MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. ST4/74 plasmid TY474p1

Total Repeats: 143

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016858	CG	3	6	42	47	0 %	0 %	50 %	50 %	379699101
2	NC_016858	TG	3	6	233	238	0 %	50 %	50 %	0 %	379699101
3	NC_016858	TC	3	6	1285	1290	0 %	50 %	0 %	50 %	379699102
4	NC_016858	TG	3	6	4280	4285	0 %	50 %	50 %	0 %	379699103
5	NC_016858	TC	3	6	4593	4598	0 %	50 %	0 %	50 %	379699103
6	NC_016858	CT	3	6	4871	4876	0 %	50 %	0 %	50 %	379699103
7	NC_016858	GC	3	6	5022	5027	0 %	0 %	50 %	50 %	379699103
8	NC_016858	CG	3	6	6052	6057	0 %	0 %	50 %	50 %	379699103
9	NC_016858	TG	3	6	6339	6344	0 %	50 %	50 %	0 %	379699103
10	NC_016858	TG	3	6	8364	8369	0 %	50 %	50 %	0 %	379699107
11	NC_016858	CG	3	6	8805	8810	0 %	0 %	50 %	50 %	379699107
12	NC_016858	CA	3	6	9182	9187	50 %	0 %	0 %	50 %	379699107
13	NC_016858	GA	3	6	9814	9819	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016858	GC	3	6	12268	12273	0 %	0 %	50 %	50 %	379699110
15	NC_016858	AG	3	6	12767	12772	50 %	0 %	50 %	0 %	379699110
16	NC_016858	GA	3	6	12817	12822	50 %	0 %	50 %	0 %	379699110
17	NC_016858	CA	3	6	13517	13522	50 %	0 %	0 %	50 %	379699110
18	NC_016858	TG	3	6	15251	15256	0 %	50 %	50 %	0 %	379699111
19	NC_016858	GT	3	6	15481	15486	0 %	50 %	50 %	0 %	379699112
20	NC_016858	GA	3	6	15920	15925	50 %	0 %	50 %	0 %	379699112
21	NC_016858	AT	3	6	16234	16239	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016858	GC	3	6	17465	17470	0 %	0 %	50 %	50 %	379699116
23	NC_016858	TG	3	6	18601	18606	0 %	50 %	50 %	0 %	379699116
24	NC_016858	CT	3	6	18729	18734	0 %	50 %	0 %	50 %	379699116
25	NC_016858	GC	3	6	18833	18838	0 %	0 %	50 %	50 %	379699116
26	NC_016858	CT	3	6	20621	20626	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_016858	AC	3	6	21605	21610	50 %	0 %	0 %	50 %	379699120
28	NC_016858	CG	3	6	22023	22028	0 %	0 %	50 %	50 %	379699121
29	NC_016858	GC	3	6	22315	22320	0 %	0 %	50 %	50 %	379699122
30	NC_016858	CG	3	6	23022	23027	0 %	0 %	50 %	50 %	379699123
31	NC_016858	CG	3	6	24472	24477	0 %	0 %	50 %	50 %	379699123
32	NC_016858	TG	3	6	24673	24678	0 %	50 %	50 %	0 %	379699123
33	NC_016858	GC	3	6	24767	24772	0 %	0 %	50 %	50 %	379699123
34	NC_016858	AC	3	6	24973	24978	50 %	0 %	0 %	50 %	379699123
35	NC_016858	CG	3	6	24989	24994	0 %	0 %	50 %	50 %	379699123
36	NC_016858	AC	3	6	25953	25958	50 %	0 %	0 %	50 %	379699125
37	NC_016858	AC	3	6	26167	26172	50 %	0 %	0 %	50 %	379699126
38	NC_016858	GA	3	6	26629	26634	50 %	0 %	50 %	0 %	379699127
39	NC_016858	GC	3	6	26953	26958	0 %	0 %	50 %	50 %	379699127
40	NC_016858	CG	3	6	28389	28394	0 %	0 %	50 %	50 %	379699130
41	NC_016858	CA	3	6	29406	29411	50 %	0 %	0 %	50 %	379699131
42	NC_016858	AT	3	6	30214	30219	50 %	50 %	0 %	0 %	379699132
43	NC_016858	CT	3	6	31468	31473	0 %	50 %	0 %	50 %	379699135
44	NC_016858	GC	3	6	31567	31572	0 %	0 %	50 %	50 %	379699135
45	NC_016858	GA	4	8	31844	31851	50 %	0 %	50 %	0 %	379699136
46	NC_016858	GA	3	6	32575	32580	50 %	0 %	50 %	0 %	379699137
47	NC_016858	TC	3	6	32756	32761	0 %	50 %	0 %	50 %	379699137
48	NC_016858	TA	4	8	32821	32828	50 %	50 %	0 %	0 %	379699137
49	NC_016858	GA	3	6	33339	33344	50 %	0 %	50 %	0 %	379699138
