MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. ST4/74 plasmid TY474p1

Total Repeats: 308

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016858	CACG	2	8	281	288	25 %	0 %	25 %	50 %	379699101
2	NC_016858	ACTG	2	8	367	374	25 %	25 %	25 %	25 %	379699101
3	NC_016858	CAGC	2	8	452	459	25 %	0 %	25 %	50 %	379699101
4	NC_016858	AGGC	2	8	829	836	25 %	0 %	50 %	25 %	379699102
5	NC_016858	CTGC	2	8	1710	1717	0 %	25 %	25 %	50 %	379699103
6	NC_016858	CCAG	2	8	1913	1920	25 %	0 %	25 %	50 %	379699103
7	NC_016858	CGGC	2	8	2177	2184	0 %	0 %	50 %	50 %	379699103
8	NC_016858	GGTC	2	8	3583	3590	0 %	25 %	50 %	25 %	379699103
9	NC_016858	CTGA	2	8	4009	4016	25 %	25 %	25 %	25 %	379699103
10	NC_016858	CCAG	2	8	4743	4750	25 %	0 %	25 %	50 %	379699103
11	NC_016858	GACA	2	8	5485	5492	50 %	0 %	25 %	25 %	379699103
12	NC_016858	CCGC	2	8	5760	5767	0 %	0 %	25 %	75 %	379699103
13	NC_016858	GTCC	2	8	6270	6277	0 %	25 %	25 %	50 %	379699103
14	NC_016858	TCAG	2	8	6347	6354	25 %	25 %	25 %	25 %	379699103
15	NC_016858	GCCG	2	8	6861	6868	0 %	0 %	50 %	50 %	379699104
16	NC_016858	GAAA	2	8	7125	7132	75 %	0 %	25 %	0 %	379699104
17	NC_016858	GTTT	2	8	7151	7158	0 %	75 %	25 %	0 %	379699104
18	NC_016858	GCCG	2	8	7187	7194	0 %	0 %	50 %	50 %	379699104
19	NC_016858	CACG	2	8	7275	7282	25 %	0 %	25 %	50 %	379699104
20	NC_016858	GTGG	2	8	7332	7339	0 %	25 %	75 %	0 %	379699104
21	NC_016858	CAGC	2	8	8390	8397	25 %	0 %	25 %	50 %	379699107
22	NC_016858	AGGT	2	8	8577	8584	25 %	25 %	50 %	0 %	379699107
23	NC_016858	TTGA	2	8	8601	8608	25 %	50 %	25 %	0 %	379699107
24	NC_016858	GTCC	2	8	8685	8692	0 %	25 %	25 %	50 %	379699107
25	NC_016858	CTTC	2	8	8713	8720	0 %	50 %	0 %	50 %	379699107
26	NC_016858	AGCC	2	8	8918	8925	25 %	0 %	25 %	50 %	379699107
27	NC_016858	ACTG	2	8	8951	8958	25 %	25 %	25 %	25 %	379699107
28	NC_016858	TTAA	2	8	9315	9322	50 %	50 %	0 %	0 %	379699107
29	NC_016858	CTGA	2	8	9464	9471	25 %	25 %	25 %	25 %	379699107
30	NC_016858	AAAG	2	8	9548	9555	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016858	AATT	2	8	9575	9582	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016858	AATA	2	8	9585	9592	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016858	ATTT	2	8	9795	9802	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016858	ATTT	2	8	9826	9833	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016858	TTTC	2	8	9836	9843	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_016858	GTCA	2	8	9872	9879	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_016858	CCGT	2	8	10487	10494	0 %	25 %	25 %	50 %	379699108
38	NC_016858	TTTA	2	8	10653	10660	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016858	AATA	2	8	11027	11034	75 %	25 %	0 %	0 %	379699109
40	NC_016858	TATT	2	8	11289	11296	25 %	75 %	0 %	0 %	379699110
41	NC_016858	CTGG	2	8	11996	12003	0 %	25 %	50 %	25 %	379699110
42	NC_016858	CAAT	2	8	12045	12052	50 %	25 %	0 %	25 %	379699110
