MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum/pullorum str. RKS5078 chromosome

Total Repeats: 3177

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016831	AGGTA	2	10	2553	2562	40 %	20 %	40 %	0 %	378953806
2	NC_016831	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	378953807
3	NC_016831	CGGCG	2	10	4144	4153	0 %	0 %	60 %	40 %	378953808
4	NC_016831	CCGCG	2	10	7184	7193	0 %	0 %	40 %	60 %	378953810
5	NC_016831	CCTTC	2	10	8674	8683	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
6	NC_016831	GAAAA	2	10	10061	10070	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016831	TCTTT	2	10	11323	11332	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_016831	GCGTG	2	10	13991	14000	0 %	20 %	60 %	20 %	378953817
9	NC_016831	TATTG	2	10	17578	17587	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016831	GGCTG	2	10	18853	18862	0 %	20 %	60 %	20 %	378953823
11	NC_016831	AGAGC	2	10	19374	19383	40 %	0 %	40 %	20 %	378953823
12	NC_016831	CCTGA	2	10	19915	19924	20 %	20 %	20 %	40 %	378953823
13	NC_016831	TACCG	2	10	21052	21061	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_016831	GGCCG	2	10	21676	21685	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
15	NC_016831	CTTTT	2	10	23395	23404	0 %	80 %	0 %	20 %	378953824
16	NC_016831	CGGTA	2	10	24563	24572	20 %	20 %	40 %	20 %	378953825
17	NC_016831	CTGTT	2	10	24602	24611	0 %	60 %	20 %	20 %	378953825
18	NC_016831	TATTT	2	10	25436	25445	20 %	80 %	0 %	0 %	378953826
19	NC_016831	ATCTG	2	10	30967	30976	20 %	40 %	20 %	20 %	378953831
20	NC_016831	TTACG	2	10	31022	31031	20 %	40 %	20 %	20 %	378953831
21	NC_016831	GGGCG	2	10	31790	31799	0 %	0 %	80 %	20 %	378953832
22	NC_016831	TGCGT	2	10	32169	32178	0 %	40 %	40 %	20 %	378953833
23	NC_016831	AAAAG	2	10	32563	32572	80 %	0 %	20 %	0 %	378953834
24	NC_016831	TATAA	2	10	34166	34175	60 %	40 %	0 %	0 %	378953835
25	NC_016831	ATCGT	2	10	34919	34928	20 %	40 %	20 %	20 %	378953837
26	NC_016831	ATTTT	2	10	34963	34972	20 %	80 %	0 %	0 %	378953837
27	NC_016831	TTTTA	2	10	35224	35233	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016831	AGCGA	2	10	35592	35601	40 %	0 %	40 %	20 %	378953838
29	NC_016831	TCCTG	2	10	35802	35811	0 %	40 %	20 %	40 %	378953838
30	NC_016831	GGTCA	2	10	38037	38046	20 %	20 %	40 %	20 %	378953839
31	NC_016831	TTCAT	2	10	39309	39318	20 %	60 %	0 %	20 %	378953840
32	NC_016831	TGAAA	2	10	40125	40134	60 %	20 %	20 %	0 %	378953841
33	NC_016831	TAAAA	2	10	44189	44198	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016831	ACGGC	2	10	44485	44494	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_016831	TTTTA	2	10	44811	44820	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016831	GGGCT	2	10	46559	46568	0 %	20 %	60 %	20 %	378953844
37	NC_016831	GCGTA	2	10	48435	48444	20 %	20 %	40 %	20 %	378953846
38	NC_016831	GACCA	2	10	49040	49049	40 %	0 %	20 %	40 %	378953846
39	NC_016831	CCGGC	2	10	49182	49191	0 %	0 %	40 %	60 %	378953846
40	NC_016831	CAGAC	2	10	50372	50381	40 %	0 %	20 %	40 %	378953846
41	NC_016831	TGTGC	2	10	53131	53140	0 %	40 %	40 %	20 %	378953849
42	NC_016831	GTTTG	2	10	55453	55462	0 %	60 %	40 %	0 %	378953850
43	NC_016831	CACTA	2	10	56584	56593	40 %	20 %	0 %	40 %	378953850
