MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM1

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003384	ACTAA	2	10	7881	7890	60 %	20 %	0 %	20 %	18466440
2	NC_003384	GTCAT	2	10	8299	8308	20 %	40 %	20 %	20 %	18466441
3	NC_003384	ATTTT	2	10	9418	9427	20 %	80 %	0 %	0 %	18466443
4	NC_003384	CAGAT	2	10	9702	9711	40 %	20 %	20 %	20 %	18466444
5	NC_003384	CTCAT	2	10	9853	9862	20 %	40 %	0 %	40 %	18466444
6	NC_003384	TGCGG	2	10	16217	16226	0 %	20 %	60 %	20 %	18466452
7	NC_003384	CATGC	2	10	20303	20312	20 %	20 %	20 %	40 %	18466457
8	NC_003384	TGCTC	2	10	22170	22179	0 %	40 %	20 %	40 %	18466461
9	NC_003384	AAGGC	2	10	23074	23083	40 %	0 %	40 %	20 %	18466462
10	NC_003384	GAAGA	2	10	23286	23295	60 %	0 %	40 %	0 %	18466462
11	NC_003384	GATGT	2	10	25468	25477	20 %	40 %	40 %	0 %	18466464
12	NC_003384	ATTTC	2	10	26218	26227	20 %	60 %	0 %	20 %	18466464
13	NC_003384	ACACC	2	10	26881	26890	40 %	0 %	0 %	60 %	18466465
14	NC_003384	CATTT	2	10	28923	28932	20 %	60 %	0 %	20 %	18466469
15	NC_003384	GGTTT	2	10	31714	31723	0 %	60 %	40 %	0 %	18466472
16	NC_003384	TAAGC	2	10	35697	35706	40 %	20 %	20 %	20 %	18466474
17	NC_003384	TCGCG	2	10	37162	37171	0 %	20 %	40 %	40 %	18466475
18	NC_003384	TTGAA	2	10	38135	38144	40 %	40 %	20 %	0 %	18466476
19	NC_003384	AACCT	2	10	44606	44615	40 %	20 %	0 %	40 %	18466482
20	NC_003384	ATTCT	2	10	44830	44839	20 %	60 %	0 %	20 %	18466483
21	NC_003384	TCCCC	2	10	49951	49960	0 %	20 %	0 %	80 %	18466489
22	NC_003384	AATGA	2	10	50283	50292	60 %	20 %	20 %	0 %	18466490
23	NC_003384	GCAGT	2	10	50547	50556	20 %	20 %	40 %	20 %	18466490
24	NC_003384	GCTTT	2	10	53800	53809	0 %	60 %	20 %	20 %	18466491
25	NC_003384	GCTCT	2	10	57884	57893	0 %	40 %	20 %	40 %	18466492
26	NC_003384	TTACA	2	10	58116	58125	40 %	40 %	0 %	20 %	18466493
27	NC_003384	TCAGA	2	10	59867	59876	40 %	20 %	20 %	20 %	18466495
28	NC_003384	GTAAG	2	10	60059	60068	40 %	20 %	40 %	0 %	18466495
29	NC_003384	CCCGG	2	10	66248	66257	0 %	0 %	40 %	60 %	18466503
30	NC_003384	ATGGT	2	10	67750	67759	20 %	40 %	40 %	0 %	18466503
31	NC_003384	GAAGC	2	10	68875	68884	40 %	0 %	40 %	20 %	18466503
32	NC_003384	GCAAG	2	10	71310	71319	40 %	0 %	40 %	20 %	18466505
33	NC_003384	GAAGA	2	10	72132	72141	60 %	0 %	40 %	0 %	18466505
34	NC_003384	GTTCA	2	10	74479	74488	20 %	40 %	20 %	20 %	18466507
35	NC_003384	ACTGG	2	10	76100	76109	20 %	20 %	40 %	20 %	18466507
36	NC_003384	CAATA	2	10	77452	77461	60 %	20 %	0 %	20 %	18466508
37	NC_003384	CAAGA	2	10	77934	77943	60 %	0 %	20 %	20 %	18466508
38	NC_003384	CATGA	2	10	79091	79100	40 %	20 %	20 %	20 %	18466509
39	NC_003384	TGAAC	2	10	83496	83505	40 %	20 %	20 %	20 %	32765047
40	NC_003384	CAGAT	2	10	83870	83879	40 %	20 %	20 %	20 %	32765047
