MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Cubana str. CFSAN002050 plasmid

Total Repeats: 315

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021819	CTTG	2	8	311	318	0 %	50 %	25 %	25 %	525842581
2	NC_021819	CAAC	2	8	779	786	50 %	0 %	0 %	50 %	525842582
3	NC_021819	CATT	2	8	873	880	25 %	50 %	0 %	25 %	525842582
4	NC_021819	TGGA	2	8	1208	1215	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021819	TCAT	2	8	1364	1371	25 %	50 %	0 %	25 %	525842584
6	NC_021819	CAAT	2	8	1832	1839	50 %	25 %	0 %	25 %	525842585
7	NC_021819	GCAA	2	8	2247	2254	50 %	0 %	25 %	25 %	525842586
8	NC_021819	AATA	2	8	2387	2394	75 %	25 %	0 %	0 %	525842587
9	NC_021819	CTTC	2	8	2458	2465	0 %	50 %	0 %	50 %	525842587
10	NC_021819	CATT	2	8	2467	2474	25 %	50 %	0 %	25 %	525842587
11	NC_021819	TAAA	2	8	3255	3262	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021819	AGAT	2	8	3357	3364	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021819	TCAT	2	8	3602	3609	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_021819	AAAT	2	8	4073	4080	75 %	25 %	0 %	0 %	525842589
15	NC_021819	ATTT	2	8	4395	4402	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021819	GGGC	2	8	5153	5160	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
17	NC_021819	ATCT	2	8	5250	5257	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_021819	GCCA	2	8	5830	5837	25 %	0 %	25 %	50 %	525842566
19	NC_021819	ACAG	2	8	6592	6599	50 %	0 %	25 %	25 %	525842566
20	NC_021819	TTGG	2	8	6926	6933	0 %	50 %	50 %	0 %	525842591
21	NC_021819	TCCT	2	8	7224	7231	0 %	50 %	0 %	50 %	525842592
22	NC_021819	GCTT	2	8	7433	7440	0 %	50 %	25 %	25 %	525842592
23	NC_021819	ATGG	2	8	8183	8190	25 %	25 %	50 %	0 %	525842592
24	NC_021819	GAGT	2	8	9091	9098	25 %	25 %	50 %	0 %	525842594
25	NC_021819	GCCA	2	8	9890	9897	25 %	0 %	25 %	50 %	525842595
26	NC_021819	CGTA	2	8	10263	10270	25 %	25 %	25 %	25 %	525842595
27	NC_021819	AAAC	2	8	10957	10964	75 %	0 %	0 %	25 %	525842596
28	NC_021819	CTTG	2	8	11274	11281	0 %	50 %	25 %	25 %	525842567
29	NC_021819	CTGG	2	8	11791	11798	0 %	25 %	50 %	25 %	525842597
30	NC_021819	ACGT	2	8	12063	12070	25 %	25 %	25 %	25 %	525842597
31	NC_021819	CATG	2	8	13173	13180	25 %	25 %	25 %	25 %	525842598
32	NC_021819	TATG	2	8	13382	13389	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021819	ATGA	2	8	13547	13554	50 %	25 %	25 %	0 %	525842599
34	NC_021819	CAAA	2	8	13633	13640	75 %	0 %	0 %	25 %	525842599
35	NC_021819	ATTC	2	8	13882	13889	25 %	50 %	0 %	25 %	525842599
36	NC_021819	CAGC	2	8	14303	14310	25 %	0 %	25 %	50 %	525842599
37	NC_021819	CTGG	2	8	14979	14986	0 %	25 %	50 %	25 %	525842600
38	NC_021819	TCCC	2	8	15542	15549	0 %	25 %	0 %	75 %	525842600
39	NC_021819	GCGT	2	8	15809	15816	0 %	25 %	50 %	25 %	525842600
40	NC_021819	CTTT	2	8	16231	16238	0 %	75 %	0 %	25 %	525842568
41	NC_021819	TCCT	2	8	16399	16406	0 %	50 %	0 %	50 %	525842568
42	NC_021819	ACTT	2	8	17718	17725	25 %	50 %	0 %	25 %	525842601
43	NC_021819	GCAA	2	8	17738	17745	50 %	0 %	25 %	25 %	525842601
44	NC_021819	GATG	2	8	17988	17995	25 %	25 %	50 %	0 %	525842601
45	NC_021819	GGTA	2	8	18058	18065	25 %	25 %	50 %	0 %	525842601
46	NC_021819	TAAT	2	8	18184	18191	50 %	50 %	0 %	0 %	525842601
47	NC_021819	CTGG	2	8	18453	18460	0 %	25 %	50 %	25 %	525842602
48	NC_021819	CCCA	2	8	18480	18487	25 %	0 %	0 %	75 %	525842602
49	NC_021819	TCGC	2	8	18988	18995	0 %	25 %	25 %	50 %	525842602
50	NC_021819	TGGG	2	8	19363	19370	0 %	25 %	75 %	0 %	525842602
51	NC_021819	CATG	2	8	19433	19440	25 %	25 %	25 %	25 %	525842602
