MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Streptomyces violaceusniger Tu 4113 plasmid pSTRVI01

Total Repeats: 190

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015951	CGACCC	2	12	2069	2080	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007460
2	NC_015951	CGGAAC	2	12	2244	2255	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_015951	CACCCC	2	12	3184	3195	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
4	NC_015951	CCTAGC	2	12	3372	3383	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007462
5	NC_015951	CGACCT	2	12	3921	3932	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007462
6	NC_015951	CCGCGG	2	12	4982	4993	0 %	0 %	50 %	50 %	345007463
7	NC_015951	GGTCGC	2	12	5843	5854	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007464
8	NC_015951	GGTGTA	2	12	6147	6158	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	345007464
9	NC_015951	GCCGCA	2	12	6797	6808	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007464
10	NC_015951	GTCCAG	2	12	8041	8052	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007466
11	NC_015951	CCAGCG	2	12	14955	14966	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007471
12	NC_015951	TCGGCG	2	12	14997	15008	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007471
13	NC_015951	AGCCCC	2	12	16851	16862	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_015951	CGTGGT	2	12	18396	18407	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_015951	GCGTGC	2	12	19365	19376	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007475
16	NC_015951	CTCCAC	2	12	20384	20395	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_015951	CCTGGC	2	12	21069	21080	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007478
18	NC_015951	CGGGAA	2	12	21309	21320	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	345007478
19	NC_015951	CGCCGA	2	12	21414	21425	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007478
20	NC_015951	CAGGCC	2	12	21844	21855	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007478
21	NC_015951	CTCCTT	2	12	23219	23230	0 %	50 %	0 %	50 %	345007480
22	NC_015951	CACCCC	2	12	26135	26146	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	345007483
23	NC_015951	GACCTG	2	12	26253	26264	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007483
24	NC_015951	CGCCGA	2	12	26903	26914	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007483
25	NC_015951	CTCGCC	2	12	27204	27215	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	345007483
26	NC_015951	GGCAGC	2	12	27788	27799	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007484
27	NC_015951	CGAGGC	2	12	30828	30839	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007487
28	NC_015951	GATGGT	2	12	31065	31076	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	345007488
29	NC_015951	GCCCCG	2	12	32969	32980	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345007490
30	NC_015951	TTGGCG	2	12	33759	33770	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	345007491
31	NC_015951	CGCCTC	2	12	37322	37333	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	345007496
32	NC_015951	GCTCAG	2	12	40951	40962	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007500
33	NC_015951	GGCCCT	2	12	41924	41935	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007501
34	NC_015951	CGACCT	2	12	42960	42971	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007502
35	NC_015951	TCCTCG	2	12	43642	43653	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
36	NC_015951	CGCACG	2	12	44719	44730	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
37	NC_015951	CCGCGC	2	12	47185	47196	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345007507
38	NC_015951	CCGTAT	2	12	47519	47530	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	345007507
39	NC_015951	GGGAAG	2	12	48161	48172	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345007508
40	NC_015951	GCCGGT	2	12	49229	49240	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_015951	GGGACC	2	12	50873	50884	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_015951	TCGGCC	2	12	51280	51291	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007510
43	NC_015951	GTCCCG	2	12	52117	52128	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007511
44	NC_015951	CGGTGT	2	12	64529	64540	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	345007514
45	NC_015951	AAAGCG	2	12	65126	65137	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_015951	GCGGAG	2	12	66652	66663	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	345007516
47	NC_015951	GATCTG	2	12	71152	71163	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	345007520
48	NC_015951	CCCCCG	2	12	72410	72421	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
49	NC_015951	CGTCCC	2	12	73496	73507	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_015951	CTCGAC	2	12	73527	73538	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
51	NC_015951	CACCCC	2	12	74261	74272	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
52	NC_015951	CCCCCG	2	12	75557	75568	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
53	NC_015951	CGTCCC	2	12	76643	76654	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_015951	CTCGAC	2	12	76674	76685	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
55	NC_015951	GTCACC	2	12	76998	77009	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
56	NC_015951	CACCCC	2	12	77408	77419	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
57	NC_015951	GATCTG	2	12	81879	81890	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_015951	CCGCAC	2	12	91033	91044	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007527
59	NC_015951	TGACGC	2	12	95177	95188	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007531
60	NC_015951	CGCCCA	2	12	95897	95908	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007532
61	NC_015951	CACCGC	2	12	96464	96475	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007532
62	NC_015951	CGAACC	2	12	96521	96532	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	345007532
63	NC_015951	CCACCG	2	12	97117	97128	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007532
