MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Streptococcus suis D12 chromosome

Total Repeats: 1651

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017621	CTATC	2	10	928	937	20 %	40 %	0 %	40 %	386585203
2	NC_017621	AATAA	2	10	1297	1306	80 %	20 %	0 %	0 %	386585203
3	NC_017621	CATAT	2	10	2807	2816	40 %	40 %	0 %	20 %	386585205
4	NC_017621	AAACA	2	10	5753	5762	80 %	0 %	0 %	20 %	386585209
5	NC_017621	TGTCT	2	10	6144	6153	0 %	60 %	20 %	20 %	386585209
6	NC_017621	GAGAT	2	10	6862	6871	40 %	20 %	40 %	0 %	386585210
7	NC_017621	TGAAA	2	10	9999	10008	60 %	20 %	20 %	0 %	386585211
8	NC_017621	CTATT	2	10	11236	11245	20 %	60 %	0 %	20 %	386585214
9	NC_017621	CTTTG	2	10	13465	13474	0 %	60 %	20 %	20 %	386585216
10	NC_017621	AACAG	2	10	13909	13918	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017621	CTTGT	2	10	15099	15108	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017621	AAGTT	2	10	16214	16223	40 %	40 %	20 %	0 %	386585217
13	NC_017621	ACAAA	2	10	16980	16989	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017621	TCGTG	2	10	18112	18121	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017621	GTTAA	2	10	18878	18887	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017621	ATAGA	2	10	22338	22347	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017621	ATTAT	2	10	22813	22822	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017621	ATATT	2	10	23362	23371	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017621	TTTAT	2	10	24393	24402	20 %	80 %	0 %	0 %	386585219
20	NC_017621	AATGC	2	10	25359	25368	40 %	20 %	20 %	20 %	386585220
21	NC_017621	CTACG	2	10	30713	30722	20 %	20 %	20 %	40 %	386585226
22	NC_017621	GCGAA	2	10	31395	31404	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017621	AGCTG	2	10	31604	31613	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017621	AAACC	2	10	33170	33179	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_017621	ATGGA	2	10	33190	33199	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017621	TTCTT	2	10	34518	34527	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017621	GCCAT	2	10	34992	35001	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_017621	AAATG	2	10	36078	36087	60 %	20 %	20 %	0 %	386585227
29	NC_017621	AGCAG	2	10	39391	39400	40 %	0 %	40 %	20 %	386585230
30	NC_017621	CTATT	2	10	39616	39625	20 %	60 %	0 %	20 %	386585230
31	NC_017621	TAGAA	2	10	40830	40839	60 %	20 %	20 %	0 %	386585231
32	NC_017621	TAATG	2	10	41211	41220	40 %	40 %	20 %	0 %	386585231
33	NC_017621	TTACT	2	10	41785	41794	20 %	60 %	0 %	20 %	386585232
34	NC_017621	AAGCA	2	10	46861	46870	60 %	0 %	20 %	20 %	386585237
35	NC_017621	TAAAA	2	10	46944	46953	80 %	20 %	0 %	0 %	386585237
36	NC_017621	AGCGG	2	10	49422	49431	20 %	0 %	60 %	20 %	386585239
37	NC_017621	TTAGT	2	10	50889	50898	20 %	60 %	20 %	0 %	386585241
38	NC_017621	GTTTT	2	10	51558	51567	0 %	80 %	20 %	0 %	386585242
39	NC_017621	TTATC	2	10	51667	51676	20 %	60 %	0 %	20 %	386585242
40	NC_017621	TAATC	2	10	51775	51784	40 %	40 %	0 %	20 %	386585242
41	NC_017621	TTTAT	2	10	51936	51945	20 %	80 %	0 %	0 %	386585243
42	NC_017621	TCAAT	2	10	52034	52043	40 %	40 %	0 %	20 %	386585243
43	NC_017621	TCTTT	2	10	53571	53580	0 %	80 %	0 %	20 %	386585245
44	NC_017621	GAGAA	2	10	55789	55798	60 %	0 %	40 %	0 %	386585247
45	NC_017621	AAAAT	2	10	56015	56024	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017621	GCAGA	2	10	57219	57228	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017621	CTGGA	2	10	58237	58246	20 %	20 %	40 %	20 %	386585249
48	NC_017621	TTGAT	2	10	60248	60257	20 %	60 %	20 %	0 %	386585251
49	NC_017621	AGCAG	2	10	61947	61956	40 %	0 %	40 %	20 %	386585252
50	NC_017621	TTGCT	2	10	67388	67397	0 %	60 %	20 %	20 %	386585257
