MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103a complete sequence

Total Repeats: 292

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016813	GCC	2	6	79	84	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_016813	CAG	2	6	124	129	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_016813	GCA	2	6	148	153	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_016813	CTC	3	9	494	502	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_016813	GAT	2	6	505	510	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016813	CAA	2	6	600	605	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_016813	AGA	2	6	698	703	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016813	CGC	2	6	717	722	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_016813	CCT	2	6	731	736	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_016813	GCG	2	6	747	752	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_016813	GCT	2	6	892	897	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_016813	GCT	2	6	910	915	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_016813	GCT	2	6	921	926	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_016813	TGC	2	6	960	965	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_016813	GAC	2	6	1035	1040	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828554
16	NC_016813	AGC	3	9	1068	1076	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828554
17	NC_016813	CAT	2	6	1191	1196	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378828554
18	NC_016813	TTC	2	6	1411	1416	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378828554
19	NC_016813	CAG	2	6	1465	1470	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828554
20	NC_016813	TGC	2	6	1479	1484	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828554
21	NC_016813	TGC	2	6	1493	1498	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828554
22	NC_016813	GCG	2	6	1519	1524	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378828554
23	NC_016813	GGC	2	6	1546	1551	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378828554
24	NC_016813	TCA	2	6	1631	1636	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378828554
25	NC_016813	CGA	2	6	1667	1672	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828555
26	NC_016813	AAG	2	6	1674	1679	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378828555
27	NC_016813	CCA	2	6	1716	1721	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378828555
28	NC_016813	GTG	2	6	1997	2002	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016813	CGC	2	6	2077	2082	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_016813	CGG	2	6	2156	2161	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_016813	GCA	2	6	2239	2244	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_016813	CCG	2	6	2276	2281	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_016813	ATC	2	6	2351	2356	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_016813	TCC	2	6	2452	2457	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378828556
35	NC_016813	GGC	2	6	2514	2519	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378828556
36	NC_016813	TGA	2	6	2564	2569	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378828556
37	NC_016813	ATG	2	6	2599	2604	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378828556
38	NC_016813	CGA	2	6	2612	2617	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828556
39	NC_016813	CGC	2	6	2657	2662	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378828556
40	NC_016813	TGA	2	6	2666	2671	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378828556
41	NC_016813	AAC	2	6	2782	2787	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378828556
42	NC_016813	GTT	2	6	2841	2846	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378828556
43	NC_016813	GCA	2	6	2861	2866	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828556
44	NC_016813	CAC	2	6	2877	2882	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378828556
45	NC_016813	CAT	2	6	2913	2918	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378828556
46	NC_016813	AGG	2	6	3148	3153	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378828556
47	NC_016813	TGG	2	6	3232	3237	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378828556
48	NC_016813	GCC	2	6	3246	3251	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378828556
49	NC_016813	TGC	2	6	3271	3276	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828556
50	NC_016813	CAG	2	6	3282	3287	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828556
51	NC_016813	CGC	2	6	3327	3332	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378828556
52	NC_016813	GGC	2	6	3396	3401	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378828556
53	NC_016813	ATC	2	6	3676	3681	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378828556
54	NC_016813	GCG	2	6	3781	3786	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378828556
55	NC_016813	GTT	2	6	3800	3805	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378828556
56	NC_016813	CTC	2	6	3825	3830	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378828556
57	NC_016813	AAT	2	6	3860	3865	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378828556
58	NC_016813	GCG	2	6	4029	4034	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378828556
59	NC_016813	TCG	2	6	4096	4101	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828556
60	NC_016813	CAG	2	6	4143	4148	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828556
61	NC_016813	CGT	2	6	4161	4166	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828556
62	NC_016813	CAG	2	6	4200	4205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828556
63	NC_016813	TTG	2	6	4249	4254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378828556
64	NC_016813	TGG	2	6	4255	4260	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378828556
65	NC_016813	AGA	2	6	4291	4296	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378828556
66	NC_016813	GCC	2	6	4302	4307	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378828556
67	NC_016813	TCG	2	6	4504	4509	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828556
68	NC_016813	CTG	2	6	4527	4532	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828556
69	NC_016813	AAG	2	6	4542	4547	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378828556
70	NC_016813	TGC	2	6	4601	4606	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828556
71	NC_016813	CGG	2	6	4613	4618	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378828556
72	NC_016813	GAC	2	6	4625	4630	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828556
73	NC_016813	GAG	2	6	4653	4658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378828556
74	NC_016813	GTC	2	6	4765	4770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828556
75	NC_016813	ATC	2	6	4797	4802	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378828556
76	NC_016813	TCG	2	6	4853	4858	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828556
77	NC_016813	TCG	2	6	4979	4984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828556
78	NC_016813	CGC	2	6	4986	4991	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378828556
79	NC_016813	CAG	2	6	5010	5015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828556
80	NC_016813	CCG	2	6	5063	5068	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378828556
81	NC_016813	CGG	2	6	5118	5123	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378828556
82	NC_016813	TCA	2	6	5176	5181	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378828556
83	NC_016813	TCG	2	6	5329	5334	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828557
84	NC_016813	CGC	3	9	5359	5367	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378828557
