MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103a complete sequence

Total Repeats: 60

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016813	GACC	2	8	114	121	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_016813	CTGG	2	8	166	173	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_016813	TCGA	2	8	277	284	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_016813	CCTA	2	8	678	685	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_016813	GCCG	2	8	776	783	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_016813	ATTG	2	8	1092	1099	25 %	50 %	25 %	0 %	378828554
7	NC_016813	CCCG	2	8	1425	1432	0 %	0 %	25 %	75 %	378828554
8	NC_016813	GGGC	2	8	2046	2053	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
9	NC_016813	CGTT	2	8	2298	2305	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_016813	TCGC	2	8	2492	2499	0 %	25 %	25 %	50 %	378828556
11	NC_016813	ATGG	2	8	3165	3172	25 %	25 %	50 %	0 %	378828556
12	NC_016813	GGTC	2	8	3386	3393	0 %	25 %	50 %	25 %	378828556
13	NC_016813	GATG	2	8	3974	3981	25 %	25 %	50 %	0 %	378828556
14	NC_016813	CGGC	2	8	4566	4573	0 %	0 %	50 %	50 %	378828556
15	NC_016813	GGGC	2	8	4723	4730	0 %	0 %	75 %	25 %	378828556
16	NC_016813	GATC	2	8	4916	4923	25 %	25 %	25 %	25 %	378828556
17	NC_016813	GAAA	2	8	5189	5196	75 %	0 %	25 %	0 %	378828556
18	NC_016813	CGGC	2	8	5829	5836	0 %	0 %	50 %	50 %	378828557
19	NC_016813	GCCC	2	8	5994	6001	0 %	0 %	25 %	75 %	378828557
20	NC_016813	ATCT	2	8	6261	6268	25 %	50 %	0 %	25 %	378828558
21	NC_016813	CATG	2	8	6648	6655	25 %	25 %	25 %	25 %	378828558
22	NC_016813	CGCC	2	8	6849	6856	0 %	0 %	25 %	75 %	378828558
23	NC_016813	CGGC	2	8	6869	6876	0 %	0 %	50 %	50 %	378828558
24	NC_016813	GTAC	2	8	7038	7045	25 %	25 %	25 %	25 %	378828558
25	NC_016813	GGCG	2	8	7875	7882	0 %	0 %	75 %	25 %	378828560
26	NC_016813	GGCT	2	8	8095	8102	0 %	25 %	50 %	25 %	378828560
27	NC_016813	GCCG	2	8	8314	8321	0 %	0 %	50 %	50 %	378828560
28	NC_016813	GGCC	2	8	8370	8377	0 %	0 %	50 %	50 %	378828560
29	NC_016813	GCCG	2	8	8466	8473	0 %	0 %	50 %	50 %	378828560
30	NC_016813	CGGC	2	8	8720	8727	0 %	0 %	50 %	50 %	378828560
31	NC_016813	GTCG	2	8	8941	8948	0 %	25 %	50 %	25 %	378828560
32	NC_016813	AGCG	2	8	8952	8959	25 %	0 %	50 %	25 %	378828560
33	NC_016813	CGAA	2	8	9771	9778	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_016813	GATC	2	8	10456	10463	25 %	25 %	25 %	25 %	378828562
35	NC_016813	CCGA	2	8	10499	10506	25 %	0 %	25 %	50 %	378828562
36	NC_016813	AACG	2	8	11228	11235	50 %	0 %	25 %	25 %	378828562
37	NC_016813	TTTC	2	8	11481	11488	0 %	75 %	0 %	25 %	378828562
38	NC_016813	CGAG	2	8	12456	12463	25 %	0 %	50 %	25 %	378828562
39	NC_016813	CGCT	2	8	12883	12890	0 %	25 %	25 %	50 %	378828562
40	NC_016813	TCGA	2	8	13029	13036	25 %	25 %	25 %	25 %	378828562
41	NC_016813	GATC	2	8	13830	13837	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_016813	GGAT	2	8	14633	14640	25 %	25 %	50 %	0 %	378828563
43	NC_016813	GAAA	2	8	14770	14777	75 %	0 %	25 %	0 %	378828563
44	NC_016813	CGGT	2	8	14891	14898	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_016813	CTAT	2	8	17133	17140	25 %	50 %	0 %	25 %	378828565
46	NC_016813	CGCT	2	8	17142	17149	0 %	25 %	25 %	50 %	378828565
47	NC_016813	TTCC	2	8	17720	17727	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_016813	CATT	2	8	18085	18092	25 %	50 %	0 %	25 %	378828566
49	NC_016813	GTTG	2	8	19070	19077	0 %	50 %	50 %	0 %	378828567
50	NC_016813	GCCG	2	8	20181	20188	0 %	0 %	50 %	50 %	378828568
51	NC_016813	CGAG	2	8	20441	20448	25 %	0 %	50 %	25 %	378828568
52	NC_016813	AGAA	2	8	20686	20693	75 %	0 %	25 %	0 %	378828568
53	NC_016813	GCGG	2	8	20739	20746	0 %	0 %	75 %	25 %	378828568
54	NC_016813	TCGC	2	8	20909	20916	0 %	25 %	25 %	50 %	378828568
55	NC_016813	CCGG	2	8	21867	21874	0 %	0 %	50 %	50 %	378828569
56	NC_016813	CCGG	2	8	22042	22049	0 %	0 %	50 %	50 %	378828569
57	NC_016813	TCCC	2	8	22161	22168	0 %	25 %	0 %	75 %	378828569
58	NC_016813	GAAA	2	8	23403	23410	75 %	0 %	25 %	0 %	378828570
59	NC_016813	ATCG	2	8	23746	23753	25 %	25 %	25 %	25 %	378828571
60	NC_016813	GCCA	2	8	23906	23913	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.