MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d

Total Repeats: 5311

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5001	NC_018299	GC	3	6	231556	231561	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5002	NC_018299	GATC	2	8	231576	231583	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5003	NC_018299	TCC	2	6	231619	231624	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5004	NC_018299	TCACC	2	10	231664	231673	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
5005	NC_018299	ATC	2	6	231675	231680	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5006	NC_018299	CGAG	2	8	231745	231752	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5007	NC_018299	CG	3	6	231803	231808	0 %	0 %	50 %	50 %	399995547
5008	NC_018299	GCC	2	6	231919	231924	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995547
5009	NC_018299	GCC	2	6	231992	231997	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995547
5010	NC_018299	TCA	2	6	232131	232136	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995547
5011	NC_018299	GCC	2	6	232184	232189	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5012	NC_018299	CAG	2	6	232193	232198	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5013	NC_018299	GAG	2	6	232203	232208	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5014	NC_018299	CCT	2	6	232341	232346	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5015	NC_018299	CCT	2	6	232369	232374	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5016	NC_018299	GC	3	6	232440	232445	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5017	NC_018299	TCA	2	6	232475	232480	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5018	NC_018299	TCT	2	6	232526	232531	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995548
5019	NC_018299	CAA	2	6	232540	232545	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399995548
5020	NC_018299	TCT	2	6	232563	232568	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995548
5021	NC_018299	GCG	2	6	232683	232688	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995548
5022	NC_018299	TGGG	2	8	232712	232719	0 %	25 %	75 %	0 %	399995548
5023	NC_018299	TGTCG	2	10	232801	232810	0 %	40 %	40 %	20 %	399995548
5024	NC_018299	GCGG	2	8	232860	232867	0 %	0 %	75 %	25 %	399995548
5025	NC_018299	GTCG	2	8	232949	232956	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
5026	NC_018299	CCT	2	6	233081	233086	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399995549
5027	NC_018299	GAA	2	6	233089	233094	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995549
5028	NC_018299	GC	3	6	233103	233108	0 %	0 %	50 %	50 %	399995549
5029	NC_018299	TTTGG	2	10	233190	233199	0 %	60 %	40 %	0 %	399995549
5030	NC_018299	GCG	2	6	233248	233253	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995549
5031	NC_018299	CGC	2	6	233307	233312	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995549
5032	NC_018299	CGC	2	6	233324	233329	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995549
5033	NC_018299	CCA	2	6	233378	233383	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995549
5034	NC_018299	TCC	2	6	233440	233445	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5035	NC_018299	AGGC	2	8	233457	233464	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5036	NC_018299	AAT	2	6	233501	233506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5037	NC_018299	GC	3	6	233507	233512	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5038	NC_018299	GTA	2	6	233541	233546	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5039	NC_018299	TTG	2	6	233704	233709	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5040	NC_018299	TC	3	6	233757	233762	0 %	50 %	0 %	50 %	399995550
5041	NC_018299	AGC	2	6	233828	233833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995550
5042	NC_018299	ATC	2	6	233875	233880	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995550
5043	NC_018299	CG	3	6	233981	233986	0 %	0 %	50 %	50 %	399995550
5044	NC_018299	GTT	2	6	234031	234036	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399995550
5045	NC_018299	GC	4	8	234117	234124	0 %	0 %	50 %	50 %	399995550
5046	NC_018299	CAA	2	6	234149	234154	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399995550
5047	NC_018299	ACCT	2	8	234162	234169	25 %	25 %	0 %	50 %	399995550
5048	NC_018299	ACT	2	6	234196	234201	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995550
5049	NC_018299	GCC	2	6	234252	234257	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995550
5050	NC_018299	AAG	2	6	234285	234290	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995550
5051	NC_018299	TTC	2	6	234350	234355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995550
5052	NC_018299	GCC	2	6	234364	234369	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995550
5053	NC_018299	AG	3	6	234438	234443	50 %	0 %	50 %	0 %	399995550
5054	NC_018299	TG	3	6	234607	234612	0 %	50 %	50 %	0 %	399995550
5055	NC_018299	CGC	2	6	234633	234638	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995550
5056	NC_018299	TCT	2	6	234695	234700	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995550
5057	NC_018299	TGCT	2	8	234748	234755	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5058	NC_018299	GCT	2	6	234781	234786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5059	NC_018299	CTG	2	6	234796	234801	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5060	NC_018299	TGC	2	6	234841	234846	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5061	NC_018299	CATC	2	8	234868	234875	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
5062	NC_018299	TGC	2	6	234894	234899	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5063	NC_018299	GTC	2	6	234938	234943	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5064	NC_018299	ATGCA	2	10	235010	235019	40 %	20 %	20 %	20 %	399995551
5065	NC_018299	ACC	2	6	235022	235027	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995551