41	NC_003384	GAGCA	2	10	83951	83960	40 %	0 %	40 %	20 %	32765047
42	NC_003384	CTGAT	2	10	84516	84525	20 %	40 %	20 %	20 %	18466513
43	NC_003384	TCAAA	2	10	85565	85574	60 %	20 %	0 %	20 %	18466514
44	NC_003384	GATGG	2	10	86510	86519	20 %	20 %	60 %	0 %	18466515
45	NC_003384	GAAGA	2	10	89932	89941	60 %	0 %	40 %	0 %	18466519
46	NC_003384	CTTTT	2	10	94388	94397	0 %	80 %	0 %	20 %	18466523
47	NC_003384	AGTTC	2	10	96534	96543	20 %	40 %	20 %	20 %	18466525
48	NC_003384	ATCAA	2	10	96577	96586	60 %	20 %	0 %	20 %	18466525
49	NC_003384	ACGTT	2	10	99689	99698	20 %	40 %	20 %	20 %	18466528
50	NC_003384	AAGGG	2	10	101984	101993	40 %	0 %	60 %	0 %	18466533
51	NC_003384	CACGA	2	10	102453	102462	40 %	0 %	20 %	40 %	18466534
52	NC_003384	CTGAC	2	10	102927	102936	20 %	20 %	20 %	40 %	18466534
53	NC_003384	GTGTT	2	10	103396	103405	0 %	60 %	40 %	0 %	18466535
54	NC_003384	AAAAC	2	10	104083	104092	80 %	0 %	0 %	20 %	18466535
55	NC_003384	CAGGC	2	10	105483	105492	20 %	0 %	40 %	40 %	18466537
56	NC_003384	GTGTC	2	10	108244	108253	0 %	40 %	40 %	20 %	18466541
57	NC_003384	GAAGC	2	10	111570	111579	40 %	0 %	40 %	20 %	32765048
58	NC_003384	GCAGT	2	10	111629	111638	20 %	20 %	40 %	20 %	32765048
59	NC_003384	GCGCG	2	10	115093	115102	0 %	0 %	60 %	40 %	18466553
60	NC_003384	GGCCT	2	10	116066	116075	0 %	20 %	40 %	40 %	18466555
61	NC_003384	AACCG	2	10	118238	118247	40 %	0 %	20 %	40 %	18466557
62	NC_003384	ATCAC	2	10	119747	119756	40 %	20 %	0 %	40 %	18466560
63	NC_003384	CGAAC	2	10	121139	121148	40 %	0 %	20 %	40 %	18466564
64	NC_003384	ACGGC	2	10	125749	125758	20 %	0 %	40 %	40 %	18466566
65	NC_003384	TCAGC	2	10	131708	131717	20 %	20 %	20 %	40 %	18466572
66	NC_003384	GTGTG	2	10	137063	137072	0 %	40 %	60 %	0 %	18466579
67	NC_003384	TAGCC	2	10	137222	137231	20 %	20 %	20 %	40 %	18466580
68	NC_003384	ACTTC	2	10	141167	141176	20 %	40 %	0 %	40 %	18466584
69	NC_003384	AAGCC	2	10	141380	141389	40 %	0 %	20 %	40 %	18466584
70	NC_003384	ATGGC	2	10	141876	141885	20 %	20 %	40 %	20 %	18466586
71	NC_003384	AACAT	2	10	143248	143257	60 %	20 %	0 %	20 %	18466588
72	NC_003384	ACACC	2	10	143542	143551	40 %	0 %	0 %	60 %	18466588
73	NC_003384	CAATC	2	10	143750	143759	40 %	20 %	0 %	40 %	18466588
74	NC_003384	GAAAC	2	10	146920	146929	60 %	0 %	20 %	20 %	18466589
75	NC_003384	GTTCC	2	10	149361	149370	0 %	40 %	20 %	40 %	18466591
76	NC_003384	GAGAA	2	10	152773	152782	60 %	0 %	40 %	0 %	18466595
77	NC_003384	GGGCG	2	10	155174	155183	0 %	0 %	80 %	20 %	18466598
78	NC_003384	GCCAG	2	10	155673	155682	20 %	0 %	40 %	40 %	18466599
79	NC_003384	TGCTC	2	10	160143	160152	0 %	40 %	20 %	40 %	32765050
80	NC_003384	AGGCC	2	10	160332	160341	20 %	0 %	40 %	40 %	32765050
81	NC_003384	GGCCT	2	10	160773	160782	0 %	20 %	40 %	40 %	18466602
