MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM1

Total Repeats: 3210

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_003384	GGT	2	6	35471	35476	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466474
502	NC_003384	CAG	2	6	35483	35488	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466474
503	NC_003384	TTCT	2	8	35505	35512	0 %	75 %	0 %	25 %	18466474
504	NC_003384	GAT	2	6	35621	35626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466474
505	NC_003384	TAAGC	2	10	35697	35706	40 %	20 %	20 %	20 %	18466474
506	NC_003384	CCTG	2	8	35726	35733	0 %	25 %	25 %	50 %	18466474
507	NC_003384	TCG	2	6	35776	35781	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466474
508	NC_003384	TAA	2	6	35783	35788	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466474
509	NC_003384	CAG	2	6	35861	35866	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466474
510	NC_003384	AAC	2	6	35911	35916	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466474
511	NC_003384	GCT	2	6	36253	36258	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466475
512	NC_003384	TTC	2	6	36335	36340	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466475
513	NC_003384	TCG	2	6	36400	36405	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466475
514	NC_003384	TGG	2	6	36446	36451	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466475
515	NC_003384	ACA	2	6	36480	36485	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466475
516	NC_003384	ATC	2	6	36552	36557	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466475
517	NC_003384	T	6	6	36647	36652	0 %	100 %	0 %	0 %	18466475
518	NC_003384	CAG	2	6	36663	36668	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466475
519	NC_003384	AGC	2	6	36686	36691	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466475
520	NC_003384	AGC	2	6	36908	36913	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466475
521	NC_003384	GAT	2	6	37021	37026	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466475
522	NC_003384	TAA	2	6	37047	37052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466475
523	NC_003384	TCGCG	2	10	37162	37171	0 %	20 %	40 %	40 %	18466475
524	NC_003384	AGTT	2	8	37252	37259	25 %	50 %	25 %	0 %	18466475
525	NC_003384	TCA	2	6	37276	37281	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466475
526	NC_003384	ATC	2	6	37669	37674	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466476
527	NC_003384	G	6	6	37683	37688	0 %	0 %	100 %	0 %	18466476
528	NC_003384	CGG	2	6	37764	37769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466476
529	NC_003384	AATC	2	8	37833	37840	50 %	25 %	0 %	25 %	18466476
530	NC_003384	TCA	2	6	37874	37879	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466476
531	NC_003384	GCT	2	6	37890	37895	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466476
532	NC_003384	GAA	2	6	37912	37917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466476
533	NC_003384	TAC	2	6	37924	37929	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466476
534	NC_003384	TGC	2	6	37931	37936	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466476
535	NC_003384	TGA	2	6	37962	37967	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466476
536	NC_003384	AGC	2	6	37983	37988	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466476
537	NC_003384	TTGAA	2	10	38135	38144	40 %	40 %	20 %	0 %	18466476
538	NC_003384	GGT	3	9	38179	38187	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466476
539	NC_003384	AT	3	6	38194	38199	50 %	50 %	0 %	0 %	18466476
540	NC_003384	ATG	2	6	38246	38251	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466476
541	NC_003384	TGG	2	6	38297	38302	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466476
542	NC_003384	GAA	2	6	38371	38376	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466476
543	NC_003384	TCAA	2	8	38424	38431	50 %	25 %	0 %	25 %	18466476
544	NC_003384	AAG	2	6	38440	38445	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466476
545	NC_003384	AGT	2	6	38485	38490	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466477
546	NC_003384	CT	3	6	38588	38593	0 %	50 %	0 %	50 %	18466477
547	NC_003384	TG	3	6	38705	38710	0 %	50 %	50 %	0 %	18466477
548	NC_003384	AAT	2	6	38732	38737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466477
549	NC_003384	AAT	2	6	38770	38775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466477
550	NC_003384	C	6	6	38803	38808	0 %	0 %	0 %	100 %	18466477
551	NC_003384	CTT	2	6	38910	38915	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466477
552	NC_003384	AAGT	2	8	38950	38957	50 %	25 %	25 %	0 %	18466477
553	NC_003384	TTC	2	6	38964	38969	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466477
554	NC_003384	GGAT	2	8	39171	39178	25 %	25 %	50 %	0 %	18466477
555	NC_003384	GTTAGC	2	12	39193	39204	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	18466477
556	NC_003384	AAT	2	6	39249	39254	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466477
557	NC_003384	AT	3	6	39310	39315	50 %	50 %	0 %	0 %	18466477
558	NC_003384	CAGT	2	8	39614	39621	25 %	25 %	25 %	25 %	18466478
559	NC_003384	AGT	2	6	39644	39649	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466478
560	NC_003384	GAT	2	6	39674	39679	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466478
561	NC_003384	CAT	2	6	39731	39736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466478
562	NC_003384	GTAAAA	2	12	39751	39762	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	18466478
