MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 140

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018185	GTC	2	6	197	202	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018185	GCC	2	6	218	223	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_018185	GCC	2	6	228	233	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_018185	CGC	2	6	251	256	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_018185	GAC	2	6	283	288	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_018185	ACG	2	6	299	304	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_018185	GGC	2	6	319	324	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_018185	CGG	2	6	374	379	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356049
9	NC_018185	TCG	2	6	427	432	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356049
10	NC_018185	CGT	2	6	458	463	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356049
11	NC_018185	AGC	2	6	483	488	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356049
12	NC_018185	ATG	2	6	495	500	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356049
13	NC_018185	CGC	2	6	511	516	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356049
14	NC_018185	CGC	2	6	581	586	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356049
15	NC_018185	GGC	2	6	605	610	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356049
16	NC_018185	GCC	2	6	679	684	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356049
17	NC_018185	AGC	2	6	705	710	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356049
18	NC_018185	GCG	2	6	712	717	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356049
19	NC_018185	CGG	2	6	829	834	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356049
20	NC_018185	GTC	2	6	843	848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356049
21	NC_018185	TCG	2	6	900	905	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356049
22	NC_018185	GCG	2	6	931	936	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356049
23	NC_018185	TCC	2	6	1077	1082	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356049
24	NC_018185	GTC	2	6	1184	1189	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356049
25	NC_018185	GCG	3	9	1196	1204	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356049
26	NC_018185	GCC	2	6	1392	1397	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356050
27	NC_018185	GAT	2	6	1407	1412	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356050
28	NC_018185	TCC	2	6	1471	1476	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356050
29	NC_018185	CGA	2	6	1479	1484	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_018185	TCA	2	6	1507	1512	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356051
31	NC_018185	TCG	2	6	1558	1563	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356051
32	NC_018185	TCA	2	6	1579	1584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356051
33	NC_018185	TTC	2	6	1723	1728	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356051
34	NC_018185	AGA	2	6	1847	1852	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356052
35	NC_018185	GCG	2	6	1959	1964	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356052
36	NC_018185	TTG	2	6	1994	1999	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356052
37	NC_018185	AGC	2	6	2048	2053	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356052
38	NC_018185	TTG	2	6	2117	2122	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356052
39	NC_018185	TGC	2	6	2148	2153	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356052
40	NC_018185	AAG	2	6	2182	2187	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356052
41	NC_018185	GGC	2	6	2438	2443	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356054
42	NC_018185	TGG	2	6	2529	2534	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018185	AGT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018185	AGC	2	6	2561	2566	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356055
45	NC_018185	GCG	3	9	2635	2643	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356055
46	NC_018185	GTT	2	6	2659	2664	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356055
47	NC_018185	GTC	2	6	2773	2778	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356055
48	NC_018185	GCG	2	6	2779	2784	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356055
49	NC_018185	GAC	2	6	2808	2813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356055
50	NC_018185	CAC	2	6	2819	2824	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356055
51	NC_018185	AAG	2	6	2833	2838	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356055
52	NC_018185	GAT	2	6	2942	2947	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356055
53	NC_018185	GCG	2	6	2959	2964	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356056
54	NC_018185	GGC	2	6	3093	3098	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356056
55	NC_018185	ACG	2	6	3118	3123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356056
56	NC_018185	GAA	2	6	3146	3151	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356056
57	NC_018185	GGT	2	6	3197	3202	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356056
58	NC_018185	CTG	2	6	3280	3285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356056
59	NC_018185	CGA	2	6	3362	3367	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356057
60	NC_018185	GAT	2	6	3386	3391	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356057
61	NC_018185	TGC	2	6	3431	3436	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356057
62	NC_018185	CTT	2	6	3549	3554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356057
63	NC_018185	GGC	2	6	3623	3628	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356057
64	NC_018185	CGT	2	6	3707	3712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356057
65	NC_018185	CAA	2	6	3724	3729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356057
66	NC_018185	TGC	2	6	3738	3743	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356057
67	NC_018185	CGC	2	6	3895	3900	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356057
68	NC_018185	CTG	2	6	3921	3926	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356057
69	NC_018185	GAT	2	6	3929	3934	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356057
