MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Javiana str. CFSAN001992 plasmid pCFSAN001992_1

Total Repeats: 73

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020306	TTCG	2	8	102	109	0 %	50 %	25 %	25 %	452119510
2	NC_020306	GTTC	2	8	751	758	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_020306	CTGC	2	8	855	862	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_020306	TATG	2	8	1676	1683	25 %	50 %	25 %	0 %	452119511
5	NC_020306	CCGT	2	8	2643	2650	0 %	25 %	25 %	50 %	452119512
6	NC_020306	CGAC	2	8	2824	2831	25 %	0 %	25 %	50 %	452119512
7	NC_020306	ACCG	2	8	2915	2922	25 %	0 %	25 %	50 %	452119512
8	NC_020306	CCAG	2	8	3162	3169	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_020306	ATGG	2	8	3577	3584	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020306	TCAG	2	8	3910	3917	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_020306	ACCG	2	8	3948	3955	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020306	CTGG	3	12	4245	4256	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_020306	GACA	2	8	4633	4640	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_020306	GTGG	2	8	5119	5126	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020306	CATT	2	8	5208	5215	25 %	50 %	0 %	25 %	452119514
16	NC_020306	GCCA	2	8	5270	5277	25 %	0 %	25 %	50 %	452119514
17	NC_020306	CTGG	2	8	6039	6046	0 %	25 %	50 %	25 %	452119515
18	NC_020306	CTGG	2	8	6471	6478	0 %	25 %	50 %	25 %	452119515
19	NC_020306	CTGG	2	8	6670	6677	0 %	25 %	50 %	25 %	452119516
20	NC_020306	CAAC	2	8	6878	6885	50 %	0 %	0 %	50 %	452119517
21	NC_020306	GACG	2	8	7214	7221	25 %	0 %	50 %	25 %	452119518
22	NC_020306	GTAC	2	8	7822	7829	25 %	25 %	25 %	25 %	452119519
23	NC_020306	AAGT	2	8	8098	8105	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020306	GAAA	2	8	8281	8288	75 %	0 %	25 %	0 %	452119520
25	NC_020306	TGGC	2	8	8493	8500	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
26	NC_020306	CTAA	2	8	8615	8622	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_020306	TGGG	2	8	8939	8946	0 %	25 %	75 %	0 %	452119522
28	NC_020306	GCAT	2	8	9011	9018	25 %	25 %	25 %	25 %	452119522
29	NC_020306	GCCC	2	8	10048	10055	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
30	NC_020306	AATC	2	8	10806	10813	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_020306	GGAT	2	8	11028	11035	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020306	CTGG	2	8	11227	11234	0 %	25 %	50 %	25 %	452119524
33	NC_020306	GCCG	2	8	11271	11278	0 %	0 %	50 %	50 %	452119524
34	NC_020306	GTCA	2	8	11499	11506	25 %	25 %	25 %	25 %	452119525
35	NC_020306	CCTG	2	8	11554	11561	0 %	25 %	25 %	50 %	452119525
36	NC_020306	GCTG	2	8	11672	11679	0 %	25 %	50 %	25 %	452119525
37	NC_020306	CAGT	2	8	11691	11698	25 %	25 %	25 %	25 %	452119525
38	NC_020306	AATA	2	8	12278	12285	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020306	TAAG	2	8	12505	12512	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020306	TAAT	2	8	12667	12674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020306	ACAA	2	8	12827	12834	75 %	0 %	0 %	25 %	452119526
42	NC_020306	TGAA	2	8	13448	13455	50 %	25 %	25 %	0 %	452119526
43	NC_020306	CTGC	2	8	14104	14111	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_020306	GCAG	2	8	14125	14132	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_020306	GTTT	2	8	14237	14244	0 %	75 %	25 %	0 %	452119528
46	NC_020306	TTAT	2	8	14518	14525	25 %	75 %	0 %	0 %	452119528
47	NC_020306	AGCC	2	8	14563	14570	25 %	0 %	25 %	50 %	452119528
48	NC_020306	TGAT	2	8	14722	14729	25 %	50 %	25 %	0 %	452119528
49	NC_020306	CGTC	2	8	14819	14826	0 %	25 %	25 %	50 %	452119528
50	NC_020306	AGTC	2	8	14885	14892	25 %	25 %	25 %	25 %	452119528
51	NC_020306	TTCG	2	8	15021	15028	0 %	50 %	25 %	25 %	452119528
52	NC_020306	CTCA	2	8	15822	15829	25 %	25 %	0 %	50 %	452119528
53	NC_020306	ATGA	2	8	15852	15859	50 %	25 %	25 %	0 %	452119528
54	NC_020306	GTAA	2	8	16389	16396	50 %	25 %	25 %	0 %	452119528
55	NC_020306	TGAA	2	8	17550	17557	50 %	25 %	25 %	0 %	452119529
56	NC_020306	TGGG	2	8	18799	18806	0 %	25 %	75 %	0 %	452119531
57	NC_020306	TTAT	2	8	19158	19165	25 %	75 %	0 %	0 %	452119531
58	NC_020306	GGCG	2	8	19376	19383	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
59	NC_020306	GAAA	2	8	19591	19598	75 %	0 %	25 %	0 %	452119532
60	NC_020306	ATTC	2	8	20095	20102	25 %	50 %	0 %	25 %	452119532
61	NC_020306	ATAA	2	8	20430	20437	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020306	ATTT	2	8	21118	21125	25 %	75 %	0 %	0 %	452119533
63	NC_020306	CCTG	2	8	21644	21651	0 %	25 %	25 %	50 %	452119534
64	NC_020306	GAGC	2	8	21798	21805	25 %	0 %	50 %	25 %	452119534
65	NC_020306	TCTG	2	8	22162	22169	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020306	GAAA	2	8	22281	22288	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020306	TCAT	2	8	22397	22404	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020306	ACAG	2	8	22419	22426	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_020306	ACAG	2	8	22911	22918	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020306	AACA	2	8	22920	22927	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_020306	CTGT	2	8	23034	23041	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020306	GTGC	2	8	23256	23263	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020306	AGTG	2	8	23429	23436	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.