52	NC_021819	TAAA	2	8	19670	19677	75 %	25 %	0 %	0 %	525842602
53	NC_021819	TGAC	2	8	19977	19984	25 %	25 %	25 %	25 %	525842569
54	NC_021819	GCTG	2	8	20966	20973	0 %	25 %	50 %	25 %	525842603
55	NC_021819	CGAC	2	8	21320	21327	25 %	0 %	25 %	50 %	525842603
56	NC_021819	CATC	2	8	21356	21363	25 %	25 %	0 %	50 %	525842603
57	NC_021819	ACCG	2	8	22122	22129	25 %	0 %	25 %	50 %	525842604
58	NC_021819	GCCA	2	8	22178	22185	25 %	0 %	25 %	50 %	525842604
59	NC_021819	GGCG	2	8	22783	22790	0 %	0 %	75 %	25 %	525842605
60	NC_021819	CAGC	2	8	23100	23107	25 %	0 %	25 %	50 %	525842605
61	NC_021819	CAGC	2	8	23991	23998	25 %	0 %	25 %	50 %	525842606
62	NC_021819	CTGG	2	8	24099	24106	0 %	25 %	50 %	25 %	525842606
63	NC_021819	CAGC	2	8	24374	24381	25 %	0 %	25 %	50 %	525842606
64	NC_021819	CAGA	2	8	24594	24601	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_021819	TTAC	2	8	24803	24810	25 %	50 %	0 %	25 %	525842607
66	NC_021819	GGAT	2	8	25178	25185	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021819	GGAC	2	8	25602	25609	25 %	0 %	50 %	25 %	525842570
68	NC_021819	GAAA	2	8	25696	25703	75 %	0 %	25 %	0 %	525842570
69	NC_021819	AGCC	2	8	26024	26031	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
70	NC_021819	TGCA	2	8	26491	26498	25 %	25 %	25 %	25 %	525842608
71	NC_021819	GCTG	2	8	26678	26685	0 %	25 %	50 %	25 %	525842608
72	NC_021819	GAAT	2	8	27624	27631	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021819	TTAC	2	8	28194	28201	25 %	50 %	0 %	25 %	525842609
74	NC_021819	CGAG	2	8	29065	29072	25 %	0 %	50 %	25 %	525842610
75	NC_021819	GCTG	2	8	29271	29278	0 %	25 %	50 %	25 %	525842610
76	NC_021819	CACT	2	8	29337	29344	25 %	25 %	0 %	50 %	525842610
77	NC_021819	ATCA	2	8	29366	29373	50 %	25 %	0 %	25 %	525842610
78	NC_021819	CAGT	2	8	29824	29831	25 %	25 %	25 %	25 %	525842610
79	NC_021819	GCCC	2	8	30094	30101	0 %	0 %	25 %	75 %	525842610
80	NC_021819	CAGC	2	8	30142	30149	25 %	0 %	25 %	50 %	525842610
81	NC_021819	GCAA	2	8	30690	30697	50 %	0 %	25 %	25 %	525842610
82	NC_021819	GCCC	2	8	32815	32822	0 %	0 %	25 %	75 %	525842613
83	NC_021819	CAGC	2	8	33110	33117	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_021819	ATCT	2	8	34268	34275	25 %	50 %	0 %	25 %	525842614
85	NC_021819	GCTC	2	8	35023	35030	0 %	25 %	25 %	50 %	525842614
86	NC_021819	TCCA	2	8	35268	35275	25 %	25 %	0 %	50 %	525842615
87	NC_021819	CTAT	2	8	35433	35440	25 %	50 %	0 %	25 %	525842615
88	NC_021819	ACAA	2	8	35723	35730	75 %	0 %	0 %	25 %	525842615
89	NC_021819	GTGG	2	8	35835	35842	0 %	25 %	75 %	0 %	525842615
90	NC_021819	TATG	2	8	36213	36220	25 %	50 %	25 %	0 %	525842615
91	NC_021819	AAGA	2	8	36262	36269	75 %	0 %	25 %	0 %	525842615
92	NC_021819	CCGG	2	8	37665	37672	0 %	0 %	50 %	50 %	525842617
93	NC_021819	GCTG	2	8	38037	38044	0 %	25 %	50 %	25 %	525842617
94	NC_021819	GCTG	2	8	38073	38080	0 %	25 %	50 %	25 %	525842617
95	NC_021819	CCTG	2	8	38367	38374	0 %	25 %	25 %	50 %	525842617
96	NC_021819	CCGC	2	8	38697	38704	0 %	0 %	25 %	75 %	525842617
97	NC_021819	TTAT	2	8	39008	39015	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021819	TCAA	2	8	39043	39050	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_021819	CCAT	2	8	39542	39549	25 %	25 %	0 %	50 %	525842573
100	NC_021819	CCAT	2	8	39819	39826	25 %	25 %	0 %	50 %	525842573
101	NC_021819	AACC	2	8	40015	40022	50 %	0 %	0 %	50 %	525842618
102	NC_021819	TGAT	2	8	40493	40500	25 %	50 %	25 %	0 %	525842618
103	NC_021819	GCCA	2	8	40927	40934	25 %	0 %	25 %	50 %	525842619
104	NC_021819	ACCA	2	8	41666	41673	50 %	0 %	0 %	50 %	525842620
