MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Shigella flexneri 2002017 plasmid pSFxv_1

Total Repeats: 163

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017319	CATTG	2	10	3540	3549	20 %	40 %	20 %	20 %	384545971
2	NC_017319	AAATT	2	10	3736	3745	60 %	40 %	0 %	0 %	384545971
3	NC_017319	CAGAG	2	10	5176	5185	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017319	ACATC	2	10	5493	5502	40 %	20 %	0 %	40 %	384545973
5	NC_017319	AGGTG	2	10	6061	6070	20 %	20 %	60 %	0 %	384545974
6	NC_017319	CAGAC	2	10	6341	6350	40 %	0 %	20 %	40 %	384545975
7	NC_017319	TGCAA	2	10	7961	7970	40 %	20 %	20 %	20 %	384545977
8	NC_017319	CTGAT	2	10	9813	9822	20 %	40 %	20 %	20 %	384545978
9	NC_017319	ATGTA	2	10	10371	10380	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017319	CCATT	2	10	12164	12173	20 %	40 %	0 %	40 %	384545982
11	NC_017319	GTCTG	2	10	13511	13520	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017319	GGCAA	2	10	15088	15097	40 %	0 %	40 %	20 %	384545986
13	NC_017319	CTGTG	2	10	15553	15562	0 %	40 %	40 %	20 %	384545987
14	NC_017319	GAACG	2	10	15979	15988	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017319	GATGT	2	10	16451	16460	20 %	40 %	40 %	0 %	384545989
16	NC_017319	ACCGG	2	10	16926	16935	20 %	0 %	40 %	40 %	384545989
17	NC_017319	TGGTG	2	10	17375	17384	0 %	40 %	60 %	0 %	384545990
18	NC_017319	ATGAA	2	10	17598	17607	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017319	ATTAC	2	10	18843	18852	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017319	TAACG	2	10	21530	21539	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017319	CGAGT	2	10	21632	21641	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017319	GTTCG	2	10	23455	23464	0 %	40 %	40 %	20 %	384545998
23	NC_017319	TGTTT	2	10	24254	24263	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017319	CCCAG	2	10	24484	24493	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_017319	AAGGT	2	10	25114	25123	40 %	20 %	40 %	0 %	384545999
26	NC_017319	AGCGC	2	10	25514	25523	20 %	0 %	40 %	40 %	384546000
27	NC_017319	TCAAA	2	10	26152	26161	60 %	20 %	0 %	20 %	384546000
28	NC_017319	ACCGC	2	10	27470	27479	20 %	0 %	20 %	60 %	384546003
29	NC_017319	TTATG	2	10	27553	27562	20 %	60 %	20 %	0 %	384546003
30	NC_017319	ACAAA	2	10	27631	27640	80 %	0 %	0 %	20 %	384546003
31	NC_017319	TTCCA	2	10	27794	27803	20 %	40 %	0 %	40 %	384546003
32	NC_017319	CGAGT	2	10	30080	30089	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017319	CAAAT	2	10	30763	30772	60 %	20 %	0 %	20 %	384546008
34	NC_017319	CCTCT	2	10	33569	33578	0 %	40 %	0 %	60 %	384546014
35	NC_017319	AGCGC	2	10	36133	36142	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017319	ATGTC	2	10	37727	37736	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017319	GTGAT	2	10	38999	39008	20 %	40 %	40 %	0 %	384546024
38	NC_017319	AGCGA	2	10	40261	40270	40 %	0 %	40 %	20 %	384546025
39	NC_017319	CCTGA	2	10	40942	40951	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_017319	GCTCT	2	10	42386	42395	0 %	40 %	20 %	40 %	384546026
