MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Cubana str. CFSAN002050 plasmid

Total Repeats: 185

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021819	AT	3	6	619	624	50 %	50 %	0 %	0 %	525842582
2	NC_021819	AT	3	6	1295	1300	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021819	TG	3	6	1662	1667	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021819	CT	3	6	2207	2212	0 %	50 %	0 %	50 %	525842586
5	NC_021819	AT	3	6	2625	2630	50 %	50 %	0 %	0 %	525842587
6	NC_021819	GA	3	6	5274	5279	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021819	GA	3	6	6188	6193	50 %	0 %	50 %	0 %	525842566
8	NC_021819	TC	4	8	6225	6232	0 %	50 %	0 %	50 %	525842566
9	NC_021819	AT	3	6	9801	9806	50 %	50 %	0 %	0 %	525842595
10	NC_021819	AG	5	10	10442	10451	50 %	0 %	50 %	0 %	525842595
11	NC_021819	TC	3	6	10756	10761	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_021819	GC	3	6	11517	11522	0 %	0 %	50 %	50 %	525842597
13	NC_021819	TC	3	6	11985	11990	0 %	50 %	0 %	50 %	525842597
14	NC_021819	CA	3	6	12578	12583	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_021819	CA	3	6	13694	13699	50 %	0 %	0 %	50 %	525842599
16	NC_021819	GC	3	6	15111	15116	0 %	0 %	50 %	50 %	525842600
17	NC_021819	GC	3	6	15533	15538	0 %	0 %	50 %	50 %	525842600
18	NC_021819	AC	3	6	18146	18151	50 %	0 %	0 %	50 %	525842601
19	NC_021819	TC	3	6	18211	18216	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_021819	TA	3	6	18681	18686	50 %	50 %	0 %	0 %	525842602
21	NC_021819	GT	3	6	18728	18733	0 %	50 %	50 %	0 %	525842602
22	NC_021819	AT	3	6	19572	19577	50 %	50 %	0 %	0 %	525842602
23	NC_021819	AG	3	6	19714	19719	50 %	0 %	50 %	0 %	525842602
24	NC_021819	GA	4	8	19876	19883	50 %	0 %	50 %	0 %	525842569
25	NC_021819	TC	3	6	19948	19953	0 %	50 %	0 %	50 %	525842569
26	NC_021819	AC	3	6	19967	19972	50 %	0 %	0 %	50 %	525842569
27	NC_021819	CG	3	6	20061	20066	0 %	0 %	50 %	50 %	525842569
28	NC_021819	CG	3	6	20151	20156	0 %	0 %	50 %	50 %	525842569
29	NC_021819	AT	3	6	20956	20961	50 %	50 %	0 %	0 %	525842603
30	NC_021819	TC	3	6	22151	22156	0 %	50 %	0 %	50 %	525842604
31	NC_021819	GC	3	6	22770	22775	0 %	0 %	50 %	50 %	525842605
32	NC_021819	GA	3	6	22889	22894	50 %	0 %	50 %	0 %	525842605
33	NC_021819	CG	3	6	24504	24509	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
34	NC_021819	TC	3	6	24567	24572	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_021819	AC	3	6	25960	25965	50 %	0 %	0 %	50 %	525842571
36	NC_021819	TG	3	6	26201	26206	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021819	GA	3	6	27265	27270	50 %	0 %	50 %	0 %	525842608
38	NC_021819	CA	3	6	28011	28016	50 %	0 %	0 %	50 %	525842609
39	NC_021819	GC	3	6	28707	28712	0 %	0 %	50 %	50 %	525842610
40	NC_021819	GA	3	6	29811	29816	50 %	0 %	50 %	0 %	525842610
41	NC_021819	AT	3	6	30271	30276	50 %	50 %	0 %	0 %	525842610
42	NC_021819	GA	3	6	30666	30671	50 %	0 %	50 %	0 %	525842610
43	NC_021819	GC	3	6	30772	30777	0 %	0 %	50 %	50 %	525842611
44	NC_021819	TC	3	6	31663	31668	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_021819	TC	3	6	32863	32868	0 %	50 %	0 %	50 %	525842613
46	NC_021819	AG	3	6	33131	33136	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021819	TC	3	6	34699	34704	0 %	50 %	0 %	50 %	525842614
48	NC_021819	GA	3	6	35339	35344	50 %	0 %	50 %	0 %	525842615
49	NC_021819	CT	3	6	35895	35900	0 %	50 %	0 %	50 %	525842615
