MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Sinorhizobium meliloti GR4 plasmid pRmeGR4a

Total Repeats: 146

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019846	GCGAG	2	10	2541	2550	20 %	0 %	60 %	20 %	433615118
2	NC_019846	AGCCA	2	10	3245	3254	40 %	0 %	20 %	40 %	433615118
3	NC_019846	AGGGC	2	10	3485	3494	20 %	0 %	60 %	20 %	433615118
4	NC_019846	AGGGG	2	10	4294	4303	20 %	0 %	80 %	0 %	433615119
5	NC_019846	AGGGG	2	10	4799	4808	20 %	0 %	80 %	0 %	433615119
6	NC_019846	GTCGC	2	10	5265	5274	0 %	20 %	40 %	40 %	433615120
7	NC_019846	CGTCG	2	10	5278	5287	0 %	20 %	40 %	40 %	433615120
8	NC_019846	GAGGG	2	10	6718	6727	20 %	0 %	80 %	0 %	433615123
9	NC_019846	CTTCA	2	10	8711	8720	20 %	40 %	0 %	40 %	433615125
10	NC_019846	CATCG	2	10	12045	12054	20 %	20 %	20 %	40 %	433615128
11	NC_019846	TATGG	2	10	12281	12290	20 %	40 %	40 %	0 %	433615128
12	NC_019846	AATTC	2	10	13041	13050	40 %	40 %	0 %	20 %	433615129
13	NC_019846	TCGAT	2	10	18964	18973	20 %	40 %	20 %	20 %	433615132
14	NC_019846	GGCCG	2	10	22393	22402	0 %	0 %	60 %	40 %	433615134
15	NC_019846	GACGG	2	10	22521	22530	20 %	0 %	60 %	20 %	433615134
16	NC_019846	GATCG	2	10	23088	23097	20 %	20 %	40 %	20 %	433615134
17	NC_019846	TTGGC	2	10	23209	23218	0 %	40 %	40 %	20 %	433615134
18	NC_019846	GATAC	2	10	27428	27437	40 %	20 %	20 %	20 %	433615137
19	NC_019846	GCAGC	2	10	29884	29893	20 %	0 %	40 %	40 %	433615141
20	NC_019846	AGCAA	2	10	31637	31646	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_019846	AGCCA	2	10	33284	33293	40 %	0 %	20 %	40 %	433615143
22	NC_019846	CGGCA	2	10	34639	34648	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_019846	CCGCT	2	10	34940	34949	0 %	20 %	20 %	60 %	433615144
24	NC_019846	CCCTT	2	10	35812	35821	0 %	40 %	0 %	60 %	433615144
25	NC_019846	AAATG	2	10	36661	36670	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019846	TCGCG	2	10	37193	37202	0 %	20 %	40 %	40 %	433615145
27	NC_019846	AGCCA	2	10	37760	37769	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_019846	TGATC	2	10	38355	38364	20 %	40 %	20 %	20 %	433615146
29	NC_019846	GGGCG	2	10	38813	38822	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
30	NC_019846	AATGG	2	10	40063	40072	40 %	20 %	40 %	0 %	433615149
31	NC_019846	TCTCG	2	10	40422	40431	0 %	40 %	20 %	40 %	433615149
32	NC_019846	ATGGC	2	10	40811	40820	20 %	20 %	40 %	20 %	433615149
33	NC_019846	CCGGC	2	10	41605	41614	0 %	0 %	40 %	60 %	433615150
34	NC_019846	GAACA	2	10	42652	42661	60 %	0 %	20 %	20 %	433615150
35	NC_019846	GAGCT	2	10	47977	47986	20 %	20 %	40 %	20 %	433615156
36	NC_019846	TGCCC	2	10	48374	48383	0 %	20 %	20 %	60 %	433615157
37	NC_019846	CACGC	2	10	51760	51769	20 %	0 %	20 %	60 %	433615161
38	NC_019846	GGGCA	2	10	52553	52562	20 %	0 %	60 %	20 %	433615162
39	NC_019846	TGCAA	2	10	52922	52931	40 %	20 %	20 %	20 %	433615162
40	NC_019846	CGCTG	2	10	53488	53497	0 %	20 %	40 %	40 %	433615164
41	NC_019846	CAAGG	2	10	53622	53631	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_019846	GATGA	2	10	54060	54069	40 %	20 %	40 %	0 %	433615165
43	NC_019846	ACCGC	2	10	54799	54808	20 %	0 %	20 %	60 %	433615165
44	NC_019846	TCCGC	2	10	54862	54871	0 %	20 %	20 %	60 %	433615165
45	NC_019846	CGGTT	2	10	55921	55930	0 %	40 %	40 %	20 %	433615165
46	NC_019846	CTCAC	2	10	56019	56028	20 %	20 %	0 %	60 %	433615165
47	NC_019846	GGCGA	2	10	56154	56163	20 %	0 %	60 %	20 %	433615165
48	NC_019846	GACCA	2	10	56609	56618	40 %	0 %	20 %	40 %	433615165
49	NC_019846	TCCGA	2	10	56627	56636	20 %	20 %	20 %	40 %	433615165