44	NC_016831	CGGCG	2	10	57122	57131	0 %	0 %	60 %	40 %	378953851
45	NC_016831	AGCGC	2	10	57230	57239	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_016831	TTCAC	2	10	57377	57386	20 %	40 %	0 %	40 %	378953852
47	NC_016831	AAAAT	2	10	58948	58957	80 %	20 %	0 %	0 %	378953854
48	NC_016831	GGAAA	2	10	59735	59744	60 %	0 %	40 %	0 %	378953855
49	NC_016831	CGCTG	2	10	60225	60234	0 %	20 %	40 %	40 %	378953856
50	NC_016831	CGGCG	2	10	63991	64000	0 %	0 %	60 %	40 %	378953859
51	NC_016831	GCCTG	2	10	64784	64793	0 %	20 %	40 %	40 %	378953859
52	NC_016831	GCGCG	2	10	64938	64947	0 %	0 %	60 %	40 %	378953860
53	NC_016831	CGTGC	2	10	71279	71288	0 %	20 %	40 %	40 %	378953865
54	NC_016831	TTGAT	2	10	71449	71458	20 %	60 %	20 %	0 %	378953865
55	NC_016831	ACCGC	2	10	72009	72018	20 %	0 %	20 %	60 %	378953865
56	NC_016831	CGATG	2	10	77491	77500	20 %	20 %	40 %	20 %	378953872
57	NC_016831	GCGAA	2	10	78432	78441	40 %	0 %	40 %	20 %	378953872
58	NC_016831	CGTAC	2	10	79322	79331	20 %	20 %	20 %	40 %	378953872
59	NC_016831	TTGCC	2	10	80958	80967	0 %	40 %	20 %	40 %	378953874
60	NC_016831	CGTCC	2	10	81068	81077	0 %	20 %	20 %	60 %	378953874
61	NC_016831	AAGCG	2	10	81432	81441	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_016831	TCAGC	2	10	84187	84196	20 %	20 %	20 %	40 %	378953877
63	NC_016831	GGCCA	2	10	84335	84344	20 %	0 %	40 %	40 %	378953877
64	NC_016831	GTACG	2	10	86906	86915	20 %	20 %	40 %	20 %	378953879
65	NC_016831	CAGAA	2	10	87619	87628	60 %	0 %	20 %	20 %	378953879
66	NC_016831	CCGCA	2	10	89738	89747	20 %	0 %	20 %	60 %	378953882
67	NC_016831	CGGTT	2	10	90243	90252	0 %	40 %	40 %	20 %	378953883
68	NC_016831	GCTCC	2	10	91379	91388	0 %	20 %	20 %	60 %	378953883
69	NC_016831	TGGCG	2	10	92023	92032	0 %	20 %	60 %	20 %	378953885
70	NC_016831	TAAAA	2	10	95496	95505	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016831	TTTCC	2	10	95935	95944	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_016831	GTGGC	2	10	96504	96513	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_016831	GCGCT	2	10	97656	97665	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_016831	AGCGC	2	10	97723	97732	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_016831	TGCAC	2	10	98421	98430	20 %	20 %	20 %	40 %	378953889
76	NC_016831	TGGCA	2	10	98490	98499	20 %	20 %	40 %	20 %	378953889
77	NC_016831	TCTGT	2	10	98816	98825	0 %	60 %	20 %	20 %	378953890
78	NC_016831	GCGCT	2	10	99126	99135	0 %	20 %	40 %	40 %	378953890
79	NC_016831	GGCGC	2	10	99540	99549	0 %	0 %	60 %	40 %	378953890
80	NC_016831	AACGT	2	10	102322	102331	40 %	20 %	20 %	20 %	378953893
81	NC_016831	CCCAA	2	10	104472	104481	40 %	0 %	0 %	60 %	378953896
82	NC_016831	TTGTT	2	10	105179	105188	0 %	80 %	20 %	0 %	378953896
83	NC_016831	GCTTC	2	10	106559	106568	0 %	40 %	20 %	40 %	378953897
84	NC_016831	TGCGT	2	10	106846	106855	0 %	40 %	40 %	20 %	378953897
85	NC_016831	TGATC	2	10	108546	108555	20 %	40 %	20 %	20 %	378953899
86	NC_016831	AAGCG	2	10	109042	109051	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_016831	TGGCG	2	10	111706	111715	0 %	20 %	60 %	20 %	378953901
88	NC_016831	AGCGC	2	10	112266	112275	20 %	0 %	40 %	40 %	378953901