50	NC_021819	AG	3	6	36085	36090	50 %	0 %	50 %	0 %	525842615
51	NC_021819	TA	3	6	37084	37089	50 %	50 %	0 %	0 %	525842616
52	NC_021819	GC	3	6	38181	38186	0 %	0 %	50 %	50 %	525842617
53	NC_021819	GC	3	6	38225	38230	0 %	0 %	50 %	50 %	525842617
54	NC_021819	TC	3	6	38964	38969	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_021819	GC	3	6	41078	41083	0 %	0 %	50 %	50 %	525842619
56	NC_021819	GC	3	6	41708	41713	0 %	0 %	50 %	50 %	525842620
57	NC_021819	GA	3	6	42394	42399	50 %	0 %	50 %	0 %	525842620
58	NC_021819	CG	3	6	45414	45419	0 %	0 %	50 %	50 %	525842622
59	NC_021819	GC	3	6	46248	46253	0 %	0 %	50 %	50 %	525842623
60	NC_021819	GA	3	6	47142	47147	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021819	CT	3	6	47461	47466	0 %	50 %	0 %	50 %	525842624
62	NC_021819	AG	3	6	47497	47502	50 %	0 %	50 %	0 %	525842624
63	NC_021819	AC	3	6	47683	47688	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_021819	CG	3	6	48505	48510	0 %	0 %	50 %	50 %	525842625
65	NC_021819	TA	3	6	48800	48805	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021819	GT	3	6	49457	49462	0 %	50 %	50 %	0 %	525842626
67	NC_021819	AG	3	6	50202	50207	50 %	0 %	50 %	0 %	525842626
68	NC_021819	TG	4	8	50335	50342	0 %	50 %	50 %	0 %	525842626
69	NC_021819	AT	3	6	51561	51566	50 %	50 %	0 %	0 %	525842628
70	NC_021819	AT	3	6	52121	52126	50 %	50 %	0 %	0 %	525842628
71	NC_021819	AT	3	6	52717	52722	50 %	50 %	0 %	0 %	525842629
72	NC_021819	CT	3	6	52739	52744	0 %	50 %	0 %	50 %	525842629
73	NC_021819	AG	3	6	53080	53085	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021819	GA	3	6	53141	53146	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021819	AG	3	6	53188	53193	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021819	CT	3	6	53275	53280	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_021819	AG	4	8	53297	53304	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021819	TA	4	8	54517	54524	50 %	50 %	0 %	0 %	525842630
79	NC_021819	CT	3	6	54657	54662	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_021819	GC	3	6	54853	54858	0 %	0 %	50 %	50 %	525842574
81	NC_021819	AT	3	6	55098	55103	50 %	50 %	0 %	0 %	525842574
82	NC_021819	AC	3	6	55189	55194	50 %	0 %	0 %	50 %	525842575
83	NC_021819	TA	3	6	56195	56200	50 %	50 %	0 %	0 %	525842576
84	NC_021819	GC	3	6	59153	59158	0 %	0 %	50 %	50 %	525842633
85	NC_021819	TC	3	6	59278	59283	0 %	50 %	0 %	50 %	525842633
86	NC_021819	CA	3	6	59827	59832	50 %	0 %	0 %	50 %	525842633
87	NC_021819	GT	3	6	59890	59895	0 %	50 %	50 %	0 %	525842633
88	NC_021819	CG	3	6	61889	61894	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
89	NC_021819	TC	3	6	61952	61957	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_021819	GC	3	6	63018	63023	0 %	0 %	50 %	50 %	525842636
91	NC_021819	GA	3	6	63137	63142	50 %	0 %	50 %	0 %	525842636
92	NC_021819	AT	3	6	63577	63582	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021819	TA	3	6	63613	63618	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021819	CA	3	6	63669	63674	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_021819	AG	3	6	64595	64600	50 %	0 %	50 %	0 %	525842637
96	NC_021819	AG	3	6	64756	64761	50 %	0 %	50 %	0 %	525842637
97	NC_021819	CA	3	6	64863	64868	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_021819	AT	3	6	66677	66682	50 %	50 %	0 %	0 %	525842641
99	NC_021819	AT	3	6	67052	67057	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021819	AG	3	6	67544	67549	50 %	0 %	50 %	0 %	525842642
