MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 122

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018194	GAA	2	6	325	330	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018194	GCC	2	6	421	426	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_018194	GAT	2	6	434	439	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018194	GAA	2	6	476	481	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018194	GCC	2	6	618	623	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_018194	GCA	2	6	700	705	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_018194	CTC	2	6	825	830	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_018194	AGT	2	6	944	949	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018194	CCA	2	6	1261	1266	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356371
10	NC_018194	GCC	2	6	1379	1384	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356371
11	NC_018194	AGC	2	6	1679	1684	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356371
12	NC_018194	CAT	2	6	1759	1764	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356371
13	NC_018194	CTT	2	6	1903	1908	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356371
14	NC_018194	GCC	2	6	2025	2030	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_018194	CCA	2	6	2054	2059	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_018194	AAC	2	6	2305	2310	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356372
17	NC_018194	GGC	2	6	2422	2427	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356372
18	NC_018194	TCC	2	6	2452	2457	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356372
19	NC_018194	CTT	2	6	2472	2477	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356372
20	NC_018194	GGT	2	6	2514	2519	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356372
21	NC_018194	ATT	2	6	2568	2573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	398356372
22	NC_018194	TGA	2	6	2627	2632	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356372
23	NC_018194	TCC	3	9	2803	2811	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356372
24	NC_018194	CTT	2	6	2847	2852	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356372
25	NC_018194	GCT	2	6	2989	2994	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356372
26	NC_018194	CTG	2	6	2995	3000	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356372
27	NC_018194	CAT	2	6	3005	3010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356372
28	NC_018194	GCC	2	6	3033	3038	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356372
29	NC_018194	CCT	2	6	3098	3103	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356372
30	NC_018194	CAT	2	6	3144	3149	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356372
31	NC_018194	CTC	2	6	3260	3265	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356372
32	NC_018194	CTT	2	6	3341	3346	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356372
33	NC_018194	TGC	2	6	3370	3375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356372
34	NC_018194	TGC	2	6	3410	3415	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356372
35	NC_018194	AGC	2	6	3418	3423	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356372
36	NC_018194	TCA	2	6	3547	3552	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356372
37	NC_018194	ACA	3	9	3824	3832	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_018194	ATA	2	6	3915	3920	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	398356373
39	NC_018194	TTG	2	6	3993	3998	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356373
40	NC_018194	CTC	2	6	4022	4027	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356373
41	NC_018194	CAG	2	6	4033	4038	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356373
42	NC_018194	CGT	2	6	4075	4080	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356373
43	NC_018194	CGC	2	6	4269	4274	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_018194	GAA	2	6	4276	4281	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018194	AAG	2	6	4293	4298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018194	GCA	2	6	4405	4410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_018194	ATC	2	6	4546	4551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_018194	CAT	2	6	4647	4652	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_018194	TTG	2	6	4817	4822	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018194	GCC	2	6	4834	4839	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_018194	CCA	2	6	4874	4879	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_018194	TTC	2	6	4960	4965	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_018194	CCG	2	6	5024	5029	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_018194	GCC	2	6	5250	5255	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356374
55	NC_018194	TCG	2	6	5287	5292	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356374
56	NC_018194	GGC	2	6	5306	5311	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356374
57	NC_018194	CAA	2	6	5415	5420	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356374
58	NC_018194	CCG	2	6	5545	5550	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356374
59	NC_018194	GTG	2	6	5606	5611	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356374
60	NC_018194	ACC	2	6	5716	5721	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356374
61	NC_018194	TCA	2	6	5788	5793	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356374
62	NC_018194	GCC	2	6	6032	6037	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356375
63	NC_018194	CAG	2	6	6155	6160	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_018194	GAG	2	6	6361	6366	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356376
65	NC_018194	CGC	2	6	6412	6417	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356376
66	NC_018194	CGC	2	6	6420	6425	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356376
67	NC_018194	ATC	2	6	6449	6454	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356376
68	NC_018194	TCG	2	6	6459	6464	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356376
69	NC_018194	AGC	2	6	6527	6532	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356376
70	NC_018194	TGC	2	6	6621	6626	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356376
71	NC_018194	GTT	2	6	6639	6644	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356376
72	NC_018194	CGC	2	6	6682	6687	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356376
73	NC_018194	AGC	2	6	6806	6811	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356376
74	NC_018194	CCG	2	6	6826	6831	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356376
75	NC_018194	GCA	2	6	6850	6855	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356376
76	NC_018194	TGC	2	6	6883	6888	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356376
77	NC_018194	CGC	2	6	6979	6984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356376
78	NC_018194	GAT	2	6	7079	7084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356376
79	NC_018194	ATG	2	6	7184	7189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356376
80	NC_018194	CGT	2	6	7209	7214	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356376
81	NC_018194	CGG	2	6	7327	7332	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356376
82	NC_018194	TTG	2	6	7374	7379	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356376
83	NC_018194	TGC	2	6	7423	7428	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356376
84	NC_018194	CGC	2	6	7557	7562	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356377
85	NC_018194	TCG	2	6	7603	7608	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356377
86	NC_018194	CGA	2	6	7670	7675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356377
87	NC_018194	GCC	2	6	7729	7734	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356377
88	NC_018194	TGT	2	6	7752	7757	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356377
89	NC_018194	GAA	2	6	7986	7991	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356377
90	NC_018194	CGT	2	6	8057	8062	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356377
91	NC_018194	GGC	2	6	8235	8240	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356378
92	NC_018194	GCT	2	6	8377	8382	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356378
93	NC_018194	GCA	2	6	8383	8388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356378
94	NC_018194	CCA	2	6	8467	8472	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356378
95	NC_018194	GCG	2	6	8501	8506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356378
96	NC_018194	AGC	2	6	8522	8527	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_018194	CGT	2	6	8539	8544	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_018194	GAA	2	6	8642	8647	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018194	TGC	2	6	8743	8748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_018194	GTC	2	6	8806	8811	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_018194	TTC	2	6	8920	8925	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_018194	TCT	2	6	8937	8942	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_018194	TGA	2	6	9038	9043	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018194	CGG	2	6	9059	9064	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_018194	GCC	2	6	9152	9157	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356379
106	NC_018194	AAG	2	6	9165	9170	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356379
107	NC_018194	TCG	2	6	9266	9271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356379
108	NC_018194	ATG	2	6	9275	9280	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356379
109	NC_018194	GTC	2	6	9464	9469	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356379
110	NC_018194	AGA	2	6	9644	9649	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356379
111	NC_018194	TCT	2	6	9668	9673	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356379
112	NC_018194	TGA	2	6	9678	9683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356379
113	NC_018194	CCG	2	6	9698	9703	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356379
114	NC_018194	GCG	2	6	9732	9737	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356379
115	NC_018194	GCT	2	6	9743	9748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356379
116	NC_018194	CGA	2	6	9802	9807	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356379
117	NC_018194	GAT	2	6	9961	9966	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356380
118	NC_018194	CGG	2	6	9978	9983	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356380
119	NC_018194	GTT	2	6	10002	10007	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356380
120	NC_018194	GGC	2	6	10036	10041	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356380
121	NC_018194	CGC	2	6	10068	10073	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356380
122	NC_018194	GAA	2	6	10102	10107	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356380

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.