MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 chromosome

Total Repeats: 78676

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5501	NC_007384	GCG	2	6	325254	325259	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310893
5502	NC_007384	CGA	2	6	325340	325345	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310893
5503	NC_007384	CCA	2	6	325358	325363	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310893
5504	NC_007384	CCA	2	6	325371	325376	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310893
5505	NC_007384	GCTG	2	8	325446	325453	0 %	25 %	50 %	25 %	74310893
5506	NC_007384	AGC	2	6	325479	325484	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310893
5507	NC_007384	GCCA	2	8	325560	325567	25 %	0 %	25 %	50 %	74310893
5508	NC_007384	CCGA	2	8	325673	325680	25 %	0 %	25 %	50 %	74310893
5509	NC_007384	TCA	2	6	325703	325708	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310893
5510	NC_007384	CCA	3	9	325752	325760	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310893
5511	NC_007384	CAT	2	6	325795	325800	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310893
5512	NC_007384	ACCGG	2	10	325808	325817	20 %	0 %	40 %	40 %	74310893
5513	NC_007384	CAG	2	6	325851	325856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310893
5514	NC_007384	GTG	2	6	326902	326907	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310894
5515	NC_007384	GCCA	2	8	326914	326921	25 %	0 %	25 %	50 %	74310894
5516	NC_007384	GCG	2	6	326953	326958	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310894
5517	NC_007384	CAA	2	6	326995	327000	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310894
5518	NC_007384	GTG	3	9	327115	327123	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310894
5519	NC_007384	GCG	2	6	327140	327145	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310894
5520	NC_007384	GCG	2	6	327160	327165	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310894
5521	NC_007384	TCT	2	6	327174	327179	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310894
5522	NC_007384	CTGC	2	8	327248	327255	0 %	25 %	25 %	50 %	74310894
5523	NC_007384	TAT	2	6	327309	327314	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310894
5524	NC_007384	GCGTCT	2	12	327417	327428	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310894
5525	NC_007384	GGCT	2	8	327429	327436	0 %	25 %	50 %	25 %	74310894
5526	NC_007384	CAA	2	6	327514	327519	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310894
5527	NC_007384	GC	3	6	327597	327602	0 %	0 %	50 %	50 %	74310894
5528	NC_007384	ACG	2	6	327653	327658	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310894
5529	NC_007384	CCG	2	6	327685	327690	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310894
5530	NC_007384	ACC	2	6	327694	327699	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310894
5531	NC_007384	CTG	2	6	327718	327723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310894
5532	NC_007384	TGC	2	6	327746	327751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310894
5533	NC_007384	CT	3	6	327754	327759	0 %	50 %	0 %	50 %	74310894
5534	NC_007384	GAAAA	2	10	327807	327816	80 %	0 %	20 %	0 %	74310894
5535	NC_007384	ACC	2	6	327817	327822	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310894
5536	NC_007384	CG	3	6	327853	327858	0 %	0 %	50 %	50 %	74310894
5537	NC_007384	CGT	2	6	328067	328072	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5538	NC_007384	CGT	2	6	328080	328085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5539	NC_007384	GCA	2	6	328125	328130	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5540	NC_007384	GCTG	2	8	328258	328265	0 %	25 %	50 %	25 %	74310895
5541	NC_007384	GTC	3	9	328293	328301	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5542	NC_007384	GTT	2	6	328405	328410	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310895
5543	NC_007384	TGA	2	6	328430	328435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310895
5544	NC_007384	ATT	2	6	328464	328469	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310895
5545	NC_007384	A	6	6	328583	328588	100 %	0 %	0 %	0 %	74310895
5546	NC_007384	TGC	2	6	328606	328611	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5547	NC_007384	TGC	2	6	328684	328689	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5548	NC_007384	CA	3	6	328700	328705	50 %	0 %	0 %	50 %	74310895
5549	NC_007384	CACT	2	8	328727	328734	25 %	25 %	0 %	50 %	74310895
5550	NC_007384	ATG	2	6	328738	328743	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310895
5551	NC_007384	CG	3	6	328752	328757	0 %	0 %	50 %	50 %	74310895
5552	NC_007384	CGG	2	6	328865	328870	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310895
5553	NC_007384	GTG	2	6	328888	328893	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310895
5554	NC_007384	GGT	2	6	328976	328981	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310895
5555	NC_007384	CGA	2	6	328994	328999	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5556	NC_007384	CTG	4	12	329064	329075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5557	NC_007384	CAT	2	6	329118	329123	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310895
5558	NC_007384	GGTCA	2	10	329133	329142	20 %	20 %	40 %	20 %	74310895
5559	NC_007384	CTG	2	6	329172	329177	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5560	NC_007384	AAC	2	6	329187	329192	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310895
5561	NC_007384	GTT	2	6	329206	329211	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310895
5562	NC_007384	GTG	2	6	329268	329273	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310895
5563	NC_007384	GAT	2	6	329325	329330	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310895
5564	NC_007384	ATC	2	6	329403	329408	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310895
