MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Shigella sonnei 53G

Total Repeats: 3219

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016822	CGCTG	2	10	693	702	0 %	20 %	40 %	40 %	383176585
2	NC_016822	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	383176586
3	NC_016822	CGCAG	2	10	8359	8368	20 %	0 %	40 %	40 %	383176592
4	NC_016822	CGTAC	2	10	9787	9796	20 %	20 %	20 %	40 %	383176593
5	NC_016822	CGCGC	2	10	10774	10783	0 %	0 %	40 %	60 %	383176595
6	NC_016822	TCTTT	2	10	11867	11876	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_016822	CGGGG	2	10	16428	16437	0 %	0 %	80 %	20 %	383176600
8	NC_016822	AAGGT	2	10	17818	17827	40 %	20 %	40 %	0 %	383176601
9	NC_016822	CCGAT	2	10	20145	20154	20 %	20 %	20 %	40 %	383176605
10	NC_016822	AGCGA	2	10	20533	20542	40 %	0 %	40 %	20 %	383176605
11	NC_016822	GTTTT	2	10	22950	22959	0 %	80 %	20 %	0 %	383176608
12	NC_016822	ATTGC	2	10	26112	26121	20 %	40 %	20 %	20 %	383176612
13	NC_016822	TTAAT	2	10	26746	26755	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016822	GATGC	2	10	32100	32109	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_016822	CAGTA	2	10	33059	33068	40 %	20 %	20 %	20 %	383176619
16	NC_016822	ATTTA	2	10	35616	35625	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016822	GCGAA	2	10	38854	38863	40 %	0 %	40 %	20 %	383176624
18	NC_016822	CCGTT	2	10	39748	39757	0 %	40 %	20 %	40 %	383176624
19	NC_016822	CACGG	2	10	40125	40134	20 %	0 %	40 %	40 %	383176624
20	NC_016822	GATGC	2	10	41983	41992	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_016822	CGAAT	2	10	43734	43743	40 %	20 %	20 %	20 %	383176630
22	NC_016822	CCATG	2	10	45272	45281	20 %	20 %	20 %	40 %	383176631
23	NC_016822	CCGTA	2	10	46918	46927	20 %	20 %	20 %	40 %	383176633
24	NC_016822	TTAAA	2	10	47656	47665	60 %	40 %	0 %	0 %	383176633
25	NC_016822	ACCCA	2	10	48399	48408	40 %	0 %	0 %	60 %	383176634
26	NC_016822	TTTGA	2	10	50025	50034	20 %	60 %	20 %	0 %	383176635
27	NC_016822	CGGCG	2	10	50276	50285	0 %	0 %	60 %	40 %	383176635
28	NC_016822	AATCA	2	10	50558	50567	60 %	20 %	0 %	20 %	383176636
29	NC_016822	CGGTT	2	10	51513	51522	0 %	40 %	40 %	20 %	383176637
30	NC_016822	TGGCG	2	10	53205	53214	0 %	20 %	60 %	20 %	383176639
31	NC_016822	TGCAC	2	10	54967	54976	20 %	20 %	20 %	40 %	383176641
32	NC_016822	AGGGC	2	10	56052	56061	20 %	0 %	60 %	20 %	383176642
33	NC_016822	GAAAC	2	10	56899	56908	60 %	0 %	20 %	20 %	383176642
34	NC_016822	AACGT	2	10	58811	58820	40 %	20 %	20 %	20 %	383176645
35	NC_016822	GCGTC	2	10	61795	61804	0 %	20 %	40 %	40 %	383176648
36	NC_016822	ATGTT	2	10	62609	62618	20 %	60 %	20 %	0 %	383176649
37	NC_016822	CTTCG	2	10	63042	63051	0 %	40 %	20 %	40 %	383176649
38	NC_016822	TGCGT	2	10	63328	63337	0 %	40 %	40 %	20 %	383176649
39	NC_016822	AAAGT	2	10	69062	69071	60 %	20 %	20 %	0 %	383176652
40	NC_016822	AGTCG	2	10	70030	70039	20 %	20 %	40 %	20 %	383176653
41	NC_016822	GGTGA	2	10	71309	71318	20 %	20 %	60 %	0 %	383176653
42	NC_016822	TCGCG	2	10	73916	73925	0 %	20 %	40 %	40 %	383176655
43	NC_016822	TAGTG	2	10	81350	81359	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016822	TTGCT	2	10	81502	81511	0 %	60 %	20 %	20 %	383176662
