MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. 41578 plasmid pSEEH1578_01

Total Repeats: 172

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021811	CT	3	6	3	8	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_021811	TC	3	6	1223	1228	0 %	50 %	0 %	50 %	525811115
3	NC_021811	AT	3	6	1397	1402	50 %	50 %	0 %	0 %	525811115
4	NC_021811	AT	3	6	1757	1762	50 %	50 %	0 %	0 %	525811115
5	NC_021811	AT	3	6	2568	2573	50 %	50 %	0 %	0 %	525811117
6	NC_021811	TC	3	6	2678	2683	0 %	50 %	0 %	50 %	525811117
7	NC_021811	CA	3	6	5591	5596	50 %	0 %	0 %	50 %	525811118
8	NC_021811	GA	3	6	5725	5730	50 %	0 %	50 %	0 %	525811118
9	NC_021811	GA	3	6	5785	5790	50 %	0 %	50 %	0 %	525811118
10	NC_021811	TC	3	6	6638	6643	0 %	50 %	0 %	50 %	525811118
11	NC_021811	CT	3	6	8059	8064	0 %	50 %	0 %	50 %	525811121
12	NC_021811	AT	3	6	9327	9332	50 %	50 %	0 %	0 %	525811122
13	NC_021811	CA	3	6	10226	10231	50 %	0 %	0 %	50 %	525811123
14	NC_021811	AT	3	6	11261	11266	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021811	AC	3	6	12117	12122	50 %	0 %	0 %	50 %	525811127
16	NC_021811	CT	3	6	12539	12544	0 %	50 %	0 %	50 %	525811127
17	NC_021811	TC	3	6	12999	13004	0 %	50 %	0 %	50 %	525811128
18	NC_021811	CA	3	6	13698	13703	50 %	0 %	0 %	50 %	525811128
19	NC_021811	TG	3	6	14597	14602	0 %	50 %	50 %	0 %	525811128
20	NC_021811	CT	3	6	14603	14608	0 %	50 %	0 %	50 %	525811128
21	NC_021811	CT	3	6	15440	15445	0 %	50 %	0 %	50 %	525811128
22	NC_021811	AC	3	6	17052	17057	50 %	0 %	0 %	50 %	525811130
23	NC_021811	AT	3	6	17365	17370	50 %	50 %	0 %	0 %	525811130
24	NC_021811	TG	3	6	18309	18314	0 %	50 %	50 %	0 %	525811132
25	NC_021811	CA	3	6	18860	18865	50 %	0 %	0 %	50 %	525811132
26	NC_021811	AG	3	6	19267	19272	50 %	0 %	50 %	0 %	525811132
27	NC_021811	AT	3	6	19899	19904	50 %	50 %	0 %	0 %	525811132
28	NC_021811	TA	4	8	20097	20104	50 %	50 %	0 %	0 %	525811132
29	NC_021811	GA	3	6	20820	20825	50 %	0 %	50 %	0 %	525811133
30	NC_021811	TC	3	6	21604	21609	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_021811	AG	3	6	22736	22741	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021811	CA	3	6	23181	23186	50 %	0 %	0 %	50 %	525811138
33	NC_021811	AG	3	6	24301	24306	50 %	0 %	50 %	0 %	525811139
34	NC_021811	TC	3	6	25087	25092	0 %	50 %	0 %	50 %	525811140
35	NC_021811	TG	3	6	25525	25530	0 %	50 %	50 %	0 %	525811140
36	NC_021811	GT	3	6	26616	26621	0 %	50 %	50 %	0 %	525811141
37	NC_021811	TC	3	6	26835	26840	0 %	50 %	0 %	50 %	525811141
38	NC_021811	TG	3	6	28878	28883	0 %	50 %	50 %	0 %	525811142
39	NC_021811	TG	3	6	29321	29326	0 %	50 %	50 %	0 %	525811142
40	NC_021811	CG	3	6	31236	31241	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
41	NC_021811	GA	3	6	31396	31401	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021811	GA	3	6	31615	31620	50 %	0 %	50 %	0 %	525811144
43	NC_021811	GC	3	6	32533	32538	0 %	0 %	50 %	50 %	525811145