89	NC_016831	ACGTT	2	10	113083	113092	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_016831	CCGCG	2	10	113352	113361	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
91	NC_016831	GGGGT	2	10	114748	114757	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016831	TAATT	2	10	116269	116278	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016831	ATTTT	2	10	116295	116304	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016831	ACAGA	2	10	116478	116487	60 %	0 %	20 %	20 %	378953903
95	NC_016831	AAATG	2	10	117588	117597	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016831	CAGCG	2	10	117653	117662	20 %	0 %	40 %	40 %	378953905
97	NC_016831	GCCGG	2	10	117953	117962	0 %	0 %	60 %	40 %	378953905
98	NC_016831	CGAGC	2	10	118078	118087	20 %	0 %	40 %	40 %	378953905
99	NC_016831	ATTTG	2	10	118521	118530	20 %	60 %	20 %	0 %	378953905
100	NC_016831	TTGCC	2	10	123024	123033	0 %	40 %	20 %	40 %	378953909
101	NC_016831	AGCAG	2	10	123701	123710	40 %	0 %	40 %	20 %	378953910
102	NC_016831	AGTTT	2	10	125931	125940	20 %	60 %	20 %	0 %	378953911
103	NC_016831	TAGTG	2	10	126349	126358	20 %	40 %	40 %	0 %	378953912
104	NC_016831	TCGAT	2	10	127779	127788	20 %	40 %	20 %	20 %	378953913
105	NC_016831	CGGCG	2	10	130409	130418	0 %	0 %	60 %	40 %	378953917
106	NC_016831	CGTTT	2	10	130871	130880	0 %	60 %	20 %	20 %	378953917
107	NC_016831	ATTGG	2	10	131135	131144	20 %	40 %	40 %	0 %	378953918
108	NC_016831	GGTTT	2	10	134027	134036	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016831	ATTCC	2	10	135983	135992	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_016831	CCCAA	2	10	138051	138060	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
111	NC_016831	AAAGC	2	10	138279	138288	60 %	0 %	20 %	20 %	378953922
112	NC_016831	CCGCA	2	10	138812	138821	20 %	0 %	20 %	60 %	378953922
113	NC_016831	TTGTT	2	10	139398	139407	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016831	AGTTC	2	10	141183	141192	20 %	40 %	20 %	20 %	378953924
115	NC_016831	TGCCT	2	10	141283	141292	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_016831	AAGCG	2	10	145936	145945	40 %	0 %	40 %	20 %	378953928
117	NC_016831	GTTTG	2	10	147839	147848	0 %	60 %	40 %	0 %	378953930
118	NC_016831	CGTAT	2	10	149310	149319	20 %	40 %	20 %	20 %	378953931
119	NC_016831	ATCAG	2	10	151146	151155	40 %	20 %	20 %	20 %	378953933
120	NC_016831	CTGCC	2	10	153155	153164	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
121	NC_016831	CGGCG	2	10	155885	155894	0 %	0 %	60 %	40 %	378953936
122	NC_016831	CGCGG	2	10	158536	158545	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
123	NC_016831	CCGGC	2	10	159240	159249	0 %	0 %	40 %	60 %	378953939
124	NC_016831	CGCTG	2	10	160132	160141	0 %	20 %	40 %	40 %	378953939
125	NC_016831	GATCA	2	10	164284	164293	40 %	20 %	20 %	20 %	378953943
126	NC_016831	CGTCA	2	10	165030	165039	20 %	20 %	20 %	40 %	378953944
127	NC_016831	ATCCC	2	10	166730	166739	20 %	20 %	0 %	60 %	378953946
128	NC_016831	AGCGC	2	10	167438	167447	20 %	0 %	40 %	40 %	378953946
129	NC_016831	TGAGC	2	10	169287	169296	20 %	20 %	40 %	20 %	378953947
130	NC_016831	CGCAT	2	10	169549	169558	20 %	20 %	20 %	40 %	378953948
131	NC_016831	CGAAC	2	10	170278	170287	40 %	0 %	20 %	40 %	378953949
