MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica TAM6421 plasmid pSRC1

Total Repeats: 102

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017078	GAAACC	2	12	2126	2137	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	383760690
2	NC_017078	TCAACA	2	12	3185	3196	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383760691
3	NC_017078	AAGGGC	2	12	5237	5248	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	383760692
4	NC_017078	GCTGGC	2	12	6761	6772	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	383760693
5	NC_017078	GGTGCT	2	12	7775	7786	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	383760693
6	NC_017078	TTGCCA	2	12	11493	11504	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383760698
7	NC_017078	TACCCA	2	12	12466	12477	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383760699
8	NC_017078	CGGCAT	2	12	13552	13563	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383760699
9	NC_017078	CATTTT	2	12	14602	14613	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383760700
10	NC_017078	TGCTGG	2	12	19167	19178	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	383760705
11	NC_017078	CCATGT	2	12	21027	21038	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383760707
12	NC_017078	AAGGAA	2	12	22640	22651	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383760708
13	NC_017078	TTCTTT	2	12	29550	29561	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383760719
14	NC_017078	GTGCTT	2	12	29699	29710	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	383760719
15	NC_017078	CCAAGA	2	12	36717	36728	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	383760730
16	NC_017078	TGGCAT	2	12	38453	38464	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383760732
17	NC_017078	TGGAAG	2	12	46758	46769	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383760738
18	NC_017078	AGCTTC	2	12	49278	49289	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383760741
19	NC_017078	GACGAT	2	12	49842	49853	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383760742
20	NC_017078	ATGGGC	2	12	53714	53725	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383760747
21	NC_017078	ACCAGC	2	12	57198	57209	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	383760753
22	NC_017078	GCTTTG	2	12	63924	63935	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	383760762
23	NC_017078	TGGCGA	2	12	84085	84096	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383760789
24	NC_017078	AGGCAA	2	12	85522	85533	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383760791
25	NC_017078	TTCGGC	2	12	86497	86508	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383760792
26	NC_017078	TTCGTC	2	12	86536	86547	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383760792
27	NC_017078	TGTTCA	2	12	87657	87668	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383760792
28	NC_017078	CTCAGG	2	12	88604	88615	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383760793
29	NC_017078	TGAGCG	2	12	94179	94190	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383760801
30	NC_017078	TACGGC	2	12	96684	96695	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383760802
31	NC_017078	CGGCAG	2	12	96852	96863	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	383760802
32	NC_017078	GGCCTT	2	12	99649	99660	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383760802
33	NC_017078	CAAAGT	2	12	105639	105650	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383760802
34	NC_017078	CGGCAG	2	12	109382	109393	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	383760802
35	NC_017078	AAAAAG	2	12	110393	110404	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383760802
36	NC_017078	ATCGGC	2	12	113947	113958	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383760804
37	NC_017078	ACGGTA	2	12	117188	117199	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383760806
38	NC_017078	GCGGGA	2	12	132720	132731	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	383760824
39	NC_017078	CCCTTT	2	12	134412	134423	0 %	50 %	0 %	50 %	383760825
40	NC_017078	CGGGTA	2	12	135034	135045	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383760825
41	NC_017078	TCTTTT	2	12	137299	137310	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017078	CTTCCG	2	12	139254	139265	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	383760830
43	NC_017078	TGCGGG	2	12	141989	142000	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	383760833
44	NC_017078	CTGCCC	2	12	148720	148731	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_017078	CCATGA	2	12	153420	153431	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383760846
46	NC_017078	GGTGGC	2	12	166457	166468	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	383760861
47	NC_017078	TTGCTT	2	12	167411	167422	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383760861
48	NC_017078	GGTGTT	2	12	169572	169583	0 %	50 %	50 %	0 %	383760865
49	NC_017078	GTCCTT	2	12	181004	181015	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383760876
50	NC_017078	AAAAGG	2	12	185932	185943	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017078	AGAAAT	2	12	190504	190515	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383760887
