MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM2

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003385	TC	3	6	883	888	0 %	50 %	0 %	50 %	18466669
2	NC_003385	CG	4	8	3298	3305	0 %	0 %	50 %	50 %	18466673
3	NC_003385	AG	3	6	3410	3415	50 %	0 %	50 %	0 %	18466673
4	NC_003385	CG	3	6	4544	4549	0 %	0 %	50 %	50 %	18466675
5	NC_003385	GA	3	6	4717	4722	50 %	0 %	50 %	0 %	18466675
6	NC_003385	GT	3	6	5337	5342	0 %	50 %	50 %	0 %	18466676
7	NC_003385	CA	3	6	5905	5910	50 %	0 %	0 %	50 %	18466676
8	NC_003385	GA	3	6	6372	6377	50 %	0 %	50 %	0 %	18466677
9	NC_003385	GA	4	8	6559	6566	50 %	0 %	50 %	0 %	18466677
10	NC_003385	CG	3	6	9326	9331	0 %	0 %	50 %	50 %	18466680
11	NC_003385	CT	3	6	9840	9845	0 %	50 %	0 %	50 %	18466680
12	NC_003385	AC	3	6	10591	10596	50 %	0 %	0 %	50 %	18466680
13	NC_003385	TC	3	6	11520	11525	0 %	50 %	0 %	50 %	18466680
14	NC_003385	AC	3	6	12259	12264	50 %	0 %	0 %	50 %	18466681
15	NC_003385	GA	3	6	12817	12822	50 %	0 %	50 %	0 %	18466681
16	NC_003385	TG	3	6	14258	14263	0 %	50 %	50 %	0 %	18466682
17	NC_003385	TG	3	6	14883	14888	0 %	50 %	50 %	0 %	18466682
18	NC_003385	TC	5	10	15986	15995	0 %	50 %	0 %	50 %	18466684
19	NC_003385	CT	3	6	16144	16149	0 %	50 %	0 %	50 %	18466684
20	NC_003385	CA	3	6	16840	16845	50 %	0 %	0 %	50 %	18466685
21	NC_003385	CG	3	6	16904	16909	0 %	0 %	50 %	50 %	18466685
22	NC_003385	AC	3	6	17021	17026	50 %	0 %	0 %	50 %	18466685
23	NC_003385	GT	3	6	18003	18008	0 %	50 %	50 %	0 %	18466687
24	NC_003385	CA	3	6	19046	19051	50 %	0 %	0 %	50 %	18466690
25	NC_003385	TA	3	6	20141	20146	50 %	50 %	0 %	0 %	18466692
26	NC_003385	AG	3	6	20296	20301	50 %	0 %	50 %	0 %	18466692
27	NC_003385	AG	3	6	21355	21360	50 %	0 %	50 %	0 %	18466693
28	NC_003385	CA	3	6	24292	24297	50 %	0 %	0 %	50 %	18466698
29	NC_003385	GT	3	6	24451	24456	0 %	50 %	50 %	0 %	18466699
30	NC_003385	CG	3	6	25683	25688	0 %	0 %	50 %	50 %	18466700
31	NC_003385	CG	3	6	26927	26932	0 %	0 %	50 %	50 %	18466703
32	NC_003385	CG	3	6	27077	27082	0 %	0 %	50 %	50 %	18466703
33	NC_003385	GC	3	6	27878	27883	0 %	0 %	50 %	50 %	18466704
34	NC_003385	CA	4	8	28946	28953	50 %	0 %	0 %	50 %	18466705
35	NC_003385	TG	3	6	31136	31141	0 %	50 %	50 %	0 %	18466706
36	NC_003385	AG	3	6	31425	31430	50 %	0 %	50 %	0 %	18466707
37	NC_003385	AG	3	6	31615	31620	50 %	0 %	50 %	0 %	18466707
38	NC_003385	CT	3	6	32477	32482	0 %	50 %	0 %	50 %	18466708
39	NC_003385	AT	3	6	34021	34026	50 %	50 %	0 %	0 %	18466709