51	NC_017621	TTAAG	2	10	70385	70394	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017621	GTGTG	2	10	71415	71424	0 %	40 %	60 %	0 %	386585261
53	NC_017621	GTATC	2	10	72191	72200	20 %	40 %	20 %	20 %	386585262
54	NC_017621	TGGCG	2	10	75905	75914	0 %	20 %	60 %	20 %	386585269
55	NC_017621	AAAAC	2	10	76465	76474	80 %	0 %	0 %	20 %	386585270
56	NC_017621	TACAC	2	10	76879	76888	40 %	20 %	0 %	40 %	386585271
57	NC_017621	GTCTT	2	10	77897	77906	0 %	60 %	20 %	20 %	386585273
58	NC_017621	TTTGG	2	10	78028	78037	0 %	60 %	40 %	0 %	386585273
59	NC_017621	AAGGA	2	10	80647	80656	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017621	TAAGA	2	10	81405	81414	60 %	20 %	20 %	0 %	386585281
61	NC_017621	CTTTG	2	10	81650	81659	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017621	AGAAT	2	10	86079	86088	60 %	20 %	20 %	0 %	386585288
63	NC_017621	GAAAA	2	10	88405	88414	80 %	0 %	20 %	0 %	386585293
64	NC_017621	CTGAC	2	10	88799	88808	20 %	20 %	20 %	40 %	386585293
65	NC_017621	TTTTA	2	10	89634	89643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017621	ACAAA	2	10	90059	90068	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017621	TCGTG	2	10	91191	91200	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017621	GTTAA	2	10	91957	91966	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017621	TTAAT	2	10	95663	95672	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017621	ATCGT	2	10	96606	96615	20 %	40 %	20 %	20 %	386585295
71	NC_017621	TATCA	2	10	97351	97360	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017621	CATAT	2	10	99039	99048	40 %	40 %	0 %	20 %	386585297
73	NC_017621	TTTGG	2	10	100627	100636	0 %	60 %	40 %	0 %	386585300
74	NC_017621	ATTGC	2	10	101092	101101	20 %	40 %	20 %	20 %	386585300
75	NC_017621	GCTTT	2	10	101323	101332	0 %	60 %	20 %	20 %	386585301
76	NC_017621	AGAAA	2	10	101781	101790	80 %	0 %	20 %	0 %	386585301
77	NC_017621	GACTT	2	10	103360	103369	20 %	40 %	20 %	20 %	386585302
78	NC_017621	CATTT	2	10	104915	104924	20 %	60 %	0 %	20 %	386585304
79	NC_017621	TCCAT	2	10	105170	105179	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017621	AATGT	2	10	106311	106320	40 %	40 %	20 %	0 %	386585307
81	NC_017621	TTTGG	2	10	106431	106440	0 %	60 %	40 %	0 %	386585307
82	NC_017621	AAGTC	2	10	108086	108095	40 %	20 %	20 %	20 %	386585309
83	NC_017621	CTGGG	2	10	114370	114379	0 %	20 %	60 %	20 %	386585311
84	NC_017621	AAGAA	2	10	119970	119979	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017621	GTCTG	2	10	124486	124495	0 %	40 %	40 %	20 %	386585315
86	NC_017621	GGCCT	2	10	124561	124570	0 %	20 %	40 %	40 %	386585315
87	NC_017621	AATCA	2	10	124843	124852	60 %	20 %	0 %	20 %	386585315
88	NC_017621	CGGAG	2	10	124966	124975	20 %	0 %	60 %	20 %	386585315
89	NC_017621	TGGTT	2	10	126637	126646	0 %	60 %	40 %	0 %	386585317
90	NC_017621	GGTCA	2	10	126936	126945	20 %	20 %	40 %	20 %	386585317
91	NC_017621	GGCAA	2	10	128584	128593	40 %	0 %	40 %	20 %	386585322
92	NC_017621	GGATG	2	10	131274	131283	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017621	GAAAA	2	10	131380	131389	80 %	0 %	20 %	0 %	386585325
94	NC_017621	CCTTG	2	10	131433	131442	0 %	40 %	20 %	40 %	386585325
95	NC_017621	CTGGA	2	10	132321	132330	20 %	20 %	40 %	20 %	386585326
96	NC_017621	AGCAG	2	10	132677	132686	40 %	0 %	40 %	20 %	386585326
97	NC_017621	GGCCG	2	10	132858	132867	0 %	0 %	60 %	40 %	386585326
98	NC_017621	CATGA	2	10	134359	134368	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017621	GAAAG	2	10	135779	135788	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017621	ACTTT	2	10	137673	137682	20 %	60 %	0 %	20 %	386585332
101	NC_017621	CTATA	2	10	138697	138706	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017621	ATCGT	2	10	139502	139511	20 %	40 %	20 %	20 %	386585335
103	NC_017621	AAATT	2	10	139785	139794	60 %	40 %	0 %	0 %	386585336
