MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM1

Total Repeats: 3210

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_003384	CTGG	2	8	101471	101478	0 %	25 %	50 %	25 %	18466532
1502	NC_003384	CTT	2	6	101480	101485	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466532
1503	NC_003384	TGG	2	6	101978	101983	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466533
1504	NC_003384	AAGGG	2	10	101984	101993	40 %	0 %	60 %	0 %	18466533
1505	NC_003384	TGG	2	6	102067	102072	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466533
1506	NC_003384	GTT	2	6	102158	102163	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466533
1507	NC_003384	CAG	2	6	102178	102183	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466533
1508	NC_003384	TGA	2	6	102432	102437	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466534
1509	NC_003384	CACGA	2	10	102453	102462	40 %	0 %	20 %	40 %	18466534
1510	NC_003384	CAG	2	6	102574	102579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466534
1511	NC_003384	CGA	2	6	102585	102590	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466534
1512	NC_003384	ATT	2	6	102617	102622	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466534
1513	NC_003384	ATT	2	6	102653	102658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466534
1514	NC_003384	ATG	2	6	102669	102674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466534
1515	NC_003384	GAA	2	6	102800	102805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466534
1516	NC_003384	A	6	6	102812	102817	100 %	0 %	0 %	0 %	18466534
1517	NC_003384	GGC	2	6	102831	102836	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466534
1518	NC_003384	AAAC	2	8	102855	102862	75 %	0 %	0 %	25 %	18466534
1519	NC_003384	CGT	2	6	102893	102898	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466534
1520	NC_003384	TAG	2	6	102900	102905	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466534
1521	NC_003384	CTGAC	2	10	102927	102936	20 %	20 %	20 %	40 %	18466534
1522	NC_003384	GTG	2	6	102938	102943	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466534
1523	NC_003384	GAAA	2	8	102974	102981	75 %	0 %	25 %	0 %	18466534
1524	NC_003384	GA	3	6	102988	102993	50 %	0 %	50 %	0 %	18466534
1525	NC_003384	GGT	2	6	103114	103119	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466534
1526	NC_003384	CAA	2	6	103158	103163	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466534
1527	NC_003384	GAG	2	6	103290	103295	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18466534
1528	NC_003384	CCAG	2	8	103321	103328	25 %	0 %	25 %	50 %	18466535
1529	NC_003384	TGA	2	6	103334	103339	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466535
1530	NC_003384	GA	3	6	103338	103343	50 %	0 %	50 %	0 %	18466535
1531	NC_003384	GTGTCT	2	12	103351	103362	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	18466535
1532	NC_003384	A	6	6	103368	103373	100 %	0 %	0 %	0 %	18466535
1533	NC_003384	GTGTT	2	10	103396	103405	0 %	60 %	40 %	0 %	18466535
1534	NC_003384	TG	3	6	103468	103473	0 %	50 %	50 %	0 %	18466535
1535	NC_003384	ATT	2	6	103477	103482	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466535
1536	NC_003384	AAC	2	6	103500	103505	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466535
1537	NC_003384	CAT	2	6	103694	103699	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466535
1538	NC_003384	TAC	2	6	103749	103754	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466535
1539	NC_003384	TCA	2	6	103884	103889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466535
1540	NC_003384	GGA	2	6	103919	103924	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18466535
1541	NC_003384	AGA	2	6	103939	103944	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466535
1542	NC_003384	CA	4	8	103977	103984	50 %	0 %	0 %	50 %	18466535
1543	NC_003384	CTG	2	6	104004	104009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466535
1544	NC_003384	TGG	2	6	104035	104040	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466535
1545	NC_003384	CCA	2	6	104054	104059	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466535
1546	NC_003384	AAG	2	6	104073	104078	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466535
1547	NC_003384	AAAAC	2	10	104083	104092	80 %	0 %	0 %	20 %	18466535
1548	NC_003384	GTT	2	6	104175	104180	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466535
1549	NC_003384	TG	3	6	104288	104293	0 %	50 %	50 %	0 %	18466536
1550	NC_003384	TATT	2	8	104303	104310	25 %	75 %	0 %	0 %	18466536
1551	NC_003384	TGG	2	6	104357	104362	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466536
1552	NC_003384	GAT	2	6	104427	104432	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466536
1553	NC_003384	GCC	2	6	104433	104438	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466536
1554	NC_003384	AAG	2	6	104482	104487	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466536
1555	NC_003384	GCC	2	6	104668	104673	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466537
1556	NC_003384	TCA	2	6	104783	104788	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466537
1557	NC_003384	AAT	2	6	104794	104799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466537
1558	NC_003384	CAG	2	6	104860	104865	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466537
1559	NC_003384	AT	3	6	104912	104917	50 %	50 %	0 %	0 %	18466537
1560	NC_003384	GAT	2	6	105030	105035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466537
1561	NC_003384	CTGT	2	8	105093	105100	0 %	50 %	25 %	25 %	18466537
1562	NC_003384	CTG	2	6	105141	105146	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466537
