MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Streptococcus suis JS14 chromosome

Total Repeats: 803

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017618	TGCCTA	2	12	9003	9014	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386578988
2	NC_017618	TAAAGC	2	12	14177	14188	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386578995
3	NC_017618	TGGAAG	2	12	21764	21775	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017618	CTTGGC	2	12	28854	28865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386579002
5	NC_017618	TGGAAG	2	12	32003	32014	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386579006
6	NC_017618	GTGGAT	2	12	32350	32361	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386579006
7	NC_017618	GATGCG	2	12	39006	39017	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386579010
8	NC_017618	CCTAGA	2	12	42063	42074	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386579013
9	NC_017618	AATATG	2	12	47097	47108	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386579018
10	NC_017618	AGTCTA	2	12	52243	52254	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017618	GCGGAC	2	12	53717	53728	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386579025
12	NC_017618	CAAAAC	2	12	54017	54028	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386579026
13	NC_017618	ACGAAT	2	12	59099	59110	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386579030
14	NC_017618	ATGGCA	2	12	61153	61164	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386579033
15	NC_017618	CAGGGA	2	12	63152	63163	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386579035
16	NC_017618	TGAGAA	2	12	70478	70489	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386579044
17	NC_017618	AGCTAA	2	12	72646	72657	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386579049
18	NC_017618	TAAAGG	2	12	72775	72786	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386579049
19	NC_017618	TGCAAC	2	12	73615	73626	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386579050
20	NC_017618	CGCAAT	2	12	75518	75529	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386579054
21	NC_017618	TCAACA	2	12	75918	75929	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386579055
22	NC_017618	ATCGAA	2	12	75930	75941	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386579055
23	NC_017618	ACATCA	2	12	76066	76077	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386579055
24	NC_017618	AGTTAA	2	12	76805	76816	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386579056
25	NC_017618	ATCGTT	2	12	78664	78675	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386579061
26	NC_017618	CAAATT	2	12	78863	78874	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386579062
27	NC_017618	CCAACA	2	12	80520	80531	50 %	0 %	0 %	50 %	386579064
28	NC_017618	ACTTGG	2	12	81728	81739	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386579067
29	NC_017618	GCGGTG	2	12	82096	82107	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386579068
30	NC_017618	ATGGTA	2	12	82955	82966	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386579069
31	NC_017618	ATTGAA	2	12	84611	84622	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386579071
32	NC_017618	GTAAAG	2	12	85297	85308	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386579072
33	NC_017618	GTTAAA	2	12	86671	86682	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386579074
34	NC_017618	TGGAAG	2	12	92562	92573	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017618	TTCGGG	2	12	93676	93687	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017618	ATCCTT	2	12	99528	99539	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386579083
37	NC_017618	GATTTA	2	12	100845	100856	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386579084
38	NC_017618	ATGAAA	2	12	103931	103942	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386579089
39	NC_017618	TTGAAA	2	12	105958	105969	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386579092
40	NC_017618	CTTGGA	2	12	106014	106025	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386579092
41	NC_017618	TGGAAT	2	12	111081	111092	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386579096
42	NC_017618	CGCAGC	2	12	114424	114435	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386579096
43	NC_017618	ATGGTT	2	12	115131	115142	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386579097
44	NC_017618	GTGAAG	2	12	116175	116186	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386579097
45	NC_017618	GGCGAA	2	12	117644	117655	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386579097
46	NC_017618	ATGACA	2	12	120195	120206	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386579101
47	NC_017618	TCCATT	2	12	126476	126487	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386579111
48	NC_017618	GAAAAA	2	12	129870	129881	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386579114
49	NC_017618	TTGAGT	2	12	130562	130573	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386579116
50	NC_017618	TAAGAT	2	12	137097	137108	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017618	GCAAGA	2	12	137700	137711	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386579125
52	NC_017618	TATCAC	2	12	137718	137729	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386579125
53	NC_017618	TTCGAG	2	12	139099	139110	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386579125
54	NC_017618	ATACTC	2	12	139691	139702	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386579126
55	NC_017618	GTTCCA	2	12	143672	143683	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386579128
