MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d partial sequence

Total Repeats: 183

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187148	GCGAT	2	10	924	933	20 %	20 %	40 %	20 %	399995316
2	NT_187148	CAAGC	2	10	1044	1053	40 %	0 %	20 %	40 %	399995317
3	NT_187148	TCGGC	2	10	1266	1275	0 %	20 %	40 %	40 %	399995317
4	NT_187148	GGCGT	2	10	1463	1472	0 %	20 %	60 %	20 %	399995317
5	NT_187148	CATCA	2	10	3402	3411	40 %	20 %	0 %	40 %	399995319
6	NT_187148	GGGTT	2	10	4037	4046	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NT_187148	AGATC	2	10	4952	4961	40 %	20 %	20 %	20 %	399995321
8	NT_187148	GCCGC	2	10	5017	5026	0 %	0 %	40 %	60 %	399995321
9	NT_187148	ACATG	2	10	5412	5421	40 %	20 %	20 %	20 %	399995321
10	NT_187148	ATGAA	2	10	6167	6176	60 %	20 %	20 %	0 %	399995323
11	NT_187148	CTTCG	2	10	6428	6437	0 %	40 %	20 %	40 %	399995324
12	NT_187148	ACGGC	2	10	6651	6660	20 %	0 %	40 %	40 %	399995324
13	NT_187148	TCGGC	2	10	7811	7820	0 %	20 %	40 %	40 %	399995325
14	NT_187148	TCCAT	2	10	9537	9546	20 %	40 %	0 %	40 %	399995327
15	NT_187148	TCAGG	2	10	14077	14086	20 %	20 %	40 %	20 %	399995334
16	NT_187148	CGATC	2	10	15105	15114	20 %	20 %	20 %	40 %	399995336
17	NT_187148	GCTCG	2	10	20465	20474	0 %	20 %	40 %	40 %	399995340
18	NT_187148	CGAGG	2	10	22002	22011	20 %	0 %	60 %	20 %	399995342
19	NT_187148	CGCGT	2	10	24346	24355	0 %	20 %	40 %	40 %	399995345
20	NT_187148	AGCTG	2	10	25369	25378	20 %	20 %	40 %	20 %	399995345
21	NT_187148	AACGG	2	10	30431	30440	40 %	0 %	40 %	20 %	399995353
22	NT_187148	CCCCT	2	10	30702	30711	0 %	20 %	0 %	80 %	399995353
23	NT_187148	TCCGT	2	10	32008	32017	0 %	40 %	20 %	40 %	399995354
24	NT_187148	GAGAA	2	10	32801	32810	60 %	0 %	40 %	0 %	399995354
25	NT_187148	CGACT	2	10	33227	33236	20 %	20 %	20 %	40 %	399995354
26	NT_187148	CAAGC	2	10	33482	33491	40 %	0 %	20 %	40 %	399995354
27	NT_187148	GAAGC	2	10	33933	33942	40 %	0 %	40 %	20 %	399995355
28	NT_187148	TCGCC	2	10	35615	35624	0 %	20 %	20 %	60 %	399995357
29	NT_187148	GTCAC	2	10	38288	38297	20 %	20 %	20 %	40 %	399995358
30	NT_187148	TCCGG	2	10	38434	38443	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NT_187148	GCTCG	2	10	39346	39355	0 %	20 %	40 %	40 %	399995360
32	NT_187148	AGCCA	2	10	42215	42224	40 %	0 %	20 %	40 %	399995364
33	NT_187148	CGAAA	2	10	43761	43770	60 %	0 %	20 %	20 %	399995368
34	NT_187148	GCCAG	2	10	44331	44340	20 %	0 %	40 %	40 %	399995368
35	NT_187148	GGCCC	2	10	46458	46467	0 %	0 %	40 %	60 %	399995370
36	NT_187148	CGGCA	2	10	48033	48042	20 %	0 %	40 %	40 %	399995374
37	NT_187148	AACGC	2	10	48058	48067	40 %	0 %	20 %	40 %	399995374
38	NT_187148	CCGCT	2	10	49980	49989	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NT_187148	TGAGA	2	10	50637	50646	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NT_187148	TGGCG	2	10	52521	52530	0 %	20 %	60 %	20 %	399995381
41	NT_187148	CCCTC	2	10	56230	56239	0 %	20 %	0 %	80 %	399995384
42	NT_187148	TCGCC	2	10	57013	57022	0 %	20 %	20 %	60 %	399995384
43	NT_187148	GCTCG	2	10	57215	57224	0 %	20 %	40 %	40 %	399995385
44	NT_187148	GGCGC	2	10	59009	59018	0 %	0 %	60 %	40 %	399995389
45	NT_187148	ACGCA	2	10	59545	59554	40 %	0 %	20 %	40 %	399995389
46	NT_187148	GGCCA	2	10	60083	60092	20 %	0 %	40 %	40 %	399995390
