MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM1

Total Repeats: 433

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003384	CTGA	2	8	1009	1016	25 %	25 %	25 %	25 %	18466426
2	NC_003384	CAGC	2	8	1498	1505	25 %	0 %	25 %	50 %	18466427
3	NC_003384	AACG	2	8	1569	1576	50 %	0 %	25 %	25 %	18466427
4	NC_003384	GCCA	2	8	2070	2077	25 %	0 %	25 %	50 %	18466428
5	NC_003384	CAGC	2	8	2203	2210	25 %	0 %	25 %	50 %	18466428
6	NC_003384	GCGG	2	8	2328	2335	0 %	0 %	75 %	25 %	18466428
7	NC_003384	CGGG	2	8	3483	3490	0 %	0 %	75 %	25 %	18466430
8	NC_003384	AGAA	2	8	4323	4330	75 %	0 %	25 %	0 %	18466431
9	NC_003384	CTGG	2	8	4891	4898	0 %	25 %	50 %	25 %	32765045
10	NC_003384	TCCA	2	8	6043	6050	25 %	25 %	0 %	50 %	18466436
11	NC_003384	TCCG	2	8	6962	6969	0 %	25 %	25 %	50 %	18466438
12	NC_003384	GATT	2	8	7425	7432	25 %	50 %	25 %	0 %	18466439
13	NC_003384	TAAT	2	8	7626	7633	50 %	50 %	0 %	0 %	18466440
14	NC_003384	ATGG	2	8	7844	7851	25 %	25 %	50 %	0 %	18466440
15	NC_003384	AGTC	2	8	8175	8182	25 %	25 %	25 %	25 %	18466441
16	NC_003384	TGGC	2	8	8397	8404	0 %	25 %	50 %	25 %	18466442
17	NC_003384	TTTC	2	8	9134	9141	0 %	75 %	0 %	25 %	18466443
18	NC_003384	TGCA	2	8	9213	9220	25 %	25 %	25 %	25 %	18466443
19	NC_003384	ACCG	2	8	9371	9378	25 %	0 %	25 %	50 %	18466443
20	NC_003384	ATTT	2	8	9560	9567	25 %	75 %	0 %	0 %	18466444
21	NC_003384	CGCA	2	8	10285	10292	25 %	0 %	25 %	50 %	18466445
22	NC_003384	TTCC	2	8	11229	11236	0 %	50 %	0 %	50 %	18466447
23	NC_003384	GCTC	2	8	12468	12475	0 %	25 %	25 %	50 %	32765046
24	NC_003384	AGCG	2	8	13105	13112	25 %	0 %	50 %	25 %	32765046
25	NC_003384	GCAG	2	8	13115	13122	25 %	0 %	50 %	25 %	32765046
26	NC_003384	GCCC	2	8	13339	13346	0 %	0 %	25 %	75 %	32765046
27	NC_003384	CGGG	2	8	13574	13581	0 %	0 %	75 %	25 %	32765046
28	NC_003384	GCTG	2	8	13630	13637	0 %	25 %	50 %	25 %	32765046
29	NC_003384	TGAA	2	8	13695	13702	50 %	25 %	25 %	0 %	32765046
30	NC_003384	TTTC	2	8	14017	14024	0 %	75 %	0 %	25 %	32765046
31	NC_003384	TTTC	2	8	14526	14533	0 %	75 %	0 %	25 %	18466449
32	NC_003384	GGTC	2	8	15109	15116	0 %	25 %	50 %	25 %	18466450
33	NC_003384	ATTG	2	8	15132	15139	25 %	50 %	25 %	0 %	18466450
34	NC_003384	CAGG	2	8	15149	15156	25 %	0 %	50 %	25 %	18466450
35	NC_003384	TTCA	2	8	17927	17934	25 %	50 %	0 %	25 %	18466453
36	NC_003384	CGTT	2	8	18248	18255	0 %	50 %	25 %	25 %	18466454
37	NC_003384	TGCC	2	8	18315	18322	0 %	25 %	25 %	50 %	18466454
38	NC_003384	AATG	2	8	18368	18375	50 %	25 %	25 %	0 %	18466454