56	NC_017618	CCAGAA	2	12	147623	147634	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386579132
57	NC_017618	AGCACC	2	12	148330	148341	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386579132
58	NC_017618	ACTAAG	2	12	150972	150983	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017618	GTGGCG	2	12	151537	151548	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017618	GGCTGT	2	12	152657	152668	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386579137
61	NC_017618	GGAGTT	2	12	152804	152815	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386579137
62	NC_017618	GTTATA	2	12	154457	154468	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017618	TGGGGA	2	12	155901	155912	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386579140
64	NC_017618	ATTTTA	2	12	156390	156401	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386579140
65	NC_017618	TTTTGA	2	12	158631	158642	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386579142
66	NC_017618	AAACAG	2	12	163561	163572	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386579148
67	NC_017618	ACTGAT	2	12	163908	163919	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386579148
68	NC_017618	AGATGC	2	12	165265	165276	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386579149
69	NC_017618	AAAACA	2	12	167466	167477	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	386579151
70	NC_017618	GATTTG	2	12	170808	170819	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386579154
71	NC_017618	CAGCAA	2	12	172540	172551	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386579155
72	NC_017618	ATTTTT	2	12	172850	172861	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017618	GATTGA	2	12	174405	174416	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386579156
74	NC_017618	TAAGTC	2	12	175917	175928	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386579158
75	NC_017618	CTATAC	2	12	177085	177096	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386579159
76	NC_017618	CATTGC	2	12	178864	178875	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386579161
77	NC_017618	TTGATT	2	12	179144	179155	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386579161
78	NC_017618	CCAGCT	2	12	182930	182941	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386579164
79	NC_017618	CAGCTC	2	12	183003	183014	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386579164
80	NC_017618	CTCCAA	2	12	183036	183047	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386579164
81	NC_017618	AACTCC	2	12	183217	183228	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386579164
82	NC_017618	TGATTT	2	12	184237	184248	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017618	TCGTAG	2	12	189447	189458	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386579168
84	NC_017618	GAAAAA	2	12	192626	192637	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386579170
85	NC_017618	GTCAAG	2	12	194733	194744	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386579172
86	NC_017618	AAAATC	2	12	195568	195579	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386579174
87	NC_017618	TTGATT	2	12	195638	195649	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386579174
88	NC_017618	TTAATA	2	12	198240	198251	50 %	50 %	0 %	0 %	386579177
89	NC_017618	TTTTGA	2	12	198643	198654	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386579178
90	NC_017618	TGTGAA	2	12	199448	199459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386579178
91	NC_017618	GATAAA	2	12	202825	202836	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386579179
92	NC_017618	TAGAAT	2	12	204863	204874	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386579180
93	NC_017618	GATGAA	2	12	205278	205289	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386579181
94	NC_017618	ATTGCC	2	12	209290	209301	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386579186
95	NC_017618	CATTGC	2	12	210618	210629	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386579187
96	NC_017618	ATCTGC	2	12	216538	216549	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017618	AAAATT	2	12	218154	218165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017618	TCCACG	2	12	218700	218711	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386579192
99	NC_017618	AAAGTC	2	12	218960	218971	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386579192
100	NC_017618	TGGCTA	2	12	225177	225188	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386579197
101	NC_017618	TGAGTT	2	12	225919	225930	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386579197
102	NC_017618	AACAGA	2	12	231605	231616	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386579203
103	NC_017618	TTATGG	2	12	234182	234193	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386579204
104	NC_017618	TTTTAT	2	12	238770	238781	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386579209
105	NC_017618	GTAACA	2	12	238906	238917	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386579209
106	NC_017618	TTTTCC	2	12	246817	246828	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386579216
107	NC_017618	GAATAA	2	12	250161	250172	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386579218
108	NC_017618	TAGGGT	2	12	250291	250302	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386579219
109	NC_017618	AAAGAT	2	12	253959	253970	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386579224
110	NC_017618	TTTTTC	2	12	255559	255570	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_017618	AGGTGT	2	12	256536	256547	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386579226
112	NC_017618	CAAAAA	2	12	261698	261709	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	386579230
