MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium DT104 plasmid pDT104

Total Repeats: 60

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022570	ACTGG	2	10	923	932	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_022570	TCGTC	2	10	1630	1639	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_022570	ACCAC	2	10	4850	4859	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
4	NC_022570	ATGTT	2	10	4919	4928	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022570	GCTCC	2	10	4963	4972	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
6	NC_022570	GAATG	2	10	10110	10119	40 %	20 %	40 %	0 %	550903944
7	NC_022570	CCTTT	2	10	11834	11843	0 %	60 %	0 %	40 %	550903946
8	NC_022570	CTGTA	2	10	11954	11963	20 %	40 %	20 %	20 %	550903946
9	NC_022570	GGTCA	2	10	13970	13979	20 %	20 %	40 %	20 %	550903947
10	NC_022570	AATTT	2	10	14102	14111	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022570	TGCAA	2	10	14905	14914	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_022570	GGCCC	2	10	15494	15503	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
13	NC_022570	GCCGT	2	10	16314	16323	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_022570	TGACA	2	10	16374	16383	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_022570	CTGGT	2	10	27414	27423	0 %	40 %	40 %	20 %	550903966
16	NC_022570	TGAGT	2	10	28186	28195	20 %	40 %	40 %	0 %	550903967
17	NC_022570	AGGTC	2	10	30286	30295	20 %	20 %	40 %	20 %	550903968
18	NC_022570	TGAAC	2	10	31626	31635	40 %	20 %	20 %	20 %	550903969
19	NC_022570	GTTGA	2	10	32594	32603	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022570	TTTAC	2	10	33110	33119	20 %	60 %	0 %	20 %	550903970
21	NC_022570	ACGGG	2	10	33587	33596	20 %	0 %	60 %	20 %	550903970
22	NC_022570	ATTTT	2	10	34907	34916	20 %	80 %	0 %	0 %	550903971
23	NC_022570	CGCAG	2	10	36108	36117	20 %	0 %	40 %	40 %	550903972
24	NC_022570	CTGTT	2	10	37032	37041	0 %	60 %	20 %	20 %	550903973
25	NC_022570	TCCGG	2	10	37185	37194	0 %	20 %	40 %	40 %	550903973
26	NC_022570	TAATG	2	10	37475	37484	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022570	GTCTG	2	10	38717	38726	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_022570	CTGCC	2	10	39117	39126	0 %	20 %	20 %	60 %	550903975
29	NC_022570	TATAA	2	10	39624	39633	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022570	GCACA	2	10	40256	40265	40 %	0 %	20 %	40 %	550903976
31	NC_022570	GGACG	2	10	41558	41567	20 %	0 %	60 %	20 %	550903978
32	NC_022570	ACGGG	2	10	48056	48065	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_022570	ACGGG	2	10	49233	49242	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_022570	GAACT	2	10	50456	50465	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_022570	GGCCT	2	10	50758	50767	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_022570	GAACC	2	10	51601	51610	40 %	0 %	20 %	40 %	550903989
37	NC_022570	GAACA	2	10	54376	54385	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_022570	GGCGC	2	10	57173	57182	0 %	0 %	60 %	40 %	550903995
39	NC_022570	GAACT	2	10	58710	58719	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_022570	CCCCG	2	10	58749	58758	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
41	NC_022570	AAAAT	2	10	59654	59663	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022570	TAATT	2	10	60835	60844	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022570	AATAA	2	10	61129	61138	80 %	20 %	0 %	0 %	550903999
44	NC_022570	TTGTG	2	10	62012	62021	0 %	60 %	40 %	0 %	550904000
45	NC_022570	ACGGT	2	10	62900	62909	20 %	20 %	40 %	20 %	550904001
46	NC_022570	ACATT	2	10	63908	63917	40 %	40 %	0 %	20 %	550904003
47	NC_022570	AAAAT	2	10	64568	64577	80 %	20 %	0 %	0 %	550904004
48	NC_022570	TCCGG	2	10	66351	66360	0 %	20 %	40 %	40 %	550904006
49	NC_022570	AGCGA	2	10	69618	69627	40 %	0 %	40 %	20 %	550904011
50	NC_022570	AAAAT	2	10	73618	73627	80 %	20 %	0 %	0 %	550904015
51	NC_022570	CTGAA	2	10	73757	73766	40 %	20 %	20 %	20 %	550904016
52	NC_022570	GCGCA	2	10	81693	81702	20 %	0 %	40 %	40 %	550904023
53	NC_022570	ATTTC	2	10	84108	84117	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_022570	GACCT	2	10	86023	86032	20 %	20 %	20 %	40 %	550904026
55	NC_022570	GGCGC	2	10	88943	88952	0 %	0 %	60 %	40 %	550904028
56	NC_022570	GGCAG	2	10	89052	89061	20 %	0 %	60 %	20 %	550904028
57	NC_022570	CCGGA	2	10	89093	89102	20 %	0 %	40 %	40 %	550904028
58	NC_022570	CGAAA	2	10	90316	90325	60 %	0 %	20 %	20 %	550904028
59	NC_022570	GGGTT	2	10	91717	91726	0 %	40 %	60 %	0 %	550904028
60	NC_022570	GCCGT	2	10	91854	91863	0 %	20 %	40 %	40 %	550904028

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.