MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium fredii NGR234 plasmid pNGR234a

Total Repeats: 271

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000914	CGAAG	2	10	2055	2064	40 %	0 %	40 %	20 %	16519682
2	NC_000914	GCATG	2	10	2791	2800	20 %	20 %	40 %	20 %	16519681
3	NC_000914	TCCGC	2	10	7163	7172	0 %	20 %	20 %	60 %	16519679
4	NC_000914	AGGGG	2	10	8522	8531	20 %	0 %	80 %	0 %	16519678
5	NC_000914	GGGTT	2	10	10072	10081	0 %	40 %	60 %	0 %	16519677
6	NC_000914	TTCGA	2	10	10983	10992	20 %	40 %	20 %	20 %	16519676
7	NC_000914	ACGCC	2	10	11029	11038	20 %	0 %	20 %	60 %	16519676
8	NC_000914	ATCCT	2	10	11281	11290	20 %	40 %	0 %	40 %	16519676
9	NC_000914	TGCGC	2	10	11608	11617	0 %	20 %	40 %	40 %	16519676
10	NC_000914	CGGCG	2	10	11912	11921	0 %	0 %	60 %	40 %	16519676
11	NC_000914	TGCCA	2	10	12448	12457	20 %	20 %	20 %	40 %	16519676
12	NC_000914	ACCCG	2	10	13565	13574	20 %	0 %	20 %	60 %	16519675
13	NC_000914	CAGGA	2	10	15202	15211	40 %	0 %	40 %	20 %	16519673
14	NC_000914	GCTCA	2	10	15497	15506	20 %	20 %	20 %	40 %	16519673
15	NC_000914	GGATG	2	10	15876	15885	20 %	20 %	60 %	0 %	16519673
16	NC_000914	GGGGA	2	10	15920	15929	20 %	0 %	80 %	0 %	16519673
17	NC_000914	AGCGC	2	10	19114	19123	20 %	0 %	40 %	40 %	16519672
18	NC_000914	GAAAC	2	10	30789	30798	60 %	0 %	20 %	20 %	16519664
19	NC_000914	CTTGG	2	10	32236	32245	0 %	40 %	40 %	20 %	16519663
20	NC_000914	GATCC	2	10	32836	32845	20 %	20 %	20 %	40 %	16519663
21	NC_000914	ATGCC	2	10	34444	34453	20 %	20 %	20 %	40 %	16519661
22	NC_000914	GCTGG	2	10	35320	35329	0 %	20 %	60 %	20 %	16519901
23	NC_000914	TGATC	2	10	40540	40549	20 %	40 %	20 %	20 %	16519655
24	NC_000914	GCCCT	2	10	42746	42755	0 %	20 %	20 %	60 %	16519652
25	NC_000914	CATTT	2	10	45311	45320	20 %	60 %	0 %	20 %	16519649
26	NC_000914	CAGCA	2	10	47425	47434	40 %	0 %	20 %	40 %	16519648
27	NC_000914	GCTGG	2	10	54827	54836	0 %	20 %	60 %	20 %	16519643
28	NC_000914	CGGAA	2	10	55377	55386	40 %	0 %	40 %	20 %	16519642
29	NC_000914	GCGTC	2	10	55503	55512	0 %	20 %	40 %	40 %	16519642
30	NC_000914	GATCC	2	10	56032	56041	20 %	20 %	20 %	40 %	16519642
31	NC_000914	CGACT	2	10	58120	58129	20 %	20 %	20 %	40 %	16519641
32	NC_000914	TCGGT	2	10	59612	59621	0 %	40 %	40 %	20 %	16520056
33	NC_000914	ATCTG	2	10	63275	63284	20 %	40 %	20 %	20 %	16520054
34	NC_000914	AGGAG	2	10	63766	63775	40 %	0 %	60 %	0 %	16520054
35	NC_000914	GGCCC	2	10	66792	66801	0 %	0 %	40 %	60 %	16520053
