MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 chromosome

Total Repeats: 78676

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5001	NC_007384	TGC	2	6	290305	290310	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310861
5002	NC_007384	ATG	2	6	290514	290519	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310862
5003	NC_007384	CGC	2	6	290540	290545	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310862
5004	NC_007384	CCA	2	6	290557	290562	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310862
5005	NC_007384	GAT	2	6	290577	290582	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310862
5006	NC_007384	AGC	2	6	290592	290597	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310862
5007	NC_007384	ACC	2	6	290613	290618	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310862
5008	NC_007384	CTGC	2	8	290655	290662	0 %	25 %	25 %	50 %	74310862
5009	NC_007384	TGA	2	6	290668	290673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310862
5010	NC_007384	GAT	2	6	290715	290720	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310862
5011	NC_007384	TGA	2	6	290731	290736	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310862
5012	NC_007384	TGA	2	6	290828	290833	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310862
5013	NC_007384	AAT	2	6	290959	290964	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310862
5014	NC_007384	TCG	2	6	291053	291058	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161986584
5015	NC_007384	TCA	2	6	291079	291084	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161986584
5016	NC_007384	TTC	2	6	291108	291113	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161986584
5017	NC_007384	ATCA	2	8	291144	291151	50 %	25 %	0 %	25 %	161986584
5018	NC_007384	TGA	2	6	291232	291237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161986584
5019	NC_007384	CGG	2	6	291245	291250	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	161986584
5020	NC_007384	CCA	2	6	291260	291265	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161986584
5021	NC_007384	GCTC	2	8	291296	291303	0 %	25 %	25 %	50 %	161986584
5022	NC_007384	CAC	2	6	291426	291431	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161986584
5023	NC_007384	CAG	2	6	291435	291440	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161986584
5024	NC_007384	ATC	2	6	291477	291482	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161986584
5025	NC_007384	TCG	2	6	291559	291564	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161986584
5026	NC_007384	TAG	2	6	291724	291729	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161986584
5027	NC_007384	TGC	2	6	291755	291760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161986584
5028	NC_007384	CG	3	6	291770	291775	0 %	0 %	50 %	50 %	161986584
5029	NC_007384	CCAG	2	8	291782	291789	25 %	0 %	25 %	50 %	161986584
5030	NC_007384	TTG	2	6	291802	291807	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161986584
5031	NC_007384	AAC	2	6	291832	291837	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161986584
5032	NC_007384	TTC	2	6	291865	291870	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161986584
5033	NC_007384	ATC	2	6	291928	291933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161986584
5034	NC_007384	TGC	2	6	291935	291940	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161986584
5035	NC_007384	CCA	2	6	292036	292041	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161986584
5036	NC_007384	AAT	2	6	292059	292064	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161986584
5037	NC_007384	CTG	2	6	292068	292073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161986584
5038	NC_007384	GCA	2	6	292162	292167	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161986584
5039	NC_007384	CGC	2	6	292295	292300	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161986584
5040	NC_007384	CCA	2	6	292349	292354	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161986584
5041	NC_007384	GAT	2	6	292392	292397	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161986584
5042	NC_007384	ATCG	2	8	292401	292408	25 %	25 %	25 %	25 %	161986584
5043	NC_007384	CG	3	6	292427	292432	0 %	0 %	50 %	50 %	161986584
5044	NC_007384	CGA	2	6	292471	292476	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161986584
5045	NC_007384	GTG	2	6	292495	292500	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161986584
5046	NC_007384	TCT	2	6	292531	292536	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161986584
5047	NC_007384	CAG	2	6	292545	292550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161986584
5048	NC_007384	CTG	2	6	292650	292655	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161986584
5049	NC_007384	GCA	2	6	292811	292816	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161986584
5050	NC_007384	GCA	2	6	292889	292894	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161986584
5051	NC_007384	CCG	2	6	292927	292932	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161986584
5052	NC_007384	T	6	6	292938	292943	0 %	100 %	0 %	0 %	161986584
5053	NC_007384	ATC	2	6	292948	292953	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161986584
5054	NC_007384	GAA	2	6	292956	292961	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161986584
5055	NC_007384	CGG	2	6	292992	292997	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	161986584
5056	NC_007384	CTT	2	6	293048	293053	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161986584
5057	NC_007384	CGG	2	6	293084	293089	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	161986584
5058	NC_007384	GGT	2	6	293163	293168	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161986584
5059	NC_007384	CTT	2	6	293183	293188	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161986584
