MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Cubana str. CFSAN002050 plasmid

Total Repeats: 430

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021845	CTTT	2	8	225	232	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_021845	CTTT	2	8	342	349	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_021845	TTAA	2	8	664	671	50 %	50 %	0 %	0 %	525937633
4	NC_021845	CAAT	2	8	1618	1625	50 %	25 %	0 %	25 %	525937634
5	NC_021845	TGCT	2	8	1835	1842	0 %	50 %	25 %	25 %	525937634
6	NC_021845	TATC	2	8	2038	2045	25 %	50 %	0 %	25 %	525937634
7	NC_021845	ATTT	2	8	2267	2274	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021845	AGCA	2	8	2280	2287	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_021845	ATCC	2	8	2456	2463	25 %	25 %	0 %	50 %	525937635
10	NC_021845	GCTG	2	8	2748	2755	0 %	25 %	50 %	25 %	525937635
11	NC_021845	GATA	2	8	3014	3021	50 %	25 %	25 %	0 %	525937635
12	NC_021845	ATCC	2	8	3294	3301	25 %	25 %	0 %	50 %	525937635
13	NC_021845	CCAG	2	8	3549	3556	25 %	0 %	25 %	50 %	525937635
14	NC_021845	AAGA	2	8	3732	3739	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021845	TGTA	2	8	3798	3805	25 %	50 %	25 %	0 %	525937636
16	NC_021845	CCTG	2	8	5469	5476	0 %	25 %	25 %	50 %	525937637
17	NC_021845	AATA	2	8	5519	5526	75 %	25 %	0 %	0 %	525937637
18	NC_021845	CATT	2	8	5740	5747	25 %	50 %	0 %	25 %	525937637
19	NC_021845	TTTA	2	8	5918	5925	25 %	75 %	0 %	0 %	525937637
20	NC_021845	TTAT	2	8	6239	6246	25 %	75 %	0 %	0 %	525937638
21	NC_021845	CAGT	2	8	6377	6384	25 %	25 %	25 %	25 %	525937638
22	NC_021845	ATCA	2	8	6799	6806	50 %	25 %	0 %	25 %	525937638
23	NC_021845	CCTG	2	8	6881	6888	0 %	25 %	25 %	50 %	525937638
24	NC_021845	ATTT	2	8	7444	7451	25 %	75 %	0 %	0 %	525937639
25	NC_021845	ATTT	2	8	8874	8881	25 %	75 %	0 %	0 %	525937641
26	NC_021845	AATT	2	8	9464	9471	50 %	50 %	0 %	0 %	525937641
27	NC_021845	GGGT	2	8	9769	9776	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021845	ACTT	2	8	9842	9849	25 %	50 %	0 %	25 %	525937642
29	NC_021845	GTCA	2	8	10083	10090	25 %	25 %	25 %	25 %	525937642
30	NC_021845	TAAA	2	8	10219	10226	75 %	25 %	0 %	0 %	525937643
31	NC_021845	TACA	2	8	10236	10243	50 %	25 %	0 %	25 %	525937643
32	NC_021845	TGTT	2	8	11005	11012	0 %	75 %	25 %	0 %	525937643
33	NC_021845	TCAT	2	8	11158	11165	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_021845	AGAA	2	8	11559	11566	75 %	0 %	25 %	0 %	525937644
35	NC_021845	TCTT	2	8	11632	11639	0 %	75 %	0 %	25 %	525937644
36	NC_021845	TTGA	2	8	11915	11922	25 %	50 %	25 %	0 %	525937644
37	NC_021845	TCCA	2	8	11930	11937	25 %	25 %	0 %	50 %	525937644
38	NC_021845	CCAT	2	8	12310	12317	25 %	25 %	0 %	50 %	525937644
39	NC_021845	CTTT	2	8	13681	13688	0 %	75 %	0 %	25 %	525937645
40	NC_021845	TCAA	2	8	13800	13807	50 %	25 %	0 %	25 %	525937645
41	NC_021845	ACCT	2	8	14397	14404	25 %	25 %	0 %	50 %	525937646
42	NC_021845	ACCG	2	8	15306	15313	25 %	0 %	25 %	50 %	525937646
43	NC_021845	AACC	2	8	15787	15794	50 %	0 %	0 %	50 %	525937646
44	NC_021845	TGTT	2	8	15804	15811	0 %	75 %	25 %	0 %	525937646
45	NC_021845	CCTT	2	8	17101	17108	0 %	50 %	0 %	50 %	525937646
46	NC_021845	ATTG	2	8	17121	17128	25 %	50 %	25 %	0 %	525937646
47	NC_021845	CTGA	2	8	18494	18501	25 %	25 %	25 %	25 %	525937647
48	NC_021845	CCAT	2	8	18948	18955	25 %	25 %	0 %	50 %	525937649
49	NC_021845	CCAT	2	8	19220	19227	25 %	25 %	0 %	50 %	525937649
