	8	30845	30852	0 %	25 %	50 %	25 %	74310644
518	NC_007384	GAA	2	6	31036	31041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310644
519	NC_007384	GTG	2	6	31077	31082	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310644
520	NC_007384	TGT	2	6	31185	31190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310644
521	NC_007384	TGGT	2	8	31257	31264	0 %	50 %	50 %	0 %	74310644
522	NC_007384	CGC	2	6	31391	31396	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310644
523	NC_007384	TGA	2	6	31403	31408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310644
524	NC_007384	TGC	2	6	31497	31502	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310644
525	NC_007384	TCG	2	6	31512	31517	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310644
526	NC_007384	CG	3	6	31530	31535	0 %	0 %	50 %	50 %	74310644
527	NC_007384	CTG	2	6	31540	31545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310644
528	NC_007384	TGG	2	6	31598	31603	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310644
529	NC_007384	CAT	2	6	31743	31748	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310644
530	NC_007384	CGT	2	6	31789	31794	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310644
531	NC_007384	TGA	2	6	31869	31874	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310644
532	NC_007384	GTGG	2	8	32050	32057	0 %	25 %	75 %	0 %	74310644
533	NC_007384	ACG	2	6	32177	32182	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310644
534	NC_007384	CTG	2	6	32186	32191	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310644
535	NC_007384	CAG	2	6	32197	32202	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310644
536	NC_007384	GCT	2	6	32264	32269	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310644
537	NC_007384	CGGTGA	2	12	32343	32354	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	74310644
538	NC_007384	TGA	2	6	32371	32376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310644
539	NC_007384	GCTG	2	8	32404	32411	0 %	25 %	50 %	25 %	74310645
540	NC_007384	TGG	2	6	32416	32421	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310645
541	NC_007384	GCA	2	6	32446	32451	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310645
542	NC_007384	TCC	2	6	32461	32466	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	74310645
543	NC_007384	GCG	2	6	32538	32543	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310645
544	NC_007384	GCG	2	6	32563	32568	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310645
545	NC_007384	TGA	2	6	32626	32631	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310645
546	NC_007384	ATT	2	6	32682	32687	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310645
547	NC_007384	GGC	2	6	32688	32693	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310645
548	NC_007384	GC	3	6	32692	32697	0 %	0 %	50 %	50 %	74310645
549	NC_007384	T	6	6	32837	32842	0 %	100 %	0 %	0 %	74310645
550	NC_007384	A	6	6	32856	32861	100 %	0 %	0 %	0 %	74310645
551	NC_007384	AAT	2	6	32863	32868	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310645
552	NC_007384	CGA	2	6	33048	33053	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310646
553	NC_007384	CAC	2	6	33057	33062	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310646
554	NC_007384	CAA	2	6	33078	33083	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310646
555	NC_007384	ACC	2	6	33172	33177	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310646
556	NC_007384	GCG	2	6	33196	33201	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310646
557	NC_007384	CCG	2	6	33240	33245	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310646
558	NC_007384	ATGG	2	8	33301	33308	25 %	25 %	50 %	0 %	74310646
559	NC_007384	TTG	2	6	33504	33509	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310647
560	NC_007384	AT	3	6	33539	33544	50 %	50 %	0 %	0 %	74310647
561	NC_007384	CGT	2	6	33773	33778	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310647
562	NC_007384	CAGTA	2	10	33839	33848	40 %	20 %	20 %	20 %	74310647
563	NC_007384	TG	3	6	33889	33894	0 %	50 %	50 %	0 %	74310647
564	NC_007384	TGG	2	6	34095	34100	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310647
565	NC_007384	CTC	2	6	34114	34119	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	74310647
566	NC_007384	CG	3	6	34163	34168	0 %	0 %	50 %	50 %	74310647
567	NC_007384	TTGA	2	8	34172	34179	25 %	50 %	25 %	0 %	74310647
568	NC_007384	TGG	2	6	34275	34280	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310647
569	NC_007384	GCA	2	6	34288	34293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310647
570	NC_007384	GGT	2	6	34301	34306	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310647
571	NC_007384	GAA	2	6	34331	34336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310647
572	NC_007384	GCC	2	6	34516	34521	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310648
573	NC_007384	TGA	2	6	34553	34558	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310648