5066	NC_018299	GCC	2	6	235142	235147	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995551
5067	NC_018299	TTC	2	6	235226	235231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995551
5068	NC_018299	CG	3	6	235258	235263	0 %	0 %	50 %	50 %	399995551
5069	NC_018299	GCC	2	6	235295	235300	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995551
5070	NC_018299	CCA	2	6	235314	235319	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995551
5071	NC_018299	CGT	2	6	235336	235341	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995551
5072	NC_018299	GCC	2	6	235347	235352	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995551
5073	NC_018299	GTC	2	6	235360	235365	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995551
5074	NC_018299	GGCG	2	8	235368	235375	0 %	0 %	75 %	25 %	399995551
5075	NC_018299	CGT	2	6	235513	235518	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995551
5076	NC_018299	CAGC	2	8	235524	235531	25 %	0 %	25 %	50 %	399995551
5077	NC_018299	CG	3	6	235540	235545	0 %	0 %	50 %	50 %	399995551
5078	NC_018299	GGT	2	6	235826	235831	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399995551
5079	NC_018299	GAT	2	6	235875	235880	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995551
5080	NC_018299	GC	3	6	235883	235888	0 %	0 %	50 %	50 %	399995551
5081	NC_018299	CGG	2	6	235891	235896	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995551
5082	NC_018299	TGA	2	6	235903	235908	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995551
5083	NC_018299	ATC	2	6	235913	235918	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995551
5084	NC_018299	GC	3	6	235956	235961	0 %	0 %	50 %	50 %	399995552
5085	NC_018299	TCG	2	6	235974	235979	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995552
5086	NC_018299	GC	3	6	235996	236001	0 %	0 %	50 %	50 %	399995552
5087	NC_018299	CGA	2	6	236002	236007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995552
5088	NC_018299	CGA	2	6	236041	236046	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995552
5089	NC_018299	CCG	2	6	236054	236059	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995552
5090	NC_018299	CT	3	6	236117	236122	0 %	50 %	0 %	50 %	399995552
5091	NC_018299	ATG	2	6	236166	236171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995552
5092	NC_018299	GCG	2	6	236172	236177	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995552
5093	NC_018299	GC	3	6	236214	236219	0 %	0 %	50 %	50 %	399995552
5094	NC_018299	TG	3	6	236223	236228	0 %	50 %	50 %	0 %	399995552
5095	NC_018299	GCG	2	6	236239	236244	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995552
5096	NC_018299	GAC	2	6	236279	236284	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995552
5097	NC_018299	CGG	2	6	236286	236291	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995552
5098	NC_018299	ATGAA	2	10	236325	236334	60 %	20 %	20 %	0 %	399995552
5099	NC_018299	GAA	2	6	236348	236353	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5100	NC_018299	TCG	2	6	236358	236363	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5101	NC_018299	CTT	2	6	236444	236449	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995553
5102	NC_018299	CTTCG	2	10	236586	236595	0 %	40 %	20 %	40 %	399995553
5103	NC_018299	CGA	2	6	236671	236676	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995553
5104	NC_018299	CG	3	6	236778	236783	0 %	0 %	50 %	50 %	399995553
5105	NC_018299	AAG	2	6	236791	236796	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995553
5106	NC_018299	ACGGC	2	10	236809	236818	20 %	0 %	40 %	40 %	399995553
5107	NC_018299	GCG	2	6	236880	236885	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995553
5108	NC_018299	CG	3	6	236940	236945	0 %	0 %	50 %	50 %	399995553
5109	NC_018299	GCCGTT	2	12	236992	237003	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995553
5110	NC_018299	GAC	2	6	237041	237046	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995553
5111	NC_018299	CGC	2	6	237104	237109	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995553
5112	NC_018299	CAT	2	6	237113	237118	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995553
5113	NC_018299	CCA	2	6	237119	237124	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995553
5114	NC_018299	TTCG	2	8	237236	237243	0 %	50 %	25 %	25 %	399995553
5115	NC_018299	TGAG	2	8	237323	237330	25 %	25 %	50 %	0 %	399995553
5116	NC_018299	ACG	2	6	237446	237451	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995553
5117	NC_018299	GAA	2	6	237554	237559	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995553
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5119	NC_018299	CCT	2	6	237638	237643	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399995553
5120	NC_018299	TCGA	2	8	237669	237676	25 %	25 %	25 %	25 %	399995553
5121	NC_018299	CTT	2	6	237820	237825	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995554
5122	NC_018299	GAC	2	6	237907	237912	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995554
5123	NC_018299	CGC	2	6	237921	237926	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995554
5124	NC_018299	TCGGC	2	10	237969	237978	0 %	20 %	40 %	40 %	399995554
5125	NC_018299	GAT	2	6	238042	238047	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995554
5126	NC_018299	GCC	2	6	238069	238074	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995554
5127	NC_018299	CGG	2	6	238076	238081	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995554
5128	NC_018299	GTC	2	6	238231	238236	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995554
5129	NC_018299	CCG	2	6	238281	238286	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995554
5130	NC_018299	TCT	2	6	238437	238442	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995554
5131	NC_018299	GGC	2	6	238450	238455	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995554