36	NC_000914	CGGCG	2	10	69595	69604	0 %	0 %	60 %	40 %	16520051
37	NC_000914	TTGAA	2	10	72789	72798	40 %	40 %	20 %	0 %	16520049
38	NC_000914	GAGCG	2	10	77736	77745	20 %	0 %	60 %	20 %	16520045
39	NC_000914	CGATT	2	10	78864	78873	20 %	40 %	20 %	20 %	16520043
40	NC_000914	GATCG	2	10	80576	80585	20 %	20 %	40 %	20 %	16520041
41	NC_000914	ATTGG	2	10	81138	81147	20 %	40 %	40 %	0 %	16520041
42	NC_000914	ACTAT	2	10	83969	83978	40 %	40 %	0 %	20 %	16520037
43	NC_000914	AGTTC	2	10	84741	84750	20 %	40 %	20 %	20 %	16520036
44	NC_000914	GCTGA	2	10	85056	85065	20 %	20 %	40 %	20 %	16520036
45	NC_000914	GAAAT	2	10	85070	85079	60 %	20 %	20 %	0 %	16520036
46	NC_000914	CATCC	2	10	86019	86028	20 %	20 %	0 %	60 %	16520035
47	NC_000914	GCGAA	2	10	86153	86162	40 %	0 %	40 %	20 %	16520035
48	NC_000914	TGCGA	2	10	87298	87307	20 %	20 %	40 %	20 %	16520034
49	NC_000914	TCTGG	2	10	87889	87898	0 %	40 %	40 %	20 %	16520033
50	NC_000914	CCGCG	2	10	88968	88977	0 %	0 %	40 %	60 %	16520033
51	NC_000914	GCATT	2	10	92674	92683	20 %	40 %	20 %	20 %	16520030
52	NC_000914	GCCTT	2	10	93659	93668	0 %	40 %	20 %	40 %	16520029
53	NC_000914	CGCGA	2	10	94171	94180	20 %	0 %	40 %	40 %	16520029
54	NC_000914	CGAGG	2	10	95603	95612	20 %	0 %	60 %	20 %	16520028
55	NC_000914	GCCTG	2	10	96801	96810	0 %	20 %	40 %	40 %	16520026
56	NC_000914	CAGGA	2	10	97182	97191	40 %	0 %	40 %	20 %	16520026
57	NC_000914	TCGGC	2	10	97250	97259	0 %	20 %	40 %	40 %	16520026
58	NC_000914	GATCG	2	10	98396	98405	20 %	20 %	40 %	20 %	16520025
59	NC_000914	AAGCG	2	10	100561	100570	40 %	0 %	40 %	20 %	16520024
60	NC_000914	GCCTA	2	10	101334	101343	20 %	20 %	20 %	40 %	16520024
61	NC_000914	GGTCG	2	10	111101	111110	0 %	20 %	60 %	20 %	16520014
62	NC_000914	TCGAT	2	10	112754	112763	20 %	40 %	20 %	20 %	16520013
63	NC_000914	AGCCC	2	10	118861	118870	20 %	0 %	20 %	60 %	16520009
64	NC_000914	GAAGA	2	10	119324	119333	60 %	0 %	40 %	0 %	16520008
65	NC_000914	CGGAA	2	10	121628	121637	40 %	0 %	40 %	20 %	16520006
66	NC_000914	TGCGC	2	10	122057	122066	0 %	20 %	40 %	40 %	16520006
67	NC_000914	ACGCG	2	10	127569	127578	20 %	0 %	40 %	40 %	16520002
68	NC_000914	TCGCC	2	10	128690	128699	0 %	20 %	20 %	60 %	16520001
69	NC_000914	GCACC	2	10	134640	134649	20 %	0 %	20 %	60 %	16519996
70	NC_000914	ACCGT	2	10	134719	134728	20 %	20 %	20 %	40 %	16519996
71	NC_000914	CGGAC	2	10	136656	136665	20 %	0 %	40 %	40 %	16519995
72	NC_000914	CCCTT	2	10	144804	144813	0 %	40 %	0 %	60 %	16519989