5060	NC_007384	CGG	2	6	293205	293210	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	161986584
5061	NC_007384	ATC	2	6	293248	293253	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161986584
5062	NC_007384	GGC	2	6	293343	293348	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	161986584
5063	NC_007384	CTG	2	6	293371	293376	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161986584
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5065	NC_007384	AAC	2	6	293401	293406	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161986584
5066	NC_007384	ATC	2	6	293443	293448	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161986584
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5069	NC_007384	CGG	2	6	293845	293850	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310864
5070	NC_007384	CTG	2	6	294032	294037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310864
5071	NC_007384	GCG	2	6	294086	294091	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310864
5072	NC_007384	CGG	2	6	294133	294138	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310864
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5074	NC_007384	CGG	2	6	294153	294158	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310864
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5079	NC_007384	CTG	2	6	294875	294880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310865
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5084	NC_007384	GC	3	6	295060	295065	0 %	0 %	50 %	50 %	74310865
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5088	NC_007384	AGT	2	6	295340	295345	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310866
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5091	NC_007384	ATC	2	6	295552	295557	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310866
5092	NC_007384	GTA	2	6	295623	295628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310866
5093	NC_007384	GCC	2	6	295716	295721	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310866
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5101	NC_007384	TC	3	6	296138	296143	0 %	50 %	0 %	50 %	74310867
5102	NC_007384	GGT	2	6	296236	296241	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310867
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5105	NC_007384	AAAT	2	8	296407	296414	75 %	25 %	0 %	0 %	74310868
5106	NC_007384	TGAT	2	8	296463	296470	25 %	50 %	25 %	0 %	74310868
5107	NC_007384	CG	3	6	296522	296527	0 %	0 %	50 %	50 %	74310868
5108	NC_007384	CCG	2	6	296589	296594	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310868
5109	NC_007384	TTC	2	6	296600	296605	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310868
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5112	NC_007384	TTGCT	2	10	296904	296913	0 %	60 %	20 %	20 %	74310869
5113	NC_007384	TTC	2	6	296921	296926	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310869
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5120	NC_007384	GGC	2	6	297267	297272	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310869
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5122	NC_007384	ACA	2	6	297322	297327	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310869
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5246	NC_007384	TCG	2	6	306687	306692	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310877
5247	NC_007384	CGG	2	6	306727	306732	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310877
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5253	NC_007384	TCAG	2	8	307041	307048	25 %	25 %	25 %	25 %	74310878
5254	NC_007384	T	6	6	307154	307159	0 %	100 %	0 %	0 %	74310878
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5257	NC_007384	GCCA	2	8	307310	307317	25 %	0 %	25 %	50 %	74310878
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5362	NC_007384	AAGC	2	8	313508	313515	50 %	0 %	25 %	25 %	74310884
5363	NC_007384	A	7	7	313548	313554	100 %	0 %	0 %	0 %	74310884
5364	NC_007384	A	6	6	313566	313571	100 %	0 %	0 %	0 %	74310884
5365	NC_007384	ATC	2	6	313601	313606	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310884
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5367	NC_007384	AGCGA	2	10	313655	313664	40 %	0 %	40 %	20 %	74310884
5368	NC_007384	CGA	2	6	313711	313716	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310884
5369	NC_007384	GGC	2	6	313766	313771	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310884
5370	NC_007384	CGT	2	6	313799	313804	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310884
5371	NC_007384	GC	3	6	313841	313846	0 %	0 %	50 %	50 %	74310884
5372	NC_007384	TCGCT	2	10	313866	313875	0 %	40 %	20 %	40 %	74310884
5373	NC_007384	CGG	2	6	313986	313991	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310884
5374	NC_007384	TGC	2	6	314040	314045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310884
5375	NC_007384	GTG	2	6	314079	314084	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310884
5376	NC_007384	GGT	2	6	314138	314143	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310884
5377	NC_007384	TGA	2	6	314167	314172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310884
5378	NC_007384	CAAA	2	8	314302	314309	75 %	0 %	0 %	25 %	74310884
5379	NC_007384	GCG	2	6	314319	314324	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310884
5380	NC_007384	GCAG	2	8	314362	314369	25 %	0 %	50 %	25 %	74310884
5381	NC_007384	GGT	2	6	314380	314385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310884
5382	NC_007384	CA	3	6	314491	314496	50 %	0 %	0 %	50 %	74310884
5383	NC_007384	CGG	2	6	314602	314607	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310884
5384	NC_007384	CA	3	6	314641	314646	50 %	0 %	0 %	50 %	74310884
5385	NC_007384	CG	3	6	314656	314661	0 %	0 %	50 %	50 %	74310884
