MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. T000240 plasmid pSTMDT12_L

Total Repeats: 340

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016861	CCGT	2	8	752	759	0 %	25 %	25 %	50 %	378987267
2	NC_016861	TGGC	2	8	869	876	0 %	25 %	50 %	25 %	378987267
3	NC_016861	AAGT	2	8	1280	1287	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016861	ACAT	2	8	1496	1503	50 %	25 %	0 %	25 %	378987269
5	NC_016861	AAAG	2	8	1504	1511	75 %	0 %	25 %	0 %	378987269
6	NC_016861	AGTG	2	8	1640	1647	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016861	TGGC	2	8	1678	1685	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_016861	GCAG	2	8	1909	1916	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_016861	TGAC	2	8	1920	1927	25 %	25 %	25 %	25 %	378987270
10	NC_016861	CGTT	3	12	2079	2090	0 %	50 %	25 %	25 %	378987270
11	NC_016861	TACC	2	8	2314	2321	25 %	25 %	0 %	50 %	378987270
12	NC_016861	CCGA	2	8	2357	2364	25 %	0 %	25 %	50 %	378987270
13	NC_016861	GATG	2	8	2491	2498	25 %	25 %	50 %	0 %	378987270
14	NC_016861	TAAA	2	8	3106	3113	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016861	GCCC	2	8	3156	3163	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
16	NC_016861	AAAT	2	8	3987	3994	75 %	25 %	0 %	0 %	378987272
17	NC_016861	TCAC	2	8	4255	4262	25 %	25 %	0 %	50 %	378987272
18	NC_016861	ACGG	2	8	4442	4449	25 %	0 %	50 %	25 %	378987272
19	NC_016861	TCTG	2	8	4603	4610	0 %	50 %	25 %	25 %	378987272
20	NC_016861	TCCC	2	8	4738	4745	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
21	NC_016861	CCGG	2	8	4788	4795	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_016861	CAGC	2	8	5497	5504	25 %	0 %	25 %	50 %	378987273
23	NC_016861	TACA	2	8	5836	5843	50 %	25 %	0 %	25 %	378987274
24	NC_016861	TCAC	2	8	5924	5931	25 %	25 %	0 %	50 %	378987274
25	NC_016861	GTGG	2	8	6121	6128	0 %	25 %	75 %	0 %	378987274
26	NC_016861	GGTC	2	8	6270	6277	0 %	25 %	50 %	25 %	378987274
27	NC_016861	GCCG	2	8	6418	6425	0 %	0 %	50 %	50 %	378987274
28	NC_016861	GCCG	2	8	6967	6974	0 %	0 %	50 %	50 %	378987276
29	NC_016861	GGGC	2	8	7156	7163	0 %	0 %	75 %	25 %	378987276
30	NC_016861	CAGC	2	8	7253	7260	25 %	0 %	25 %	50 %	378987276
31	NC_016861	TGAA	2	8	7610	7617	50 %	25 %	25 %	0 %	378987277
32	NC_016861	TAAA	2	8	8139	8146	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016861	TGTT	2	8	8232	8239	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016861	CTAA	2	8	8264	8271	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_016861	GCCT	2	8	8513	8520	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_016861	TGTC	2	8	8586	8593	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_016861	ACTG	2	8	9230	9237	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_016861	CAGT	2	8	9812	9819	25 %	25 %	25 %	25 %	378987279
39	NC_016861	CCAG	2	8	9842	9849	25 %	0 %	25 %	50 %	378987279
40	NC_016861	GGTT	2	8	10097	10104	0 %	50 %	50 %	0 %	378987279
41	NC_016861	TCAT	2	8	10365	10372	25 %	50 %	0 %	25 %	378987280
42	NC_016861	TGGT	2	8	10797	10804	0 %	50 %	50 %	0 %	378987280
43	NC_016861	TTCT	2	8	10821	10828	0 %	75 %	0 %	25 %	378987280
44	NC_016861	TCCG	2	8	11129	11136	0 %	25 %	25 %	50 %	378987281
45	NC_016861	CCCA	2	8	11688	11695	25 %	0 %	0 %	75 %	378987281
46	NC_016861	CGAC	2	8	12307	12314	25 %	0 %	25 %	50 %	378987281
47	NC_016861	CCGG	2	8	13180	13187	0 %	0 %	50 %	50 %	378987281