104	NC_017621	TAGCG	2	10	141040	141049	20 %	20 %	40 %	20 %	386585336
105	NC_017621	ATCAA	2	10	142201	142210	60 %	20 %	0 %	20 %	386585338
106	NC_017621	GAAGC	2	10	142690	142699	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017621	CGTAT	2	10	143358	143367	20 %	40 %	20 %	20 %	386585339
108	NC_017621	CCAAT	2	10	143451	143460	40 %	20 %	0 %	40 %	386585339
109	NC_017621	CAAGA	2	10	144225	144234	60 %	0 %	20 %	20 %	386585339
110	NC_017621	AAGCT	2	10	144655	144664	40 %	20 %	20 %	20 %	386585339
111	NC_017621	GTTTT	2	10	145356	145365	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017621	ACTAA	2	10	145632	145641	60 %	20 %	0 %	20 %	386585340
113	NC_017621	TTCCG	2	10	149127	149136	0 %	40 %	20 %	40 %	386585342
114	NC_017621	TTGAA	2	10	150440	150449	40 %	40 %	20 %	0 %	386585342
115	NC_017621	AACCA	2	10	151804	151813	60 %	0 %	0 %	40 %	386585342
116	NC_017621	CAAAA	2	10	152644	152653	80 %	0 %	0 %	20 %	386585342
117	NC_017621	AACCA	2	10	153049	153058	60 %	0 %	0 %	40 %	386585342
118	NC_017621	CAAAT	2	10	153776	153785	60 %	20 %	0 %	20 %	386585342
119	NC_017621	TGAAG	2	10	155097	155106	40 %	20 %	40 %	0 %	386585342
120	NC_017621	GAATG	2	10	155646	155655	40 %	20 %	40 %	0 %	386585342
121	NC_017621	GTAAA	2	10	157918	157927	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017621	GAAAA	2	10	159771	159780	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017621	CTATT	2	10	159797	159806	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017621	GTTTA	2	10	159976	159985	20 %	60 %	20 %	0 %	386585346
125	NC_017621	AAAAT	2	10	161911	161920	80 %	20 %	0 %	0 %	386585348
126	NC_017621	ATAAA	2	10	162351	162360	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017621	GCTAG	2	10	162860	162869	20 %	20 %	40 %	20 %	386585349
128	NC_017621	TTTCA	2	10	167372	167381	20 %	60 %	0 %	20 %	386585354
129	NC_017621	AAAAG	2	10	167965	167974	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017621	GTCTT	2	10	171512	171521	0 %	60 %	20 %	20 %	386585358
131	NC_017621	TTGGA	2	10	173937	173946	20 %	40 %	40 %	0 %	386585359
132	NC_017621	TCATC	2	10	174810	174819	20 %	40 %	0 %	40 %	386585361
133	NC_017621	CTTGG	2	10	174979	174988	0 %	40 %	40 %	20 %	386585361
134	NC_017621	GAGCA	2	10	175910	175919	40 %	0 %	40 %	20 %	386585362
135	NC_017621	TCCTT	2	10	176352	176361	0 %	60 %	0 %	40 %	386585362
136	NC_017621	CCAAA	2	10	176517	176526	60 %	0 %	0 %	40 %	386585362
137	NC_017621	CAAAT	2	10	182457	182466	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017621	TCTGG	2	10	183522	183531	0 %	40 %	40 %	20 %	386585368
139	NC_017621	CTCAA	2	10	183658	183667	40 %	20 %	0 %	40 %	386585368
140	NC_017621	CCTTA	2	10	184738	184747	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
141	NC_017621	TATAA	2	10	184912	184921	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017621	TGATT	2	10	191181	191190	20 %	60 %	20 %	0 %	386585373
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158	NC_017621	CTTAA	2	10	216330	216339	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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161	NC_017621	GTCTG	2	10	219663	219672	0 %	40 %	40 %	20 %	386585395
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174	NC_017621	TAAAA	2	10	235221	235230	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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253	NC_017621	GTTTT	2	10	323363	323372	0 %	80 %	20 %	0 %	386585492
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267	NC_017621	GTTAA	2	10	343050	343059	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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269	NC_017621	TTTAT	2	10	347833	347842	20 %	80 %	0 %	0 %	386585512
270	NC_017621	GTTTT	2	10	351119	351128	0 %	80 %	20 %	0 %	386585514
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