44	NC_021811	AC	3	6	33014	33019	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_021811	TG	3	6	33504	33509	0 %	50 %	50 %	0 %	525811146
46	NC_021811	GA	3	6	35645	35650	50 %	0 %	50 %	0 %	525811149
47	NC_021811	CA	3	6	35959	35964	50 %	0 %	0 %	50 %	525811150
48	NC_021811	GC	3	6	37497	37502	0 %	0 %	50 %	50 %	525811152
49	NC_021811	AG	3	6	37799	37804	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021811	AC	3	6	38599	38604	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_021811	GA	3	6	41447	41452	50 %	0 %	50 %	0 %	525811156
52	NC_021811	CG	3	6	43090	43095	0 %	0 %	50 %	50 %	525811157
53	NC_021811	CG	3	6	43752	43757	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_021811	CT	3	6	43766	43771	0 %	50 %	0 %	50 %	525811158
55	NC_021811	TC	3	6	44010	44015	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_021811	CA	3	6	44942	44947	50 %	0 %	0 %	50 %	525811160
57	NC_021811	CG	3	6	45319	45324	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
58	NC_021811	GC	3	6	45730	45735	0 %	0 %	50 %	50 %	525811163
59	NC_021811	GC	3	6	47953	47958	0 %	0 %	50 %	50 %	525811167
60	NC_021811	GC	3	6	48318	48323	0 %	0 %	50 %	50 %	525811168
61	NC_021811	GT	3	6	48548	48553	0 %	50 %	50 %	0 %	525811169
62	NC_021811	CA	3	6	49879	49884	50 %	0 %	0 %	50 %	525811170
63	NC_021811	GT	3	6	50084	50089	0 %	50 %	50 %	0 %	525811170
64	NC_021811	CA	3	6	50169	50174	50 %	0 %	0 %	50 %	525811170
65	NC_021811	TG	3	6	50673	50678	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021811	TA	5	10	50702	50711	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021811	AT	3	6	51533	51538	50 %	50 %	0 %	0 %	525811173
68	NC_021811	TC	3	6	52009	52014	0 %	50 %	0 %	50 %	525811173
69	NC_021811	CA	3	6	52570	52575	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_021811	TA	3	6	52783	52788	50 %	50 %	0 %	0 %	525811174
71	NC_021811	CT	3	6	53031	53036	0 %	50 %	0 %	50 %	525811175
72	NC_021811	AT	3	6	53150	53155	50 %	50 %	0 %	0 %	525811175
73	NC_021811	AG	3	6	54608	54613	50 %	0 %	50 %	0 %	525811176
74	NC_021811	GC	3	6	54767	54772	0 %	0 %	50 %	50 %	525811176
75	NC_021811	AC	3	6	55906	55911	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_021811	GC	3	6	56378	56383	0 %	0 %	50 %	50 %	525811179
77	NC_021811	GC	3	6	56426	56431	0 %	0 %	50 %	50 %	525811179
78	NC_021811	AT	3	6	57310	57315	50 %	50 %	0 %	0 %	525811180
79	NC_021811	CT	3	6	59061	59066	0 %	50 %	0 %	50 %	525811181
80	NC_021811	TC	3	6	59118	59123	0 %	50 %	0 %	50 %	525811181
81	NC_021811	GT	3	6	59200	59205	0 %	50 %	50 %	0 %	525811181
82	NC_021811	GA	3	6	61328	61333	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021811	AT	3	6	61334	61339	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021811	TG	3	6	62183	62188	0 %	50 %	50 %	0 %	525811184
85	NC_021811	TA	3	6	62258	62263	50 %	50 %	0 %	0 %	525811184