47	NT_187148	CGGAT	2	10	60949	60958	20 %	20 %	40 %	20 %	399995391
48	NT_187148	GGGGC	2	10	63980	63989	0 %	0 %	80 %	20 %	399995391
49	NT_187148	CGATC	2	10	65183	65192	20 %	20 %	20 %	40 %	399995391
50	NT_187148	CGGCG	2	10	66330	66339	0 %	0 %	60 %	40 %	399995391
51	NT_187148	GCTGC	2	10	66813	66822	0 %	20 %	40 %	40 %	399995391
52	NT_187148	CCGCT	2	10	69589	69598	0 %	20 %	20 %	60 %	399995392
53	NT_187148	GATCG	2	10	71579	71588	20 %	20 %	40 %	20 %	399995395
54	NT_187148	GTGCC	2	10	72410	72419	0 %	20 %	40 %	40 %	399995396
55	NT_187148	CCCCG	2	10	73076	73085	0 %	0 %	20 %	80 %	399995396
56	NT_187148	AGCCG	2	10	76347	76356	20 %	0 %	40 %	40 %	399995402
57	NT_187148	ATGCA	2	10	76476	76485	40 %	20 %	20 %	20 %	399995402
58	NT_187148	CCAGG	2	10	77033	77042	20 %	0 %	40 %	40 %	399995403
59	NT_187148	CATCG	2	10	78861	78870	20 %	20 %	20 %	40 %	399995405
60	NT_187148	TTCTT	2	10	79740	79749	0 %	80 %	0 %	20 %	399995406
61	NT_187148	CCGGA	2	10	83722	83731	20 %	0 %	40 %	40 %	399995410
62	NT_187148	GCGTC	2	10	85177	85186	0 %	20 %	40 %	40 %	399995411
63	NT_187148	CGTCC	2	10	85675	85684	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
64	NT_187148	CGGCA	2	10	87074	87083	20 %	0 %	40 %	40 %	399995412
65	NT_187148	AGGCG	2	10	87709	87718	20 %	0 %	60 %	20 %	399995413
66	NT_187148	CGGGC	2	10	89127	89136	0 %	0 %	60 %	40 %	399995414
67	NT_187148	GCAGT	2	10	89919	89928	20 %	20 %	40 %	20 %	399995414
68	NT_187148	CGCGA	2	10	90674	90683	20 %	0 %	40 %	40 %	399995415
69	NT_187148	CCGAC	2	10	94558	94567	20 %	0 %	20 %	60 %	399995420
70	NT_187148	GCTTC	2	10	98961	98970	0 %	40 %	20 %	40 %	399995422
71	NT_187148	ACCGC	2	10	99535	99544	20 %	0 %	20 %	60 %	399995423
72	NT_187148	TCGCC	2	10	102549	102558	0 %	20 %	20 %	60 %	399995425
73	NT_187148	GGGCT	2	10	102934	102943	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
74	NT_187148	CGGTC	2	10	103053	103062	0 %	20 %	40 %	40 %	399995426
75	NT_187148	GATGA	2	10	104859	104868	40 %	20 %	40 %	0 %	399995428
76	NT_187148	CGGCC	2	10	107388	107397	0 %	0 %	40 %	60 %	399995430
77	NT_187148	ATCAG	2	10	109686	109695	40 %	20 %	20 %	20 %	399995430
78	NT_187148	CGACG	2	10	110771	110780	20 %	0 %	40 %	40 %	399995432
79	NT_187148	CGGTC	2	10	111743	111752	0 %	20 %	40 %	40 %	399995432
80	NT_187148	ACGCT	2	10	113013	113022	20 %	20 %	20 %	40 %	399995433
81	NT_187148	CCTGG	2	10	113160	113169	0 %	20 %	40 %	40 %	399995433
82	NT_187148	ACGTT	2	10	114135	114144	20 %	40 %	20 %	20 %	399995434
83	NT_187148	GGCAT	2	10	115768	115777	20 %	20 %	40 %	20 %	399995436
84	NT_187148	TCCGG	2	10	116522	116531	0 %	20 %	40 %	40 %	399995437
85	NT_187148	AAATG	2	10	122149	122158	60 %	20 %	20 %	0 %	399995440
86	NT_187148	AAGCA	2	10	123641	123650	60 %	0 %	20 %	20 %	399995442
87	NT_187148	GATCG	2	10	125170	125179	20 %	20 %	40 %	20 %	399995442
88	NT_187148	CGGCT	2	10	129497	129506	0 %	20 %	40 %	40 %	399995449
89	NT_187148	GACGC	2	10	131170	131179	20 %	0 %	40 %	40 %	399995451
90	NT_187148	CGATC	2	10	133375	133384	20 %	20 %	20 %	40 %	399995451
91	NT_187148	TCAGG	2	10	136964	136973	20 %	20 %	40 %	20 %	399995455
92	NT_187148	AGGGC	2	10	137182	137191	20 %	0 %	60 %	20 %	399995455
93	NT_187148	CCCGG	2	10	137200	137209	0 %	0 %	40 %	60 %	399995455