39	NC_003384	TTGA	2	8	18615	18622	25 %	50 %	25 %	0 %	18466455
40	NC_003384	TTGT	2	8	19809	19816	0 %	75 %	25 %	0 %	18466457
41	NC_003384	GAAT	2	8	19843	19850	50 %	25 %	25 %	0 %	18466457
42	NC_003384	TGGC	2	8	20074	20081	0 %	25 %	50 %	25 %	18466457
43	NC_003384	TTGA	2	8	20360	20367	25 %	50 %	25 %	0 %	18466457
44	NC_003384	AATT	2	8	20705	20712	50 %	50 %	0 %	0 %	18466458
45	NC_003384	AAAG	2	8	20938	20945	75 %	0 %	25 %	0 %	18466458
46	NC_003384	GAGC	2	8	21075	21082	25 %	0 %	50 %	25 %	18466458
47	NC_003384	GACT	2	8	21146	21153	25 %	25 %	25 %	25 %	18466458
48	NC_003384	AGTC	2	8	22844	22851	25 %	25 %	25 %	25 %	18466462
49	NC_003384	ACCA	2	8	23160	23167	50 %	0 %	0 %	50 %	18466462
50	NC_003384	GAAA	2	8	23258	23265	75 %	0 %	25 %	0 %	18466462
51	NC_003384	GTTA	2	8	24725	24732	25 %	50 %	25 %	0 %	18466464
52	NC_003384	TGAA	2	8	26472	26479	50 %	25 %	25 %	0 %	18466465
53	NC_003384	CTGG	2	8	26870	26877	0 %	25 %	50 %	25 %	18466465
54	NC_003384	CCGA	2	8	27420	27427	25 %	0 %	25 %	50 %	18466466
55	NC_003384	CAGT	2	8	27696	27703	25 %	25 %	25 %	25 %	18466467
56	NC_003384	CAAC	2	8	27833	27840	50 %	0 %	0 %	50 %	18466467
57	NC_003384	GCCA	2	8	30140	30147	25 %	0 %	25 %	50 %	18466470
58	NC_003384	TGAG	2	8	30318	30325	25 %	25 %	50 %	0 %	18466470
59	NC_003384	GCTG	2	8	31334	31341	0 %	25 %	50 %	25 %	18466472
60	NC_003384	CTTT	2	8	31459	31466	0 %	75 %	0 %	25 %	18466472
61	NC_003384	GTAT	2	8	31863	31870	25 %	50 %	25 %	0 %	18466472
62	NC_003384	CACT	2	8	33353	33360	25 %	25 %	0 %	50 %	18466472
63	NC_003384	CGGA	2	8	34219	34226	25 %	0 %	50 %	25 %	18466474
64	NC_003384	ATCC	2	8	34260	34267	25 %	25 %	0 %	50 %	18466474
65	NC_003384	CGCC	2	8	34339	34346	0 %	0 %	25 %	75 %	18466474
66	NC_003384	TCGG	2	8	34726	34733	0 %	25 %	50 %	25 %	18466474
67	NC_003384	TGAA	2	8	34905	34912	50 %	25 %	25 %	0 %	18466474
68	NC_003384	ACCA	2	8	35130	35137	50 %	0 %	0 %	50 %	18466474
69	NC_003384	TTCT	2	8	35505	35512	0 %	75 %	0 %	25 %	18466474
70	NC_003384	CCTG	2	8	35726	35733	0 %	25 %	25 %	50 %	18466474
71	NC_003384	AGTT	2	8	37252	37259	25 %	50 %	25 %	0 %	18466475
72	NC_003384	AATC	2	8	37833	37840	50 %	25 %	0 %	25 %	18466476
73	NC_003384	TCAA	2	8	38424	38431	50 %	25 %	0 %	25 %	18466476
74	NC_003384	AAGT	2	8	38950	38957	50 %	25 %	25 %	0 %	18466477
75	NC_003384	GGAT	2	8	39171	39178	25 %	25 %	50 %	0 %	18466477
76	NC_003384	CAGT	2	8	39614	39621	25 %	25 %	25 %	25 %	18466478
77	NC_003384	ACTA	2	8	39822	39829	50 %	25 %	0 %	25 %	18466478