101	NC_021819	TG	3	6	68917	68922	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021819	AT	3	6	68956	68961	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021819	AT	3	6	70079	70084	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021819	TA	3	6	70858	70863	50 %	50 %	0 %	0 %	525842644
105	NC_021819	AT	4	8	70888	70895	50 %	50 %	0 %	0 %	525842644
106	NC_021819	TC	4	8	71236	71243	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_021819	AT	3	6	71585	71590	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021819	TC	3	6	71671	71676	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_021819	CT	3	6	72636	72641	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_021819	AG	3	6	72923	72928	50 %	0 %	50 %	0 %	525842645
111	NC_021819	TC	3	6	73560	73565	0 %	50 %	0 %	50 %	525842645
112	NC_021819	CT	3	6	73934	73939	0 %	50 %	0 %	50 %	525842645
113	NC_021819	TA	3	6	74083	74088	50 %	50 %	0 %	0 %	525842645
114	NC_021819	AT	3	6	74463	74468	50 %	50 %	0 %	0 %	525842646
115	NC_021819	AT	4	8	74524	74531	50 %	50 %	0 %	0 %	525842646
116	NC_021819	CA	3	6	75090	75095	50 %	0 %	0 %	50 %	525842646
117	NC_021819	TC	3	6	75580	75585	0 %	50 %	0 %	50 %	525842646
118	NC_021819	GA	3	6	75634	75639	50 %	0 %	50 %	0 %	525842646
119	NC_021819	AT	3	6	76016	76021	50 %	50 %	0 %	0 %	525842646
120	NC_021819	TA	4	8	76028	76035	50 %	50 %	0 %	0 %	525842646
121	NC_021819	GA	3	6	76206	76211	50 %	0 %	50 %	0 %	525842646
122	NC_021819	TA	3	6	76253	76258	50 %	50 %	0 %	0 %	525842647
123	NC_021819	CT	3	6	76593	76598	0 %	50 %	0 %	50 %	525842647
124	NC_021819	CA	3	6	77136	77141	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_021819	GA	3	6	77608	77613	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021819	CG	3	6	79636	79641	0 %	0 %	50 %	50 %	525842651
127	NC_021819	AT	3	6	79936	79941	50 %	50 %	0 %	0 %	525842651
128	NC_021819	GA	3	6	80634	80639	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021819	TC	3	6	82374	82379	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_021819	AC	3	6	83065	83070	50 %	0 %	0 %	50 %	525842654
131	NC_021819	GA	3	6	83682	83687	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021819	AC	3	6	83994	83999	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_021819	TG	3	6	84632	84637	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021819	TG	3	6	85079	85084	0 %	50 %	50 %	0 %	525842657
135	NC_021819	TC	3	6	85498	85503	0 %	50 %	0 %	50 %	525842657
136	NC_021819	CT	3	6	85644	85649	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_021819	AT	3	6	86654	86659	50 %	50 %	0 %	0 %	525842660
138	NC_021819	AT	3	6	87214	87219	50 %	50 %	0 %	0 %	525842660
139	NC_021819	GA	3	6	88235	88240	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021819	AG	3	6	88282	88287	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021819	CT	3	6	88370	88375	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_021819	AG	4	8	88392	88399	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021819	TA	3	6	89612	89617	50 %	50 %	0 %	0 %	525842662
144	NC_021819	CT	3	6	89752	89757	0 %	50 %	0 %	50 %	525842662
145	NC_021819	AG	3	6	90195	90200	50 %	0 %	50 %	0 %	525842663
146	NC_021819	TG	3	6	90386	90391	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021819	AG	3	6	91398	91403	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.