5132	NC_018299	GGC	2	6	238462	238467	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995554
5133	NC_018299	CGG	2	6	238494	238499	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995554
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5137	NC_018299	TCA	2	6	238563	238568	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995554
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5140	NC_018299	CGC	2	6	238653	238658	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5141	NC_018299	TCGC	2	8	238659	238666	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
5142	NC_018299	GC	3	6	238683	238688	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5143	NC_018299	TGG	2	6	238724	238729	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399995555
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5145	NC_018299	GTC	2	6	238977	238982	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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5189	NC_018299	GTC	2	6	241571	241576	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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5192	NC_018299	CTG	2	6	241717	241722	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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5194	NC_018299	GTC	2	6	241766	241771	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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5200	NC_018299	TTA	2	6	242078	242083	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5201	NC_018299	GC	3	6	242234	242239	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5202	NC_018299	TGC	2	6	242260	242265	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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5229	NC_018299	CCGAC	2	10	243907	243916	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
5230	NC_018299	CGC	2	6	244049	244054	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995562
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5234	NC_018299	GC	3	6	244234	244239	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5235	NC_018299	ATG	2	6	244309	244314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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5239	NC_018299	GA	3	6	244717	244722	50 %	0 %	50 %	0 %	399995563
5240	NC_018299	CGT	2	6	244807	244812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995563
5241	NC_018299	GAG	2	6	244832	244837	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399995563
5242	NC_018299	CG	4	8	244852	244859	0 %	0 %	50 %	50 %	399995563
5243	NC_018299	TCG	2	6	244863	244868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995563
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5246	NC_018299	A	6	6	245033	245038	100 %	0 %	0 %	0 %	399995563
5247	NC_018299	GCC	2	6	245061	245066	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995563
5248	NC_018299	ATC	2	6	245078	245083	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995563
5249	NC_018299	CT	3	6	245089	245094	0 %	50 %	0 %	50 %	399995563
5250	NC_018299	TGC	2	6	245184	245189	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995563
5251	NC_018299	GTC	2	6	245210	245215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995563
5252	NC_018299	TGC	2	6	245250	245255	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995563
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5261	NC_018299	CGAG	2	8	245551	245558	25 %	0 %	50 %	25 %	399995563
5262	NC_018299	TAGT	2	8	245590	245597	25 %	50 %	25 %	0 %	399995563
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5265	NC_018299	GCT	2	6	245777	245782	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995563
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5274	NC_018299	CGT	2	6	246141	246146	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5275	NC_018299	CGCC	2	8	246161	246168	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
5276	NC_018299	GGT	2	6	246190	246195	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5277	NC_018299	GCGCA	2	10	246197	246206	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
5278	NC_018299	GCAAGT	2	12	246222	246233	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5279	NC_018299	CGC	2	6	246279	246284	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5280	NC_018299	CTG	2	6	246301	246306	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5281	NC_018299	GAG	2	6	246308	246313	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5282	NC_018299	GGA	2	6	246343	246348	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5283	NC_018299	TGC	2	6	246367	246372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5284	NC_018299	TCG	2	6	246506	246511	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995564
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5298	NC_018299	AT	3	6	247283	247288	50 %	50 %	0 %	0 %	399995566
5299	NC_018299	GACC	2	8	247358	247365	25 %	0 %	25 %	50 %	399995566
5300	NC_018299	GCC	2	6	247417	247422	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5301	NC_018299	TCG	2	6	247531	247536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5302	NC_018299	CAT	2	6	247636	247641	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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5305	NC_018299	AAG	2	6	247775	247780	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5306	NC_018299	GCC	2	6	247839	247844	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5307	NC_018299	GGC	2	6	247855	247860	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5308	NC_018299	ATG	2	6	247938	247943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5309	NC_018299	AAT	2	6	247997	248002	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5310	NC_018299	CCGAC	2	10	248024	248033	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
5311	NC_018299	TCCA	2	8	248090	248097	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.