MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Streptococcus suis ST1 chromosome

Total Repeats: 1542

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017950	CTATC	2	10	928	937	20 %	40 %	0 %	40 %	389855710
2	NC_017950	AATAA	2	10	1297	1306	80 %	20 %	0 %	0 %	389855710
3	NC_017950	CATAT	2	10	2808	2817	40 %	40 %	0 %	20 %	389855712
4	NC_017950	AAACA	2	10	5679	5688	80 %	0 %	0 %	20 %	389855717
5	NC_017950	AAGAT	2	10	5748	5757	60 %	20 %	20 %	0 %	389855717
6	NC_017950	TGTCT	2	10	6070	6079	0 %	60 %	20 %	20 %	389855717
7	NC_017950	GAGAT	2	10	6788	6797	40 %	20 %	40 %	0 %	389855718
8	NC_017950	CAAGG	2	10	9193	9202	40 %	0 %	40 %	20 %	389855718
9	NC_017950	TGAAA	2	10	9925	9934	60 %	20 %	20 %	0 %	389855719
10	NC_017950	CTATT	2	10	11162	11171	20 %	60 %	0 %	20 %	389855722
11	NC_017950	CTTTG	2	10	13391	13400	0 %	60 %	20 %	20 %	389855724
12	NC_017950	AACAG	2	10	13835	13844	60 %	0 %	20 %	20 %	389855725
13	NC_017950	CTTGT	2	10	14988	14997	0 %	60 %	20 %	20 %	389855725
14	NC_017950	TCGTG	2	10	18150	18159	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017950	GTTAA	2	10	19030	19039	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017950	ATAGA	2	10	22520	22529	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017950	ATATT	2	10	23544	23553	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017950	TTTAT	2	10	24575	24584	20 %	80 %	0 %	0 %	389855728
19	NC_017950	AATGC	2	10	25541	25550	40 %	20 %	20 %	20 %	389855729
20	NC_017950	CTACG	2	10	33072	33081	20 %	20 %	20 %	40 %	389855737
21	NC_017950	AAACC	2	10	35494	35503	60 %	0 %	0 %	40 %	389855738
22	NC_017950	TTCTT	2	10	36842	36851	0 %	80 %	0 %	20 %	389855738
23	NC_017950	AAATG	2	10	38402	38411	60 %	20 %	20 %	0 %	389855739
24	NC_017950	TTGGC	2	10	40330	40339	0 %	40 %	40 %	20 %	389855741
25	NC_017950	CTATT	2	10	42064	42073	20 %	60 %	0 %	20 %	389855743
26	NC_017950	TTTAT	2	10	43049	43058	20 %	80 %	0 %	0 %	389855744
27	NC_017950	ATTCT	2	10	43260	43269	20 %	60 %	0 %	20 %	389855744
28	NC_017950	ATTGA	2	10	44124	44133	40 %	40 %	20 %	0 %	389855745
29	NC_017950	CAGCT	2	10	46117	46126	20 %	20 %	20 %	40 %	389855747
30	NC_017950	GAAGC	2	10	47173	47182	40 %	0 %	40 %	20 %	389855748
31	NC_017950	CAAGT	2	10	48616	48625	40 %	20 %	20 %	20 %	389855749
32	NC_017950	ATAGA	2	10	49821	49830	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017950	CTGAA	2	10	50085	50094	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017950	AGCGG	2	10	51120	51129	20 %	0 %	60 %	20 %	389855750
35	NC_017950	TTAGT	2	10	54764	54773	20 %	60 %	20 %	0 %	389855755
36	NC_017950	TTATC	2	10	55542	55551	20 %	60 %	0 %	20 %	389855757
37	NC_017950	TTTAT	2	10	55811	55820	20 %	80 %	0 %	0 %	389855758
38	NC_017950	TCAAT	2	10	55909	55918	40 %	40 %	0 %	20 %	389855758
39	NC_017950	TTATT	2	10	56162	56171	20 %	80 %	0 %	0 %	389855758
40	NC_017950	GAGAA	2	10	60474	60483	60 %	0 %	40 %	0 %	389855764
41	NC_017950	GGTCG	2	10	61893	61902	0 %	20 %	60 %	20 %	389855765
42	NC_017950	GCAGA	2	10	61955	61964	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017950	CTGGA	2	10	62293	62302	20 %	20 %	40 %	20 %	389855766
44	NC_017950	TTTTG	2	10	62775	62784	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017950	TGAAT	2	10	63369	63378	40 %	40 %	20 %	0 %	389855767
46	NC_017950	TTAAG	2	10	65861	65870	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017950	AGCAG	2	10	67582	67591	40 %	0 %	40 %	20 %	389855772
48	NC_017950	TCAGC	2	10	71580	71589	20 %	20 %	20 %	40 %	389855776
49	NC_017950	TTGCT	2	10	73152	73161	0 %	60 %	20 %	20 %	389855778
50	NC_017950	AACAA	2	10	75354	75363	80 %	0 %	0 %	20 %	389855780
51	NC_017950	GTATC	2	10	76316	76325	20 %	40 %	20 %	20 %	389855781
52	NC_017950	TGGAT	2	10	78309	78318	20 %	40 %	40 %	0 %	389855785