82	NC_003384	GAGCA	2	10	160962	160971	40 %	0 %	40 %	20 %	18466602
83	NC_003384	TGCTC	2	10	163809	163818	0 %	40 %	20 %	40 %	18466604
84	NC_003384	AGGCC	2	10	163998	164007	20 %	0 %	40 %	40 %	18466604
85	NC_003384	GACGT	2	10	164946	164955	20 %	20 %	40 %	20 %	18466605
86	NC_003384	GCTGG	2	10	165611	165620	0 %	20 %	60 %	20 %	18466605
87	NC_003384	GCCTT	2	10	167624	167633	0 %	40 %	20 %	40 %	18466607
88	NC_003384	GGGAG	2	10	167856	167865	20 %	0 %	80 %	0 %	18466608
89	NC_003384	GAGCA	2	10	168819	168828	40 %	0 %	40 %	20 %	18466609
90	NC_003384	GCTGC	2	10	171705	171714	0 %	20 %	40 %	40 %	18466612
91	NC_003384	TGGCG	2	10	173096	173105	0 %	20 %	60 %	20 %	18466613
92	NC_003384	GTCCG	2	10	173751	173760	0 %	20 %	40 %	40 %	18466614
93	NC_003384	AGGCC	2	10	173813	173822	20 %	0 %	40 %	40 %	18466614
94	NC_003384	GGCCG	2	10	173886	173895	0 %	0 %	60 %	40 %	18466614
95	NC_003384	GCGCC	2	10	174644	174653	0 %	0 %	40 %	60 %	18466616
96	NC_003384	CCAAG	2	10	178956	178965	40 %	0 %	20 %	40 %	18466621
97	NC_003384	TAGAT	2	10	179227	179236	40 %	40 %	20 %	0 %	18466622
98	NC_003384	AAAGT	2	10	179238	179247	60 %	20 %	20 %	0 %	18466622
99	NC_003384	TTCCT	2	10	180748	180757	0 %	60 %	0 %	40 %	18466624
100	NC_003384	TCCAA	2	10	180815	180824	40 %	20 %	0 %	40 %	18466624
101	NC_003384	GATTG	2	10	183764	183773	20 %	40 %	40 %	0 %	18466627
102	NC_003384	GGTGT	2	10	183972	183981	0 %	40 %	60 %	0 %	18466627
103	NC_003384	ATGTT	2	10	184266	184275	20 %	60 %	20 %	0 %	18466627
104	NC_003384	CTTAA	2	10	184502	184511	40 %	40 %	0 %	20 %	18466628
105	NC_003384	TAATT	2	10	188320	188329	40 %	60 %	0 %	0 %	18466632
106	NC_003384	ATGGA	2	10	191309	191318	40 %	20 %	40 %	0 %	18466637
107	NC_003384	ATCCC	2	10	192490	192499	20 %	20 %	0 %	60 %	18466639
108	NC_003384	GCGTC	2	10	195344	195353	0 %	20 %	40 %	40 %	18466639
109	NC_003384	AACGA	2	10	195834	195843	60 %	0 %	20 %	20 %	18466639
110	NC_003384	TACCT	2	10	204432	204441	20 %	40 %	0 %	40 %	18466646
111	NC_003384	TGCAT	2	10	205580	205589	20 %	40 %	20 %	20 %	18466646
112	NC_003384	CCCAG	2	10	206457	206466	20 %	0 %	20 %	60 %	32765051
113	NC_003384	ACCTC	2	10	206519	206528	20 %	20 %	0 %	60 %	32765051
114	NC_003384	GCAAC	2	10	208301	208310	40 %	0 %	20 %	40 %	18466648
115	NC_003384	ACGTT	2	10	209310	209319	20 %	40 %	20 %	20 %	18466649
116	NC_003384	CATTT	2	10	210070	210079	20 %	60 %	0 %	20 %	18466650
117	NC_003384	ATGCA	2	10	210362	210371	40 %	20 %	20 %	20 %	18466650
118	NC_003384	TCGCT	2	10	210592	210601	0 %	40 %	20 %	40 %	18466650
119	NC_003384	AGATC	2	10	214365	214374	40 %	20 %	20 %	20 %	18466657
120	NC_003384	GGTGG	2	10	215845	215854	0 %	20 %	80 %	0 %	18466661

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.