113	NC_017618	AACCAA	2	12	263259	263270	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386579232
114	NC_017618	TTTGGC	2	12	266193	266204	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386579236
115	NC_017618	CGACAA	2	12	267628	267639	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386579237
116	NC_017618	GGCGAC	2	12	271562	271573	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386579239
117	NC_017618	TTGCGG	2	12	274636	274647	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386579241
118	NC_017618	GATTGT	2	12	277992	278003	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386579244
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348	NC_017618	CATTTC	2	12	899859	899870	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386579830
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454	NC_017618	TGATTT	2	12	1218612	1218623	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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456	NC_017618	TGATTT	2	12	1223040	1223051	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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458	NC_017618	AGCAAT	2	12	1224786	1224797	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386580162
459	NC_017618	AAATAT	2	12	1225542	1225553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
460	NC_017618	GCAGAT	2	12	1232405	1232416	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
461	NC_017618	TGATTT	2	12	1232452	1232463	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
462	NC_017618	TGTTTC	2	12	1237539	1237550	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386580174
463	NC_017618	CAATTT	2	12	1238293	1238304	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386580176
464	NC_017618	TTACAT	2	12	1238634	1238645	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
465	NC_017618	TTCCGG	2	12	1240024	1240035	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386580179
466	NC_017618	ACCATC	2	12	1240294	1240305	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386580179
467	NC_017618	TCAAAA	2	12	1245748	1245759	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386580183
468	NC_017618	TCGTCT	2	12	1245883	1245894	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386580183
469	NC_017618	TTCAAA	2	12	1246609	1246620	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386580184
470	NC_017618	ATATTG	2	12	1248476	1248487	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386580185
471	NC_017618	TATAGC	2	12	1249750	1249761	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386580186
472	NC_017618	ACATCA	2	12	1249974	1249985	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386580186
473	NC_017618	TCTAAA	2	12	1250618	1250629	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386580187
474	NC_017618	ATCCGA	2	12	1256982	1256993	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386580191
475	NC_017618	TACCTG	2	12	1257743	1257754	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
476	NC_017618	CACCTG	2	12	1259008	1259019	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386580193
477	NC_017618	TTGCCT	2	12	1260460	1260471	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386580194
478	NC_017618	GTAATG	2	12	1260975	1260986	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386580194
479	NC_017618	TTCATG	2	12	1263744	1263755	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386580197
480	NC_017618	CAAATG	2	12	1266065	1266076	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386580200
481	NC_017618	GCCCCT	2	12	1266947	1266958	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386580201
482	NC_017618	ATTTCA	2	12	1268424	1268435	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386580203
483	NC_017618	AATTCT	2	12	1271736	1271747	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386580208
484	NC_017618	ATATAA	2	12	1274390	1274401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386580209
485	NC_017618	TCTGTC	2	12	1274549	1274560	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386580209
486	NC_017618	GTTCTT	2	12	1282459	1282470	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386580214
487	NC_017618	CGAATC	2	12	1286479	1286490	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
488	NC_017618	TTCTTT	2	12	1290603	1290614	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386580224
489	NC_017618	TCATAA	2	12	1293254	1293265	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386580226
490	NC_017618	TAGCTG	2	12	1295242	1295253	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
491	NC_017618	TTTAGC	2	12	1295255	1295266	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
492	NC_017618	AAAGAA	2	12	1296727	1296738	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386580230
493	NC_017618	TGATTT	2	12	1297141	1297152	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
494	NC_017618	ATCTGC	2	12	1297856	1297867	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386580232
495	NC_017618	CTCTTC	2	12	1299269	1299280	0 %	50 %	0 %	50 %	386580232
496	NC_017618	TTGATA	2	12	1300712	1300723	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386580233
497	NC_017618	TCCAAG	2	12	1305391	1305402	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386580237
498	NC_017618	TCTAGT	2	12	1307791	1307802	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386580241
499	NC_017618	ATCACT	2	12	1308681	1308692	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
500	NC_017618	TTCTGC	2	12	1316716	1316727	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386580246

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