94	NT_187148	CGCTT	2	10	137755	137764	0 %	40 %	20 %	40 %	399995456
95	NT_187148	GCATC	2	10	138324	138333	20 %	20 %	20 %	40 %	399995456
96	NT_187148	CTCGC	2	10	139584	139593	0 %	20 %	20 %	60 %	399995459
97	NT_187148	CGGTA	2	10	141726	141735	20 %	20 %	40 %	20 %	399995461
98	NT_187148	CGTCG	2	10	142150	142159	0 %	20 %	40 %	40 %	399995461
99	NT_187148	CTCGG	2	10	142251	142260	0 %	20 %	40 %	40 %	399995462
100	NT_187148	TTCCC	2	10	143199	143208	0 %	40 %	0 %	60 %	399995462
101	NT_187148	CCGCG	2	10	143260	143269	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
102	NT_187148	TCCCC	2	10	143481	143490	0 %	20 %	0 %	80 %	399995463
103	NT_187148	CGCGC	2	10	144140	144149	0 %	0 %	40 %	60 %	399995463
104	NT_187148	GCGCC	2	10	144446	144455	0 %	0 %	40 %	60 %	399995464
105	NT_187148	GCGTC	2	10	145577	145586	0 %	20 %	40 %	40 %	399995466
106	NT_187148	CTGCC	2	10	147000	147009	0 %	20 %	20 %	60 %	399995468
107	NT_187148	CCCTC	2	10	147728	147737	0 %	20 %	0 %	80 %	399995469
108	NT_187148	GCCCC	2	10	149509	149518	0 %	0 %	20 %	80 %	399995470
109	NT_187148	CCCCT	2	10	150250	150259	0 %	20 %	0 %	80 %	399995472
110	NT_187148	CGTCC	2	10	150362	150371	0 %	20 %	20 %	60 %	399995472
111	NT_187148	GAGCA	2	10	151720	151729	40 %	0 %	40 %	20 %	399995474
112	NT_187148	TCGAA	2	10	152198	152207	40 %	20 %	20 %	20 %	399995475
113	NT_187148	TCGAA	2	10	153128	153137	40 %	20 %	20 %	20 %	399995476
114	NT_187148	AGGAC	2	10	155816	155825	40 %	0 %	40 %	20 %	399995478
115	NT_187148	ACGTC	2	10	156086	156095	20 %	20 %	20 %	40 %	399995478
116	NT_187148	CGGTA	2	10	157780	157789	20 %	20 %	40 %	20 %	399995479
117	NT_187148	CTCCG	2	10	159726	159735	0 %	20 %	20 %	60 %	399995482
118	NT_187148	CGCGT	2	10	162312	162321	0 %	20 %	40 %	40 %	399995484
119	NT_187148	ACATG	2	10	162840	162849	40 %	20 %	20 %	20 %	399995484
120	NT_187148	CGGTT	2	10	164134	164143	0 %	40 %	40 %	20 %	399995484
121	NT_187148	CCGTC	2	10	166363	166372	0 %	20 %	20 %	60 %	399995486
122	NT_187148	GGGCG	2	10	166642	166651	0 %	0 %	80 %	20 %	399995486
123	NT_187148	CGGGG	2	10	167987	167996	0 %	0 %	80 %	20 %	399995488
124	NT_187148	CGTCC	2	10	168153	168162	0 %	20 %	20 %	60 %	399995488
125	NT_187148	ATTTC	2	10	169266	169275	20 %	60 %	0 %	20 %	399995489
126	NT_187148	GGGTC	2	10	169462	169471	0 %	20 %	60 %	20 %	399995489
127	NT_187148	GGCAT	2	10	172114	172123	20 %	20 %	40 %	20 %	399995490
128	NT_187148	CGTTT	2	10	173462	173471	0 %	60 %	20 %	20 %	399995490
129	NT_187148	TTTCC	2	10	176621	176630	0 %	60 %	0 %	40 %	399995492
130	NT_187148	GGCAG	2	10	177504	177513	20 %	0 %	60 %	20 %	399995492
131	NT_187148	ATCGG	2	10	179330	179339	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NT_187148	CGGCC	2	10	180035	180044	0 %	0 %	40 %	60 %	399995494
133	NT_187148	CGTCC	2	10	180493	180502	0 %	20 %	20 %	60 %	399995495
134	NT_187148	GCGGA	2	10	180703	180712	20 %	0 %	60 %	20 %	399995495
135	NT_187148	TCGCG	2	10	181119	181128	0 %	20 %	40 %	40 %	399995496
136	NT_187148	AAGGA	2	10	184395	184404	60 %	0 %	40 %	0 %	399995498
137	NT_187148	AGTGC	2	10	184444	184453	20 %	20 %	40 %	20 %	399995498
138	NT_187148	TGCAA	2	10	184553	184562	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NT_187148	GAATT	2	10	185146	185155	40 %	40 %	20 %	0 %	399995499
