MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d partial sequence

Total Repeats: 189

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187147	CGGCC	2	10	3366	3375	0 %	0 %	40 %	60 %	399995013
2	NT_187147	CGTGG	2	10	5781	5790	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
3	NT_187147	CGGAG	2	10	5919	5928	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NT_187147	ACCTT	2	10	7051	7060	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NT_187147	TCGCG	2	10	7881	7890	0 %	20 %	40 %	40 %	399995020
6	NT_187147	TGCCG	2	10	8602	8611	0 %	20 %	40 %	40 %	399995021
7	NT_187147	GTTCG	2	10	9771	9780	0 %	40 %	40 %	20 %	399995023
8	NT_187147	GATCA	2	10	10347	10356	40 %	20 %	20 %	20 %	399995024
9	NT_187147	CCGGC	2	10	10578	10587	0 %	0 %	40 %	60 %	399995025
10	NT_187147	GACCG	2	10	13443	13452	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NT_187147	AAGGG	2	10	13468	13477	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
12	NT_187147	CCAAC	2	10	13891	13900	40 %	0 %	0 %	60 %	399995030
13	NT_187147	GACGA	2	10	15666	15675	40 %	0 %	40 %	20 %	399995032
14	NT_187147	GATCC	2	10	18272	18281	20 %	20 %	20 %	40 %	399995036
15	NT_187147	TGGCC	2	10	20883	20892	0 %	20 %	40 %	40 %	399995039
16	NT_187147	TGATC	2	10	23760	23769	20 %	40 %	20 %	20 %	399995044
17	NT_187147	TTTCG	2	10	25650	25659	0 %	60 %	20 %	20 %	399995047
18	NT_187147	GCCCT	2	10	26011	26020	0 %	20 %	20 %	60 %	399995048
19	NT_187147	TTCTT	2	10	26435	26444	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NT_187147	GACGG	2	10	28156	28165	20 %	0 %	60 %	20 %	399995050
21	NT_187147	CATTT	2	10	28607	28616	20 %	60 %	0 %	20 %	399995051
22	NT_187147	CAGCA	2	10	30721	30730	40 %	0 %	20 %	40 %	399995052
23	NT_187147	CTCTT	2	10	31701	31710	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NT_187147	GTCGC	2	10	36052	36061	0 %	20 %	40 %	40 %	399995057
25	NT_187147	TTGGT	2	10	36867	36876	0 %	60 %	40 %	0 %	399995057
26	NT_187147	CACGC	2	10	39799	39808	20 %	0 %	20 %	60 %	399995061
27	NT_187147	GCTGG	2	10	41040	41049	0 %	20 %	60 %	20 %	399995062
28	NT_187147	TGATG	2	10	41359	41368	20 %	40 %	40 %	0 %	399995062
29	NT_187147	CGGAA	2	10	41587	41596	40 %	0 %	40 %	20 %	399995063
30	NT_187147	GCGTC	2	10	41713	41722	0 %	20 %	40 %	40 %	399995063
31	NT_187147	GATCC	2	10	42242	42251	20 %	20 %	20 %	40 %	399995063
32	NT_187147	CAATA	2	10	43797	43806	60 %	20 %	0 %	20 %	399995064
33	NT_187147	CGACT	2	10	44328	44337	20 %	20 %	20 %	40 %	399995064
34	NT_187147	TCGGT	2	10	45821	45830	0 %	40 %	40 %	20 %	399995066
35	NT_187147	GCTTT	2	10	46877	46886	0 %	60 %	20 %	20 %	399995067
36	NT_187147	CGCAG	2	10	48028	48037	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NT_187147	TCGGC	2	10	48486	48495	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NT_187147	AGCTG	2	10	48513	48522	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NT_187147	ATCTG	2	10	48786	48795	20 %	40 %	20 %	20 %	399995069
40	NT_187147	AGGAG	2	10	49277	49286	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
41	NT_187147	CCATC	2	10	53021	53030	20 %	20 %	0 %	60 %	399995075
42	NT_187147	GTTCC	2	10	55171	55180	0 %	40 %	20 %	40 %	399995078
43	NT_187147	CGGCG	2	10	57413	57422	0 %	0 %	60 %	40 %	399995079
44	NT_187147	TTGAA	2	10	60606	60615	40 %	40 %	20 %	0 %	399995081
45	NT_187147	CATGA	2	10	61958	61967	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NT_187147	GAGCG	2	10	65551	65560	20 %	0 %	60 %	20 %	399995086