53	NC_017950	TGGCG	2	10	81427	81436	0 %	20 %	60 %	20 %	389855789
54	NC_017950	AAAAC	2	10	81987	81996	80 %	0 %	0 %	20 %	389855790
55	NC_017950	TACAC	2	10	82401	82410	40 %	20 %	0 %	40 %	389855791
56	NC_017950	GAAAA	2	10	83131	83140	80 %	0 %	20 %	0 %	389855792
57	NC_017950	GTCTT	2	10	83419	83428	0 %	60 %	20 %	20 %	389855793
58	NC_017950	TTTGG	2	10	83550	83559	0 %	60 %	40 %	0 %	389855793
59	NC_017950	AAGGA	2	10	86169	86178	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017950	TAAGA	2	10	86927	86936	60 %	20 %	20 %	0 %	389855801
61	NC_017950	AGAAT	2	10	91712	91721	60 %	20 %	20 %	0 %	389855809
62	NC_017950	TAGTC	2	10	92497	92506	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017950	GAAAA	2	10	94038	94047	80 %	0 %	20 %	0 %	389855814
64	NC_017950	TGACT	2	10	94433	94442	20 %	40 %	20 %	20 %	389855814
65	NC_017950	TCGTG	2	10	100120	100129	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017950	GTTAA	2	10	101000	101009	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017950	TTAAT	2	10	104708	104717	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017950	ATCGT	2	10	105654	105663	20 %	40 %	20 %	20 %	389855819
69	NC_017950	TATCA	2	10	106399	106408	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017950	TTCTC	2	10	106841	106850	0 %	60 %	0 %	40 %	389855821
71	NC_017950	GTTAG	2	10	108061	108070	20 %	40 %	40 %	0 %	389855821
72	NC_017950	CTTTA	2	10	108123	108132	20 %	60 %	0 %	20 %	389855821
73	NC_017950	TTGTG	2	10	108187	108196	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017950	AACAC	2	10	108293	108302	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_017950	CGATT	2	10	108384	108393	20 %	40 %	20 %	20 %	389855822
76	NC_017950	TGTTT	2	10	108565	108574	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017950	AACAT	2	10	109005	109014	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017950	AATAT	2	10	109563	109572	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017950	TGAGG	2	10	111727	111736	20 %	20 %	60 %	0 %	389855827
80	NC_017950	TTTGG	2	10	113624	113633	0 %	60 %	40 %	0 %	389855830
81	NC_017950	ATTGC	2	10	114089	114098	20 %	40 %	20 %	20 %	389855830
82	NC_017950	GCTTT	2	10	114320	114329	0 %	60 %	20 %	20 %	389855831
83	NC_017950	AGAAA	2	10	114778	114787	80 %	0 %	20 %	0 %	389855831
84	NC_017950	TTGAA	2	10	117388	117397	40 %	40 %	20 %	0 %	389855835
85	NC_017950	CATGA	2	10	118401	118410	40 %	20 %	20 %	20 %	389855836
86	NC_017950	CTGGG	2	10	121151	121160	0 %	20 %	60 %	20 %	389855837
87	NC_017950	ACATG	2	10	124254	124263	40 %	20 %	20 %	20 %	389855838
88	NC_017950	GTCTG	2	10	130227	130236	0 %	40 %	40 %	20 %	389855841
89	NC_017950	GGCCT	2	10	130302	130311	0 %	20 %	40 %	40 %	389855841
90	NC_017950	TGGTT	2	10	132379	132388	0 %	60 %	40 %	0 %	389855842
91	NC_017950	GGTCA	2	10	132678	132687	20 %	20 %	40 %	20 %	389855842
92	NC_017950	GGCAA	2	10	134326	134335	40 %	0 %	40 %	20 %	389855847
93	NC_017950	GTAAG	2	10	134719	134728	40 %	20 %	40 %	0 %	389855847
94	NC_017950	TTGGT	2	10	136825	136834	0 %	60 %	40 %	0 %	389855849
95	NC_017950	GGATG	2	10	137127	137136	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017950	GAAAA	2	10	137287	137296	80 %	0 %	20 %	0 %	389855850
97	NC_017950	CCTTG	2	10	137340	137349	0 %	40 %	20 %	40 %	389855850
98	NC_017950	CTGGA	2	10	138228	138237	20 %	20 %	40 %	20 %	389855851
99	NC_017950	AGCAG	2	10	138584	138593	40 %	0 %	40 %	20 %	389855851
100	NC_017950	GCTCA	2	10	138692	138701	20 %	20 %	20 %	40 %	389855851
101	NC_017950	AATCA	2	10	139206	139215	60 %	20 %	0 %	20 %	389855852
102	NC_017950	CATGA	2	10	140267	140276	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017950	GAAAG	2	10	141686	141695	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017950	ACTTT	2	10	143580	143589	20 %	60 %	0 %	20 %	389855857