140	NT_187148	TCTTT	2	10	187772	187781	0 %	80 %	0 %	20 %	399995504
141	NT_187148	GCCGA	2	10	188863	188872	20 %	0 %	40 %	40 %	399995505
142	NT_187148	CGATC	2	10	188874	188883	20 %	20 %	20 %	40 %	399995505
143	NT_187148	GCCGA	2	10	188920	188929	20 %	0 %	40 %	40 %	399995505
144	NT_187148	CAGGG	2	10	190680	190689	20 %	0 %	60 %	20 %	399995506
145	NT_187148	TGCAG	2	10	194541	194550	20 %	20 %	40 %	20 %	399995510
146	NT_187148	CCACC	2	10	197965	197974	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
147	NT_187148	CCCAT	2	10	199348	199357	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
148	NT_187148	ATCCG	2	10	199460	199469	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
149	NT_187148	CTGGT	2	10	200163	200172	0 %	40 %	40 %	20 %	399995515
150	NT_187148	GAATG	2	10	200561	200570	40 %	20 %	40 %	0 %	399995516
151	NT_187148	CGATC	2	10	202827	202836	20 %	20 %	20 %	40 %	399995518
152	NT_187148	CGTCC	2	10	203401	203410	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
153	NT_187148	CTCAC	2	10	203481	203490	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
154	NT_187148	CGGCG	2	10	204380	204389	0 %	0 %	60 %	40 %	399995520
155	NT_187148	GTCGC	2	10	204441	204450	0 %	20 %	40 %	40 %	399995520
156	NT_187148	GTTCG	2	10	204739	204748	0 %	40 %	40 %	20 %	399995520
157	NT_187148	CGGCA	2	10	204993	205002	20 %	0 %	40 %	40 %	399995520
158	NT_187148	CTTTC	2	10	206231	206240	0 %	60 %	0 %	40 %	399995520
159	NT_187148	TTCGC	2	10	213635	213644	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
160	NT_187148	ACCCG	2	10	215509	215518	20 %	0 %	20 %	60 %	399995530
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164	NT_187148	TGTCC	2	10	224984	224993	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
165	NT_187148	AGCGA	2	10	225298	225307	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
166	NT_187148	GGAAG	2	10	226988	226997	40 %	0 %	60 %	0 %	399995541
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168	NT_187148	TGAGC	2	10	227666	227675	20 %	20 %	40 %	20 %	399995541
169	NT_187148	ATCCG	2	10	231177	231186	20 %	20 %	20 %	40 %	399995545
170	NT_187148	TCACC	2	10	231664	231673	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
171	NT_187148	TGTCG	2	10	232801	232810	0 %	40 %	40 %	20 %	399995548
172	NT_187148	TTTGG	2	10	233190	233199	0 %	60 %	40 %	0 %	399995549
173	NT_187148	ATGCA	2	10	235010	235019	40 %	20 %	20 %	20 %	399995551
174	NT_187148	ATGAA	2	10	236325	236334	60 %	20 %	20 %	0 %	399995552
175	NT_187148	CTTCG	2	10	236586	236595	0 %	40 %	20 %	40 %	399995553
176	NT_187148	ACGGC	2	10	236809	236818	20 %	0 %	40 %	40 %	399995553
177	NT_187148	TCGGC	2	10	237969	237978	0 %	20 %	40 %	40 %	399995554
178	NT_187148	TGATC	2	10	242469	242478	20 %	40 %	20 %	20 %	399995559
179	NT_187148	CGAAC	2	10	243045	243054	40 %	0 %	20 %	40 %	399995560
180	NT_187148	CCGAC	2	10	243907	243916	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
181	NT_187148	GCGCA	2	10	246197	246206	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
182	NT_187148	CCGAC	2	10	246998	247007	20 %	0 %	20 %	60 %	399995565
183	NT_187148	CCGAC	2	10	248024	248033	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.