105	NC_021819	TTCG	2	8	41960	41967	0 %	50 %	25 %	25 %	525842620
106	NC_021819	CTGG	2	8	41982	41989	0 %	25 %	50 %	25 %	525842620
107	NC_021819	CAAG	2	8	43257	43264	50 %	0 %	25 %	25 %	525842621
108	NC_021819	GTGA	2	8	43351	43358	25 %	25 %	50 %	0 %	525842621
109	NC_021819	TAGA	2	8	44072	44079	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021819	CTTA	2	8	44084	44091	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_021819	GGTA	2	8	44218	44225	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021819	TTAT	2	8	44317	44324	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021819	ATCG	2	8	44669	44676	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_021819	GGTC	2	8	44955	44962	0 %	25 %	50 %	25 %	525842622
115	NC_021819	GCTG	2	8	44967	44974	0 %	25 %	50 %	25 %	525842622
116	NC_021819	GCCG	2	8	45108	45115	0 %	0 %	50 %	50 %	525842622
117	NC_021819	CAGA	2	8	45784	45791	50 %	0 %	25 %	25 %	525842623
118	NC_021819	TGGC	2	8	45974	45981	0 %	25 %	50 %	25 %	525842623
119	NC_021819	ATGG	2	8	47361	47368	25 %	25 %	50 %	0 %	525842624
120	NC_021819	ATGG	2	8	48257	48264	25 %	25 %	50 %	0 %	525842625
121	NC_021819	CATC	2	8	48286	48293	25 %	25 %	0 %	50 %	525842625
122	NC_021819	TATT	2	8	48811	48818	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021819	AACA	2	8	49070	49077	75 %	0 %	0 %	25 %	525842626
124	NC_021819	CTCC	2	8	49427	49434	0 %	25 %	0 %	75 %	525842626
125	NC_021819	ATGG	2	8	49554	49561	25 %	25 %	50 %	0 %	525842626
126	NC_021819	GTTT	2	8	49708	49715	0 %	75 %	25 %	0 %	525842626
127	NC_021819	AGAT	2	8	50071	50078	50 %	25 %	25 %	0 %	525842626
128	NC_021819	CCAG	2	8	50484	50491	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_021819	GATA	2	8	50667	50674	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021819	ATTT	2	8	50981	50988	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021819	TGAA	2	8	51045	51052	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021819	CATT	2	8	52054	52061	25 %	50 %	0 %	25 %	525842628
133	NC_021819	AAGG	2	8	52529	52536	50 %	0 %	50 %	0 %	525842628
134	NC_021819	TGAG	2	8	53506	53513	25 %	25 %	50 %	0 %	525842630
135	NC_021819	ACAT	2	8	53802	53809	50 %	25 %	0 %	25 %	525842630
136	NC_021819	TTTG	2	8	53818	53825	0 %	75 %	25 %	0 %	525842630
137	NC_021819	TACG	2	8	55569	55576	25 %	25 %	25 %	25 %	525842575
138	NC_021819	TGGC	2	8	55641	55648	0 %	25 %	50 %	25 %	525842575
139	NC_021819	GTGG	2	8	55935	55942	0 %	25 %	75 %	0 %	525842575
140	NC_021819	AAGT	2	8	56766	56773	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021819	CGCC	3	12	57141	57152	0 %	0 %	25 %	75 %	525842631
142	NC_021819	ACCG	2	8	57387	57394	25 %	0 %	25 %	50 %	525842631
143	NC_021819	GACC	2	8	57761	57768	25 %	0 %	25 %	50 %	525842631
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287	NC_021819	TGAG	2	8	111781	111788	25 %	25 %	50 %	0 %	525842690
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293	NC_021819	AGTC	2	8	113772	113779	25 %	25 %	25 %	25 %	525842691
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296	NC_021819	ACTG	2	8	114495	114502	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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311	NC_021819	GAAA	2	8	119672	119679	75 %	0 %	25 %	0 %	525842696
312	NC_021819	CAAT	2	8	119772	119779	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
313	NC_021819	AACA	2	8	120558	120565	75 %	0 %	0 %	25 %	525842698
314	NC_021819	TTCA	2	8	122076	122083	25 %	50 %	0 %	25 %	525842700
315	NC_021819	AGAT	2	8	122217	122224	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.