43	NC_016858	CTGC	2	8	12391	12398	0 %	25 %	25 %	50 %	379699110
44	NC_016858	ATAC	2	8	12928	12935	50 %	25 %	0 %	25 %	379699110
45	NC_016858	CTGG	2	8	13202	13209	0 %	25 %	50 %	25 %	379699110
46	NC_016858	CTGG	2	8	13214	13221	0 %	25 %	50 %	25 %	379699110
47	NC_016858	TCAT	2	8	14168	14175	25 %	50 %	0 %	25 %	379699111
48	NC_016858	CGGT	2	8	14585	14592	0 %	25 %	50 %	25 %	379699111
49	NC_016858	GGCA	2	8	14599	14606	25 %	0 %	50 %	25 %	379699111
50	NC_016858	GCCC	2	8	14790	14797	0 %	0 %	25 %	75 %	379699111
51	NC_016858	ATCC	2	8	15419	15426	25 %	25 %	0 %	50 %	379699112
52	NC_016858	GTCC	2	8	15595	15602	0 %	25 %	25 %	50 %	379699112
53	NC_016858	ACGC	2	8	15992	15999	25 %	0 %	25 %	50 %	379699113
54	NC_016858	ACGG	2	8	16502	16509	25 %	0 %	50 %	25 %	379699114
55	NC_016858	CAGC	2	8	16742	16749	25 %	0 %	25 %	50 %	379699114
56	NC_016858	GCCT	2	8	17419	17426	0 %	25 %	25 %	50 %	379699116
57	NC_016858	GCAG	2	8	18086	18093	25 %	0 %	50 %	25 %	379699116
58	NC_016858	TTCC	2	8	18242	18249	0 %	50 %	0 %	50 %	379699116
59	NC_016858	CCAC	2	8	18332	18339	25 %	0 %	0 %	75 %	379699116
60	NC_016858	CCTT	2	8	18891	18898	0 %	50 %	0 %	50 %	379699116
61	NC_016858	TCCT	2	8	19658	19665	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_016858	CCTG	2	8	19732	19739	0 %	25 %	25 %	50 %	379699118
63	NC_016858	ATAA	2	8	20342	20349	75 %	25 %	0 %	0 %	379699119
64	NC_016858	TCCA	2	8	20432	20439	25 %	25 %	0 %	50 %	379699119
65	NC_016858	GTCC	2	8	21112	21119	0 %	25 %	25 %	50 %	379699120
66	NC_016858	CGTC	2	8	21348	21355	0 %	25 %	25 %	50 %	379699120
67	NC_016858	AGGG	2	8	23329	23336	25 %	0 %	75 %	0 %	379699123
68	NC_016858	GCCC	2	8	23793	23800	0 %	0 %	25 %	75 %	379699123
69	NC_016858	CCGC	2	8	23963	23970	0 %	0 %	25 %	75 %	379699123
70	NC_016858	CTTC	2	8	23984	23991	0 %	50 %	0 %	50 %	379699123
71	NC_016858	GCAG	2	8	24026	24033	25 %	0 %	50 %	25 %	379699123
72	NC_016858	CTTC	2	8	24233	24240	0 %	50 %	0 %	50 %	379699123
73	NC_016858	ACGG	2	8	24244	24251	25 %	0 %	50 %	25 %	379699123
74	NC_016858	CCTG	2	8	24521	24528	0 %	25 %	25 %	50 %	379699123
75	NC_016858	GGAT	3	12	24601	24612	25 %	25 %	50 %	0 %	379699123
76	NC_016858	TTCC	2	8	24821	24828	0 %	50 %	0 %	50 %	379699123
77	NC_016858	GCTG	2	8	24953	24960	0 %	25 %	50 %	25 %	379699123
78	NC_016858	TCAT	2	8	25090	25097	25 %	50 %	0 %	25 %	379699123
79	NC_016858	ACAG	2	8	25316	25323	50 %	0 %	25 %	25 %	379699124
80	NC_016858	ATTC	2	8	25589	25596	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_016858	TGCC	2	8	26131	26138	0 %	25 %	25 %	50 %	379699126
82	NC_016858	CAGG	2	8	26413	26420	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_016858	GCCG	2	8	26436	26443	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
84	NC_016858	CTGA	2	8	26461	26468	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_016858	TTAA	2	8	26477	26484	50 %	50 %	0 %	0 %	379699127
86	NC_016858	ACGG	2	8	26502	26509	25 %	0 %	50 %	25 %	379699127