78	NC_003384	TGCT	2	8	39968	39975	0 %	50 %	25 %	25 %	18466478
79	NC_003384	ATTA	2	8	40466	40473	50 %	50 %	0 %	0 %	18466479
80	NC_003384	TAAA	2	8	40692	40699	75 %	25 %	0 %	0 %	18466480
81	NC_003384	AATT	2	8	40720	40727	50 %	50 %	0 %	0 %	18466480
82	NC_003384	ATCA	2	8	40768	40775	50 %	25 %	0 %	25 %	18466480
83	NC_003384	TCTT	2	8	41399	41406	0 %	75 %	0 %	25 %	18466480
84	NC_003384	TTAA	2	8	41414	41421	50 %	50 %	0 %	0 %	18466480
85	NC_003384	TTTC	2	8	42572	42579	0 %	75 %	0 %	25 %	18466481
86	NC_003384	TGAT	2	8	42632	42639	25 %	50 %	25 %	0 %	18466481
87	NC_003384	CTTA	2	8	42711	42718	25 %	50 %	0 %	25 %	18466481
88	NC_003384	TGCC	2	8	42788	42795	0 %	25 %	25 %	50 %	18466481
89	NC_003384	CATA	2	8	44788	44795	50 %	25 %	0 %	25 %	18466483
90	NC_003384	AATA	2	8	44811	44818	75 %	25 %	0 %	0 %	18466483
91	NC_003384	CATT	2	8	45118	45125	25 %	50 %	0 %	25 %	18466484
92	NC_003384	CGAT	2	8	45619	45626	25 %	25 %	25 %	25 %	18466484
93	NC_003384	GTCG	2	8	47334	47341	0 %	25 %	50 %	25 %	18466486
94	NC_003384	ATTG	2	8	47610	47617	25 %	50 %	25 %	0 %	18466487
95	NC_003384	TCAA	2	8	47628	47635	50 %	25 %	0 %	25 %	18466487
96	NC_003384	GCGT	2	8	48456	48463	0 %	25 %	50 %	25 %	18466487
97	NC_003384	GAGT	2	8	48944	48951	25 %	25 %	50 %	0 %	18466488
98	NC_003384	AACT	2	8	49232	49239	50 %	25 %	0 %	25 %	18466488
99	NC_003384	AAAG	2	8	49401	49408	75 %	0 %	25 %	0 %	18466488
100	NC_003384	GACG	2	8	49683	49690	25 %	0 %	50 %	25 %	18466489
101	NC_003384	GCTG	2	8	50135	50142	0 %	25 %	50 %	25 %	18466489
102	NC_003384	TGAA	2	8	51609	51616	50 %	25 %	25 %	0 %	18466491
103	NC_003384	CTTC	2	8	51698	51705	0 %	50 %	0 %	50 %	18466491
104	NC_003384	AACA	2	8	52172	52179	75 %	0 %	0 %	25 %	18466491
105	NC_003384	AAGA	2	8	53381	53388	75 %	0 %	25 %	0 %	18466491
106	NC_003384	TCCG	2	8	53433	53440	0 %	25 %	25 %	50 %	18466491
107	NC_003384	TAGA	2	8	53784	53791	50 %	25 %	25 %	0 %	18466491
108	NC_003384	GAAT	2	8	56740	56747	50 %	25 %	25 %	0 %	18466492
109	NC_003384	TGGT	2	8	56974	56981	0 %	50 %	50 %	0 %	18466492
110	NC_003384	ATTT	2	8	58683	58690	25 %	75 %	0 %	0 %	18466493
111	NC_003384	AATT	2	8	58941	58948	50 %	50 %	0 %	0 %	18466493
112	NC_003384	CAGA	2	8	59208	59215	50 %	0 %	25 %	25 %	18466494
113	NC_003384	AGTA	2	8	59464	59471	50 %	25 %	25 %	0 %	18466494
114	NC_003384	TTTG	2	8	59624	59631	0 %	75 %	25 %	0 %	18466495
115	NC_003384	ACGA	2	8	60215	60222	50 %	0 %	25 %	25 %	18466496
116	NC_003384	TGGA	2	8	60870	60877	25 %	25 %	50 %	0 %	18466496
