MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Synechococcus sp. PCC 6312 plasmid pSYN6312.01

Total Repeats: 259

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019681	AAG	2	6	272	277	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427714746
2	NC_019681	TGT	2	6	283	288	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714746
3	NC_019681	GAT	2	6	344	349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714746
4	NC_019681	ATC	2	6	486	491	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714746
5	NC_019681	AAG	2	6	766	771	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427714747
6	NC_019681	ATT	2	6	794	799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427714747
7	NC_019681	GCA	2	6	1074	1079	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714747
8	NC_019681	GCA	2	6	1173	1178	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714747
9	NC_019681	TCA	2	6	1204	1209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714747
10	NC_019681	GAA	3	9	1308	1316	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427714748
11	NC_019681	CTG	2	6	1344	1349	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714748
12	NC_019681	GGA	2	6	1359	1364	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	427714748
13	NC_019681	TAG	2	6	1412	1417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714748
14	NC_019681	AGA	3	9	1493	1501	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427714748
15	NC_019681	GAA	2	6	1531	1536	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427714748
16	NC_019681	TAA	2	6	1559	1564	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427714748
17	NC_019681	AGA	2	6	1619	1624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427714748
18	NC_019681	GTT	2	6	1628	1633	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714748
19	NC_019681	ATG	2	6	1717	1722	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714748
20	NC_019681	ACC	2	6	1991	1996	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427714749
21	NC_019681	ATT	2	6	2048	2053	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427714749
22	NC_019681	GCT	2	6	2482	2487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714750
23	NC_019681	TTC	3	9	2493	2501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	427714750
24	NC_019681	GAC	2	6	2623	2628	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714751
25	NC_019681	CAC	2	6	2631	2636	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427714751
26	NC_019681	GTT	2	6	2694	2699	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714751
27	NC_019681	TCC	2	6	2732	2737	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	427714751
28	NC_019681	CAG	2	6	2748	2753	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714751
29	NC_019681	ACC	2	6	2841	2846	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_019681	TCC	2	6	2973	2978	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	427714752
31	NC_019681	GCA	2	6	3058	3063	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714752
32	NC_019681	AGG	2	6	3088	3093	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	427714752
33	NC_019681	CTG	2	6	3473	3478	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714753
34	NC_019681	GAT	2	6	3522	3527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714753
35	NC_019681	TGT	2	6	3606	3611	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714754
36	NC_019681	CGG	2	6	3741	3746	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427714754
37	NC_019681	ATA	2	6	3818	3823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427714754
38	NC_019681	GCC	2	6	3978	3983	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427714754
39	NC_019681	AAC	2	6	4163	4168	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427714754
40	NC_019681	TAC	2	6	4217	4222	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714754
41	NC_019681	GCA	2	6	4267	4272	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714754
42	NC_019681	GCA	2	6	4287	4292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714754
43	NC_019681	CAA	2	6	4357	4362	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427714754
44	NC_019681	AGT	2	6	4490	4495	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714754
45	NC_019681	CAT	2	6	4526	4531	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714754
46	NC_019681	CAC	2	6	4697	4702	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427714754
47	NC_019681	TGC	2	6	4944	4949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714754
48	NC_019681	ATC	3	9	5036	5044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714754
49	NC_019681	CTG	2	6	5256	5261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714754
50	NC_019681	GTT	2	6	5270	5275	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714754
51	NC_019681	GAT	2	6	5356	5361	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019681	AGG	2	6	5464	5469	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	427714755
53	NC_019681	TGC	2	6	5503	5508	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714755
54	NC_019681	GCC	2	6	5513	5518	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427714755
55	NC_019681	GCT	2	6	5537	5542	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714755
56	NC_019681	CAC	2	6	5556	5561	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427714755
57	NC_019681	CTC	2	6	5637	5642	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	427714755
58	NC_019681	CTG	2	6	5706	5711	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_019681	CAA	2	6	5874	5879	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427714756
60	NC_019681	CCG	2	6	5918	5923	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427714756
61	NC_019681	GTT	2	6	5972	5977	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714756
62	NC_019681	CAT	2	6	6000	6005	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714756
63	NC_019681	AAT	2	6	6131	6136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427714756
64	NC_019681	GCT	2	6	6143	6148	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714756
65	NC_019681	TGC	2	6	6256	6261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714756
66	NC_019681	CAT	2	6	6293	6298	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714756
67	NC_019681	ATT	2	6	6389	6394	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427714757
68	NC_019681	CAC	2	6	6539	6544	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427714757