47	NT_187147	GAACA	2	10	66321	66330	60 %	0 %	20 %	20 %	399995087
48	NT_187147	GATCG	2	10	68392	68401	20 %	20 %	40 %	20 %	399995090
49	NT_187147	ATTGG	2	10	68954	68963	20 %	40 %	40 %	0 %	399995090
50	NT_187147	AACGT	2	10	71166	71175	40 %	20 %	20 %	20 %	399995093
51	NT_187147	ACTAT	2	10	71785	71794	40 %	40 %	0 %	20 %	399995094
52	NT_187147	GCGAG	2	10	72074	72083	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NT_187147	AGTTC	2	10	72557	72566	20 %	40 %	20 %	20 %	399995095
54	NT_187147	GCTGA	2	10	72872	72881	20 %	20 %	40 %	20 %	399995095
55	NT_187147	GAAAT	2	10	72886	72895	60 %	20 %	20 %	0 %	399995095
56	NT_187147	CATCC	2	10	73836	73845	20 %	20 %	0 %	60 %	399995096
57	NT_187147	GCGAA	2	10	73970	73979	40 %	0 %	40 %	20 %	399995096
58	NT_187147	TGCGA	2	10	75114	75123	20 %	20 %	40 %	20 %	399995097
59	NT_187147	TCTGG	2	10	75693	75702	0 %	40 %	40 %	20 %	399995099
60	NT_187147	CCGCG	2	10	76762	76771	0 %	0 %	40 %	60 %	399995100
61	NT_187147	GCATT	2	10	80468	80477	20 %	40 %	20 %	20 %	399995103
62	NT_187147	GCCTT	2	10	81453	81462	0 %	40 %	20 %	40 %	399995104
63	NT_187147	CGCGA	2	10	81965	81974	20 %	0 %	40 %	40 %	399995104
64	NT_187147	GCGAC	2	10	82267	82276	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NT_187147	GCCGA	2	10	83207	83216	20 %	0 %	40 %	40 %	399995105
66	NT_187147	CGAGG	2	10	83396	83405	20 %	0 %	60 %	20 %	399995105
67	NT_187147	CAGCG	2	10	84644	84653	20 %	0 %	40 %	40 %	399995106
68	NT_187147	ATCCA	2	10	85205	85214	40 %	20 %	0 %	40 %	399995106
69	NT_187147	GCGCC	2	10	85364	85373	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
70	NT_187147	GCCTG	2	10	86158	86167	0 %	20 %	40 %	40 %	399995108
71	NT_187147	CAGGA	2	10	86539	86548	40 %	0 %	40 %	20 %	399995108
72	NT_187147	GATCG	2	10	87753	87762	20 %	20 %	40 %	20 %	399995109
73	NT_187147	AAGCG	2	10	89909	89918	40 %	0 %	40 %	20 %	399995111
74	NT_187147	GCCTA	2	10	90682	90691	20 %	20 %	20 %	40 %	399995111
75	NT_187147	TGCGG	2	10	91799	91808	0 %	20 %	60 %	20 %	399995113
76	NT_187147	GCATC	2	10	92702	92711	20 %	20 %	20 %	40 %	399995114
77	NT_187147	TCATG	2	10	93258	93267	20 %	40 %	20 %	20 %	399995115
78	NT_187147	GCATT	2	10	105070	105079	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NT_187147	GAAAA	2	10	106862	106871	80 %	0 %	20 %	0 %	399995130
80	NT_187147	TCGTG	2	10	108188	108197	0 %	40 %	40 %	20 %	399995133
81	NT_187147	CCGAC	2	10	109046	109055	20 %	0 %	20 %	60 %	399995135
82	NT_187147	ACCAC	2	10	109378	109387	40 %	0 %	0 %	60 %	399995135
83	NT_187147	GTGGC	2	10	110775	110784	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NT_187147	GAGCC	2	10	111224	111233	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NT_187147	CGATG	2	10	112539	112548	20 %	20 %	40 %	20 %	399995140
86	NT_187147	CCGGC	2	10	113127	113136	0 %	0 %	40 %	60 %	399995140
87	NT_187147	CCGGC	2	10	113496	113505	0 %	0 %	40 %	60 %	399995140
88	NT_187147	CCGGC	2	10	113865	113874	0 %	0 %	40 %	60 %	399995140
89	NT_187147	CCGGC	2	10	114234	114243	0 %	0 %	40 %	60 %	399995140
90	NT_187147	CGAGC	2	10	115260	115269	20 %	0 %	40 %	40 %	399995140
91	NT_187147	CGAGC	2	10	115893	115902	20 %	0 %	40 %	40 %	399995140
92	NT_187147	AATCC	2	10	117560	117569	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NT_187147	GCTTT	2	10	119518	119527	0 %	60 %	20 %	20 %	399995144
94	NT_187147	TCGTC	2	10	119966	119975	0 %	40 %	20 %	40 %	399995144