85	NC_016813	TCG	2	6	5489	5494	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828557
86	NC_016813	GCC	2	6	5522	5527	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378828557
87	NC_016813	TGA	2	6	5555	5560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378828557
88	NC_016813	GAA	2	6	5650	5655	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378828557
89	NC_016813	TCA	2	6	5678	5683	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378828557
90	NC_016813	CAT	2	6	5736	5741	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378828557
91	NC_016813	ATC	2	6	5763	5768	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378828557
92	NC_016813	GCC	2	6	5806	5811	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378828557
93	NC_016813	AGG	2	6	5912	5917	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378828557
94	NC_016813	GGA	2	6	6009	6014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378828557
95	NC_016813	GAG	2	6	6093	6098	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378828558
96	NC_016813	TCG	2	6	6253	6258	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828558
97	NC_016813	TCA	2	6	6334	6339	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378828558
98	NC_016813	GCC	2	6	6468	6473	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378828558
99	NC_016813	TCA	2	6	6502	6507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378828558
100	NC_016813	AAG	2	6	6579	6584	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378828558
101	NC_016813	CGA	3	9	6608	6616	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828558
102	NC_016813	GTT	2	6	6656	6661	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378828558
103	NC_016813	CGA	2	6	6719	6724	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828558
104	NC_016813	GAC	2	6	6804	6809	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828558
105	NC_016813	TCC	2	6	7107	7112	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378828558
106	NC_016813	CGC	2	6	7138	7143	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378828558
107	NC_016813	CGA	2	6	7184	7189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828558
108	NC_016813	CCG	2	6	7225	7230	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378828558
109	NC_016813	ATC	2	6	7289	7294	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378828558
110	NC_016813	CGA	2	6	7462	7467	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828559
111	NC_016813	CCT	2	6	7522	7527	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378828559
112	NC_016813	TCG	2	6	7554	7559	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828559
113	NC_016813	ATC	2	6	7575	7580	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378828559
114	NC_016813	ATA	2	6	7666	7671	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378828560
115	NC_016813	GAT	2	6	7687	7692	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378828560
116	NC_016813	TGC	2	6	7727	7732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828560
117	NC_016813	TGC	2	6	7737	7742	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828560
118	NC_016813	AGC	2	6	7760	7765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828560
119	NC_016813	GGA	2	6	7911	7916	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378828560
120	NC_016813	TGG	2	6	7970	7975	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378828560
121	NC_016813	GCG	2	6	8060	8065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378828560
122	NC_016813	TCG	2	6	8069	8074	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828560
123	NC_016813	GGC	2	6	8183	8188	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378828560
124	NC_016813	GGT	2	6	8257	8262	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378828560
125	NC_016813	GCC	2	6	8651	8656	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378828560
126	NC_016813	CGG	2	6	8775	8780	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378828560
127	NC_016813	CAG	2	6	8839	8844	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828560
128	NC_016813	GCA	2	6	8865	8870	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828560
129	NC_016813	ATC	2	6	9014	9019	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378828560
130	NC_016813	AGC	2	6	9029	9034	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828560
131	NC_016813	GCG	2	6	9158	9163	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378828560
132	NC_016813	CCA	2	6	9281	9286	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378828561
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138	NC_016813	TGC	2	6	9803	9808	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_016813	CGG	2	6	9918	9923	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378828562
140	NC_016813	GCG	3	9	10163	10171	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378828562
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256	NC_016813	GGA	2	6	20233	20238	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378828568
257	NC_016813	TCG	2	6	20329	20334	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828568
258	NC_016813	ACC	2	6	20372	20377	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378828568
259	NC_016813	TGA	2	6	20639	20644	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378828568
260	NC_016813	GTG	2	6	20784	20789	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378828568
261	NC_016813	GCT	2	6	20959	20964	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828568
262	NC_016813	GCC	3	9	20980	20988	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378828568
263	NC_016813	ATC	2	6	21064	21069	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378828568
264	NC_016813	GAC	2	6	21254	21259	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828568
265	NC_016813	GAT	2	6	21449	21454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
266	NC_016813	TGT	2	6	21505	21510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
267	NC_016813	ATG	2	6	21745	21750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378828569
268	NC_016813	CAG	2	6	21793	21798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828569
269	NC_016813	AGG	2	6	21986	21991	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378828569
270	NC_016813	ACG	2	6	22033	22038	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378828569
271	NC_016813	GGT	2	6	22230	22235	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378828569
272	NC_016813	ATG	2	6	22355	22360	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
273	NC_016813	CGT	2	6	22417	22422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828570
274	NC_016813	CCT	2	6	22502	22507	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378828570
275	NC_016813	ATT	2	6	22732	22737	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378828570
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280	NC_016813	TTC	2	6	22873	22878	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378828570
281	NC_016813	CGT	2	6	22980	22985	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828570
282	NC_016813	CTG	2	6	23078	23083	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828570
283	NC_016813	CGT	2	6	23209	23214	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378828570
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288	NC_016813	GGC	2	6	23492	23497	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
289	NC_016813	GCC	2	6	23692	23697	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378828571
290	NC_016813	AGG	2	6	23759	23764	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378828571
291	NC_016813	AGA	2	6	23796	23801	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378828571
292	NC_016813	CGC	2	6	23856	23861	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.