41	NC_017319	CATTG	2	10	47809	47818	20 %	40 %	20 %	20 %	384546036
42	NC_017319	AAATT	2	10	48005	48014	60 %	40 %	0 %	0 %	384546036
43	NC_017319	GTGAT	2	10	49880	49889	20 %	40 %	40 %	0 %	384546038
44	NC_017319	CTCTT	2	10	57037	57046	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017319	GCTCT	2	10	63368	63377	0 %	40 %	20 %	40 %	384546053
46	NC_017319	GCTCT	2	10	65559	65568	0 %	40 %	20 %	40 %	384546054
47	NC_017319	CGTTA	2	10	68664	68673	20 %	40 %	20 %	20 %	384546058
48	NC_017319	AGCGC	2	10	72278	72287	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_017319	TCAAA	2	10	72916	72925	60 %	20 %	0 %	20 %	384546065
50	NC_017319	CAGAC	2	10	75168	75177	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_017319	AAGTT	2	10	75570	75579	40 %	40 %	20 %	0 %	384546070
52	NC_017319	TCATT	2	10	76534	76543	20 %	60 %	0 %	20 %	384546070
53	NC_017319	CGTTC	2	10	79461	79470	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017319	ACAAG	2	10	79630	79639	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017319	TTTAT	2	10	81119	81128	20 %	80 %	0 %	0 %	384546077
56	NC_017319	AGTGG	2	10	82438	82447	20 %	20 %	60 %	0 %	384546079
57	NC_017319	GTCAG	2	10	82926	82935	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017319	TCGCT	2	10	83608	83617	0 %	40 %	20 %	40 %	384546080
59	NC_017319	CACAA	2	10	84374	84383	60 %	0 %	0 %	40 %	384546081
60	NC_017319	TCCTT	2	10	85511	85520	0 %	60 %	0 %	40 %	384546083
61	NC_017319	CCACT	2	10	85990	85999	20 %	20 %	0 %	60 %	384546084
62	NC_017319	CAGTG	2	10	86096	86105	20 %	20 %	40 %	20 %	384546084
63	NC_017319	CAGAC	2	10	87246	87255	40 %	0 %	20 %	40 %	384546086
64	NC_017319	TAAGC	2	10	89665	89674	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017319	GTCTG	2	10	90683	90692	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017319	TTCCC	2	10	92481	92490	0 %	40 %	0 %	60 %	384546092
67	NC_017319	CTGGT	2	10	92881	92890	0 %	40 %	40 %	20 %	384546093
68	NC_017319	AATTT	2	10	95132	95141	40 %	60 %	0 %	0 %	384546094
69	NC_017319	CAATG	2	10	95328	95337	40 %	20 %	20 %	20 %	384546094
70	NC_017319	GTCTG	2	10	96571	96580	0 %	40 %	40 %	20 %	384546096
71	NC_017319	AGCGA	2	10	99585	99594	40 %	0 %	40 %	20 %	384546100
72	NC_017319	CCTGA	2	10	100266	100275	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_017319	ACCTT	2	10	100679	100688	20 %	40 %	0 %	40 %	384546101
74	NC_017319	CGAAC	2	10	101028	101037	40 %	0 %	20 %	40 %	384546101
75	NC_017319	GTTAT	2	10	102777	102786	20 %	60 %	20 %	0 %	384546102
76	NC_017319	TGGGG	2	10	103546	103555	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017319	TTTTA	2	10	103750	103759	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017319	TTTAT	2	10	103785	103794	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017319	TGTTT	2	10	104518	104527	0 %	80 %	20 %	0 %	384546103
80	NC_017319	TCTTT	2	10	104570	104579	0 %	80 %	0 %	20 %	384546103
81	NC_017319	AAGTT	2	10	104816	104825	40 %	40 %	20 %	0 %	384546103