95	NT_187147	GCCGG	2	10	120397	120406	0 %	0 %	60 %	40 %	399995145
96	NT_187147	GCGCT	2	10	122701	122710	0 %	20 %	40 %	40 %	399995146
97	NT_187147	CAGCG	2	10	123623	123632	20 %	0 %	40 %	40 %	399995147
98	NT_187147	ATCCA	2	10	124184	124193	40 %	20 %	0 %	40 %	399995147
99	NT_187147	GACGA	2	10	128325	128334	40 %	0 %	40 %	20 %	399995152
100	NT_187147	AGGAC	2	10	130908	130917	40 %	0 %	40 %	20 %	399995155
101	NT_187147	CCGGA	2	10	132771	132780	20 %	0 %	40 %	40 %	399995158
102	NT_187147	GCAGC	2	10	133865	133874	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NT_187147	GCATC	2	10	135616	135625	20 %	20 %	20 %	40 %	399995161
104	NT_187147	CGGAA	2	10	140039	140048	40 %	0 %	40 %	20 %	399995164
105	NT_187147	TGCGC	2	10	140468	140477	0 %	20 %	40 %	40 %	399995164
106	NT_187147	TTGTG	2	10	140907	140916	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NT_187147	GGCGT	2	10	140971	140980	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
108	NT_187147	CGTTC	2	10	142486	142495	0 %	40 %	20 %	40 %	399995166
109	NT_187147	GATAT	2	10	144954	144963	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NT_187147	CTCGG	2	10	145682	145691	0 %	20 %	40 %	40 %	399995170
111	NT_187147	ACGCG	2	10	145948	145957	20 %	0 %	40 %	40 %	399995170
112	NT_187147	TCGCC	2	10	147069	147078	0 %	20 %	20 %	60 %	399995171
113	NT_187147	CAGCG	2	10	149683	149692	20 %	0 %	40 %	40 %	399995174
114	NT_187147	ATCCA	2	10	150244	150253	40 %	20 %	0 %	40 %	399995174
115	NT_187147	GACCT	2	10	152307	152316	20 %	20 %	20 %	40 %	399995177
116	NT_187147	TGTTA	2	10	152432	152441	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NT_187147	TGCAC	2	10	154370	154379	20 %	20 %	20 %	40 %	399995179
118	NT_187147	ACCGT	2	10	154450	154459	20 %	20 %	20 %	40 %	399995179
119	NT_187147	CGGAC	2	10	156387	156396	20 %	0 %	40 %	40 %	399995180
120	NT_187147	CCCTT	2	10	164539	164548	0 %	40 %	0 %	60 %	399995186
121	NT_187147	TTGCC	2	10	171613	171622	0 %	40 %	20 %	40 %	399995193
122	NT_187147	TTTCC	2	10	172623	172632	0 %	60 %	0 %	40 %	399995194
123	NT_187147	GGCGA	2	10	174053	174062	20 %	0 %	60 %	20 %	399995195
124	NT_187147	GTGTC	2	10	177032	177041	0 %	40 %	40 %	20 %	399995197
125	NT_187147	GCGCG	2	10	177513	177522	0 %	0 %	60 %	40 %	399995197
126	NT_187147	TGGCC	2	10	177576	177585	0 %	20 %	40 %	40 %	399995197
127	NT_187147	GTGCC	2	10	177672	177681	0 %	20 %	40 %	40 %	399995197
128	NT_187147	GATTG	2	10	178741	178750	20 %	40 %	40 %	0 %	399995199
129	NT_187147	CCGCA	2	10	179626	179635	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NT_187147	CAATT	2	10	179646	179655	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NT_187147	TCAGT	2	10	179742	179751	20 %	40 %	20 %	20 %	399995201
132	NT_187147	GCCTT	2	10	183822	183831	0 %	40 %	20 %	40 %	399995206
133	NT_187147	TCGAT	2	10	186360	186369	20 %	40 %	20 %	20 %	399995210
134	NT_187147	AGCCC	2	10	193431	193440	20 %	0 %	20 %	60 %	399995217
135	NT_187147	GAAGA	2	10	193896	193905	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NT_187147	ACCAA	2	10	195999	196008	60 %	0 %	0 %	40 %	399995221
137	NT_187147	GCGAC	2	10	196814	196823	20 %	0 %	40 %	40 %	399995221
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179	NT_187147	GGCAA	2	10	255877	255886	40 %	0 %	40 %	20 %	399995286
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189	NT_187147	CGATG	2	10	272936	272945	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.