50	NC_016858	AT	3	6	33785	33790	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016858	TG	3	6	34440	34445	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016858	TA	3	6	34870	34875	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016858	CG	3	6	35576	35581	0 %	0 %	50 %	50 %	379699139
54	NC_016858	GC	3	6	35764	35769	0 %	0 %	50 %	50 %	379699139
55	NC_016858	GC	3	6	36661	36666	0 %	0 %	50 %	50 %	379699141
56	NC_016858	CA	3	6	37259	37264	50 %	0 %	0 %	50 %	379699141
57	NC_016858	GC	3	6	37429	37434	0 %	0 %	50 %	50 %	379699141
58	NC_016858	CG	3	6	38121	38126	0 %	0 %	50 %	50 %	379699141
59	NC_016858	CT	3	6	38389	38394	0 %	50 %	0 %	50 %	379699141
60	NC_016858	GT	3	6	39300	39305	0 %	50 %	50 %	0 %	379699143
61	NC_016858	GC	3	6	39887	39892	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
62	NC_016858	CA	3	6	40159	40164	50 %	0 %	0 %	50 %	379699144
63	NC_016858	CT	3	6	40329	40334	0 %	50 %	0 %	50 %	379699144
64	NC_016858	CG	3	6	40613	40618	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
65	NC_016858	GC	3	6	40997	41002	0 %	0 %	50 %	50 %	379699145
66	NC_016858	CA	3	6	42136	42141	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_016858	GC	3	6	43601	43606	0 %	0 %	50 %	50 %	379699149
68	NC_016858	GC	3	6	43723	43728	0 %	0 %	50 %	50 %	379699150
69	NC_016858	AT	3	6	43789	43794	50 %	50 %	0 %	0 %	379699150
70	NC_016858	GT	4	8	43867	43874	0 %	50 %	50 %	0 %	379699150
71	NC_016858	GC	3	6	44296	44301	0 %	0 %	50 %	50 %	379699150
72	NC_016858	TA	3	6	46034	46039	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016858	CG	3	6	46601	46606	0 %	0 %	50 %	50 %	379699154
74	NC_016858	GC	3	6	46930	46935	0 %	0 %	50 %	50 %	379699154
75	NC_016858	CG	3	6	47112	47117	0 %	0 %	50 %	50 %	379699154
76	NC_016858	GA	3	6	47157	47162	50 %	0 %	50 %	0 %	379699154
77	NC_016858	TC	3	6	47859	47864	0 %	50 %	0 %	50 %	379699155
78	NC_016858	GC	3	6	47958	47963	0 %	0 %	50 %	50 %	379699155
79	NC_016858	GT	3	6	49113	49118	0 %	50 %	50 %	0 %	379699156
80	NC_016858	CA	3	6	49363	49368	50 %	0 %	0 %	50 %	379699156
81	NC_016858	TA	3	6	49882	49887	50 %	50 %	0 %	0 %	379699156
82	NC_016858	AT	3	6	50665	50670	50 %	50 %	0 %	0 %	379699158
83	NC_016858	TA	3	6	51083	51088	50 %	50 %	0 %	0 %	379699158
84	NC_016858	GA	3	6	51565	51570	50 %	0 %	50 %	0 %	379699159
85	NC_016858	GA	3	6	51892	51897	50 %	0 %	50 %	0 %	379699159
86	NC_016858	AG	3	6	52411	52416	50 %	0 %	50 %	0 %	379699160
87	NC_016858	GC	3	6	52705	52710	0 %	0 %	50 %	50 %	379699161
88	NC_016858	TG	3	6	53212	53217	0 %	50 %	50 %	0 %	379699163
89	NC_016858	GC	4	8	53344	53351	0 %	0 %	50 %	50 %	379699163
90	NC_016858	AC	3	6	55224	55229	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_016858	AC	3	6	56018	56023	50 %	0 %	0 %	50 %	379699166
92	NC_016858	GT	4	8	57689	57696	0 %	50 %	50 %	0 %	379699168
93	NC_016858	AT	3	6	59310	59315	50 %	50 %	0 %	0 %	379699169
94	NC_016858	AG	3	6	61649	61654	50 %	0 %	50 %	0 %	379699172
95	NC_016858	TA	3	6	65221	65226	50 %	50 %	0 %	0 %	379699177
96	NC_016858	AT	3	6	65901	65906	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016858	TA	3	6	66401	66406	50 %	50 %	0 %	0 %	379699178
98	NC_016858	AG	3	6	67038	67043	50 %	0 %	50 %	0 %	379699180