563	NC_003384	A	7	7	39759	39765	100 %	0 %	0 %	0 %	18466478
564	NC_003384	ATA	2	6	39811	39816	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466478
565	NC_003384	ACTA	2	8	39822	39829	50 %	25 %	0 %	25 %	18466478
566	NC_003384	TTG	2	6	39946	39951	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466478
567	NC_003384	CTG	2	6	39957	39962	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466478
568	NC_003384	TGCT	2	8	39968	39975	0 %	50 %	25 %	25 %	18466478
569	NC_003384	GCA	2	6	39998	40003	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466478
570	NC_003384	CA	3	6	40149	40154	50 %	0 %	0 %	50 %	18466478
571	NC_003384	GAT	2	6	40252	40257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466478
572	NC_003384	A	8	8	40281	40288	100 %	0 %	0 %	0 %	18466478
573	NC_003384	T	6	6	40301	40306	0 %	100 %	0 %	0 %	18466478
574	NC_003384	CTT	2	6	40375	40380	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466479
575	NC_003384	TAA	2	6	40444	40449	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466479
576	NC_003384	ATTA	2	8	40466	40473	50 %	50 %	0 %	0 %	18466479
577	NC_003384	ATG	2	6	40574	40579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466480
578	NC_003384	TCA	2	6	40592	40597	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466480
579	NC_003384	TAA	2	6	40609	40614	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466480
580	NC_003384	TGC	2	6	40677	40682	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466480
581	NC_003384	TAAA	2	8	40692	40699	75 %	25 %	0 %	0 %	18466480
582	NC_003384	TGT	2	6	40706	40711	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466480
583	NC_003384	AATT	2	8	40720	40727	50 %	50 %	0 %	0 %	18466480
584	NC_003384	TTA	2	6	40736	40741	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466480
585	NC_003384	ATCA	2	8	40768	40775	50 %	25 %	0 %	25 %	18466480
586	NC_003384	T	7	7	40806	40812	0 %	100 %	0 %	0 %	18466480
587	NC_003384	TGA	2	6	40924	40929	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466480
588	NC_003384	T	7	7	41064	41070	0 %	100 %	0 %	0 %	18466480
589	NC_003384	TATTCC	2	12	41244	41255	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	18466480
590	NC_003384	TTC	2	6	41275	41280	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466480
591	NC_003384	AAC	2	6	41302	41307	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466480
592	NC_003384	GCAAGA	2	12	41339	41350	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	18466480
593	NC_003384	TCTT	2	8	41399	41406	0 %	75 %	0 %	25 %	18466480
594	NC_003384	AAC	2	6	41407	41412	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466480
595	NC_003384	TTAA	2	8	41414	41421	50 %	50 %	0 %	0 %	18466480
596	NC_003384	AAT	2	6	41566	41571	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466480
597	NC_003384	TGA	2	6	42309	42314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466481
598	NC_003384	TG	3	6	42488	42493	0 %	50 %	50 %	0 %	18466481
599	NC_003384	AGG	2	6	42539	42544	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18466481
600	NC_003384	TTTC	2	8	42572	42579	0 %	75 %	0 %	25 %	18466481
601	NC_003384	TGAT	2	8	42632	42639	25 %	50 %	25 %	0 %	18466481
602	NC_003384	AAG	2	6	42643	42648	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466481
603	NC_003384	TGG	2	6	42662	42667	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466481
604	NC_003384	CTTA	2	8	42711	42718	25 %	50 %	0 %	25 %	18466481
605	NC_003384	A	6	6	42745	42750	100 %	0 %	0 %	0 %	18466481
606	NC_003384	GCA	2	6	42754	42759	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466481
607	NC_003384	AT	3	6	42772	42777	50 %	50 %	0 %	0 %	18466481
608	NC_003384	TGCC	2	8	42788	42795	0 %	25 %	25 %	50 %	18466481
609	NC_003384	GAC	2	6	42843	42848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466481
610	NC_003384	ATC	2	6	42871	42876	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466481
611	NC_003384	AAG	2	6	42966	42971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466481
612	NC_003384	GAT	2	6	44491	44496	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466482
613	NC_003384	ATC	2	6	44557	44562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466482
614	NC_003384	TGT	2	6	44573	44578	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466482
615	NC_003384	AACCT	2	10	44606	44615	40 %	20 %	0 %	40 %	18466482
616	NC_003384	ATG	2	6	44641	44646	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466482
617	NC_003384	A	6	6	44666	44671	100 %	0 %	0 %	0 %	18466482
618	NC_003384	AACAAT	2	12	44718	44729	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	18466483
619	NC_003384	CT	3	6	44746	44751	0 %	50 %	0 %	50 %	18466483
620	NC_003384	CATA	2	8	44788	44795	50 %	25 %	0 %	25 %	18466483
621	NC_003384	AATA	2	8	44811	44818	75 %	25 %	0 %	0 %	18466483
622	NC_003384	ATTCT	2	10	44830	44839	20 %	60 %	0 %	20 %	18466483
623	NC_003384	GGT	2	6	44925	44930	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466483
624	NC_003384	AGC	2	6	44952	44957	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466483
625	NC_003384	TGG	2	6	44995	45000	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466483
626	NC_003384	T	6	6	45007	45012	0 %	100 %	0 %	0 %	18466483
627	NC_003384	TAG	2	6	45030	45035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466483
628	NC_003384	CAG	2	6	45101	45106	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466484
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