105	NC_017950	CTATA	2	10	144604	144613	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017950	ATCGT	2	10	145353	145362	20 %	40 %	20 %	20 %	389855860
107	NC_017950	CCAAT	2	10	145954	145963	40 %	20 %	0 %	40 %	389855861
108	NC_017950	TAGCG	2	10	146891	146900	20 %	20 %	40 %	20 %	389855861
109	NC_017950	ATCAA	2	10	148052	148061	60 %	20 %	0 %	20 %	389855863
110	NC_017950	CGTAT	2	10	149082	149091	20 %	40 %	20 %	20 %	389855864
111	NC_017950	CCAAT	2	10	149175	149184	40 %	20 %	0 %	40 %	389855864
112	NC_017950	CAAGA	2	10	149949	149958	60 %	0 %	20 %	20 %	389855864
113	NC_017950	CGAGG	2	10	151496	151505	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017950	AAGTT	2	10	152700	152709	40 %	40 %	20 %	0 %	389855866
115	NC_017950	AAGAA	2	10	153058	153067	80 %	0 %	20 %	0 %	389855866
116	NC_017950	GCAGT	2	10	153348	153357	20 %	20 %	40 %	20 %	389855866
117	NC_017950	ATCCA	2	10	153459	153468	40 %	20 %	0 %	40 %	389855866
118	NC_017950	TACGA	2	10	153960	153969	40 %	20 %	20 %	20 %	389855866
119	NC_017950	TTAAG	2	10	154292	154301	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017950	GTAAA	2	10	155773	155782	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017950	TGCCA	2	10	158603	158612	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_017950	GAAAA	2	10	159018	159027	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017950	CTATT	2	10	159044	159053	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017950	GTTTA	2	10	159223	159232	20 %	60 %	20 %	0 %	389855869
125	NC_017950	AAAAT	2	10	161158	161167	80 %	20 %	0 %	0 %	389855871
126	NC_017950	ATAAA	2	10	161541	161550	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017950	GCCAA	2	10	166029	166038	40 %	0 %	20 %	40 %	389855876
128	NC_017950	TTTCA	2	10	168308	168317	20 %	60 %	0 %	20 %	389855879
129	NC_017950	AAAAG	2	10	168901	168910	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017950	TGGTC	2	10	172251	172260	0 %	40 %	40 %	20 %	389855884
131	NC_017950	GTCTT	2	10	173206	173215	0 %	60 %	20 %	20 %	389855885
132	NC_017950	TTGGA	2	10	175711	175720	20 %	40 %	40 %	0 %	389855887
133	NC_017950	TCATC	2	10	176584	176593	20 %	40 %	0 %	40 %	389855889
134	NC_017950	CTTGG	2	10	176753	176762	0 %	40 %	40 %	20 %	389855889
135	NC_017950	TCTTT	2	10	177164	177173	0 %	80 %	0 %	20 %	389855889
136	NC_017950	AGCAG	2	10	178485	178494	40 %	0 %	40 %	20 %	389855891
137	NC_017950	CCAAA	2	10	179091	179100	60 %	0 %	0 %	40 %	389855891
138	NC_017950	GCAGG	2	10	179353	179362	20 %	0 %	60 %	20 %	389855891
139	NC_017950	CATTG	2	10	184344	184353	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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148	NC_017950	TATAA	2	10	194123	194132	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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251	NC_017950	GCAGA	2	10	323268	323277	40 %	0 %	40 %	20 %	389856020
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257	NC_017950	ACAGA	2	10	332298	332307	60 %	0 %	20 %	20 %	389856029
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262	NC_017950	TAGAA	2	10	337975	337984	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
263	NC_017950	AAACC	2	10	339389	339398	60 %	0 %	0 %	40 %	389856033
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265	NC_017950	GTTAA	2	10	342150	342159	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
266	NC_017950	TTTTC	2	10	345522	345531	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
267	NC_017950	TTGGT	2	10	346694	346703	0 %	60 %	40 %	0 %	389856035
268	NC_017950	TTTAT	2	10	346964	346973	20 %	80 %	0 %	0 %	389856035
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