MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d

Total Repeats: 118

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018304	CTG	2	6	75	80	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018304	GCC	2	6	171	176	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_018304	GGA	2	6	184	189	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018304	ACG	2	6	204	209	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_018304	CTT	2	6	266	271	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912628
6	NC_018304	ATC	2	6	383	388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912628
7	NC_018304	GCA	2	6	581	586	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
8	NC_018304	GCC	2	6	602	607	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
9	NC_018304	GCC	2	6	682	687	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
10	NC_018304	CTG	2	6	785	790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
11	NC_018304	CTT	2	6	941	946	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912628
12	NC_018304	GTT	2	6	955	960	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399912628
13	NC_018304	GCT	2	6	1019	1024	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
14	NC_018304	CCG	2	6	1033	1038	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
15	NC_018304	CGA	2	6	1149	1154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
16	NC_018304	GAG	2	6	1168	1173	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
17	NC_018304	CTT	2	6	1199	1204	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912628
18	NC_018304	TGC	2	6	1258	1263	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
19	NC_018304	AGG	2	6	1314	1319	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
20	NC_018304	AGC	2	6	1365	1370	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
21	NC_018304	TCG	2	6	1407	1412	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
22	NC_018304	GAT	2	6	1414	1419	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912628
23	NC_018304	ATG	2	6	1548	1553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912628
24	NC_018304	CGT	2	6	1611	1616	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
25	NC_018304	CGT	2	6	1648	1653	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
26	NC_018304	CCG	2	6	1656	1661	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
27	NC_018304	CCG	2	6	1702	1707	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
28	NC_018304	ATG	2	6	1844	1849	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912628
29	NC_018304	CGA	2	6	1851	1856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
30	NC_018304	GCT	2	6	1909	1914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
31	NC_018304	GCA	2	6	1915	1920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
32	NC_018304	CGA	2	6	2031	2036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
33	NC_018304	GAG	2	6	2222	2227	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
34	NC_018304	GAA	2	6	2297	2302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912628
35	NC_018304	GCA	2	6	2349	2354	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
36	NC_018304	CAG	2	6	2595	2600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
37	NC_018304	CGA	2	6	2886	2891	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
38	NC_018304	CAC	2	6	2997	3002	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912628
39	NC_018304	TCG	2	6	3040	3045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
40	NC_018304	GAG	2	6	3326	3331	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
41	NC_018304	CCA	2	6	3398	3403	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912628
42	NC_018304	GAC	2	6	3446	3451	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
43	NC_018304	CTA	2	6	3472	3477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912628
44	NC_018304	GGC	2	6	3490	3495	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912628
45	NC_018304	GCT	2	6	3656	3661	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_018304	ACG	2	6	3667	3672	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_018304	CGA	2	6	3761	3766	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912629
48	NC_018304	CCG	2	6	3886	3891	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912629
49	NC_018304	CAC	2	6	3933	3938	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912629
50	NC_018304	CGA	2	6	4046	4051	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912629
51	NC_018304	CTT	2	6	4381	4386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_018304	AGG	2	6	4458	4463	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018304	CGA	2	6	4497	4502	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912630
54	NC_018304	AGA	2	6	4547	4552	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912630
55	NC_018304	GCT	2	6	4599	4604	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912630
56	NC_018304	ATG	2	6	4761	4766	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912631
57	NC_018304	TTG	2	6	4810	4815	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399912631
58	NC_018304	GAC	2	6	4878	4883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912631
59	NC_018304	AAT	2	6	4893	4898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	399912631
60	NC_018304	CCA	2	6	5056	5061	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912631
61	NC_018304	GTC	2	6	5412	5417	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
62	NC_018304	GGT	2	6	5428	5433	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912631
63	NC_018304	AAT	2	6	5442	5447	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	399912631
64	NC_018304	GGC	2	6	5604	5609	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912631
65	NC_018304	CTG	2	6	5781	5786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
66	NC_018304	TCG	2	6	5846	5851	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
67	NC_018304	GTG	2	6	5880	5885	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912631
68	NC_018304	CGT	2	6	5930	5935	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
69	NC_018304	TCT	2	6	5970	5975	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_018304	TTG	2	6	6017	6022	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018304	ATT	2	6	6290	6295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018304	GTG	2	6	6310	6315	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018304	AGC	2	6	6545	6550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912632
74	NC_018304	TGA	2	6	6562	6567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912632
75	NC_018304	GGT	2	6	6717	6722	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912632
76	NC_018304	CTT	2	6	6723	6728	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912632
77	NC_018304	GAT	2	6	6822	6827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912632
78	NC_018304	ATC	2	6	6852	6857	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912632
79	NC_018304	CAA	2	6	6914	6919	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_018304	TGG	2	6	6955	6960	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912633
81	NC_018304	GCG	2	6	6970	6975	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
82	NC_018304	TCG	2	6	7065	7070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
83	NC_018304	GGC	2	6	7090	7095	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
84	NC_018304	CCA	2	6	7174	7179	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912633
85	NC_018304	GCG	2	6	7269	7274	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
86	NC_018304	GGT	2	6	7396	7401	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912633
87	NC_018304	CAT	2	6	7436	7441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912633
88	NC_018304	TGC	2	6	7482	7487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
89	NC_018304	GGC	2	6	7535	7540	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
90	NC_018304	CGC	2	6	7597	7602	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912633
91	NC_018304	CGG	2	6	7609	7614	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
92	NC_018304	GCC	2	6	7784	7789	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912633
93	NC_018304	GCT	2	6	7857	7862	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
94	NC_018304	GAA	2	6	7980	7985	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912633
95	NC_018304	GAC	2	6	8069	8074	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912633
96	NC_018304	ACC	2	6	8124	8129	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912633
97	NC_018304	GAA	2	6	8211	8216	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912633
98	NC_018304	CAC	2	6	8231	8236	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912633
99	NC_018304	CTG	2	6	8346	8351	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
100	NC_018304	TCG	2	6	8452	8457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
101	NC_018304	CTT	2	6	8501	8506	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912633
102	NC_018304	CAG	2	6	8548	8553	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_018304	CAC	2	6	8591	8596	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912634
104	NC_018304	ATA	2	6	8704	8709	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	399912634
105	NC_018304	TCT	2	6	8713	8718	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912634
106	NC_018304	CAA	2	6	8726	8731	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399912634
107	NC_018304	AGC	2	6	8783	8788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912634
108	NC_018304	TGC	2	6	8831	8836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912634
109	NC_018304	GGC	3	9	8978	8986	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912634
110	NC_018304	GCA	2	6	8987	8992	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912634
111	NC_018304	AAG	2	6	9022	9027	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912634
112	NC_018304	ACG	2	6	9031	9036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912634
113	NC_018304	GGA	2	6	9435	9440	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912634
114	NC_018304	TGC	2	6	9503	9508	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912634
115	NC_018304	CCA	2	6	9685	9690	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912634
116	NC_018304	TGT	3	9	9816	9824	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018304	GGT	2	6	9880	9885	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018304	CCG	2	6	9957	9962	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.