MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST398 plasmid pS0385-3

Total Repeats: 75

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017336	TCG	2	6	2	7	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017336	A	6	6	64	69	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017336	TAC	2	6	189	194	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017336	CTA	2	6	219	224	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017336	T	6	6	226	231	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017336	TAG	2	6	234	239	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017336	T	6	6	241	246	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017336	TA	3	6	313	318	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017336	TA	3	6	323	328	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017336	TC	3	6	382	387	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_017336	TTAC	2	8	418	425	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_017336	T	7	7	460	466	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017336	TA	3	6	499	504	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017336	CT	3	6	525	530	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_017336	TA	3	6	537	542	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017336	T	6	6	570	575	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017336	T	6	6	595	600	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017336	A	7	7	649	655	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017336	A	7	7	754	760	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017336	TAA	2	6	797	802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387603997
21	NC_017336	TCT	2	6	848	853	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387603997
22	NC_017336	TGT	2	6	859	864	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387603997
23	NC_017336	ATTA	2	8	883	890	50 %	50 %	0 %	0 %	387603997
24	NC_017336	TCT	2	6	899	904	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387603997
25	NC_017336	CCA	2	6	947	952	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387603997
26	NC_017336	TTTC	2	8	1010	1017	0 %	75 %	0 %	25 %	387603997
27	NC_017336	ATC	3	9	1018	1026	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603997
28	NC_017336	A	6	6	1031	1036	100 %	0 %	0 %	0 %	387603997
29	NC_017336	GCT	2	6	1076	1081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387603997
30	NC_017336	T	7	7	1204	1210	0 %	100 %	0 %	0 %	387603997
31	NC_017336	AC	3	6	1229	1234	50 %	0 %	0 %	50 %	387603997
32	NC_017336	TTA	2	6	1274	1279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387603997
33	NC_017336	A	6	6	1301	1306	100 %	0 %	0 %	0 %	387603997
34	NC_017336	CCA	2	6	1308	1313	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387603997
35	NC_017336	TTA	2	6	1346	1351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387603997
36	NC_017336	CTT	2	6	1461	1466	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387603997
37	NC_017336	TCA	2	6	1574	1579	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603997
38	NC_017336	TATC	2	8	1671	1678	25 %	50 %	0 %	25 %	387603997
39	NC_017336	TC	3	6	1685	1690	0 %	50 %	0 %	50 %	387603997
40	NC_017336	GTT	2	6	1698	1703	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387603997
41	NC_017336	TAT	2	6	1734	1739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387603997
42	NC_017336	TAG	2	6	1761	1766	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387603997
43	NC_017336	TAT	2	6	1767	1772	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387603997
44	NC_017336	CGT	2	6	1808	1813	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387603997
45	NC_017336	T	6	6	1836	1841	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017336	T	6	6	1849	1854	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017336	TA	3	6	1930	1935	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017336	CAAGA	2	10	1940	1949	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017336	ATT	2	6	1987	1992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387603998
50	NC_017336	TCA	2	6	2180	2185	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603998
51	NC_017336	TAT	2	6	2214	2219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387603998
52	NC_017336	TGT	2	6	2224	2229	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387603998
53	NC_017336	CTT	2	6	2262	2267	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387603998
54	NC_017336	TAA	2	6	2268	2273	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387603998
55	NC_017336	TCA	2	6	2279	2284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603998
56	NC_017336	CAT	2	6	2286	2291	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603998
57	NC_017336	TCT	2	6	2342	2347	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387603998
58	NC_017336	TTC	2	6	2377	2382	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387603998
59	NC_017336	T	7	7	2422	2428	0 %	100 %	0 %	0 %	387603998
60	NC_017336	CTA	2	6	2433	2438	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603998
61	NC_017336	TCC	2	6	2482	2487	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387603998
62	NC_017336	TTC	2	6	2536	2541	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387603998
63	NC_017336	AT	3	6	2542	2547	50 %	50 %	0 %	0 %	387603998
64	NC_017336	TTTA	2	8	2641	2648	25 %	75 %	0 %	0 %	387603998
65	NC_017336	T	8	8	2679	2686	0 %	100 %	0 %	0 %	387603998
66	NC_017336	ATAA	2	8	2720	2727	75 %	25 %	0 %	0 %	387603998
67	NC_017336	CAA	2	6	2754	2759	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387603998
68	NC_017336	TA	3	6	2806	2811	50 %	50 %	0 %	0 %	387603998
69	NC_017336	T	6	6	2831	2836	0 %	100 %	0 %	0 %	387603998
70	NC_017336	ATATC	2	10	2838	2847	40 %	40 %	0 %	20 %	387603998
71	NC_017336	AAT	2	6	2874	2879	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017336	TA	4	8	2901	2908	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017336	A	6	6	2922	2927	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017336	TTC	2	6	3055	3060	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017336	TTCTT	2	10	3096	3105	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.