5565	NC_007384	ACG	2	6	329446	329451	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5566	NC_007384	ATCC	2	8	329479	329486	25 %	25 %	0 %	50 %	74310895
5567	NC_007384	GGC	2	6	329505	329510	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310895
5568	NC_007384	ATT	2	6	329535	329540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310895
5569	NC_007384	CG	4	8	329552	329559	0 %	0 %	50 %	50 %	74310895
5570	NC_007384	A	6	6	329604	329609	100 %	0 %	0 %	0 %	74310895
5571	NC_007384	GA	3	6	329626	329631	50 %	0 %	50 %	0 %	74310895
5572	NC_007384	GGC	2	6	329682	329687	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310895
5573	NC_007384	GGC	2	6	329733	329738	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310895
5574	NC_007384	ATG	2	6	329776	329781	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310895
5575	NC_007384	CGG	2	6	329807	329812	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310895
5576	NC_007384	GGTCT	2	10	329856	329865	0 %	40 %	40 %	20 %	74310895
5577	NC_007384	CGC	2	6	329878	329883	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310895
5578	NC_007384	CAG	3	9	329910	329918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5579	NC_007384	TTGA	2	8	330078	330085	25 %	50 %	25 %	0 %	74310895
5580	NC_007384	GCA	2	6	330194	330199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5581	NC_007384	CGC	2	6	330236	330241	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310895
5582	NC_007384	ACC	2	6	330264	330269	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310895
5583	NC_007384	TAA	2	6	330299	330304	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310895
5584	NC_007384	CTTT	2	8	330332	330339	0 %	75 %	0 %	25 %	74310895
5585	NC_007384	CTG	2	6	330369	330374	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5586	NC_007384	CGC	2	6	330376	330381	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310895
5587	NC_007384	GGC	2	6	330476	330481	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310895
5588	NC_007384	AGC	2	6	330500	330505	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5589	NC_007384	GTT	2	6	330506	330511	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310895
5590	NC_007384	GCA	2	6	330569	330574	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5591	NC_007384	TTAT	2	8	330588	330595	25 %	75 %	0 %	0 %	74310895
5592	NC_007384	AGCG	2	8	330659	330666	25 %	0 %	50 %	25 %	74310895
5593	NC_007384	GCC	2	6	330777	330782	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310895
5594	NC_007384	CTGCG	2	10	330852	330861	0 %	20 %	40 %	40 %	74310895
5595	NC_007384	CG	3	6	330865	330870	0 %	0 %	50 %	50 %	74310895
5596	NC_007384	GCG	2	6	330898	330903	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310895
5597	NC_007384	CAA	3	9	330933	330941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310895
5598	NC_007384	GCCATC	2	12	330955	330966	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	74310895
5599	NC_007384	TGC	2	6	330967	330972	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5600	NC_007384	GAA	2	6	330978	330983	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310895
5601	NC_007384	TGG	2	6	331022	331027	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310895
5602	NC_007384	CGA	2	6	331028	331033	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310895
5603	NC_007384	ATA	3	9	331112	331120	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310895
5604	NC_007384	A	6	6	331743	331748	100 %	0 %	0 %	0 %	74310896
5605	NC_007384	GCTG	2	8	331855	331862	0 %	25 %	50 %	25 %	74310896
5606	NC_007384	GTT	2	6	331893	331898	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310896
5607	NC_007384	CTG	2	6	331950	331955	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310896
5608	NC_007384	GTG	2	6	331968	331973	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310896
5609	NC_007384	TGGC	2	8	331988	331995	0 %	25 %	50 %	25 %	74310896
5610	NC_007384	GCA	2	6	332084	332089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310896
5611	NC_007384	T	7	7	332279	332285	0 %	100 %	0 %	0 %	74310897
5612	NC_007384	GTA	2	6	332310	332315	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310897
5613	NC_007384	GGGTT	2	10	332394	332403	0 %	40 %	60 %	0 %	74310897
5614	NC_007384	TAA	2	6	332422	332427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310897
5615	NC_007384	GAG	2	6	332436	332441	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	74310897
5616	NC_007384	T	6	6	332443	332448	0 %	100 %	0 %	0 %	74310897
5617	NC_007384	TCG	2	6	332461	332466	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310897
5618	NC_007384	GCG	2	6	332467	332472	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310897
5619	NC_007384	GTG	2	6	332492	332497	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310897
5620	NC_007384	GCC	2	6	332506	332511	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310897
5621	NC_007384	ACA	2	6	332537	332542	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310897
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5623	NC_007384	T	6	6	332568	332573	0 %	100 %	0 %	0 %	74310897
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5993	NC_007384	CTG	3	9	352943	352951	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310917
5994	NC_007384	ACTG	2	8	353125	353132	25 %	25 %	25 %	25 %	74310917
5995	NC_007384	CAT	2	6	353175	353180	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310917
5996	NC_007384	GCGA	2	8	353545	353552	25 %	0 %	50 %	25 %	161986582
5997	NC_007384	TGC	2	6	353615	353620	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161986582
5998	NC_007384	CT	3	6	353682	353687	0 %	50 %	0 %	50 %	161986582
5999	NC_007384	CCG	2	6	353716	353721	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161986582
6000	NC_007384	TTC	2	6	353724	353729	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161986582

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