82	NC_017319	ATGCT	2	10	104984	104993	20 %	40 %	20 %	20 %	384546103
83	NC_017319	TGTTT	2	10	109060	109069	0 %	80 %	20 %	0 %	384546107
84	NC_017319	GGTGA	2	10	109239	109248	20 %	20 %	60 %	0 %	384546107
85	NC_017319	ATTTT	2	10	111181	111190	20 %	80 %	0 %	0 %	384546108
86	NC_017319	TTTTA	2	10	111198	111207	20 %	80 %	0 %	0 %	384546108
87	NC_017319	CTTTA	2	10	112146	112155	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017319	TTTCA	2	10	115056	115065	20 %	60 %	0 %	20 %	384546113
89	NC_017319	CTTCT	2	10	115860	115869	0 %	60 %	0 %	40 %	384546113
90	NC_017319	GAGAG	2	10	115893	115902	40 %	0 %	60 %	0 %	384546113
91	NC_017319	ATATT	2	10	116950	116959	40 %	60 %	0 %	0 %	384546114
92	NC_017319	TTTTA	2	10	119183	119192	20 %	80 %	0 %	0 %	384546119
93	NC_017319	TTGAT	2	10	119374	119383	20 %	60 %	20 %	0 %	384546119
94	NC_017319	TTAAA	2	10	121836	121845	60 %	40 %	0 %	0 %	384546123
95	NC_017319	ATTGT	2	10	121864	121873	20 %	60 %	20 %	0 %	384546123
96	NC_017319	ATTGT	2	10	122649	122658	20 %	60 %	20 %	0 %	384546125
97	NC_017319	TGGCT	2	10	124442	124451	0 %	40 %	40 %	20 %	384546126
98	NC_017319	TTGTT	2	10	126646	126655	0 %	80 %	20 %	0 %	384546127
99	NC_017319	GTTAT	2	10	127638	127647	20 %	60 %	20 %	0 %	384546128
100	NC_017319	ATGGT	2	10	132217	132226	20 %	40 %	40 %	0 %	384546134
101	NC_017319	CAGAC	2	10	135061	135070	40 %	0 %	20 %	40 %	384546138
102	NC_017319	TATCA	2	10	140354	140363	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017319	AAACA	2	10	140666	140675	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017319	TTCAT	2	10	144398	144407	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017319	AATAT	2	10	146561	146570	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017319	ATGGA	2	10	148562	148571	40 %	20 %	40 %	0 %	384546164
107	NC_017319	TCAGC	2	10	150747	150756	20 %	20 %	20 %	40 %	384546164
108	NC_017319	CTGAA	2	10	152189	152198	40 %	20 %	20 %	20 %	384546166
109	NC_017319	TTTCC	2	10	154201	154210	0 %	60 %	0 %	40 %	384546169
110	NC_017319	GTGGC	2	10	158020	158029	0 %	20 %	60 %	20 %	384546174
111	NC_017319	ACAGT	2	10	159624	159633	40 %	20 %	20 %	20 %	384546177
112	NC_017319	GCTTT	2	10	159662	159671	0 %	60 %	20 %	20 %	384546177
113	NC_017319	AATAA	2	10	160804	160813	80 %	20 %	0 %	0 %	384546179
114	NC_017319	CATTA	2	10	161035	161044	40 %	40 %	0 %	20 %	384546179
115	NC_017319	GCCAG	2	10	161424	161433	20 %	0 %	40 %	40 %	384546179
116	NC_017319	CGCGG	2	10	162903	162912	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
117	NC_017319	ACGGG	2	10	162954	162963	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017319	CCGCC	2	10	165251	165260	0 %	0 %	20 %	80 %	384546186
119	NC_017319	CAGAC	2	10	167759	167768	40 %	0 %	20 %	40 %	384546189
120	NC_017319	TTCCC	2	10	169404	169413	0 %	40 %	0 %	60 %	384546192
121	NC_017319	CTGGT	2	10	169804	169813	0 %	40 %	40 %	20 %	384546193
122	NC_017319	CAGCC	2	10	172015	172024	20 %	0 %	20 %	60 %	384546195
123	NC_017319	GCACT	2	10	173037	173046	20 %	20 %	20 %	40 %	384546197