48	NC_016861	TAAA	2	8	13534	13541	75 %	25 %	0 %	0 %	378987282
49	NC_016861	TGGC	2	8	14156	14163	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_016861	TTCC	2	8	14168	14175	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_016861	CTGA	2	8	14394	14401	25 %	25 %	25 %	25 %	378987284
52	NC_016861	AAAC	2	8	14713	14720	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_016861	TGTT	2	8	14745	14752	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016861	CAAA	2	8	14789	14796	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_016861	CATA	2	8	14854	14861	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_016861	CTTT	2	8	15418	15425	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_016861	TTGC	2	8	15430	15437	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_016861	GTGG	2	8	15550	15557	0 %	25 %	75 %	0 %	378987285
59	NC_016861	AGAT	2	8	15729	15736	50 %	25 %	25 %	0 %	378987285
60	NC_016861	TTCC	2	8	15881	15888	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_016861	GCAG	2	8	16113	16120	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_016861	TCAC	2	8	16387	16394	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_016861	TGGC	2	8	16736	16743	0 %	25 %	50 %	25 %	378987287
64	NC_016861	TGAC	2	8	17256	17263	25 %	25 %	25 %	25 %	378987287
65	NC_016861	GAAT	2	8	17344	17351	50 %	25 %	25 %	0 %	378987287
66	NC_016861	ACAA	2	8	17617	17624	75 %	0 %	0 %	25 %	378987287
67	NC_016861	CATC	2	8	18408	18415	25 %	25 %	0 %	50 %	378987288
68	NC_016861	ATTT	2	8	18612	18619	25 %	75 %	0 %	0 %	378987289
69	NC_016861	ACAG	2	8	18705	18712	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_016861	CAGT	2	8	18723	18730	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_016861	GCAG	2	8	21497	21504	25 %	0 %	50 %	25 %	378987295
72	NC_016861	GCGG	2	8	21770	21777	0 %	0 %	75 %	25 %	378987295
73	NC_016861	CAGC	2	8	21815	21822	25 %	0 %	25 %	50 %	378987295
74	NC_016861	ACCG	2	8	21957	21964	25 %	0 %	25 %	50 %	378987295
75	NC_016861	GCTG	2	8	22374	22381	0 %	25 %	50 %	25 %	378987296
76	NC_016861	GCCG	2	8	22511	22518	0 %	0 %	50 %	50 %	378987296
77	NC_016861	TCCG	2	8	22572	22579	0 %	25 %	25 %	50 %	378987296
78	NC_016861	GGCA	2	8	23027	23034	25 %	0 %	50 %	25 %	378987297
79	NC_016861	CCCG	2	8	23310	23317	0 %	0 %	25 %	75 %	378987297
80	NC_016861	CCGG	2	8	23344	23351	0 %	0 %	50 %	50 %	378987297
81	NC_016861	GTGA	2	8	23360	23367	25 %	25 %	50 %	0 %	378987297
82	NC_016861	CCCG	2	8	23406	23413	0 %	0 %	25 %	75 %	378987297
83	NC_016861	GGCA	2	8	23445	23452	25 %	0 %	50 %	25 %	378987297
84	NC_016861	GGCA	2	8	23589	23596	25 %	0 %	50 %	25 %	378987298
85	NC_016861	CTGC	2	8	23745	23752	0 %	25 %	25 %	50 %	378987298
86	NC_016861	GCGA	2	8	23855	23862	25 %	0 %	50 %	25 %	378987298
87	NC_016861	GCCT	2	8	23995	24002	0 %	25 %	25 %	50 %	378987299
88	NC_016861	GCCA	2	8	24619	24626	25 %	0 %	25 %	50 %	378987300
89	NC_016861	CAGC	2	8	25118	25125	25 %	0 %	25 %	50 %	378987301
90	NC_016861	CTGA	2	8	25179	25186	25 %	25 %	25 %	25 %	378987301
91	NC_016861	TATT	2	8	25682	25689	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016861	GTAA	2	8	25766	25773	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016861	GATG	2	8	25896	25903	25 %	25 %	50 %	0 %	378987303
94	NC_016861	CAGA	2	8	26118	26125	50 %	0 %	25 %	25 %	378987303
95	NC_016861	CCCG	2	8	26177	26184	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