87	NC_016858	GTTC	2	8	26924	26931	0 %	50 %	25 %	25 %	379699127
88	NC_016858	CAGA	2	8	27039	27046	50 %	0 %	25 %	25 %	379699128
89	NC_016858	CAGC	2	8	27734	27741	25 %	0 %	25 %	50 %	379699129
90	NC_016858	GTAC	2	8	28378	28385	25 %	25 %	25 %	25 %	379699130
91	NC_016858	AGGG	2	8	28594	28601	25 %	0 %	75 %	0 %	379699130
92	NC_016858	CCAG	2	8	29171	29178	25 %	0 %	25 %	50 %	379699130
93	NC_016858	GCTG	2	8	29287	29294	0 %	25 %	50 %	25 %	379699131
94	NC_016858	CAGA	2	8	29425	29432	50 %	0 %	25 %	25 %	379699131
95	NC_016858	CCGG	2	8	29433	29440	0 %	0 %	50 %	50 %	379699131
96	NC_016858	GGCA	2	8	29483	29490	25 %	0 %	50 %	25 %	379699131
97	NC_016858	CGGA	2	8	29637	29644	25 %	0 %	50 %	25 %	379699131
98	NC_016858	CCAG	2	8	29981	29988	25 %	0 %	25 %	50 %	379699132
99	NC_016858	ACAG	2	8	30735	30742	50 %	0 %	25 %	25 %	379699133
100	NC_016858	AATT	2	8	30750	30757	50 %	50 %	0 %	0 %	379699133
101	NC_016858	TGGT	2	8	30787	30794	0 %	50 %	50 %	0 %	379699133
102	NC_016858	TTAA	2	8	31574	31581	50 %	50 %	0 %	0 %	379699135
103	NC_016858	TGAA	2	8	31659	31666	50 %	25 %	25 %	0 %	379699136
104	NC_016858	GTTC	2	8	31818	31825	0 %	50 %	25 %	25 %	379699136
105	NC_016858	AAAT	2	8	31897	31904	75 %	25 %	0 %	0 %	379699136
106	NC_016858	TATT	2	8	32216	32223	25 %	75 %	0 %	0 %	379699136
107	NC_016858	TTCT	2	8	32244	32251	0 %	75 %	0 %	25 %	379699136
108	NC_016858	TTTA	2	8	32430	32437	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016858	TCTG	2	8	32651	32658	0 %	50 %	25 %	25 %	379699137
110	NC_016858	CTGT	2	8	33274	33281	0 %	50 %	25 %	25 %	379699138
111	NC_016858	GGAA	2	8	33383	33390	50 %	0 %	50 %	0 %	379699138
112	NC_016858	CCTG	2	8	33524	33531	0 %	25 %	25 %	50 %	379699138
113	NC_016858	CCCG	2	8	33718	33725	0 %	0 %	25 %	75 %	379699138
114	NC_016858	ACTG	2	8	33835	33842	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_016858	CAGT	2	8	34296	34303	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_016858	GGCA	2	8	34657	34664	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_016858	GGGC	2	8	35994	36001	0 %	0 %	75 %	25 %	379699139
118	NC_016858	GGCT	2	8	36064	36071	0 %	25 %	50 %	25 %	379699139
119	NC_016858	AGCG	2	8	36861	36868	25 %	0 %	50 %	25 %	379699141
120	NC_016858	CCAC	2	8	37697	37704	25 %	0 %	0 %	75 %	379699141
121	NC_016858	CAGC	2	8	38000	38007	25 %	0 %	25 %	50 %	379699141
122	NC_016858	AGCC	2	8	38025	38032	25 %	0 %	25 %	50 %	379699141
123	NC_016858	AGGG	2	8	38319	38326	25 %	0 %	75 %	0 %	379699141
124	NC_016858	CAGG	2	8	38845	38852	25 %	0 %	50 %	25 %	379699142
125	NC_016858	TGTC	2	8	38875	38882	0 %	50 %	25 %	25 %	379699142
126	NC_016858	TGGC	2	8	39098	39105	0 %	25 %	50 %	25 %	379699143
127	NC_016858	CCTG	2	8	39322	39329	0 %	25 %	25 %	50 %	379699143
128	NC_016858	GACC	2	8	39418	39425	25 %	0 %	25 %	50 %	379699143
129	NC_016858	CTTT	2	8	40390	40397	0 %	75 %	0 %	25 %	379699144