1563	NC_003384	TGA	2	6	105339	105344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466537
1564	NC_003384	TGC	2	6	105405	105410	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466537
1565	NC_003384	TG	3	6	105411	105416	0 %	50 %	50 %	0 %	18466537
1566	NC_003384	CAA	2	6	105448	105453	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466537
1567	NC_003384	GA	3	6	105472	105477	50 %	0 %	50 %	0 %	18466537
1568	NC_003384	CAGGC	2	10	105483	105492	20 %	0 %	40 %	40 %	18466537
1569	NC_003384	CCT	2	6	105501	105506	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	18466537
1570	NC_003384	A	6	6	105594	105599	100 %	0 %	0 %	0 %	18466537
1571	NC_003384	ATT	2	6	105616	105621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466537
1572	NC_003384	TGG	2	6	105696	105701	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466537
1573	NC_003384	CTT	2	6	105957	105962	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466538
1574	NC_003384	AC	3	6	105966	105971	50 %	0 %	0 %	50 %	18466538
1575	NC_003384	A	7	7	105999	106005	100 %	0 %	0 %	0 %	18466538
1576	NC_003384	GAA	2	6	106069	106074	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466538
1577	NC_003384	CCT	2	6	106455	106460	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	18466539
1578	NC_003384	GTG	2	6	106478	106483	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466539
1579	NC_003384	CCG	2	6	106500	106505	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466539
1580	NC_003384	A	6	6	106681	106686	100 %	0 %	0 %	0 %	18466539
1581	NC_003384	GCTG	2	8	106793	106800	0 %	25 %	50 %	25 %	18466540
1582	NC_003384	GTT	2	6	106831	106836	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466540
1583	NC_003384	CTG	2	6	106888	106893	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466540
1584	NC_003384	GTG	2	6	106906	106911	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466540
1585	NC_003384	TGGC	2	8	106926	106933	0 %	25 %	50 %	25 %	18466540
1586	NC_003384	GCA	2	6	107022	107027	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466540
1587	NC_003384	A	6	6	107736	107741	100 %	0 %	0 %	0 %	18466541
1588	NC_003384	CTGA	2	8	107778	107785	25 %	25 %	25 %	25 %	18466541
1589	NC_003384	GGC	2	6	107786	107791	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466541
1590	NC_003384	TC	3	6	107798	107803	0 %	50 %	0 %	50 %	18466541
1591	NC_003384	CTG	2	6	107820	107825	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466541
1592	NC_003384	GTTC	2	8	107831	107838	0 %	50 %	25 %	25 %	18466541
1593	NC_003384	TTA	2	6	108052	108057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466541
1594	NC_003384	CTT	2	6	108119	108124	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466541
1595	NC_003384	GTGTC	2	10	108244	108253	0 %	40 %	40 %	20 %	18466541
1596	NC_003384	CGC	2	6	108321	108326	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466541
1597	NC_003384	GCC	2	6	108403	108408	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466541
1598	NC_003384	GAC	2	6	108410	108415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466541
1599	NC_003384	TTCC	2	8	108428	108435	0 %	50 %	0 %	50 %	18466541
1600	NC_003384	CCT	2	6	108867	108872	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	18466542
1601	NC_003384	GTG	2	6	108890	108895	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466542
1602	NC_003384	CCGC	2	8	109047	109054	0 %	0 %	25 %	75 %	18466542
1603	NC_003384	A	6	6	109093	109098	100 %	0 %	0 %	0 %	18466542
1604	NC_003384	GTT	2	6	109209	109214	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466543
1605	NC_003384	GGA	2	6	109235	109240	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18466543
1606	NC_003384	CTG	2	6	109300	109305	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466543
1607	NC_003384	CAG	2	6	110026	110031	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466544
1608	NC_003384	ATT	2	6	110174	110179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466544
1609	NC_003384	ATT	2	6	110183	110188	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466544
1610	NC_003384	AAC	2	6	110196	110201	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466544
1611	NC_003384	TCT	2	6	110218	110223	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466544
1612	NC_003384	TGA	2	6	110254	110259	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466544
1613	NC_003384	CAGCGG	2	12	110263	110274	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	18466544
1614	NC_003384	TCAG	2	8	110445	110452	25 %	25 %	25 %	25 %	18466544
1615	NC_003384	ATC	2	6	110501	110506	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466544
1616	NC_003384	ATG	2	6	110546	110551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466544
1617	NC_003384	GCA	2	6	110692	110697	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466544
1618	NC_003384	CCA	2	6	110700	110705	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466544
1619	NC_003384	TG	3	6	110707	110712	0 %	50 %	50 %	0 %	18466544
1620	NC_003384	CGA	2	6	110755	110760	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466544
1621	NC_003384	AAGG	2	8	110864	110871	50 %	0 %	50 %	0 %	18466544
1622	NC_003384	GGA	2	6	110887	110892	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18466544
1623	NC_003384	ACC	2	6	110934	110939	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466544
1624	NC_003384	TTC	2	6	111184	111189	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466545
1625	NC_003384	GT	3	6	111307	111312	0 %	50 %	50 %	0 %	32765048
1626	NC_003384	AGC	2	6	111375	111380	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	32765048
1627	NC_003384	GCCT	2	8	111429	111436	0 %	25 %	25 %	50 %	32765048