50	NC_021845	ACTG	2	8	19478	19485	25 %	25 %	25 %	25 %	525937649
51	NC_021845	CTTT	2	8	19583	19590	0 %	75 %	0 %	25 %	525937649
52	NC_021845	CGTA	2	8	19629	19636	25 %	25 %	25 %	25 %	525937649
53	NC_021845	TTTC	2	8	19732	19739	0 %	75 %	0 %	25 %	525937649
54	NC_021845	TGCT	2	8	19999	20006	0 %	50 %	25 %	25 %	525937649
55	NC_021845	TGCT	2	8	20139	20146	0 %	50 %	25 %	25 %	525937649
56	NC_021845	TCAA	2	8	20381	20388	50 %	25 %	0 %	25 %	525937650
57	NC_021845	CCAT	2	8	20462	20469	25 %	25 %	0 %	50 %	525937650
58	NC_021845	ATCA	2	8	20602	20609	50 %	25 %	0 %	25 %	525937650
59	NC_021845	ATTA	2	8	21039	21046	50 %	50 %	0 %	0 %	525937651
60	NC_021845	ACTT	2	8	21079	21086	25 %	50 %	0 %	25 %	525937651
61	NC_021845	GGTT	2	8	21304	21311	0 %	50 %	50 %	0 %	525937651
62	NC_021845	TATC	2	8	21508	21515	25 %	50 %	0 %	25 %	525937651
63	NC_021845	ACAG	2	8	22026	22033	50 %	0 %	25 %	25 %	525937651
64	NC_021845	TACT	2	8	22101	22108	25 %	50 %	0 %	25 %	525937651
65	NC_021845	TTCC	2	8	22226	22233	0 %	50 %	0 %	50 %	525937651
66	NC_021845	TGTC	2	8	22444	22451	0 %	50 %	25 %	25 %	525937651
67	NC_021845	ACCA	2	8	22850	22857	50 %	0 %	0 %	50 %	525937651
68	NC_021845	TCAG	2	8	22935	22942	25 %	25 %	25 %	25 %	525937651
69	NC_021845	AATC	2	8	24355	24362	50 %	25 %	0 %	25 %	525937651
70	NC_021845	GAAA	2	8	24857	24864	75 %	0 %	25 %	0 %	525937651
71	NC_021845	TTGA	2	8	24936	24943	25 %	50 %	25 %	0 %	525937651
72	NC_021845	TGAA	2	8	26792	26799	50 %	25 %	25 %	0 %	525937654
73	NC_021845	AAAT	2	8	27753	27760	75 %	25 %	0 %	0 %	525937655
74	NC_021845	TTTC	2	8	27865	27872	0 %	75 %	0 %	25 %	525937655
75	NC_021845	TTTC	2	8	28866	28873	0 %	75 %	0 %	25 %	525937656
76	NC_021845	AGTA	2	8	29246	29253	50 %	25 %	25 %	0 %	525937657
77	NC_021845	TTTC	2	8	29407	29414	0 %	75 %	0 %	25 %	525937658
78	NC_021845	TTTG	2	8	29509	29516	0 %	75 %	25 %	0 %	525937658
79	NC_021845	TAGG	2	8	29988	29995	25 %	25 %	50 %	0 %	525937658
80	NC_021845	ACAA	2	8	30217	30224	75 %	0 %	0 %	25 %	525937658
81	NC_021845	GAAA	2	8	31053	31060	75 %	0 %	25 %	0 %	525937659
82	NC_021845	ACTG	2	8	31162	31169	25 %	25 %	25 %	25 %	525937660
83	NC_021845	GTCA	2	8	31173	31180	25 %	25 %	25 %	25 %	525937660
84	NC_021845	GTTA	2	8	31556	31563	25 %	50 %	25 %	0 %	525937660
85	NC_021845	ACTA	2	8	31749	31756	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_021845	TTTA	2	8	31830	31837	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021845	TATT	2	8	32092	32099	25 %	75 %	0 %	0 %	525937661
88	NC_021845	CTTC	2	8	32756	32763	0 %	50 %	0 %	50 %	525937661
89	NC_021845	CGTT	2	8	33624	33631	0 %	50 %	25 %	25 %	525937662
90	NC_021845	TGTT	2	8	34468	34475	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021845	ATCT	2	8	34636	34643	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_021845	CAGC	2	8	34828	34835	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_021845	GCAT	2	8	34943	34950	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_021845	CTTT	2	8	38707	38714	0 %	75 %	0 %	25 %	525937663
95	NC_021845	GTTT	2	8	38820	38827	0 %	75 %	25 %	0 %	525937663
96	NC_021845	AGGA	2	8	38854	38861	50 %	0 %	50 %	0 %	525937663
97	NC_021845	TGAT	2	8	38877	38884	25 %	50 %	25 %	0 %	525937663
98	NC_021845	CATA	2	8	40301	40308	50 %	25 %	0 %	25 %	525937663
99	NC_021845	ACTT	2	8	40589	40596	25 %	50 %	0 %	25 %	525937663
100	NC_021845	GACA	2	8	40880	40887	50 %	0 %	25 %	25 %	525937663