132	NC_016831	GTTCA	2	10	170544	170553	20 %	40 %	20 %	20 %	378953949
133	NC_016831	ATGAC	2	10	171510	171519	40 %	20 %	20 %	20 %	378953950
134	NC_016831	CTGGA	2	10	172100	172109	20 %	20 %	40 %	20 %	378953951
135	NC_016831	CAGAA	2	10	174219	174228	60 %	0 %	20 %	20 %	378953953
136	NC_016831	CGAAG	2	10	177090	177099	40 %	0 %	40 %	20 %	378953957
137	NC_016831	GACTG	2	10	178891	178900	20 %	20 %	40 %	20 %	378953958
138	NC_016831	AGCAA	2	10	179303	179312	60 %	0 %	20 %	20 %	378953958
139	NC_016831	GGCAT	2	10	184365	184374	20 %	20 %	40 %	20 %	378953962
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144	NC_016831	CTGGT	2	10	188989	188998	0 %	40 %	40 %	20 %	378953964
145	NC_016831	TTTTA	2	10	191458	191467	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016831	CGGCG	2	10	192298	192307	0 %	0 %	60 %	40 %	378953970
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151	NC_016831	TATTG	2	10	198390	198399	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
152	NC_016831	GCCGC	2	10	198563	198572	0 %	0 %	40 %	60 %	378953977
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156	NC_016831	CGTCA	2	10	208597	208606	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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177	NC_016831	TTCAA	2	10	226270	226279	40 %	40 %	0 %	20 %	378954000
178	NC_016831	GGAAT	2	10	227024	227033	40 %	20 %	40 %	0 %	378954000
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185	NC_016831	GCACC	2	10	235275	235284	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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239	NC_016831	TGTAG	2	10	315777	315786	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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256	NC_016831	CGCGG	2	10	340591	340600	0 %	0 %	60 %	40 %	378954100
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258	NC_016831	CGCTA	2	10	344531	344540	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
259	NC_016831	CAGCC	2	10	345104	345113	20 %	0 %	20 %	60 %	378954103
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261	NC_016831	TTGTG	2	10	350774	350783	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
262	NC_016831	GCATT	2	10	350968	350977	20 %	40 %	20 %	20 %	378954108
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267	NC_016831	CAGCG	2	10	355889	355898	20 %	0 %	40 %	40 %	378954112
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269	NC_016831	AAACT	2	10	357975	357984	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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387	NC_016831	TGGCT	2	10	516299	516308	0 %	40 %	40 %	20 %	378954240
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400	NC_016831	ACTGG	2	10	538117	538126	20 %	20 %	40 %	20 %	378954257
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402	NC_016831	CATGA	2	10	540122	540131	40 %	20 %	20 %	20 %	378954258
403	NC_016831	CATTC	2	10	540696	540705	20 %	40 %	0 %	40 %	378954259
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405	NC_016831	CATCG	2	10	544957	544966	20 %	20 %	20 %	40 %	378954262
406	NC_016831	GATTG	2	10	551016	551025	20 %	40 %	40 %	0 %	378954267
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