69	NC_019681	CAT	2	6	6761	6766	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714757
70	NC_019681	CAC	2	6	6783	6788	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_019681	ATC	2	6	6828	6833	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_019681	TCT	2	6	6961	6966	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_019681	GTT	2	6	7034	7039	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714758
74	NC_019681	GGA	2	6	7130	7135	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	427714758
75	NC_019681	TTG	2	6	7248	7253	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714758
76	NC_019681	TGG	2	6	7366	7371	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	427714758
77	NC_019681	CGG	2	6	7591	7596	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427714759
78	NC_019681	AAC	2	6	7603	7608	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427714759
79	NC_019681	ATC	2	6	7642	7647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714759
80	NC_019681	GCC	2	6	7776	7781	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427714759
81	NC_019681	TGA	2	6	7853	7858	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714759
82	NC_019681	ACA	2	6	7894	7899	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427714759
83	NC_019681	TGC	2	6	8214	8219	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714760
84	NC_019681	TTA	2	6	8268	8273	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427714760
85	NC_019681	CTA	2	6	8375	8380	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714760
86	NC_019681	GCA	2	6	8387	8392	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714760
87	NC_019681	CGC	2	6	8425	8430	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427714760
88	NC_019681	CTT	2	6	8606	8611	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_019681	CTA	2	6	8802	8807	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_019681	GCA	2	6	8865	8870	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_019681	CTT	3	9	8954	8962	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	427714761
92	NC_019681	CAA	2	6	8994	8999	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427714761
93	NC_019681	GTT	2	6	9072	9077	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714761
94	NC_019681	TAT	2	6	9092	9097	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427714761
95	NC_019681	TAT	2	6	9155	9160	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427714761
96	NC_019681	ATG	2	6	9190	9195	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714761
97	NC_019681	CAG	2	6	9208	9213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714761
98	NC_019681	TTA	2	6	9341	9346	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427714761
99	NC_019681	CTG	2	6	9434	9439	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_019681	ATG	3	9	9441	9449	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_019681	AAT	2	6	9450	9455	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019681	TCG	2	6	9456	9461	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_019681	CTT	2	6	9488	9493	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_019681	GCG	2	6	9545	9550	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_019681	AGA	2	6	9780	9785	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427714762
106	NC_019681	CAT	2	6	9871	9876	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714763
107	NC_019681	TGA	3	9	9909	9917	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714763
108	NC_019681	CCA	2	6	9940	9945	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427714763
109	NC_019681	CGG	2	6	10005	10010	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427714763
110	NC_019681	GGC	2	6	10048	10053	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427714763
111	NC_019681	GAT	2	6	10159	10164	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714763
112	NC_019681	TTG	2	6	10172	10177	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714763
113	NC_019681	CCG	2	6	10181	10186	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427714763
114	NC_019681	TGA	2	6	10272	10277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714763
115	NC_019681	GAT	2	6	10318	10323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714763
116	NC_019681	CCA	2	6	10374	10379	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427714763
117	NC_019681	TAA	2	6	10474	10479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427714763
118	NC_019681	CTA	2	6	10524	10529	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714763
119	NC_019681	GCT	2	6	10609	10614	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714763
120	NC_019681	GTA	2	6	10639	10644	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714763
121	NC_019681	TGT	2	6	10674	10679	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714763
122	NC_019681	AAC	2	6	10712	10717	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427714763
123	NC_019681	ATG	2	6	10886	10891	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714763
124	NC_019681	ATG	2	6	10979	10984	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714763
125	NC_019681	GTT	2	6	11002	11007	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714763
126	NC_019681	AGC	2	6	11084	11089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714763
127	NC_019681	GCT	2	6	11172	11177	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714763
128	NC_019681	CGC	2	6	11354	11359	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427714763
129	NC_019681	ATG	2	6	11418	11423	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714763
130	NC_019681	ATC	2	6	11460	11465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714763
131	NC_019681	TGT	2	6	11503	11508	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714763
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135	NC_019681	TGA	2	6	11559	11564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714763
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255	NC_019681	ACC	2	6	23046	23051	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427714777
256	NC_019681	ATC	2	6	23058	23063	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714777
257	NC_019681	ACT	2	6	23071	23076	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714777
258	NC_019681	TGC	2	6	23077	23082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714777
259	NC_019681	ATG	2	6	23110	23115	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714777

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.