MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM2

Total Repeats: 218

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003385	CAAC	2	8	30	37	50 %	0 %	0 %	50 %	18466667
2	NC_003385	GCTG	2	8	621	628	0 %	25 %	50 %	25 %	18466668
3	NC_003385	ATAA	2	8	1284	1291	75 %	25 %	0 %	0 %	18466670
4	NC_003385	CCCA	2	8	1972	1979	25 %	0 %	0 %	75 %	18466671
5	NC_003385	TACC	2	8	2000	2007	25 %	25 %	0 %	50 %	18466671
6	NC_003385	TTAC	2	8	2489	2496	25 %	50 %	0 %	25 %	18466671
7	NC_003385	TGAG	2	8	2513	2520	25 %	25 %	50 %	0 %	18466672
8	NC_003385	ATAA	2	8	2584	2591	75 %	25 %	0 %	0 %	18466672
9	NC_003385	TCGC	2	8	2820	2827	0 %	25 %	25 %	50 %	18466673
10	NC_003385	TCCT	2	8	2959	2966	0 %	50 %	0 %	50 %	18466673
11	NC_003385	AACA	2	8	4154	4161	75 %	0 %	0 %	25 %	18466675
12	NC_003385	TGGG	2	8	4258	4265	0 %	25 %	75 %	0 %	18466675
13	NC_003385	ATCC	2	8	4909	4916	25 %	25 %	0 %	50 %	18466675
14	NC_003385	CAGC	2	8	5152	5159	25 %	0 %	25 %	50 %	18466676
15	NC_003385	CAGA	2	8	5797	5804	50 %	0 %	25 %	25 %	18466676
16	NC_003385	GGTT	2	8	6456	6463	0 %	50 %	50 %	0 %	18466677
17	NC_003385	AAAT	2	8	7255	7262	75 %	25 %	0 %	0 %	18466678
18	NC_003385	ACGC	2	8	8794	8801	25 %	0 %	25 %	50 %	18466680
19	NC_003385	AGCG	2	8	9952	9959	25 %	0 %	50 %	25 %	18466680
20	NC_003385	TTCA	2	8	10292	10299	25 %	50 %	0 %	25 %	18466680
21	NC_003385	CAGC	2	8	10663	10670	25 %	0 %	25 %	50 %	18466680
22	NC_003385	TCGC	2	8	11004	11011	0 %	25 %	25 %	50 %	18466680
23	NC_003385	TGGA	2	8	11830	11837	25 %	25 %	50 %	0 %	18466681
24	NC_003385	TGGC	2	8	11930	11937	0 %	25 %	50 %	25 %	18466681
25	NC_003385	CAGC	2	8	12022	12029	25 %	0 %	25 %	50 %	18466681
26	NC_003385	CTGG	2	8	12250	12257	0 %	25 %	50 %	25 %	18466681
27	NC_003385	CGAG	2	8	12369	12376	25 %	0 %	50 %	25 %	18466681
28	NC_003385	ACGC	2	8	13698	13705	25 %	0 %	25 %	50 %	18466682
29	NC_003385	GCTC	2	8	13839	13846	0 %	25 %	25 %	50 %	18466682
30	NC_003385	AAAG	2	8	14785	14792	75 %	0 %	25 %	0 %	18466682
31	NC_003385	GCGA	2	8	15403	15410	25 %	0 %	50 %	25 %	18466683
32	NC_003385	ATCA	2	8	16968	16975	50 %	25 %	0 %	25 %	18466685
33	NC_003385	CACT	2	8	17350	17357	25 %	25 %	0 %	50 %	18466686
34	NC_003385	TGTA	2	8	17375	17382	25 %	50 %	25 %	0 %	18466686
35	NC_003385	ACGC	2	8	19155	19162	25 %	0 %	25 %	50 %	18466691
36	NC_003385	CAGG	2	8	19250	19257	25 %	0 %	50 %	25 %	18466691
37	NC_003385	GGAA	2	8	19534	19541	50 %	0 %	50 %	0 %	18466691
38	NC_003385	AGGT	2	8	19636	19643	25 %	25 %	50 %	0 %	18466691
39	NC_003385	GTTT	2	8	19877	19884	0 %	75 %	25 %	0 %	18466691
40	NC_003385	ATAG	2	8	20510	20517	50 %	25 %	25 %	0 %	18466692
41	NC_003385	GTAA	2	8	20890	20897	50 %	25 %	25 %	0 %	18466693
42	NC_003385	AGCG	2	8	21339	21346	25 %	0 %	50 %	25 %	18466693
43	NC_003385	ACTC	2	8	21530	21537	25 %	25 %	0 %	50 %	18466694
44	NC_003385	GATT	2	8	21620	21627	25 %	50 %	25 %	0 %	18466694
45	NC_003385	TGTC	2	8	21821	21828	0 %	50 %	25 %	25 %	18466694
46	NC_003385	AGAA	2	8	22560	22567	75 %	0 %	25 %	0 %	18466695
47	NC_003385	TGGC	2	8	23953	23960	0 %	25 %	50 %	25 %	18466696