50	NC_019846	AGCAT	2	10	58013	58022	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_019846	AACTG	2	10	58271	58280	40 %	20 %	20 %	20 %	433615166
52	NC_019846	GCCGG	2	10	65313	65322	0 %	0 %	60 %	40 %	433615172
53	NC_019846	TCGGC	2	10	67633	67642	0 %	20 %	40 %	40 %	433615174
54	NC_019846	TCTCG	2	10	67675	67684	0 %	40 %	20 %	40 %	433615174
55	NC_019846	TGGTC	2	10	67713	67722	0 %	40 %	40 %	20 %	433615174
56	NC_019846	GATCA	2	10	70835	70844	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_019846	AAACG	2	10	72190	72199	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_019846	GTGGC	2	10	72847	72856	0 %	20 %	60 %	20 %	433615179
59	NC_019846	GTTTT	2	10	74666	74675	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019846	TTCAA	2	10	75017	75026	40 %	40 %	0 %	20 %	433615182
61	NC_019846	AGCGG	2	10	78990	78999	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
62	NC_019846	AGGGG	2	10	79876	79885	20 %	0 %	80 %	0 %	433615189
63	NC_019846	GATCG	2	10	81630	81639	20 %	20 %	40 %	20 %	433615189
64	NC_019846	CTCGA	2	10	82054	82063	20 %	20 %	20 %	40 %	433615189
65	NC_019846	GCACT	2	10	82555	82564	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_019846	TCGCT	2	10	85467	85476	0 %	40 %	20 %	40 %	433615194
67	NC_019846	GGTAC	2	10	86664	86673	20 %	20 %	40 %	20 %	433615196
68	NC_019846	CCGAA	2	10	87586	87595	40 %	0 %	20 %	40 %	433615197
69	NC_019846	GCGGG	2	10	88132	88141	0 %	0 %	80 %	20 %	433615197
70	NC_019846	TACGC	2	10	88797	88806	20 %	20 %	20 %	40 %	433615198
71	NC_019846	GCGCG	2	10	89303	89312	0 %	0 %	60 %	40 %	433615198
72	NC_019846	CAAGG	2	10	90110	90119	40 %	0 %	40 %	20 %	433615199
73	NC_019846	GCACC	2	10	90942	90951	20 %	0 %	20 %	60 %	433615200
74	NC_019846	GTCAG	2	10	93081	93090	20 %	20 %	40 %	20 %	433615202
75	NC_019846	TTGGC	2	10	93475	93484	0 %	40 %	40 %	20 %	433615202
76	NC_019846	AGGAC	2	10	93584	93593	40 %	0 %	40 %	20 %	433615203
77	NC_019846	GCAGG	2	10	95680	95689	20 %	0 %	60 %	20 %	433615204
78	NC_019846	GCGAC	2	10	100433	100442	20 %	0 %	40 %	40 %	433615209
79	NC_019846	CGAGC	2	10	102806	102815	20 %	0 %	40 %	40 %	433615213
80	NC_019846	CCGCG	2	10	103619	103628	0 %	0 %	40 %	60 %	433615213
81	NC_019846	CCCGG	2	10	104275	104284	0 %	0 %	40 %	60 %	433615213
82	NC_019846	GCCTT	2	10	105890	105899	0 %	40 %	20 %	40 %	433615216
83	NC_019846	GCCCA	2	10	106712	106721	20 %	0 %	20 %	60 %	433615216
84	NC_019846	CGAAA	2	10	106783	106792	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_019846	GACAA	2	10	107134	107143	60 %	0 %	20 %	20 %	433615217
86	NC_019846	CGAGG	2	10	109347	109356	20 %	0 %	60 %	20 %	433615220
87	NC_019846	GCCGG	2	10	109365	109374	0 %	0 %	60 %	40 %	433615220
88	NC_019846	CCTAG	2	10	109715	109724	20 %	20 %	20 %	40 %	433615220
89	NC_019846	TTCCA	2	10	110553	110562	20 %	40 %	0 %	40 %	433615222
90	NC_019846	CAGTT	2	10	111393	111402	20 %	40 %	20 %	20 %	433615224
91	NC_019846	CCCAT	2	10	111797	111806	20 %	20 %	0 %	60 %	433615224
92	NC_019846	TTTCG	2	10	113897	113906	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_019846	GGGCG	2	10	114106	114115	0 %	0 %	80 %	20 %	433615226
94	NC_019846	ATGGA	2	10	116855	116864	40 %	20 %	40 %	0 %	433615229
95	NC_019846	AAAGG	2	10	118665	118674	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019846	GTTAT	2	10	119308	119317	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019846	GCTCA	2	10	119657	119666	20 %	20 %	20 %	40 %	433615234
98	NC_019846	CAGGT	2	10	120580	120589	20 %	20 %	40 %	20 %	433615236
99	NC_019846	CGGCC	2	10	120693	120702	0 %	0 %	40 %	60 %	433615236