64	NC_015951	CCCGCG	2	12	99644	99655	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_015951	CAGGGA	2	12	99823	99834	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_015951	GTCAGC	2	12	100827	100838	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007534
67	NC_015951	CGGCCT	2	12	101299	101310	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007534
68	NC_015951	GCGGGG	2	12	101646	101657	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	345007534
69	NC_015951	GGTGTC	2	12	103055	103066	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_015951	GGTGTC	2	12	104167	104178	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	345007535
71	NC_015951	TCGCGC	2	12	104700	104711	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
72	NC_015951	ACGGCG	2	12	108237	108248	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_015951	GGGGCC	2	12	113910	113921	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_015951	AAATCC	2	12	114836	114847	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	345007542
75	NC_015951	CCCCCG	2	12	115818	115829	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	345007542
76	NC_015951	CCCAGC	2	12	116645	116656	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007542
77	NC_015951	CGGGGT	2	12	118960	118971	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	345007544
78	NC_015951	TTCGCG	2	12	120403	120414	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015951	GGTGAT	2	12	121283	121294	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	345007547
80	NC_015951	CACCGA	2	12	123144	123155	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	345007548
81	NC_015951	CCCTGC	2	12	123206	123217	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	345007548
82	NC_015951	CTGGGG	2	12	126668	126679	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	345007550
83	NC_015951	AAGCCG	2	12	127509	127520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345007550
84	NC_015951	CAGGCC	2	12	129924	129935	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007553
85	NC_015951	CCGATG	2	12	130321	130332	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007553
86	NC_015951	CTGCCG	2	12	130596	130607	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007553
87	NC_015951	CCCGGA	2	12	132710	132721	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007555
88	NC_015951	CCGGCG	2	12	135886	135897	0 %	0 %	50 %	50 %	345007559
89	NC_015951	GGTACG	2	12	139764	139775	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	345007563
90	NC_015951	CTCGTC	2	12	140093	140104	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	345007564
91	NC_015951	GACGTC	2	12	141712	141723	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007566
92	NC_015951	CTGGGA	2	12	142200	142211	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_015951	CTTCGC	2	12	143929	143940	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	345007570
94	NC_015951	GCTGTT	2	12	144376	144387	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	345007570
95	NC_015951	GGCGCT	2	12	146480	146491	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007571
96	NC_015951	GAGCCA	2	12	146916	146927	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345007571
97	NC_015951	GCAGAT	2	12	147592	147603	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	345007572
98	NC_015951	CGGCAC	2	12	148169	148180	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007572
99	NC_015951	GTCAGG	2	12	151399	151410	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	345007574
100	NC_015951	GGTGTC	2	12	153488	153499	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	345007577
101	NC_015951	CTCCTT	2	12	155041	155052	0 %	50 %	0 %	50 %	345007578
102	NC_015951	CAGCTC	2	12	155485	155496	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007578
103	NC_015951	CCCGGC	2	12	158078	158089	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345007580
104	NC_015951	GTGGCC	2	12	162863	162874	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_015951	AGGCCG	2	12	168146	168157	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007594
106	NC_015951	AAGGCG	2	12	168361	168372	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	345007594
107	NC_015951	CACCTG	2	12	173001	173012	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007599
108	NC_015951	ACGCCA	2	12	173707	173718	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	345007599
109	NC_015951	GACGAG	2	12	174186	174197	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	345007599
110	NC_015951	CCCTTT	2	12	174410	174421	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_015951	CATCGG	2	12	174488	174499	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007600
112	NC_015951	GGCGAG	2	12	176261	176272	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	345007603
113	NC_015951	ACGCGG	2	12	177690	177701	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007605
114	NC_015951	ACCGCC	2	12	178574	178585	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007607
115	NC_015951	CCTGGC	2	12	181316	181327	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007611
116	NC_015951	GGCCGC	2	12	183031	183042	0 %	0 %	50 %	50 %	345007612
117	NC_015951	CCGTAC	2	12	183464	183475	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007612
118	NC_015951	CCCGGC	2	12	185287	185298	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_015951	CACCCG	2	12	186196	186207	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007615
120	NC_015951	AGGCCG	2	12	186963	186974	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007617
121	NC_015951	CTGTCG	2	12	187195	187206	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345007618
122	NC_015951	GGCGCG	2	12	190971	190982	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345007622
123	NC_015951	TCGCCG	2	12	193655	193666	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007625
124	NC_015951	ATCGCC	2	12	195294	195305	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007627
125	NC_015951	GGAACC	2	12	196615	196626	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_015951	TCGGTC	2	12	199119	199130	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345007630