99	NC_016858	AT	3	6	67181	67186	50 %	50 %	0 %	0 %	379699180
100	NC_016858	AG	3	6	67607	67612	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016858	AT	3	6	68153	68158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016858	AT	3	6	68198	68203	50 %	50 %	0 %	0 %	379699182
103	NC_016858	GC	3	6	68784	68789	0 %	0 %	50 %	50 %	379699183
104	NC_016858	GT	3	6	69713	69718	0 %	50 %	50 %	0 %	379699185
105	NC_016858	GC	3	6	69883	69888	0 %	0 %	50 %	50 %	379699185
106	NC_016858	GC	3	6	69940	69945	0 %	0 %	50 %	50 %	379699185
107	NC_016858	CA	3	6	69966	69971	50 %	0 %	0 %	50 %	379699185
108	NC_016858	GA	3	6	69992	69997	50 %	0 %	50 %	0 %	379699185
109	NC_016858	GC	3	6	70983	70988	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
110	NC_016858	GC	3	6	71058	71063	0 %	0 %	50 %	50 %	379699188
111	NC_016858	GC	3	6	71897	71902	0 %	0 %	50 %	50 %	379699189
112	NC_016858	CT	3	6	72380	72385	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_016858	GC	3	6	72619	72624	0 %	0 %	50 %	50 %	379699190
114	NC_016858	CA	3	6	73166	73171	50 %	0 %	0 %	50 %	379699191
115	NC_016858	GC	3	6	74141	74146	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
116	NC_016858	CT	3	6	74671	74676	0 %	50 %	0 %	50 %	379699194
117	NC_016858	AT	3	6	74964	74969	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016858	AG	3	6	76858	76863	50 %	0 %	50 %	0 %	379699197
119	NC_016858	TA	3	6	77293	77298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016858	AT	3	6	77407	77412	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016858	TA	3	6	77434	77439	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016858	AT	3	6	78899	78904	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016858	TA	3	6	79101	79106	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016858	GT	3	6	79359	79364	0 %	50 %	50 %	0 %	379699198
125	NC_016858	GC	3	6	79568	79573	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
126	NC_016858	AT	3	6	79597	79602	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016858	TA	3	6	79748	79753	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016858	GT	3	6	82050	82055	0 %	50 %	50 %	0 %	379699200
129	NC_016858	GC	3	6	82457	82462	0 %	0 %	50 %	50 %	379699200
130	NC_016858	GC	3	6	82728	82733	0 %	0 %	50 %	50 %	379699200
131	NC_016858	GC	3	6	82800	82805	0 %	0 %	50 %	50 %	379699200
132	NC_016858	TG	4	8	83647	83654	0 %	50 %	50 %	0 %	379699202
133	NC_016858	TA	3	6	84779	84784	50 %	50 %	0 %	0 %	379699203
134	NC_016858	GC	3	6	85790	85795	0 %	0 %	50 %	50 %	379699204
135	NC_016858	TG	3	6	86360	86365	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016858	AC	3	6	87925	87930	50 %	0 %	0 %	50 %	379699207
137	NC_016858	GA	3	6	89439	89444	50 %	0 %	50 %	0 %	379699209
138	NC_016858	AC	3	6	89673	89678	50 %	0 %	0 %	50 %	379699209
139	NC_016858	AG	3	6	90738	90743	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016858	GA	3	6	90943	90948	50 %	0 %	50 %	0 %	379699211
141	NC_016858	TC	3	6	91849	91854	0 %	50 %	0 %	50 %	379699212
142	NC_016858	AC	3	6	92818	92823	50 %	0 %	0 %	50 %	379699215
143	NC_016858	GC	3	6	93598	93603	0 %	0 %	50 %	50 %	379699216

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.