1628	NC_003384	AAC	2	6	111552	111557	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32765048
1629	NC_003384	GAAGC	2	10	111570	111579	40 %	0 %	40 %	20 %	32765048
1630	NC_003384	CCG	2	6	111605	111610	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	32765048
1631	NC_003384	GCAGT	2	10	111629	111638	20 %	20 %	40 %	20 %	32765048
1632	NC_003384	GCT	2	6	111651	111656	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	32765048
1633	NC_003384	TCA	2	6	111697	111702	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32765048
1634	NC_003384	AAT	2	6	111704	111709	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32765048
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1637	NC_003384	ATCC	2	8	112145	112152	25 %	25 %	0 %	50 %	18466547
1638	NC_003384	TCC	2	6	112154	112159	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	18466547
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1641	NC_003384	AGC	2	6	112496	112501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466549
1642	NC_003384	ATG	2	6	112511	112516	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466549
1643	NC_003384	TGC	2	6	112655	112660	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466549
1644	NC_003384	AAC	2	6	112711	112716	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466549
1645	NC_003384	TTC	2	6	112732	112737	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466549
1646	NC_003384	TTG	2	6	112797	112802	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466549
1647	NC_003384	A	6	6	113255	113260	100 %	0 %	0 %	0 %	18466550
1648	NC_003384	TGAT	2	8	113286	113293	25 %	50 %	25 %	0 %	18466550
1649	NC_003384	CTT	2	6	113300	113305	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466550
1650	NC_003384	T	7	7	113625	113631	0 %	100 %	0 %	0 %	18466551
1651	NC_003384	GAT	2	6	113664	113669	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466551
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1654	NC_003384	ATGCGG	2	12	113974	113985	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	18466551
1655	NC_003384	AC	3	6	114133	114138	50 %	0 %	0 %	50 %	18466551
1656	NC_003384	CGG	2	6	114208	114213	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466551
1657	NC_003384	CGGG	2	8	114291	114298	0 %	0 %	75 %	25 %	18466551
1658	NC_003384	AGC	2	6	114313	114318	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466551
1659	NC_003384	TGT	2	6	114400	114405	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466551
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1662	NC_003384	TCC	2	6	114754	114759	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	18466552
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1664	NC_003384	TGC	2	6	114860	114865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466552
1665	NC_003384	GCA	2	6	114887	114892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466552
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1667	NC_003384	AATT	2	8	114974	114981	50 %	50 %	0 %	0 %	18466552
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1669	NC_003384	GCC	2	6	115121	115126	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466553
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1682	NC_003384	CGT	2	6	115789	115794	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466555
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1736	NC_003384	GACGGT	2	12	118137	118148	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	18466557
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1748	NC_003384	GCC	2	6	118645	118650	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466559
1749	NC_003384	GGC	2	6	119026	119031	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466560
1750	NC_003384	TGC	2	6	119032	119037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466560
1751	NC_003384	TGG	2	6	119042	119047	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466560
1752	NC_003384	CT	3	6	119097	119102	0 %	50 %	0 %	50 %	18466560
1753	NC_003384	ATCG	2	8	119482	119489	25 %	25 %	25 %	25 %	18466560
1754	NC_003384	AGGT	2	8	119519	119526	25 %	25 %	50 %	0 %	18466560
1755	NC_003384	CGC	2	6	119585	119590	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466560
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1761	NC_003384	CCA	2	6	120595	120600	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466562
1762	NC_003384	TCA	2	6	120676	120681	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466562
1763	NC_003384	CCA	2	6	120761	120766	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466562
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1770	NC_003384	GGC	2	6	121294	121299	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466564
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1992	NC_003384	TAGCC	2	10	137222	137231	20 %	20 %	20 %	40 %	18466580
1993	NC_003384	CTT	2	6	137241	137246	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466580
1994	NC_003384	A	7	7	137280	137286	100 %	0 %	0 %	0 %	18466580
1995	NC_003384	ACG	2	6	137306	137311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466580
1996	NC_003384	CT	3	6	137337	137342	0 %	50 %	0 %	50 %	18466580
1997	NC_003384	TCT	2	6	137360	137365	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466580
1998	NC_003384	TCA	2	6	137382	137387	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466580
1999	NC_003384	ATG	2	6	137519	137524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466581
2000	NC_003384	CGA	2	6	137609	137614	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466581

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