127	NC_015951	GCGTCG	2	12	200505	200516	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007630
128	NC_015951	GCCACG	2	12	201801	201812	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007630
129	NC_015951	CAGCTG	2	12	205981	205992	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007634
130	NC_015951	CAGCGT	2	12	207803	207814	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_015951	GCCACC	2	12	210615	210626	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007639
132	NC_015951	CGCACT	2	12	211915	211926	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007640
133	NC_015951	CGGTGC	2	12	214374	214385	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007641
134	NC_015951	TCGGGC	2	12	214490	214501	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007641
135	NC_015951	CCATGA	2	12	217533	217544	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_015951	CGCCGT	2	12	217841	217852	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
137	NC_015951	TCGGCA	2	12	217960	217971	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_015951	CCAGCA	2	12	218404	218415	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	345007642
139	NC_015951	GGGCCT	2	12	218920	218931	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007644
140	NC_015951	CGGCCG	2	12	219628	219639	0 %	0 %	50 %	50 %	345007644
141	NC_015951	CGGCAC	2	12	222441	222452	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007647
142	NC_015951	CAGCCG	2	12	223525	223536	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007648
143	NC_015951	GGACCT	2	12	223733	223744	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007649
144	NC_015951	GGTGGC	2	12	223827	223838	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	345007649
145	NC_015951	TCGCGG	2	12	224003	224014	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007649
146	NC_015951	CGCGGC	2	12	225200	225211	0 %	0 %	50 %	50 %	345007650
147	NC_015951	TCCGCC	2	12	228677	228688	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	345007653
148	NC_015951	GTACTT	2	12	229737	229748	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
149	NC_015951	CCCGGC	2	12	229804	229815	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_015951	CCGTCA	2	12	229842	229853	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
151	NC_015951	CGTCGG	2	12	230391	230402	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007655
152	NC_015951	AGCCGG	2	12	232351	232362	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007657
153	NC_015951	GCGTCG	2	12	233446	233457	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007658
154	NC_015951	GGCCGT	2	12	234588	234599	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007659
155	NC_015951	GTCGAT	2	12	236862	236873	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	345007661
156	NC_015951	CCGCTC	2	12	237964	237975	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	345007663
157	NC_015951	TCGCGA	2	12	239440	239451	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007664
158	NC_015951	GATGAG	2	12	239741	239752	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	345007664
159	NC_015951	TTTGCG	2	12	240319	240330	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	345007665
160	NC_015951	GTCGAG	2	12	242193	242204	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	345007666
161	NC_015951	CAGACG	2	12	242431	242442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345007666
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163	NC_015951	GATGAC	2	12	245006	245017	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	345007667
164	NC_015951	CTCGAC	2	12	245801	245812	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007669
165	NC_015951	CAGCTG	2	12	246242	246253	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007669
166	NC_015951	CGCGGC	2	12	246378	246389	0 %	0 %	50 %	50 %	345007669
167	NC_015951	CGGCCA	2	12	248117	248128	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
168	NC_015951	CGGTCG	2	12	249075	249086	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007672
169	NC_015951	CCAGGT	2	12	252179	252190	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007675
170	NC_015951	GCCCGC	2	12	259580	259591	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345007681
171	NC_015951	TCGACA	2	12	260158	260169	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	345007682
172	NC_015951	GCAGAA	2	12	263173	263184	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	345007685
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175	NC_015951	AATGTG	2	12	267235	267246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345007690
176	NC_015951	AGGCGC	2	12	267690	267701	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
177	NC_015951	CGGGCT	2	12	269927	269938	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007693
178	NC_015951	GGTGCG	2	12	272455	272466	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	345007696
179	NC_015951	AGGTGA	2	12	273327	273338	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	345007699
180	NC_015951	ACCGCC	2	12	274750	274761	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
181	NC_015951	GCTCGC	2	12	276126	276137	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007701
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183	NC_015951	ACCGGG	2	12	276386	276397	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007701
184	NC_015951	GCAGAA	2	12	284376	284387	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	345007709
185	NC_015951	AGGACG	2	12	284740	284751	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	345007711
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187	NC_015951	TGGAGG	2	12	286676	286687	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	345007713
188	NC_015951	AAATCG	2	12	287407	287418	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	345007713
189	NC_015951	CACCGC	2	12	287889	287900	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007713
190	NC_015951	CAGGGC	2	12	288795	288806	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007714

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.