130	NC_016858	AATG	2	8	41171	41178	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016858	GCGA	2	8	41357	41364	25 %	0 %	50 %	25 %	379699146
132	NC_016858	CAGC	2	8	41550	41557	25 %	0 %	25 %	50 %	379699146
133	NC_016858	GAAG	2	8	41837	41844	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016858	GATG	2	8	41899	41906	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016858	CGGC	2	8	41962	41969	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
136	NC_016858	GTCC	2	8	42363	42370	0 %	25 %	25 %	50 %	379699147
137	NC_016858	GCCA	2	8	42791	42798	25 %	0 %	25 %	50 %	379699147
138	NC_016858	TGAT	2	8	42944	42951	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016858	CCCG	2	8	42954	42961	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
140	NC_016858	GCCC	2	8	43096	43103	0 %	0 %	25 %	75 %	379699148
141	NC_016858	GGTC	2	8	44273	44280	0 %	25 %	50 %	25 %	379699150
142	NC_016858	CCGG	2	8	44602	44609	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
143	NC_016858	ATTC	2	8	44692	44699	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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284	NC_016858	GCCC	2	8	86678	86685	0 %	0 %	25 %	75 %	379699206
285	NC_016858	CGGC	2	8	86867	86874	0 %	0 %	50 %	50 %	379699206
286	NC_016858	GACC	2	8	87564	87571	25 %	0 %	25 %	50 %	379699207
287	NC_016858	GTGA	2	8	87910	87917	25 %	25 %	50 %	0 %	379699207
288	NC_016858	TGTA	2	8	87998	88005	25 %	50 %	25 %	0 %	379699207
289	NC_016858	GCTG	2	8	88337	88344	0 %	25 %	50 %	25 %	379699208
290	NC_016858	CCGG	2	8	89046	89053	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
291	NC_016858	GGGA	2	8	89096	89103	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
292	NC_016858	CAGA	2	8	89231	89238	50 %	0 %	25 %	25 %	379699209
293	NC_016858	TCCG	2	8	89391	89398	0 %	25 %	25 %	50 %	379699209
294	NC_016858	ATTT	2	8	89847	89854	25 %	75 %	0 %	0 %	379699209
295	NC_016858	GGGC	2	8	90678	90685	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
296	NC_016858	TTAT	3	12	90725	90736	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_016858	CATC	2	8	91343	91350	25 %	25 %	0 %	50 %	379699212
298	NC_016858	TCGG	2	8	91477	91484	0 %	25 %	50 %	25 %	379699212
299	NC_016858	GGTA	2	8	91520	91527	25 %	25 %	50 %	0 %	379699212
300	NC_016858	CGAA	3	12	91749	91760	50 %	0 %	25 %	25 %	379699212
301	NC_016858	GTCA	2	8	91914	91921	25 %	25 %	25 %	25 %	379699212
302	NC_016858	CTGC	2	8	91925	91932	0 %	25 %	25 %	50 %	379699212
303	NC_016858	GCCA	2	8	92156	92163	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
304	NC_016858	CTTT	2	8	92330	92337	0 %	75 %	0 %	25 %	379699214
305	NC_016858	ATGT	2	8	92338	92345	25 %	50 %	25 %	0 %	379699214
306	NC_016858	ACTT	2	8	92554	92561	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
307	NC_016858	GCCA	2	8	92966	92973	25 %	0 %	25 %	50 %	379699215
308	NC_016858	ACGG	2	8	93083	93090	25 %	0 %	50 %	25 %	379699215

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.