52	NC_017078	TATAGA	2	12	194114	194125	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383760890
53	NC_017078	GCCCCG	2	12	202394	202405	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383760903
54	NC_017078	CATTGC	2	12	205392	205403	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383760905
55	NC_017078	GATATT	2	12	206071	206082	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383760905
56	NC_017078	CATTGC	2	12	206097	206108	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383760905
57	NC_017078	GCCCTG	2	12	206386	206397	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	383760905
58	NC_017078	CATTGC	2	12	206805	206816	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383760905
59	NC_017078	CATTGC	2	12	208077	208088	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383760905
60	NC_017078	CATTGC	2	12	209205	209216	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383760905
61	NC_017078	TACGTC	2	12	210607	210618	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383760905
62	NC_017078	CATTGC	2	12	211041	211052	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383760905
63	NC_017078	GCCCTG	2	12	211330	211341	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	383760905
64	NC_017078	GCCCTG	2	12	212602	212613	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	383760905
65	NC_017078	ATCGCC	2	12	212974	212985	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	383760905
66	NC_017078	TACGTC	2	12	213151	213162	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383760905
67	NC_017078	CATTGC	2	12	214149	214160	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383760905
68	NC_017078	ATCGCC	2	12	214810	214821	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	383760905
69	NC_017078	TTACAT	2	12	214986	214997	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383760905
70	NC_017078	CCGTCT	2	12	215199	215210	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	383760905
71	NC_017078	GATATT	2	12	215392	215403	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383760905
72	NC_017078	CATTGC	2	12	215418	215429	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383760905
73	NC_017078	GGTAAT	2	12	216721	216732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383760905
74	NC_017078	GCATTG	2	12	218363	218374	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383760905
75	NC_017078	CATTGG	2	12	219156	219167	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383760905
76	NC_017078	CGTTGA	2	12	221313	221324	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383760905
77	NC_017078	CACAGC	2	12	223816	223827	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	383760905
78	NC_017078	TTTACA	2	12	226148	226159	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383760905
79	NC_017078	CGGCCA	2	12	227505	227516	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	383760905
80	NC_017078	CCGGCG	2	12	228824	228835	0 %	0 %	50 %	50 %	383760905
81	NC_017078	CGTTCC	2	12	234442	234453	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	383760906
82	NC_017078	GGGAAT	2	12	235206	235217	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383760907
83	NC_017078	CAATGA	2	12	240650	240661	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383760911
84	NC_017078	CAATAC	2	12	241221	241232	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383760911
85	NC_017078	CATCCT	2	12	241797	241808	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	383760913
86	NC_017078	CTTGAG	2	12	245971	245982	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383760918
87	NC_017078	GCCATA	2	12	246532	246543	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383760918
88	NC_017078	ACATAT	2	12	254310	254321	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383760924
89	NC_017078	GTTTTC	2	12	257337	257348	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383760926
90	NC_017078	TCGGCC	2	12	265895	265906	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	383760932
91	NC_017078	CAGGAA	2	12	266894	266905	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383760933
92	NC_017078	GCCATG	2	12	268309	268320	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383760934
93	NC_017078	CTGCCG	2	12	269458	269469	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	383760936
94	NC_017078	CGTAGG	2	12	271549	271560	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383760938
95	NC_017078	CCCTGC	2	12	271881	271892	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	383760938
96	NC_017078	GGACGG	2	12	276107	276118	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	383760943
97	NC_017078	TGTAGC	2	12	277482	277493	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383760946
98	NC_017078	GCGCTG	2	12	277990	278001	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	383760948
99	NC_017078	TCCATG	2	12	278362	278373	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383760948
100	NC_017078	CCTGTC	2	12	278625	278636	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	383760948
101	NC_017078	GTTCCC	2	12	283039	283050	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	383760952
102	NC_017078	CCCCAG	2	12	284124	284135	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	383760953

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.