45	NC_016822	GATGG	2	10	82238	82247	20 %	20 %	60 %	0 %	383176662
46	NC_016822	ATTTT	2	10	83066	83075	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016822	CTGGA	2	10	84138	84147	20 %	20 %	40 %	20 %	383176664
48	NC_016822	CCTGG	2	10	86488	86497	0 %	20 %	40 %	40 %	383176668
49	NC_016822	CTGGT	2	10	88207	88216	0 %	40 %	40 %	20 %	383176669
50	NC_016822	GACCG	2	10	88755	88764	20 %	0 %	40 %	40 %	383176670
51	NC_016822	ATGTT	2	10	91304	91313	20 %	60 %	20 %	0 %	383176672
52	NC_016822	TGCAT	2	10	92246	92255	20 %	40 %	20 %	20 %	383176673
53	NC_016822	ATTCC	2	10	92416	92425	20 %	40 %	0 %	40 %	383176673
54	NC_016822	AGTTC	2	10	98286	98295	20 %	40 %	20 %	20 %	383176679
55	NC_016822	CGTGG	2	10	99659	99668	0 %	20 %	60 %	20 %	383176681
56	NC_016822	TATCG	2	10	100166	100175	20 %	40 %	20 %	20 %	383176681
57	NC_016822	GCCTG	2	10	104504	104513	0 %	20 %	40 %	40 %	383176685
58	NC_016822	GTTTG	2	10	104948	104957	0 %	60 %	40 %	0 %	383176685
59	NC_016822	ACCGT	2	10	106417	106426	20 %	20 %	20 %	40 %	383176686
60	NC_016822	ATCAG	2	10	108190	108199	40 %	20 %	20 %	20 %	383176688
61	NC_016822	AGCCG	2	10	109958	109967	20 %	0 %	40 %	40 %	383176689
62	NC_016822	GCGCA	2	10	112286	112295	20 %	0 %	40 %	40 %	383176691
63	NC_016822	TGGCG	2	10	113280	113289	0 %	20 %	60 %	20 %	383176692
64	NC_016822	CCGGC	2	10	116250	116259	0 %	0 %	40 %	60 %	383176695
65	NC_016822	CGCGG	2	10	119459	119468	0 %	0 %	60 %	40 %	383176698
66	NC_016822	ATCCC	2	10	121703	121712	20 %	20 %	0 %	60 %	383176701
67	NC_016822	CATCG	2	10	121716	121725	20 %	20 %	20 %	40 %	383176701
68	NC_016822	TAACG	2	10	122410	122419	40 %	20 %	20 %	20 %	383176701
69	NC_016822	ATGCC	2	10	122869	122878	20 %	20 %	20 %	40 %	383176701
70	NC_016822	AATGC	2	10	124152	124161	40 %	20 %	20 %	20 %	383176702
71	NC_016822	TCTGT	2	10	125098	125107	0 %	60 %	20 %	20 %	383176704
72	NC_016822	AGCAG	2	10	127529	127538	40 %	0 %	40 %	20 %	383176707
73	NC_016822	CGAAG	2	10	129444	129453	40 %	0 %	40 %	20 %	383176708
74	NC_016822	ACACG	2	10	129577	129586	40 %	0 %	20 %	40 %	383176708
75	NC_016822	TCGCG	2	10	129838	129847	0 %	20 %	40 %	40 %	383176708
76	NC_016822	GCATC	2	10	129928	129937	20 %	20 %	20 %	40 %	383176708
77	NC_016822	GACTG	2	10	131246	131255	20 %	20 %	40 %	20 %	383176709
78	NC_016822	AGAGC	2	10	131656	131665	40 %	0 %	40 %	20 %	383176709
79	NC_016822	GGTTG	2	10	137585	137594	0 %	40 %	60 %	0 %	383176712
80	NC_016822	TCTGG	2	10	140231	140240	0 %	40 %	40 %	20 %	383176713
81	NC_016822	GGGCA	2	10	141642	141651	20 %	0 %	60 %	20 %	383176714
82	NC_016822	CAGCG	2	10	141921	141930	20 %	0 %	40 %	40 %	383176715
83	NC_016822	GGCTG	2	10	144632	144641	0 %	20 %	60 %	20 %	383176718
84	NC_016822	GCGCG	2	10	147960	147969	0 %	0 %	60 %	40 %	383176719
85	NC_016822	CCGTC	2	10	148751	148760	0 %	20 %	20 %	60 %	383176720
86	NC_016822	GTGAA	2	10	148761	148770	40 %	20 %	40 %	0 %	383176720
87	NC_016822	GGCAT	2	10	148923	148932	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_016822	GTTCA	2	10	149148	149157	20 %	40 %	20 %	20 %	383176721
89	NC_016822	ATCCA	2	10	149474	149483	40 %	20 %	0 %	40 %	383176721