40	NC_003385	CG	3	6	34752	34757	0 %	0 %	50 %	50 %	18466711
41	NC_003385	CA	3	6	40477	40482	50 %	0 %	0 %	50 %	18466717
42	NC_003385	CT	3	6	41138	41143	0 %	50 %	0 %	50 %	18466717
43	NC_003385	AG	3	6	41227	41232	50 %	0 %	50 %	0 %	18466717
44	NC_003385	CT	3	6	42055	42060	0 %	50 %	0 %	50 %	18466717
45	NC_003385	AG	3	6	42439	42444	50 %	0 %	50 %	0 %	18466717
46	NC_003385	GC	3	6	43440	43445	0 %	0 %	50 %	50 %	18466717
47	NC_003385	GT	3	6	45338	45343	0 %	50 %	50 %	0 %	18466719
48	NC_003385	AC	3	6	46312	46317	50 %	0 %	0 %	50 %	18466720
49	NC_003385	AC	3	6	46618	46623	50 %	0 %	0 %	50 %	18466720
50	NC_003385	CG	3	6	46990	46995	0 %	0 %	50 %	50 %	18466721
51	NC_003385	CT	3	6	47437	47442	0 %	50 %	0 %	50 %	18466722
52	NC_003385	GA	3	6	48744	48749	50 %	0 %	50 %	0 %	18466722
53	NC_003385	AG	3	6	48994	48999	50 %	0 %	50 %	0 %	18466722
54	NC_003385	GA	4	8	50425	50432	50 %	0 %	50 %	0 %	18466722
55	NC_003385	CG	3	6	52018	52023	0 %	0 %	50 %	50 %	18466723
56	NC_003385	CT	3	6	53836	53841	0 %	50 %	0 %	50 %	18466727
57	NC_003385	GA	3	6	53910	53915	50 %	0 %	50 %	0 %	18466727
58	NC_003385	GT	3	6	55123	55128	0 %	50 %	50 %	0 %	18466729
59	NC_003385	AG	3	6	57026	57031	50 %	0 %	50 %	0 %	18466732
60	NC_003385	AG	3	6	59111	59116	50 %	0 %	50 %	0 %	18466734
61	NC_003385	CG	4	8	59823	59830	0 %	0 %	50 %	50 %	18466734
62	NC_003385	CA	3	6	60801	60806	50 %	0 %	0 %	50 %	18466735
63	NC_003385	CG	3	6	61516	61521	0 %	0 %	50 %	50 %	18466735
64	NC_003385	CA	3	6	61569	61574	50 %	0 %	0 %	50 %	18466735
65	NC_003385	GT	3	6	62213	62218	0 %	50 %	50 %	0 %	18466736
66	NC_003385	AG	3	6	64794	64799	50 %	0 %	50 %	0 %	18466741
67	NC_003385	GA	3	6	65620	65625	50 %	0 %	50 %	0 %	18466742
68	NC_003385	AG	3	6	67535	67540	50 %	0 %	50 %	0 %	18466743
69	NC_003385	CG	3	6	68360	68365	0 %	0 %	50 %	50 %	18466746
70	NC_003385	TC	3	6	68407	68412	0 %	50 %	0 %	50 %	18466746
71	NC_003385	GA	3	6	68545	68550	50 %	0 %	50 %	0 %	18466746
72	NC_003385	GT	3	6	68735	68740	0 %	50 %	50 %	0 %	18466746
73	NC_003385	GA	3	6	69014	69019	50 %	0 %	50 %	0 %	18466747
74	NC_003385	CA	3	6	69596	69601	50 %	0 %	0 %	50 %	18466748
75	NC_003385	GC	3	6	70351	70356	0 %	0 %	50 %	50 %	18466749
76	NC_003385	GT	3	6	72434	72439	0 %	50 %	50 %	0 %	18466752
77	NC_003385	CG	4	8	72835	72842	0 %	0 %	50 %	50 %	18466753
78	NC_003385	GA	3	6	74116	74121	50 %	0 %	50 %	0 %	18466757
79	NC_003385	TC	4	8	78654	78661	0 %	50 %	0 %	50 %	18466763