5386	NC_007384	TAAA	2	8	314732	314739	75 %	25 %	0 %	0 %	74310884
5387	NC_007384	T	7	7	316675	316681	0 %	100 %	0 %	0 %	74310885
5388	NC_007384	AGC	2	6	316683	316688	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310885
5389	NC_007384	TGA	2	6	316693	316698	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310885
5390	NC_007384	GAC	2	6	316745	316750	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310885
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5392	NC_007384	CAGAC	2	10	316914	316923	40 %	0 %	20 %	40 %	74310885
5393	NC_007384	GTG	2	6	316977	316982	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310885
5394	NC_007384	TG	3	6	317131	317136	0 %	50 %	50 %	0 %	74310885
5395	NC_007384	CAG	2	6	317199	317204	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310885
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5397	NC_007384	GCC	2	6	317351	317356	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310885
5398	NC_007384	T	7	7	317579	317585	0 %	100 %	0 %	0 %	74310886
5399	NC_007384	AT	3	6	317587	317592	50 %	50 %	0 %	0 %	74310886
5400	NC_007384	GGC	2	6	317693	317698	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310886
5401	NC_007384	ATT	2	6	317835	317840	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310886
5402	NC_007384	ACGA	2	8	318616	318623	50 %	0 %	25 %	25 %	74310887
5403	NC_007384	CCAT	2	8	318640	318647	25 %	25 %	0 %	50 %	74310887
5404	NC_007384	AC	3	6	318651	318656	50 %	0 %	0 %	50 %	74310887
5405	NC_007384	GACT	2	8	318676	318683	25 %	25 %	25 %	25 %	74310887
5406	NC_007384	ATGCTG	2	12	318687	318698	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	74310887
5407	NC_007384	CTG	2	6	318737	318742	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310887
5408	NC_007384	CTG	2	6	318927	318932	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310887
5409	NC_007384	CGC	2	6	318984	318989	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310887
5410	NC_007384	TG	3	6	319010	319015	0 %	50 %	50 %	0 %	74310887
5411	NC_007384	GCA	2	6	319071	319076	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310887
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5415	NC_007384	GGC	2	6	319275	319280	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310887
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5418	NC_007384	GCTG	2	8	319405	319412	0 %	25 %	50 %	25 %	74310887
5419	NC_007384	GGCA	2	8	319486	319493	25 %	0 %	50 %	25 %	74310887
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5422	NC_007384	A	6	6	320122	320127	100 %	0 %	0 %	0 %	74310888
5423	NC_007384	GCTG	2	8	320234	320241	0 %	25 %	50 %	25 %	74310888
5424	NC_007384	GTT	2	6	320272	320277	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310888
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5430	NC_007384	AGGCA	2	10	320655	320664	40 %	0 %	40 %	20 %	74310889
5431	NC_007384	CAA	2	6	320669	320674	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310889
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5442	NC_007384	AATG	2	8	321292	321299	50 %	25 %	25 %	0 %	74310889
5443	NC_007384	CTG	2	6	321345	321350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310889
5444	NC_007384	GTC	2	6	321414	321419	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310889
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5452	NC_007384	A	7	7	321947	321953	100 %	0 %	0 %	0 %	74310890
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5470	NC_007384	TGA	2	6	323804	323809	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310892
5471	NC_007384	GATC	2	8	323906	323913	25 %	25 %	25 %	25 %	74310892
5472	NC_007384	CAC	2	6	324078	324083	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310892
5473	NC_007384	CCA	2	6	324176	324181	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310892
5474	NC_007384	TCA	2	6	324267	324272	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310893
5475	NC_007384	TGGCGG	2	12	324315	324326	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	74310893
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5479	NC_007384	CGT	2	6	324423	324428	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310893
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5481	NC_007384	TGAA	2	8	324470	324477	50 %	25 %	25 %	0 %	74310893
5482	NC_007384	CG	3	6	324490	324495	0 %	0 %	50 %	50 %	74310893
5483	NC_007384	CTG	2	6	324499	324504	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310893
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5487	NC_007384	CCG	2	6	324680	324685	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310893
5488	NC_007384	GGC	2	6	324737	324742	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310893
5489	NC_007384	ACGTA	2	10	324772	324781	40 %	20 %	20 %	20 %	74310893
5490	NC_007384	CGG	2	6	324796	324801	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310893
5491	NC_007384	CCG	2	6	324816	324821	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310893
5492	NC_007384	ATC	2	6	324836	324841	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310893
5493	NC_007384	TTG	2	6	324865	324870	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310893
5494	NC_007384	AGC	2	6	324881	324886	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310893
5495	NC_007384	CCCTGC	2	12	324965	324976	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	74310893
5496	NC_007384	ATG	2	6	324986	324991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310893
5497	NC_007384	CGCC	2	8	325002	325009	0 %	0 %	25 %	75 %	74310893
5498	NC_007384	CG	3	6	325046	325051	0 %	0 %	50 %	50 %	74310893
5499	NC_007384	GCA	2	6	325101	325106	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310893
5500	NC_007384	GCT	2	6	325146	325151	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310893

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