86	NC_021811	AG	4	8	62989	62996	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021811	TC	3	6	63090	63095	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_021811	GC	3	6	65483	65488	0 %	0 %	50 %	50 %	525811188
89	NC_021811	GC	3	6	66754	66759	0 %	0 %	50 %	50 %	525811188
90	NC_021811	GC	3	6	68158	68163	0 %	0 %	50 %	50 %	525811190
91	NC_021811	GA	3	6	68277	68282	50 %	0 %	50 %	0 %	525811190
92	NC_021811	AT	3	6	68668	68673	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021811	GC	3	6	69154	69159	0 %	0 %	50 %	50 %	525811191
94	NC_021811	GC	3	6	69166	69171	0 %	0 %	50 %	50 %	525811191
95	NC_021811	CA	3	6	70186	70191	50 %	0 %	0 %	50 %	525811192
96	NC_021811	GC	3	6	71306	71311	0 %	0 %	50 %	50 %	525811195
97	NC_021811	TG	3	6	72383	72388	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021811	GC	3	6	73459	73464	0 %	0 %	50 %	50 %	525811196
99	NC_021811	TC	3	6	73656	73661	0 %	50 %	0 %	50 %	525811196
100	NC_021811	AT	3	6	75542	75547	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021811	TC	3	6	76327	76332	0 %	50 %	0 %	50 %	525811199
102	NC_021811	CG	3	6	76445	76450	0 %	0 %	50 %	50 %	525811199
103	NC_021811	TA	3	6	76992	76997	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021811	AT	3	6	77584	77589	50 %	50 %	0 %	0 %	525811200
105	NC_021811	GC	4	8	78467	78474	0 %	0 %	50 %	50 %	525811201
106	NC_021811	TA	3	6	78725	78730	50 %	50 %	0 %	0 %	525811201
107	NC_021811	GC	4	8	79111	79118	0 %	0 %	50 %	50 %	525811201
108	NC_021811	GT	3	6	79287	79292	0 %	50 %	50 %	0 %	525811201
109	NC_021811	GC	3	6	81272	81277	0 %	0 %	50 %	50 %	525811205
110	NC_021811	CT	3	6	81761	81766	0 %	50 %	0 %	50 %	525811205
111	NC_021811	TG	3	6	81864	81869	0 %	50 %	50 %	0 %	525811205
112	NC_021811	CG	3	6	82806	82811	0 %	0 %	50 %	50 %	525811206
113	NC_021811	GC	3	6	82918	82923	0 %	0 %	50 %	50 %	525811206
114	NC_021811	GC	3	6	83736	83741	0 %	0 %	50 %	50 %	525811208
115	NC_021811	GC	3	6	85152	85157	0 %	0 %	50 %	50 %	525811209
116	NC_021811	CG	3	6	85999	86004	0 %	0 %	50 %	50 %	525811209
117	NC_021811	GC	3	6	86596	86601	0 %	0 %	50 %	50 %	525811209
118	NC_021811	GC	3	6	87023	87028	0 %	0 %	50 %	50 %	525811210
119	NC_021811	AG	3	6	87085	87090	50 %	0 %	50 %	0 %	525811210
120	NC_021811	GC	4	8	87602	87609	0 %	0 %	50 %	50 %	525811211
121	NC_021811	CG	3	6	87957	87962	0 %	0 %	50 %	50 %	525811212
122	NC_021811	GC	3	6	88191	88196	0 %	0 %	50 %	50 %	525811212
123	NC_021811	GC	4	8	88384	88391	0 %	0 %	50 %	50 %	525811212
124	NC_021811	GC	3	6	90380	90385	0 %	0 %	50 %	50 %	525811215
125	NC_021811	GC	3	6	90710	90715	0 %	0 %	50 %	50 %	525811215
126	NC_021811	TC	3	6	90948	90953	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_021811	AG	3	6	91443	91448	50 %	0 %	50 %	0 %	525811216
128	NC_021811	CA	3	6	92121	92126	50 %	0 %	0 %	50 %	525811217
129	NC_021811	AG	3	6	92132	92137	50 %	0 %	50 %	0 %	525811217
130	NC_021811	GC	3	6	92205	92210	0 %	0 %	50 %	50 %	525811217
131	NC_021811	AC	3	6	92343	92348	50 %	0 %	0 %	50 %	525811217