48	NC_003385	GCCG	2	8	24018	24025	0 %	0 %	50 %	50 %	18466696
49	NC_003385	AGGT	2	8	24031	24038	25 %	25 %	50 %	0 %	18466696
50	NC_003385	GCCA	2	8	24040	24047	25 %	0 %	25 %	50 %	18466696
51	NC_003385	CCTG	2	8	24145	24152	0 %	25 %	25 %	50 %	18466697
52	NC_003385	AGTG	2	8	24257	24264	25 %	25 %	50 %	0 %	18466698
53	NC_003385	GTGG	2	8	24654	24661	0 %	25 %	75 %	0 %	18466700
54	NC_003385	ACGA	2	8	24775	24782	50 %	0 %	25 %	25 %	18466700
55	NC_003385	GAAA	2	8	27532	27539	75 %	0 %	25 %	0 %	18466704
56	NC_003385	ATTT	2	8	28090	28097	25 %	75 %	0 %	0 %	18466704
57	NC_003385	CAGT	2	8	28419	28426	25 %	25 %	25 %	25 %	18466704
58	NC_003385	GTCT	2	8	28521	28528	0 %	50 %	25 %	25 %	18466704
59	NC_003385	GCTT	2	8	28741	28748	0 %	50 %	25 %	25 %	18466705
60	NC_003385	TCAT	2	8	28831	28838	25 %	50 %	0 %	25 %	18466705
61	NC_003385	TGTT	2	8	28959	28966	0 %	75 %	25 %	0 %	18466705
62	NC_003385	CTTC	2	8	29333	29340	0 %	50 %	0 %	50 %	18466705
63	NC_003385	CAGA	2	8	30373	30380	50 %	0 %	25 %	25 %	18466706
64	NC_003385	CCAC	2	8	31855	31862	25 %	0 %	0 %	75 %	18466707
65	NC_003385	GAAA	2	8	32290	32297	75 %	0 %	25 %	0 %	18466708
66	NC_003385	GAAA	2	8	32421	32428	75 %	0 %	25 %	0 %	18466708
67	NC_003385	GATG	2	8	32547	32554	25 %	25 %	50 %	0 %	18466708
68	NC_003385	GAAT	2	8	33198	33205	50 %	25 %	25 %	0 %	18466708
69	NC_003385	TTAA	2	8	33512	33519	50 %	50 %	0 %	0 %	18466709
70	NC_003385	TACA	2	8	33667	33674	50 %	25 %	0 %	25 %	18466709
71	NC_003385	ATTT	2	8	33933	33940	25 %	75 %	0 %	0 %	18466709
72	NC_003385	CTGG	2	8	34431	34438	0 %	25 %	50 %	25 %	18466710
73	NC_003385	GCCT	2	8	34611	34618	0 %	25 %	25 %	50 %	18466711
74	NC_003385	TTTC	2	8	34691	34698	0 %	75 %	0 %	25 %	18466711
75	NC_003385	TTGC	2	8	36410	36417	0 %	50 %	25 %	25 %	18466713
76	NC_003385	GGTA	2	8	37056	37063	25 %	25 %	50 %	0 %	18466714
77	NC_003385	CCGC	2	8	39231	39238	0 %	0 %	25 %	75 %	18466716
78	NC_003385	TCTT	2	8	39409	39416	0 %	75 %	0 %	25 %	18466716
79	NC_003385	TTGC	2	8	39594	39601	0 %	50 %	25 %	25 %	18466716
80	NC_003385	CTGC	2	8	39628	39635	0 %	25 %	25 %	50 %	18466716
81	NC_003385	CTGC	2	8	40015	40022	0 %	25 %	25 %	50 %	18466716
82	NC_003385	ATAG	2	8	40400	40407	50 %	25 %	25 %	0 %	18466717
83	NC_003385	GACG	2	8	40440	40447	25 %	0 %	50 %	25 %	18466717
84	NC_003385	TGTC	2	8	40552	40559	0 %	50 %	25 %	25 %	18466717
85	NC_003385	TCGT	2	8	41059	41066	0 %	50 %	25 %	25 %	18466717
86	NC_003385	TTGA	2	8	42691	42698	25 %	50 %	25 %	0 %	18466717
87	NC_003385	CATT	2	8	42944	42951	25 %	50 %	0 %	25 %	18466717
88	NC_003385	AGGA	2	8	43198	43205	50 %	0 %	50 %	0 %	18466717
89	NC_003385	TGCG	2	8	43247	43254	0 %	25 %	50 %	25 %	18466717
90	NC_003385	GACG	2	8	43426	43433	25 %	0 %	50 %	25 %	18466717
91	NC_003385	ACGA	2	8	43898	43905	50 %	0 %	25 %	25 %	18466717
92	NC_003385	CCAA	2	8	43948	43955	50 %	0 %	0 %	50 %	18466717
93	NC_003385	CCAC	2	8	44006	44013	25 %	0 %	0 %	75 %	18466717
94	NC_003385	CTGC	2	8	44842	44849	0 %	25 %	25 %	50 %	18466718
95	NC_003385	AACT	2	8	45278	45285	50 %	25 %	0 %	25 %	18466718