90	NC_016822	GTAAG	2	10	149687	149696	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016822	CTTTA	2	10	150737	150746	20 %	60 %	0 %	20 %	383176723
92	NC_016822	TGGCG	2	10	150964	150973	0 %	20 %	60 %	20 %	383176723
93	NC_016822	TCCTC	2	10	151407	151416	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
94	NC_016822	TTTCA	2	10	153277	153286	20 %	60 %	0 %	20 %	383176726
95	NC_016822	GGGAG	2	10	154602	154611	20 %	0 %	80 %	0 %	383176727
96	NC_016822	TGAAG	2	10	156712	156721	40 %	20 %	40 %	0 %	383176729
97	NC_016822	ACCGC	2	10	156817	156826	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
98	NC_016822	GCGGT	2	10	156836	156845	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
99	NC_016822	CCACT	2	10	160994	161003	20 %	20 %	0 %	60 %	383176737
100	NC_016822	CAGTG	2	10	161100	161109	20 %	20 %	40 %	20 %	383176737
101	NC_016822	TTTGC	2	10	167048	167057	0 %	60 %	20 %	20 %	383176746
102	NC_016822	AAATT	2	10	167489	167498	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016822	GCGAG	2	10	168856	168865	20 %	0 %	60 %	20 %	383176748
104	NC_016822	GGCGT	2	10	169294	169303	0 %	20 %	60 %	20 %	383176748
105	NC_016822	ATCAG	2	10	169932	169941	40 %	20 %	20 %	20 %	383176749
106	NC_016822	ACCAC	2	10	172197	172206	40 %	0 %	0 %	60 %	383176752
107	NC_016822	GGCGT	2	10	173900	173909	0 %	20 %	60 %	20 %	383176753
108	NC_016822	CGACG	2	10	174939	174948	20 %	0 %	40 %	40 %	383176753
109	NC_016822	TTATC	2	10	177851	177860	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_016822	TGAAA	2	10	178924	178933	60 %	20 %	20 %	0 %	383176755
111	NC_016822	GGAAT	2	10	179260	179269	40 %	20 %	40 %	0 %	383176755
112	NC_016822	AACCT	2	10	181210	181219	40 %	20 %	0 %	40 %	383176757
113	NC_016822	TGGTC	2	10	181252	181261	0 %	40 %	40 %	20 %	383176757
114	NC_016822	TGGCG	2	10	182497	182506	0 %	20 %	60 %	20 %	383176758
115	NC_016822	TTCCA	2	10	183738	183747	20 %	40 %	0 %	40 %	383176758
116	NC_016822	GGTCC	2	10	188184	188193	0 %	20 %	40 %	40 %	383176763
117	NC_016822	ACGGG	2	10	190101	190110	20 %	0 %	60 %	20 %	383176765
118	NC_016822	GTGAT	2	10	193037	193046	20 %	40 %	40 %	0 %	383176769
119	NC_016822	GTGAT	2	10	193328	193337	20 %	40 %	40 %	0 %	383176769
120	NC_016822	TACGT	2	10	193573	193582	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_016822	CCACG	2	10	195475	195484	20 %	0 %	20 %	60 %	383176772
122	NC_016822	GCCAG	2	10	197761	197770	20 %	0 %	40 %	40 %	383176774
123	NC_016822	GTTCT	2	10	199202	199211	0 %	60 %	20 %	20 %	383176774
124	NC_016822	CTGAA	2	10	201194	201203	40 %	20 %	20 %	20 %	383176776
125	NC_016822	AAGCG	2	10	201258	201267	40 %	0 %	40 %	20 %	383176776
126	NC_016822	TGGTG	2	10	203164	203173	0 %	40 %	60 %	0 %	383176778
127	NC_016822	TGCAC	2	10	203290	203299	20 %	20 %	20 %	40 %	383176778
128	NC_016822	TGCGC	2	10	203683	203692	0 %	20 %	40 %	40 %	383176778
129	NC_016822	AAATA	2	10	203905	203914	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016822	GTCTG	2	10	203990	203999	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_016822	CATGG	2	10	205526	205535	20 %	20 %	40 %	20 %	383176780
132	NC_016822	CAGAT	2	10	206565	206574	40 %	20 %	20 %	20 %	383176781