101	NC_021845	ATCA	2	8	40995	41002	50 %	25 %	0 %	25 %	525937663
102	NC_021845	TTGT	2	8	41542	41549	0 %	75 %	25 %	0 %	525937664
103	NC_021845	CAGA	2	8	41887	41894	50 %	0 %	25 %	25 %	525937664
104	NC_021845	CCTT	2	8	42801	42808	0 %	50 %	0 %	50 %	525937665
105	NC_021845	TTAG	2	8	42840	42847	25 %	50 %	25 %	0 %	525937665
106	NC_021845	ATAA	2	8	43257	43264	75 %	25 %	0 %	0 %	525937666
107	NC_021845	AAAT	2	8	43290	43297	75 %	25 %	0 %	0 %	525937666
108	NC_021845	CCTT	2	8	44174	44181	0 %	50 %	0 %	50 %	525937667
109	NC_021845	TTCG	2	8	44830	44837	0 %	50 %	25 %	25 %	525937668
110	NC_021845	GATG	2	8	44898	44905	25 %	25 %	50 %	0 %	525937668
111	NC_021845	TATC	2	8	44920	44927	25 %	50 %	0 %	25 %	525937668
112	NC_021845	CATA	2	8	45485	45492	50 %	25 %	0 %	25 %	525937669
113	NC_021845	GCTG	2	8	46221	46228	0 %	25 %	50 %	25 %	525937669
114	NC_021845	GTTT	2	8	46296	46303	0 %	75 %	25 %	0 %	525937669
115	NC_021845	ACTC	2	8	46825	46832	25 %	25 %	0 %	50 %	525937670
116	NC_021845	TTCA	2	8	46988	46995	25 %	50 %	0 %	25 %	525937670
117	NC_021845	TGTA	2	8	47122	47129	25 %	50 %	25 %	0 %	525937670
118	NC_021845	TCTT	2	8	47205	47212	0 %	75 %	0 %	25 %	525937670
119	NC_021845	TCAT	2	8	47293	47300	25 %	50 %	0 %	25 %	525937670
120	NC_021845	GAAT	2	8	47514	47521	50 %	25 %	25 %	0 %	525937671
121	NC_021845	CATG	2	8	47656	47663	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_021845	AACA	2	8	47937	47944	75 %	0 %	0 %	25 %	525937672
123	NC_021845	AAAG	2	8	48016	48023	75 %	0 %	25 %	0 %	525937672
124	NC_021845	GAAT	2	8	48065	48072	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021845	ATCT	2	8	48359	48366	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_021845	TACA	2	8	48431	48438	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_021845	TCAT	2	8	48456	48463	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_021845	CAAA	2	8	48856	48863	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_021845	AATG	2	8	48872	48879	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021845	AATG	2	8	48992	48999	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021845	ATAA	2	8	49130	49137	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021845	ATCA	2	8	49544	49551	50 %	25 %	0 %	25 %	525937673
133	NC_021845	TGTT	2	8	49672	49679	0 %	75 %	25 %	0 %	525937673
134	NC_021845	ATAG	2	8	49797	49804	50 %	25 %	25 %	0 %	525937673
135	NC_021845	GGAT	2	8	50028	50035	25 %	25 %	50 %	0 %	525937673
136	NC_021845	CCTT	2	8	50166	50173	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_021845	ATTC	2	8	50174	50181	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_021845	GCAT	2	8	50193	50200	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_021845	TCAA	2	8	50665	50672	50 %	25 %	0 %	25 %	525937674
140	NC_021845	AAGG	3	12	50683	50694	50 %	0 %	50 %	0 %	525937674
141	NC_021845	TAAA	2	8	51221	51228	75 %	25 %	0 %	0 %	525937674
142	NC_021845	ATGT	2	8	51941	51948	25 %	50 %	25 %	0 %	525937676
143	NC_021845	ACTC	2	8	52566	52573	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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420	NC_021845	GTAC	2	8	163117	163124	25 %	25 %	25 %	25 %	525937794
421	NC_021845	AGCC	2	8	163174	163181	25 %	0 %	25 %	50 %	525937794
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423	NC_021845	GCAA	2	8	164356	164363	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.