96	NC_003385	TGAA	2	8	45455	45462	50 %	25 %	25 %	0 %	18466719
97	NC_003385	TTCG	2	8	45994	46001	0 %	50 %	25 %	25 %	18466719
98	NC_003385	AGAT	2	8	46022	46029	50 %	25 %	25 %	0 %	18466719
99	NC_003385	GCGT	2	8	46136	46143	0 %	25 %	50 %	25 %	18466720
100	NC_003385	CAAC	2	8	46479	46486	50 %	0 %	0 %	50 %	18466720
101	NC_003385	AGTC	2	8	47179	47186	25 %	25 %	25 %	25 %	18466721
102	NC_003385	GTTA	2	8	47234	47241	25 %	50 %	25 %	0 %	18466722
103	NC_003385	ACGC	2	8	47558	47565	25 %	0 %	25 %	50 %	18466722
104	NC_003385	TGCC	2	8	48389	48396	0 %	25 %	25 %	50 %	18466722
105	NC_003385	GCCG	2	8	48831	48838	0 %	0 %	50 %	50 %	18466722
106	NC_003385	CTTC	2	8	48860	48867	0 %	50 %	0 %	50 %	18466722
107	NC_003385	GCCA	2	8	49758	49765	25 %	0 %	25 %	50 %	18466722
108	NC_003385	AATG	2	8	50010	50017	50 %	25 %	25 %	0 %	18466722
109	NC_003385	AGCC	2	8	50091	50098	25 %	0 %	25 %	50 %	18466722
110	NC_003385	AGCC	2	8	50301	50308	25 %	0 %	25 %	50 %	18466722
111	NC_003385	CGAA	2	8	50369	50376	50 %	0 %	25 %	25 %	18466722
112	NC_003385	CGCA	2	8	50547	50554	25 %	0 %	25 %	50 %	18466722
113	NC_003385	CGCC	2	8	51130	51137	0 %	0 %	25 %	75 %	18466722
114	NC_003385	CATC	2	8	51251	51258	25 %	25 %	0 %	50 %	18466722
115	NC_003385	GCGA	2	8	51985	51992	25 %	0 %	50 %	25 %	18466723
116	NC_003385	CAGT	2	8	52262	52269	25 %	25 %	25 %	25 %	18466724
117	NC_003385	TCAA	2	8	53417	53424	50 %	25 %	0 %	25 %	18466726
118	NC_003385	AACC	2	8	53470	53477	50 %	0 %	0 %	50 %	18466726
119	NC_003385	TGGC	2	8	53670	53677	0 %	25 %	50 %	25 %	18466726
120	NC_003385	CAGA	2	8	54790	54797	50 %	0 %	25 %	25 %	18466729
121	NC_003385	CAAT	2	8	54930	54937	50 %	25 %	0 %	25 %	18466729
122	NC_003385	GCGG	2	8	55000	55007	0 %	0 %	75 %	25 %	18466729
123	NC_003385	TGAA	2	8	56644	56651	50 %	25 %	25 %	0 %	18466731
124	NC_003385	ACGG	2	8	56709	56716	25 %	0 %	50 %	25 %	18466731
125	NC_003385	AAGC	2	8	56763	56770	50 %	0 %	25 %	25 %	18466731
126	NC_003385	GCTC	2	8	56791	56798	0 %	25 %	25 %	50 %	18466731
127	NC_003385	GCAG	2	8	57153	57160	25 %	0 %	50 %	25 %	18466732
128	NC_003385	TGCT	2	8	57165	57172	0 %	50 %	25 %	25 %	18466732
129	NC_003385	CGAT	2	8	57770	57777	25 %	25 %	25 %	25 %	18466732
130	NC_003385	TTCT	2	8	58095	58102	0 %	75 %	0 %	25 %	18466733
131	NC_003385	GGCT	2	8	58107	58114	0 %	25 %	50 %	25 %	18466733
132	NC_003385	GAAG	2	8	58227	58234	50 %	0 %	50 %	0 %	18466733
133	NC_003385	CATC	2	8	58727	58734	25 %	25 %	0 %	50 %	18466733
134	NC_003385	TAAG	2	8	58874	58881	50 %	25 %	25 %	0 %	18466734
135	NC_003385	GTCA	2	8	59068	59075	25 %	25 %	25 %	25 %	18466734
136	NC_003385	CCAT	2	8	59139	59146	25 %	25 %	0 %	50 %	18466734
137	NC_003385	GCTG	2	8	59502	59509	0 %	25 %	50 %	25 %	18466734
138	NC_003385	CGCC	2	8	60260	60267	0 %	0 %	25 %	75 %	18466734
139	NC_003385	GTCA	2	8	60355	60362	25 %	25 %	25 %	25 %	18466734
140	NC_003385	CGTG	2	8	60716	60723	0 %	25 %	50 %	25 %	18466735
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142	NC_003385	TTTG	2	8	62744	62751	0 %	75 %	25 %	0 %	18466737
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.