124	NC_017319	AGTGG	2	10	173144	173153	20 %	20 %	60 %	0 %	384546197
125	NC_017319	GACCA	2	10	173862	173871	40 %	0 %	20 %	40 %	384546198
126	NC_017319	GGGAA	2	10	174283	174292	40 %	0 %	60 %	0 %	384546199
127	NC_017319	ATAAA	2	10	178104	178113	80 %	20 %	0 %	0 %	384546206
128	NC_017319	ATCAC	2	10	178619	178628	40 %	20 %	0 %	40 %	384546207
129	NC_017319	CATCA	2	10	179367	179376	40 %	20 %	0 %	40 %	384546209
130	NC_017319	GCCAG	2	10	180013	180022	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_017319	GCCCG	2	10	180212	180221	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
132	NC_017319	TTCAT	2	10	181300	181309	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017319	GCTCT	2	10	182489	182498	0 %	40 %	20 %	40 %	384546213
134	NC_017319	CAGGA	2	10	183532	183541	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017319	GGCAG	2	10	183626	183635	20 %	0 %	60 %	20 %	384546215
136	NC_017319	TGAGT	2	10	184143	184152	20 %	40 %	40 %	0 %	384546216
137	NC_017319	GTCTG	2	10	184619	184628	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017319	TTGCC	2	10	185149	185158	0 %	40 %	20 %	40 %	384546219
139	NC_017319	ACGCC	2	10	185397	185406	20 %	0 %	20 %	60 %	384546219
140	NC_017319	CAGTG	2	10	189907	189916	20 %	20 %	40 %	20 %	384546225
141	NC_017319	GGTGG	2	10	191226	191235	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017319	TCTGG	2	10	192078	192087	0 %	40 %	40 %	20 %	384546226
143	NC_017319	AGTTC	2	10	192133	192142	20 %	40 %	20 %	20 %	384546226
144	NC_017319	TGGTA	2	10	193303	193312	20 %	40 %	40 %	0 %	384546227
145	NC_017319	ATTTA	2	10	195652	195661	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017319	GACCT	2	10	198992	199001	20 %	20 %	20 %	40 %	384546236
147	NC_017319	CACTG	2	10	200978	200987	20 %	20 %	20 %	40 %	384546238
148	NC_017319	ACCGG	2	10	203102	203111	20 %	0 %	40 %	40 %	384546238
149	NC_017319	GCCGT	2	10	203173	203182	0 %	20 %	40 %	40 %	384546238
150	NC_017319	ACCTG	2	10	203711	203720	20 %	20 %	20 %	40 %	384546238
151	NC_017319	TCTGG	2	10	204054	204063	0 %	40 %	40 %	20 %	384546239
152	NC_017319	CAGAC	2	10	206445	206454	40 %	0 %	20 %	40 %	384546243
153	NC_017319	CCGGG	2	10	207512	207521	0 %	0 %	60 %	40 %	384546245
154	NC_017319	AAAAC	2	10	207708	207717	80 %	0 %	0 %	20 %	384546246
155	NC_017319	TAAAG	2	10	209033	209042	60 %	20 %	20 %	0 %	384546248
156	NC_017319	ACTTT	2	10	209043	209052	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
157	NC_017319	CCTGT	2	10	210529	210538	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
158	NC_017319	TGGGC	2	10	217989	217998	0 %	20 %	60 %	20 %	384546262
159	NC_017319	GCACT	2	10	219100	219109	20 %	20 %	20 %	40 %	384546264
160	NC_017319	AGTGG	2	10	219207	219216	20 %	20 %	60 %	0 %	384546264
161	NC_017319	ATGAA	2	10	220883	220892	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017319	CAAAA	2	10	222174	222183	80 %	0 %	0 %	20 %	384546268
163	NC_017319	ACTGG	2	10	222228	222237	20 %	20 %	40 %	20 %	384546268

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.