73	NC_000914	CGAGC	2	10	145634	145643	20 %	0 %	40 %	40 %	16519988
74	NC_000914	TTGCC	2	10	151729	151738	0 %	40 %	20 %	40 %	16519983
75	NC_000914	TTTCC	2	10	152739	152748	0 %	60 %	0 %	40 %	16519982
76	NC_000914	GGCGA	2	10	154169	154178	20 %	0 %	60 %	20 %	16519981
77	NC_000914	ACAAG	2	10	157272	157281	60 %	0 %	20 %	20 %	16519978
78	NC_000914	GCGCG	2	10	157630	157639	0 %	0 %	60 %	40 %	16519978
79	NC_000914	GTGCC	2	10	157789	157798	0 %	20 %	40 %	40 %	16519978
80	NC_000914	CATGG	2	10	164803	164812	20 %	20 %	40 %	20 %	16519971
81	NC_000914	ATTCA	2	10	166588	166597	40 %	40 %	0 %	20 %	16519969
82	NC_000914	ATGGC	2	10	167601	167610	20 %	20 %	40 %	20 %	16519968
83	NC_000914	TGCGC	2	10	168066	168075	0 %	20 %	40 %	40 %	16519968
84	NC_000914	TCGCC	2	10	168222	168231	0 %	20 %	20 %	60 %	16519968
85	NC_000914	CGCAG	2	10	168615	168624	20 %	0 %	40 %	40 %	16519968
86	NC_000914	TCAGG	2	10	169614	169623	20 %	20 %	40 %	20 %	16519967
87	NC_000914	GCGAC	2	10	171827	171836	20 %	0 %	40 %	40 %	16519966
88	NC_000914	GATAG	2	10	173370	173379	40 %	20 %	40 %	0 %	16519965
89	NC_000914	ACCAT	2	10	176472	176481	40 %	20 %	0 %	40 %	16519961
90	NC_000914	TTGCT	2	10	176689	176698	0 %	60 %	20 %	20 %	16519961
91	NC_000914	TTGCT	2	10	176763	176772	0 %	60 %	20 %	20 %	16519961
92	NC_000914	TGACG	2	10	176847	176856	20 %	20 %	40 %	20 %	16519961
93	NC_000914	CAGAT	2	10	178303	178312	40 %	20 %	20 %	20 %	16519960
94	NC_000914	ATCTC	2	10	184939	184948	20 %	40 %	0 %	40 %	16519954
95	NC_000914	AGCTG	2	10	185124	185133	20 %	20 %	40 %	20 %	16519954
96	NC_000914	AGTCA	2	10	186423	186432	40 %	20 %	20 %	20 %	16519952
97	NC_000914	CGCGC	2	10	187697	187706	0 %	0 %	40 %	60 %	16519951
98	NC_000914	GCATG	2	10	195446	195455	20 %	20 %	40 %	20 %	16519947
99	NC_000914	GCACG	2	10	197776	197785	20 %	0 %	40 %	40 %	16519944
100	NC_000914	GGCGA	2	10	198747	198756	20 %	0 %	60 %	20 %	16519942
101	NC_000914	TGCTT	2	10	200067	200076	0 %	60 %	20 %	20 %	16519941
102	NC_000914	GCGAC	2	10	206096	206105	20 %	0 %	40 %	40 %	16519940
103	NC_000914	ACCGA	2	10	208233	208242	40 %	0 %	20 %	40 %	16519939
104	NC_000914	GACGA	2	10	213181	213190	40 %	0 %	40 %	20 %	16519900
105	NC_000914	TTTCC	2	10	216493	216502	0 %	60 %	0 %	40 %	16519933
106	NC_000914	CAGTA	2	10	219072	219081	40 %	20 %	20 %	20 %	16519932
107	NC_000914	TCGCC	2	10	230137	230146	0 %	20 %	20 %	60 %	16519924
108	NC_000914	CAACG	2	10	232290	232299	40 %	0 %	20 %	40 %	16519922