80	NC_003385	TC	4	8	78907	78914	0 %	50 %	0 %	50 %	18466764
81	NC_003385	CT	3	6	79028	79033	0 %	50 %	0 %	50 %	18466764
82	NC_003385	GT	3	6	79269	79274	0 %	50 %	50 %	0 %	18466765
83	NC_003385	CT	3	6	80612	80617	0 %	50 %	0 %	50 %	18466768
84	NC_003385	CG	3	6	80710	80715	0 %	0 %	50 %	50 %	18466768
85	NC_003385	AC	3	6	80777	80782	50 %	0 %	0 %	50 %	18466768
86	NC_003385	TC	3	6	80973	80978	0 %	50 %	0 %	50 %	18466768
87	NC_003385	TC	3	6	81086	81091	0 %	50 %	0 %	50 %	18466768
88	NC_003385	CT	3	6	81536	81541	0 %	50 %	0 %	50 %	18466769
89	NC_003385	AG	3	6	81552	81557	50 %	0 %	50 %	0 %	18466769
90	NC_003385	AG	3	6	81673	81678	50 %	0 %	50 %	0 %	18466769
91	NC_003385	AG	3	6	82526	82531	50 %	0 %	50 %	0 %	18466769
92	NC_003385	CA	3	6	85727	85732	50 %	0 %	0 %	50 %	18466774
93	NC_003385	AG	3	6	87815	87820	50 %	0 %	50 %	0 %	18466777
94	NC_003385	AG	3	6	88758	88763	50 %	0 %	50 %	0 %	18466778
95	NC_003385	TC	3	6	89056	89061	0 %	50 %	0 %	50 %	18466779
96	NC_003385	AG	3	6	89101	89106	50 %	0 %	50 %	0 %	18466779
97	NC_003385	GT	3	6	90214	90219	0 %	50 %	50 %	0 %	18466781
98	NC_003385	CG	3	6	90297	90302	0 %	0 %	50 %	50 %	18466781
99	NC_003385	CG	3	6	91331	91336	0 %	0 %	50 %	50 %	18466783
100	NC_003385	CA	3	6	91571	91576	50 %	0 %	0 %	50 %	18466783
101	NC_003385	CA	3	6	92713	92718	50 %	0 %	0 %	50 %	18466784
102	NC_003385	AT	3	6	92864	92869	50 %	50 %	0 %	0 %	18466785
103	NC_003385	GT	3	6	93619	93624	0 %	50 %	50 %	0 %	18466785
104	NC_003385	CT	3	6	94168	94173	0 %	50 %	0 %	50 %	18466786
105	NC_003385	CG	3	6	94268	94273	0 %	0 %	50 %	50 %	18466786
106	NC_003385	AG	3	6	95931	95936	50 %	0 %	50 %	0 %	18466787
107	NC_003385	CG	3	6	96650	96655	0 %	0 %	50 %	50 %	18466787
108	NC_003385	CG	3	6	97170	97175	0 %	0 %	50 %	50 %	18466787
109	NC_003385	GA	3	6	97204	97209	50 %	0 %	50 %	0 %	18466787
110	NC_003385	CG	3	6	98422	98427	0 %	0 %	50 %	50 %	18466789
111	NC_003385	AG	3	6	99036	99041	50 %	0 %	50 %	0 %	18466790
112	NC_003385	TG	3	6	99256	99261	0 %	50 %	50 %	0 %	18466790
113	NC_003385	GT	3	6	100354	100359	0 %	50 %	50 %	0 %	18466790
114	NC_003385	AG	3	6	100505	100510	50 %	0 %	50 %	0 %	18466790
115	NC_003385	AG	3	6	101698	101703	50 %	0 %	50 %	0 %	18466792
116	NC_003385	GC	3	6	103023	103028	0 %	0 %	50 %	50 %	18466794
117	NC_003385	GT	3	6	103758	103763	0 %	50 %	50 %	0 %	18466795

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.