133	NC_016822	ACTTT	2	10	206698	206707	20 %	60 %	0 %	20 %	383176781
134	NC_016822	GTTGG	2	10	207109	207118	0 %	40 %	60 %	0 %	383176782
135	NC_016822	GACGT	2	10	210618	210627	20 %	20 %	40 %	20 %	383176784
136	NC_016822	CGACG	2	10	212445	212454	20 %	0 %	40 %	40 %	383176786
137	NC_016822	ATGCC	2	10	215013	215022	20 %	20 %	20 %	40 %	383176789
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139	NC_016822	TGGCC	2	10	216339	216348	0 %	20 %	40 %	40 %	383176791
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149	NC_016822	TAATT	2	10	245041	245050	40 %	60 %	0 %	0 %	383176813
150	NC_016822	ACTTA	2	10	247012	247021	40 %	40 %	0 %	20 %	383176815
151	NC_016822	ACTGG	2	10	247980	247989	20 %	20 %	40 %	20 %	383176816
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177	NC_016822	AAAAG	2	10	283339	283348	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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224	NC_016822	TTGCG	2	10	361283	361292	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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243	NC_016822	AAATC	2	10	390052	390061	60 %	20 %	0 %	20 %	383176954
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245	NC_016822	GATGG	2	10	393770	393779	20 %	20 %	60 %	0 %	383176959
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248	NC_016822	CAAAG	2	10	397164	397173	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
249	NC_016822	TTTTC	2	10	398023	398032	0 %	80 %	0 %	20 %	383176964
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252	NC_016822	ACGCA	2	10	402539	402548	40 %	0 %	20 %	40 %	383176971
253	NC_016822	AACAA	2	10	403084	403093	80 %	0 %	0 %	20 %	383176973
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257	NC_016822	TCGCT	2	10	416160	416169	0 %	40 %	20 %	40 %	383176982
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259	NC_016822	TGGCT	2	10	417487	417496	0 %	40 %	40 %	20 %	383176983
260	NC_016822	CCTGG	2	10	418028	418037	0 %	20 %	40 %	40 %	383176983
261	NC_016822	TGGCG	2	10	422465	422474	0 %	20 %	60 %	20 %	383176988
262	NC_016822	CTTGC	2	10	423109	423118	0 %	40 %	20 %	40 %	383176988
263	NC_016822	TGACC	2	10	424185	424194	20 %	20 %	20 %	40 %	383176989
264	NC_016822	AGTTC	2	10	425296	425305	20 %	40 %	20 %	20 %	383176992
265	NC_016822	GTTTC	2	10	426223	426232	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
266	NC_016822	CACTT	2	10	426870	426879	20 %	40 %	0 %	40 %	383176993
267	NC_016822	CTCGT	2	10	427144	427153	0 %	40 %	20 %	40 %	383176994
268	NC_016822	GGCGC	2	10	428075	428084	0 %	0 %	60 %	40 %	383176995
269	NC_016822	CTTTT	2	10	429699	429708	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
270	NC_016822	GCGCT	2	10	430489	430498	0 %	20 %	40 %	40 %	383176998
271	NC_016822	GGAGT	2	10	432271	432280	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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383	NC_016822	GAACA	2	10	628873	628882	60 %	0 %	20 %	20 %	383177203
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393	NC_016822	ATATT	2	10	644627	644636	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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