132	NC_021811	TG	3	6	92682	92687	0 %	50 %	50 %	0 %	525811217
133	NC_021811	TG	3	6	92754	92759	0 %	50 %	50 %	0 %	525811217
134	NC_021811	GA	3	6	93166	93171	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021811	TG	3	6	93408	93413	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021811	CG	3	6	93471	93476	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
137	NC_021811	GC	3	6	94036	94041	0 %	0 %	50 %	50 %	525811218
138	NC_021811	TG	3	6	94465	94470	0 %	50 %	50 %	0 %	525811218
139	NC_021811	TC	3	6	95106	95111	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_021811	AT	3	6	96492	96497	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021811	GA	3	6	97514	97519	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021811	TA	4	8	98288	98295	50 %	50 %	0 %	0 %	525811223
143	NC_021811	CA	3	6	98475	98480	50 %	0 %	0 %	50 %	525811223
144	NC_021811	CT	3	6	98645	98650	0 %	50 %	0 %	50 %	525811223
145	NC_021811	AC	3	6	98938	98943	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_021811	GT	3	6	99798	99803	0 %	50 %	50 %	0 %	525811225
147	NC_021811	TA	3	6	100009	100014	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021811	TC	3	6	100411	100416	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_021811	TA	3	6	100491	100496	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021811	AG	3	6	101335	101340	50 %	0 %	50 %	0 %	525811226
151	NC_021811	AT	3	6	102026	102031	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_021811	AG	3	6	102268	102273	50 %	0 %	50 %	0 %	525811228
153	NC_021811	GA	3	6	102320	102325	50 %	0 %	50 %	0 %	525811228
154	NC_021811	CT	3	6	103867	103872	0 %	50 %	0 %	50 %	525811229
155	NC_021811	GC	3	6	105934	105939	0 %	0 %	50 %	50 %	525811231
156	NC_021811	CT	3	6	107259	107264	0 %	50 %	0 %	50 %	525811232
157	NC_021811	TC	3	6	108046	108051	0 %	50 %	0 %	50 %	525811232
158	NC_021811	GC	4	8	108895	108902	0 %	0 %	50 %	50 %	525811234
159	NC_021811	AG	3	6	109224	109229	50 %	0 %	50 %	0 %	525811234
160	NC_021811	TA	3	6	109340	109345	50 %	50 %	0 %	0 %	525811235
161	NC_021811	AC	3	6	109439	109444	50 %	0 %	0 %	50 %	525811235
162	NC_021811	AT	3	6	109653	109658	50 %	50 %	0 %	0 %	525811235
163	NC_021811	TA	3	6	109794	109799	50 %	50 %	0 %	0 %	525811235
164	NC_021811	GT	4	8	109810	109817	0 %	50 %	50 %	0 %	525811235
165	NC_021811	TA	3	6	110128	110133	50 %	50 %	0 %	0 %	525811236
166	NC_021811	AT	3	6	110397	110402	50 %	50 %	0 %	0 %	525811236
167	NC_021811	GT	3	6	111234	111239	0 %	50 %	50 %	0 %	525811236
168	NC_021811	TG	3	6	112238	112243	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
169	NC_021811	TG	3	6	112373	112378	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
170	NC_021811	CA	3	6	113677	113682	50 %	0 %	0 %	50 %	525811238
171	NC_021811	AT	3	6	114944	114949	50 %	50 %	0 %	0 %	525811239
172	NC_021811	TC	3	6	116331	116336	0 %	50 %	0 %	50 %	525811240

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.