MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Streptomyces hygroscopicus subsp. jinggangensis 5008 plasmid pSHJG2

Total Repeats: 79

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016972	CCCGC	2	10	275	284	0 %	0 %	20 %	80 %	386836022
2	NC_016972	CTCGG	2	10	946	955	0 %	20 %	40 %	40 %	386836022
3	NC_016972	GCTCG	2	10	2133	2142	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_016972	CTGAG	2	10	2275	2284	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016972	CTCGG	2	10	2462	2471	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_016972	CCTGG	2	10	2594	2603	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_016972	GCCGC	2	10	3808	3817	0 %	0 %	40 %	60 %	386836024
8	NC_016972	TCCAC	2	10	4033	4042	20 %	20 %	0 %	60 %	386836024
9	NC_016972	CACTC	2	10	4117	4126	20 %	20 %	0 %	60 %	386836024
10	NC_016972	CACGA	2	10	4814	4823	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_016972	GGGTC	2	10	5463	5472	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_016972	GGGCA	2	10	6351	6360	20 %	0 %	60 %	20 %	386836026
13	NC_016972	TCCGC	2	10	6836	6845	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_016972	GCCGC	2	10	7148	7157	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
15	NC_016972	CCGGG	2	10	7226	7235	0 %	0 %	60 %	40 %	386836027
16	NC_016972	GGCCG	2	10	9234	9243	0 %	0 %	60 %	40 %	386836028
17	NC_016972	CCGGT	2	10	9986	9995	0 %	20 %	40 %	40 %	386836029
18	NC_016972	AAGAC	2	10	10588	10597	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_016972	CCGGC	2	10	11655	11664	0 %	0 %	40 %	60 %	386836032
20	NC_016972	CCCGG	2	10	11734	11743	0 %	0 %	40 %	60 %	386836032
21	NC_016972	CTGCG	2	10	11916	11925	0 %	20 %	40 %	40 %	386836032
22	NC_016972	GCCTG	2	10	12897	12906	0 %	20 %	40 %	40 %	386836033
23	NC_016972	TCTGT	2	10	12908	12917	0 %	60 %	20 %	20 %	386836033
24	NC_016972	CGCGC	2	10	14994	15003	0 %	0 %	40 %	60 %	386836035
25	NC_016972	GAAGG	2	10	16609	16618	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016972	CCGGT	2	10	17313	17322	0 %	20 %	40 %	40 %	386836037
27	NC_016972	CACGC	2	10	17591	17600	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
28	NC_016972	GCCGG	2	10	20545	20554	0 %	0 %	60 %	40 %	386836041
29	NC_016972	CGGTG	2	10	21067	21076	0 %	20 %	60 %	20 %	386836042
30	NC_016972	CTGTC	2	10	22302	22311	0 %	40 %	20 %	40 %	386836043
31	NC_016972	GTGAG	2	10	23433	23442	20 %	20 %	60 %	0 %	386836045
32	NC_016972	GCGAG	2	10	27355	27364	20 %	0 %	60 %	20 %	386836052
33	NC_016972	TCGAC	2	10	29379	29388	20 %	20 %	20 %	40 %	386836053
34	NC_016972	CGCCC	2	10	29926	29935	0 %	0 %	20 %	80 %	386836053
35	NC_016972	GCGCC	2	10	30163	30172	0 %	0 %	40 %	60 %	386836053
36	NC_016972	GCCCG	2	10	31399	31408	0 %	0 %	40 %	60 %	386836053
37	NC_016972	GTCCC	2	10	32414	32423	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_016972	GCGCT	2	10	33450	33459	0 %	20 %	40 %	40 %	386836055
39	NC_016972	GGCGG	2	10	34602	34611	0 %	0 %	80 %	20 %	386836057
40	NC_016972	GCTCG	2	10	34853	34862	0 %	20 %	40 %	40 %	386836058
41	NC_016972	GGCGC	2	10	38427	38436	0 %	0 %	60 %	40 %	386836058
42	NC_016972	CCAGC	2	10	38811	38820	20 %	0 %	20 %	60 %	386836058
43	NC_016972	GCAGC	2	10	39251	39260	20 %	0 %	40 %	40 %	386836058
44	NC_016972	CCCCA	2	10	40328	40337	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
45	NC_016972	TGCGC	2	10	40349	40358	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_016972	CGCGG	2	10	40498	40507	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
47	NC_016972	GCCCG	2	10	40831	40840	0 %	0 %	40 %	60 %	386836059
48	NC_016972	GCCGC	2	10	41139	41148	0 %	0 %	40 %	60 %	386836059
49	NC_016972	CGGGG	2	10	41471	41480	0 %	0 %	80 %	20 %	386836060
50	NC_016972	CGCGC	2	10	42843	42852	0 %	0 %	40 %	60 %	386836063
51	NC_016972	TGCGC	2	10	42912	42921	0 %	20 %	40 %	40 %	386836063
52	NC_016972	CGGGC	2	10	43807	43816	0 %	0 %	60 %	40 %	386836064
53	NC_016972	TGGTC	2	10	44392	44401	0 %	40 %	40 %	20 %	386836066
54	NC_016972	GCCCG	2	10	46279	46288	0 %	0 %	40 %	60 %	386836068
55	NC_016972	GCGGT	2	10	46417	46426	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_016972	CGGCC	2	10	46915	46924	0 %	0 %	40 %	60 %	386836069
57	NC_016972	CATTG	2	10	47721	47730	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_016972	TCGCG	2	10	48307	48316	0 %	20 %	40 %	40 %	386836070
59	NC_016972	CGGTC	2	10	48338	48347	0 %	20 %	40 %	40 %	386836070
60	NC_016972	TCCCT	2	10	48485	48494	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_016972	GGGAG	2	10	50092	50101	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016972	AGCTC	2	10	51186	51195	20 %	20 %	20 %	40 %	386836074
63	NC_016972	CTGCG	2	10	54660	54669	0 %	20 %	40 %	40 %	386836076
64	NC_016972	GCGGT	2	10	54819	54828	0 %	20 %	60 %	20 %	386836076
65	NC_016972	GTCGT	2	10	56359	56368	0 %	40 %	40 %	20 %	386836078
66	NC_016972	CACAC	2	10	56916	56925	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_016972	GTGCC	2	10	57901	57910	0 %	20 %	40 %	40 %	386836079
68	NC_016972	CGTCC	2	10	58149	58158	0 %	20 %	20 %	60 %	386836079
69	NC_016972	GGGCG	2	10	58761	58770	0 %	0 %	80 %	20 %	386836080
70	NC_016972	CTGCG	2	10	58805	58814	0 %	20 %	40 %	40 %	386836080
71	NC_016972	CGGCC	2	10	59101	59110	0 %	0 %	40 %	60 %	386836080
72	NC_016972	CCGGG	2	10	60902	60911	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
73	NC_016972	AGGGG	2	10	62155	62164	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016972	GGTCG	2	10	63306	63315	0 %	20 %	60 %	20 %	386836085
75	NC_016972	CAGGG	2	10	64605	64614	20 %	0 %	60 %	20 %	386836087
76	NC_016972	TCGTG	2	10	65250	65259	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_016972	CGCTG	2	10	69066	69075	0 %	20 %	40 %	40 %	386836092
78	NC_016972	GCGCG	2	10	70008	70017	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
79	NC_016972	CCGGG	2	10	72770	72779	0 %	0 %	60 %	40 %	386836096

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.