100	NC_019846	CGAGG	2	10	122229	122238	20 %	0 %	60 %	20 %	433615239
101	NC_019846	ATGAA	2	10	122797	122806	60 %	20 %	20 %	0 %	433615240
102	NC_019846	CTTTG	2	10	124583	124592	0 %	60 %	20 %	20 %	433615243
103	NC_019846	GGAAA	2	10	125624	125633	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019846	GCGCC	2	10	126063	126072	0 %	0 %	40 %	60 %	433615244
105	NC_019846	CGCGG	2	10	126766	126775	0 %	0 %	60 %	40 %	433615245
106	NC_019846	ACCCC	2	10	128311	128320	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
107	NC_019846	CTCCC	2	10	128326	128335	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
108	NC_019846	AGCCG	2	10	130542	130551	20 %	0 %	40 %	40 %	433615252
109	NC_019846	TGAAC	2	10	132185	132194	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_019846	AGCCG	2	10	133262	133271	20 %	0 %	40 %	40 %	433615256
111	NC_019846	CCGAT	2	10	134250	134259	20 %	20 %	20 %	40 %	433615258
112	NC_019846	GTCAT	2	10	134396	134405	20 %	40 %	20 %	20 %	433615258
113	NC_019846	TTGCT	2	10	135052	135061	0 %	60 %	20 %	20 %	433615258
114	NC_019846	GTTTC	2	10	135814	135823	0 %	60 %	20 %	20 %	433615259
115	NC_019846	GCCGT	2	10	135889	135898	0 %	20 %	40 %	40 %	433615260
116	NC_019846	CCGGC	2	10	136247	136256	0 %	0 %	40 %	60 %	433615260
117	NC_019846	CGTTT	2	10	136557	136566	0 %	60 %	20 %	20 %	433615261
118	NC_019846	AAGCG	2	10	136827	136836	40 %	0 %	40 %	20 %	433615261
119	NC_019846	GCAGC	2	10	137702	137711	20 %	0 %	40 %	40 %	433615261
120	NC_019846	GCCCG	2	10	137842	137851	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
121	NC_019846	GCATG	2	10	138457	138466	20 %	20 %	40 %	20 %	433615263
122	NC_019846	GCGGT	2	10	139491	139500	0 %	20 %	60 %	20 %	433615264
123	NC_019846	GGCGG	2	10	141073	141082	0 %	0 %	80 %	20 %	433615264
124	NC_019846	GTCTT	2	10	141773	141782	0 %	60 %	20 %	20 %	433615265
125	NC_019846	AGATC	2	10	142020	142029	40 %	20 %	20 %	20 %	433615265
126	NC_019846	CGGCG	2	10	142864	142873	0 %	0 %	60 %	40 %	433615265
127	NC_019846	CATTC	2	10	144828	144837	20 %	40 %	0 %	40 %	433615269
128	NC_019846	CGAAG	2	10	145610	145619	40 %	0 %	40 %	20 %	433615270
129	NC_019846	CATCA	2	10	147290	147299	40 %	20 %	0 %	40 %	433615271
130	NC_019846	GCCTC	2	10	148030	148039	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
131	NC_019846	GTTCA	2	10	148346	148355	20 %	40 %	20 %	20 %	433615272
132	NC_019846	CAGGC	2	10	149203	149212	20 %	0 %	40 %	40 %	433615272
133	NC_019846	ATCCG	2	10	150103	150112	20 %	20 %	20 %	40 %	433615272
134	NC_019846	GACAC	2	10	150119	150128	40 %	0 %	20 %	40 %	433615272
135	NC_019846	TGAAG	2	10	151157	151166	40 %	20 %	40 %	0 %	433615273
136	NC_019846	TGAGA	2	10	153789	153798	40 %	20 %	40 %	0 %	433615276
137	NC_019846	CAACG	2	10	154777	154786	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_019846	TCCGA	2	10	157041	157050	20 %	20 %	20 %	40 %	433615279
139	NC_019846	GGTCG	2	10	157233	157242	0 %	20 %	60 %	20 %	433615279
140	NC_019846	GGCAA	2	10	157385	157394	40 %	0 %	40 %	20 %	433615279
141	NC_019846	GCCGG	2	10	164424	164433	0 %	0 %	60 %	40 %	433615289
142	NC_019846	CCGAT	2	10	168238	168247	20 %	20 %	20 %	40 %	433615293
143	NC_019846	CGGCG	2	10	169751	169760	0 %	0 %	60 %	40 %	433615293
144	NC_019846	CCCCT	2	10	170247	170256	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
145	NC_019846	CCAGA	2	10	170532	170541	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
146	NC_019846	CCGCG	2	10	174988	174997	0 %	0 %	40 %	60 %	433615299

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.