70	NC_018185	CCG	2	6	4096	4101	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356057
71	NC_018185	CGC	2	6	4210	4215	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356057
72	NC_018185	GCC	2	6	4218	4223	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356057
73	NC_018185	CTA	2	6	4226	4231	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356057
74	NC_018185	CGG	2	6	4245	4250	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356057
75	NC_018185	GGC	2	6	4311	4316	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356057
76	NC_018185	TTC	2	6	4395	4400	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356057
77	NC_018185	CCA	2	6	4417	4422	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356057
78	NC_018185	CGT	2	6	4566	4571	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356057
79	NC_018185	CAA	2	6	4715	4720	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356057
80	NC_018185	GCC	2	6	4722	4727	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356057
81	NC_018185	GTG	2	6	4789	4794	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356057
82	NC_018185	CGC	2	6	4802	4807	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356057
83	NC_018185	CGA	2	6	4816	4821	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356057
84	NC_018185	ACG	2	6	4843	4848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356057
85	NC_018185	ACA	2	6	4902	4907	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356057
86	NC_018185	GCT	2	6	4919	4924	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356057
87	NC_018185	ATG	2	6	4953	4958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356057
88	NC_018185	CAT	2	6	4966	4971	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356057
89	NC_018185	CGA	2	6	5008	5013	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_018185	ATC	2	6	5112	5117	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_018185	TGG	2	6	5134	5139	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018185	AGA	2	6	5164	5169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018185	TGC	2	6	5191	5196	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_018185	GGC	2	6	5274	5279	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_018185	GGA	2	6	5302	5307	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018185	GCC	2	6	5359	5364	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_018185	GCA	2	6	5376	5381	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_018185	GCA	2	6	5431	5436	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_018185	TGG	2	6	5458	5463	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018185	AGA	2	6	5476	5481	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018185	CCG	2	6	5524	5529	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_018185	CAG	2	6	5570	5575	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_018185	CAT	2	6	5607	5612	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356058
104	NC_018185	CGC	2	6	5652	5657	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356058
105	NC_018185	TGA	2	6	5664	5669	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356058
106	NC_018185	CTT	2	6	5679	5684	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356058
107	NC_018185	GCT	2	6	5720	5725	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356058
108	NC_018185	ATG	2	6	5735	5740	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356058
109	NC_018185	CAT	2	6	5769	5774	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356058
110	NC_018185	GAT	2	6	5948	5953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356059
111	NC_018185	AAG	2	6	5988	5993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356059
112	NC_018185	TGC	2	6	6082	6087	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356059
113	NC_018185	TCA	2	6	6377	6382	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_018185	CAC	2	6	6476	6481	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_018185	GCG	2	6	6490	6495	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_018185	CGA	2	6	6518	6523	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_018185	CAC	2	6	6627	6632	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_018185	GTT	2	6	6671	6676	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018185	TGG	2	6	6736	6741	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018185	TCG	2	6	6931	6936	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_018185	GAC	2	6	7027	7032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_018185	CGA	2	6	7042	7047	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_018185	CAA	2	6	7101	7106	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_018185	GTC	2	6	7130	7135	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356061
125	NC_018185	GAA	2	6	7144	7149	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356061
126	NC_018185	GAG	2	6	7204	7209	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356061
127	NC_018185	CTA	2	6	7225	7230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356061
128	NC_018185	TGG	2	6	7339	7344	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356061
129	NC_018185	GGT	2	6	7375	7380	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356061
130	NC_018185	GGC	2	6	7406	7411	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356061
131	NC_018185	ATC	2	6	7418	7423	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356061
132	NC_018185	GAA	2	6	7450	7455	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356061
133	NC_018185	GAC	2	6	7532	7537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356061
134	NC_018185	GCG	2	6	7632	7637	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356062
135	NC_018185	TCG	2	6	7646	7651	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356062
136	NC_018185	GGC	2	6	7712	7717	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_018185	TGG	2	6	7779	7784	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018185	GCG	2	6	7881	7886	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_018185	GAA	2	6	7908	7913	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018185	CGA	2	6	7977	7982	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.