574	NC_007384	ACC	2	6	34591	34596	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310648
575	NC_007384	CTG	2	6	34612	34617	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310648
576	NC_007384	GCA	2	6	34687	34692	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310648
577	NC_007384	TGGC	2	8	34715	34722	0 %	25 %	50 %	25 %	74310648
578	NC_007384	TTG	2	6	34730	34735	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310648
579	NC_007384	TGG	2	6	34817	34822	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310648
580	NC_007384	TCG	2	6	34887	34892	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310648
581	NC_007384	TTC	2	6	34911	34916	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310648
582	NC_007384	CTGG	2	8	35175	35182	0 %	25 %	50 %	25 %	74310648
583	NC_007384	ACG	2	6	35254	35259	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310648
584	NC_007384	CAG	2	6	35335	35340	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310648
585	NC_007384	CGT	2	6	35366	35371	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310648
586	NC_007384	ATG	2	6	35544	35549	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310649
587	NC_007384	G	6	6	35579	35584	0 %	0 %	100 %	0 %	74310649
588	NC_007384	GCC	2	6	35592	35597	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310649
589	NC_007384	GGC	2	6	35608	35613	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310649
590	NC_007384	GCG	2	6	35642	35647	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310649
591	NC_007384	TCT	2	6	35663	35668	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310649
592	NC_007384	GCTG	2	8	35692	35699	0 %	25 %	50 %	25 %	74310649
593	NC_007384	AGC	2	6	35729	35734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310649
594	NC_007384	GAT	2	6	35750	35755	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310649
595	NC_007384	CGC	3	9	35887	35895	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310649
596	NC_007384	GCC	2	6	35915	35920	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310649
597	NC_007384	GCT	2	6	35953	35958	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310649
598	NC_007384	AGC	2	6	35965	35970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310649
599	NC_007384	ATT	2	6	36002	36007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310649
600	NC_007384	CAT	2	6	36014	36019	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310649
601	NC_007384	CGTG	2	8	36169	36176	0 %	25 %	50 %	25 %	74310649
602	NC_007384	AAT	2	6	36350	36355	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310649
603	NC_007384	CGG	2	6	36890	36895	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310650
604	NC_007384	TCCT	2	8	36951	36958	0 %	50 %	0 %	50 %	74310650
605	NC_007384	CTTA	2	8	36979	36986	25 %	50 %	0 %	25 %	74310650
606	NC_007384	GAA	2	6	37024	37029	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310650
607	NC_007384	TCT	2	6	37030	37035	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310650
608	NC_007384	CT	3	6	37108	37113	0 %	50 %	0 %	50 %	74310650
609	NC_007384	GCG	2	6	37234	37239	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310650
610	NC_007384	CG	3	6	37258	37263	0 %	0 %	50 %	50 %	74310650
611	NC_007384	ACC	2	6	37303	37308	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310650
612	NC_007384	CGG	2	6	37350	37355	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310650
613	NC_007384	A	6	6	37369	37374	100 %	0 %	0 %	0 %	74310650
614	NC_007384	CGT	2	6	37395	37400	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310650
615	NC_007384	TGG	2	6	37442	37447	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310650
616	NC_007384	TCA	2	6	37629	37634	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310650
617	NC_007384	GCT	2	6	37635	37640	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310650
618	NC_007384	CAC	2	6	37684	37689	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310650
619	NC_007384	GGC	2	6	37690	37695	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310650
620	NC_007384	GTG	2	6	37726	37731	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310650
621	NC_007384	AGCC	2	8	37881	37888	25 %	0 %	25 %	50 %	74310650
622	NC_007384	ACG	2	6	37898	37903	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310650
623	NC_007384	GTT	2	6	37911	37916	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310650
624	NC_007384	ACT	2	6	38062	38067	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310651
625	NC_007384	GC	3	6	38071	38076	0 %	0 %	50 %	50 %	74310651
626	NC_007384	CAT	2	6	38141	38146	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310651
627	NC_007384	GACC	2	8	38147	38154	25 %	0 %	25 %	50 %	74310651
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629	NC_007384	ATT	2	6	38211	38216	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310651
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