96	NC_016861	ATGT	2	8	26662	26669	25 %	50 %	25 %	0 %	378987304
97	NC_016861	GTAT	2	8	26719	26726	25 %	50 %	25 %	0 %	378987304
98	NC_016861	TACT	2	8	27174	27181	25 %	50 %	0 %	25 %	378987305
99	NC_016861	GGCG	2	8	29092	29099	0 %	0 %	75 %	25 %	378987306
100	NC_016861	CCCA	2	8	29508	29515	25 %	0 %	0 %	75 %	378987306
101	NC_016861	TCCG	2	8	29660	29667	0 %	25 %	25 %	50 %	378987306
102	NC_016861	CTGA	2	8	29869	29876	25 %	25 %	25 %	25 %	378987306
103	NC_016861	TCGG	2	8	30319	30326	0 %	25 %	50 %	25 %	378987308
104	NC_016861	TTTA	2	8	31014	31021	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016861	ATTC	2	8	31168	31175	25 %	50 %	0 %	25 %	378987309
106	NC_016861	AGAA	2	8	31787	31794	75 %	0 %	25 %	0 %	378987310
107	NC_016861	AATA	2	8	31804	31811	75 %	25 %	0 %	0 %	378987310
108	NC_016861	CGAA	2	8	32763	32770	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_016861	TGGC	2	8	33230	33237	0 %	25 %	50 %	25 %	378987311
110	NC_016861	AGGC	2	8	33330	33337	25 %	0 %	50 %	25 %	378987311
111	NC_016861	ATTT	2	8	33631	33638	25 %	75 %	0 %	0 %	378987311
112	NC_016861	TACA	2	8	33665	33672	50 %	25 %	0 %	25 %	378987311
113	NC_016861	GGCG	2	8	33673	33680	0 %	0 %	75 %	25 %	378987311
114	NC_016861	GCTG	2	8	33739	33746	0 %	25 %	50 %	25 %	378987311
115	NC_016861	GACC	2	8	34159	34166	25 %	0 %	25 %	50 %	378987312
116	NC_016861	TTGT	2	8	34796	34803	0 %	75 %	25 %	0 %	378987312
117	NC_016861	TCAG	2	8	35188	35195	25 %	25 %	25 %	25 %	378987313
118	NC_016861	GCCA	2	8	35740	35747	25 %	0 %	25 %	50 %	378987313
119	NC_016861	TGCC	2	8	35945	35952	0 %	25 %	25 %	50 %	378987313
120	NC_016861	AATC	2	8	36411	36418	50 %	25 %	0 %	25 %	378987313
121	NC_016861	ATTT	2	8	36488	36495	25 %	75 %	0 %	0 %	378987313
122	NC_016861	GGCG	2	8	36816	36823	0 %	0 %	75 %	25 %	378987314
123	NC_016861	TTCC	2	8	36890	36897	0 %	50 %	0 %	50 %	378987314
124	NC_016861	GGCG	2	8	37385	37392	0 %	0 %	75 %	25 %	378987315
125	NC_016861	CAGC	2	8	37702	37709	25 %	0 %	25 %	50 %	378987315
126	NC_016861	CGCT	2	8	37997	38004	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
127	NC_016861	CGCC	2	8	38231	38238	0 %	0 %	25 %	75 %	378987317
128	NC_016861	AAGA	2	8	38272	38279	75 %	0 %	25 %	0 %	378987317
129	NC_016861	CGGG	2	8	38569	38576	0 %	0 %	75 %	25 %	378987317
130	NC_016861	TTGC	2	8	39042	39049	0 %	50 %	25 %	25 %	378987317
131	NC_016861	TCCT	2	8	39238	39245	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_016861	TCAG	2	8	40482	40489	25 %	25 %	25 %	25 %	378987319
133	NC_016861	CGCT	2	8	40606	40613	0 %	25 %	25 %	50 %	378987319
134	NC_016861	TTTC	2	8	40627	40634	0 %	75 %	0 %	25 %	378987319
135	NC_016861	AGCG	2	8	40700	40707	25 %	0 %	50 %	25 %	378987319
136	NC_016861	CACC	2	8	41072	41079	25 %	0 %	0 %	75 %	378987320
137	NC_016861	CGAA	2	8	41172	41179	50 %	0 %	25 %	25 %	378987320
138	NC_016861	CAGC	2	8	41242	41249	25 %	0 %	25 %	50 %	378987320
139	NC_016861	AATC	2	8	41765	41772	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_016861	GCTG	2	8	41957	41964	0 %	25 %	50 %	25 %	378987321
141	NC_016861	GTCA	2	8	42717	42724	25 %	25 %	25 %	25 %	378987322
142	NC_016861	TGAC	2	8	43349	43356	25 %	25 %	25 %	25 %	378987323
143	NC_016861	TAGG	2	8	43362	43369	25 %	25 %	50 %	0 %	378987323
144	NC_016861	AGCC	2	8	43671	43678	25 %	0 %	25 %	50 %	378987323
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.