109	NC_000914	TCACC	2	10	232601	232610	20 %	20 %	0 %	60 %	16519922
110	NC_000914	TCGCC	2	10	235397	235406	0 %	20 %	20 %	60 %	16519919
111	NC_000914	TCGAA	2	10	243368	243377	40 %	20 %	20 %	20 %	16519914
112	NC_000914	GCGGA	2	10	244487	244496	20 %	0 %	60 %	20 %	16519914
113	NC_000914	GCCAC	2	10	244942	244951	20 %	0 %	20 %	60 %	16519913
114	NC_000914	GGTGT	2	10	245475	245484	0 %	40 %	60 %	0 %	16519913
115	NC_000914	ATCTC	2	10	246296	246305	20 %	40 %	0 %	40 %	16519913
116	NC_000914	CGGCC	2	10	248912	248921	0 %	0 %	40 %	60 %	16519912
117	NC_000914	TGCGC	2	10	249593	249602	0 %	20 %	40 %	40 %	16519911
118	NC_000914	CCGCA	2	10	253014	253023	20 %	0 %	20 %	60 %	16519910
119	NC_000914	GGCGG	2	10	253206	253215	0 %	0 %	80 %	20 %	16519910
120	NC_000914	ATGCC	2	10	266314	266323	20 %	20 %	20 %	40 %	16519903
121	NC_000914	GCTGG	2	10	267190	267199	0 %	20 %	60 %	20 %	16519659
122	NC_000914	GACGA	2	10	270417	270426	40 %	0 %	40 %	20 %	16519936
123	NC_000914	CATGA	2	10	276740	276749	40 %	20 %	20 %	20 %	16519895
124	NC_000914	TTTCT	2	10	278866	278875	0 %	80 %	0 %	20 %	16519894
125	NC_000914	CGTCC	2	10	280402	280411	0 %	20 %	20 %	60 %	16519893
126	NC_000914	GTCAA	2	10	281092	281101	40 %	20 %	20 %	20 %	16519892
127	NC_000914	GCAGG	2	10	282911	282920	20 %	0 %	60 %	20 %	16519890
128	NC_000914	CGGCA	2	10	283862	283871	20 %	0 %	40 %	40 %	16519889
129	NC_000914	ACCAC	2	10	286780	286789	40 %	0 %	0 %	60 %	16519886
130	NC_000914	TGATC	2	10	296408	296417	20 %	40 %	20 %	20 %	16519878
131	NC_000914	CATAT	2	10	297259	297268	40 %	40 %	0 %	20 %	16519877
132	NC_000914	AAATG	2	10	299639	299648	60 %	20 %	20 %	0 %	16519876
133	NC_000914	AGACG	2	10	301865	301874	40 %	0 %	40 %	20 %	16519875
134	NC_000914	TTGCG	2	10	302119	302128	0 %	40 %	40 %	20 %	16519875
135	NC_000914	TCCAT	2	10	302667	302676	20 %	40 %	0 %	40 %	16519874
136	NC_000914	GGCCC	2	10	306420	306429	0 %	0 %	40 %	60 %	16519871
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161	NC_000914	GCCAT	2	10	343286	343295	20 %	20 %	20 %	40 %	16519845
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267	NC_000914	CTCCC	2	10	532596	532605	0 %	20 %	0 %	80 %	16519689
268	NC_000914	CCGGC	2	10	533037	533046	0 %	0 %	40 %	60 %	16519688
269	NC_000914	CCCCT	2	10	533487	533496	0 %	20 %	0 %	80 %	16519686
270	NC_000914	CGAGG	2	10	534795	534804	20 %	0 %	60 %	20 %	16519685
271	NC_000914	GGCGG	2	10	534881	534890	0 %	0 %	80 %	20 %	16519684

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.