117	NC_003384	CGCC	2	8	61516	61523	0 %	0 %	25 %	75 %	18466497
118	NC_003384	TTTA	2	8	61578	61585	25 %	75 %	0 %	0 %	18466497
119	NC_003384	AGAA	2	8	61810	61817	75 %	0 %	25 %	0 %	18466497
120	NC_003384	TCAG	2	8	62621	62628	25 %	25 %	25 %	25 %	18466498
121	NC_003384	ACTG	2	8	63784	63791	25 %	25 %	25 %	25 %	18466499
122	NC_003384	AAGT	2	8	63995	64002	50 %	25 %	25 %	0 %	18466499
123	NC_003384	TTCA	2	8	64665	64672	25 %	50 %	0 %	25 %	18466500
124	NC_003384	TGGT	2	8	65045	65052	0 %	50 %	50 %	0 %	18466501
125	NC_003384	GGAA	2	8	65349	65356	50 %	0 %	50 %	0 %	18466501
126	NC_003384	ATGG	2	8	65629	65636	25 %	25 %	50 %	0 %	18466502
127	NC_003384	TGCC	2	8	66228	66235	0 %	25 %	25 %	50 %	18466503
128	NC_003384	CGAT	2	8	66741	66748	25 %	25 %	25 %	25 %	18466503
129	NC_003384	AAGT	2	8	66762	66769	50 %	25 %	25 %	0 %	18466503
130	NC_003384	AGGA	2	8	66999	67006	50 %	0 %	50 %	0 %	18466503
131	NC_003384	GATA	2	8	67444	67451	50 %	25 %	25 %	0 %	18466503
132	NC_003384	CAAC	2	8	67604	67611	50 %	0 %	0 %	50 %	18466503
133	NC_003384	GACA	2	8	68841	68848	50 %	0 %	25 %	25 %	18466503
134	NC_003384	CAAA	2	8	70182	70189	75 %	0 %	0 %	25 %	18466503
135	NC_003384	ATAC	2	8	70702	70709	50 %	25 %	0 %	25 %	18466504
136	NC_003384	GATC	2	8	70852	70859	25 %	25 %	25 %	25 %	18466504
137	NC_003384	TCAG	2	8	71449	71456	25 %	25 %	25 %	25 %	18466505
138	NC_003384	CAAA	2	8	71457	71464	75 %	0 %	0 %	25 %	18466505
139	NC_003384	GCAG	2	8	71501	71508	25 %	0 %	50 %	25 %	18466505
140	NC_003384	CAGT	2	8	71657	71664	25 %	25 %	25 %	25 %	18466505
141	NC_003384	ATGG	2	8	72502	72509	25 %	25 %	50 %	0 %	18466505
142	NC_003384	CTGC	2	8	72906	72913	0 %	25 %	25 %	50 %	18466506
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415	NC_003384	CAGA	2	8	210832	210839	50 %	0 %	25 %	25 %	18466651
416	NC_003384	CCTG	2	8	210850	210857	0 %	25 %	25 %	50 %	18466651
417	NC_003384	GTTC	2	8	211201	211208	0 %	50 %	25 %	25 %	18466651
418	NC_003384	CTGT	2	8	211651	211658	0 %	50 %	25 %	25 %	18466652
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429	NC_003384	GATC	2	8	216476	216483	25 %	25 %	25 %	25 %	18466661
430	NC_003384	TGCG	2	8	216623	216630	0 %	25 %	50 %	25 %	18466661
431	NC_003384	AGGT	2	8	216649	216656	25 %	25 %	50 %	0 %	18466661
432	NC_003384	GCCA	2	8	217344	217351	25 %	0 %	25 %	50 %	32765052
433	NC_003384	GGTT	2	8	217705	217712	0 %	50 %	50 %	0 %	18466663

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.