MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853 plasmid pCT02021853_74

Total Repeats: 53

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011204	CGTCC	2	10	2001	2010	0 %	20 %	20 %	60 %	198241690
2	NC_011204	TGTGC	2	10	3303	3312	0 %	40 %	40 %	20 %	198241658
3	NC_011204	TTATA	2	10	3935	3944	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011204	CCAGA	2	10	4841	4850	40 %	0 %	20 %	40 %	198241732
5	NC_011204	CATTA	2	10	6084	6093	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_011204	CCGGA	2	10	6374	6383	20 %	0 %	40 %	40 %	198241672
7	NC_011204	AACAG	2	10	6527	6536	60 %	0 %	20 %	20 %	198241672
8	NC_011204	CTGCG	2	10	7451	7460	0 %	20 %	40 %	40 %	198241725
9	NC_011204	AAAAT	2	10	8652	8661	80 %	20 %	0 %	0 %	198241704
10	NC_011204	CCCGT	2	10	9972	9981	0 %	20 %	20 %	60 %	198241729
11	NC_011204	GTAAA	2	10	10449	10458	60 %	20 %	20 %	0 %	198241729
12	NC_011204	TCAAC	2	10	10965	10974	40 %	20 %	0 %	40 %	198241695
13	NC_011204	GTTCA	2	10	11931	11940	20 %	40 %	20 %	20 %	198241670
14	NC_011204	CTGAC	2	10	13269	13278	20 %	20 %	20 %	40 %	198241717
15	NC_011204	TAATA	2	10	15086	15095	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011204	ACTCA	2	10	15377	15386	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_011204	ACCAG	2	10	16149	16158	40 %	0 %	20 %	40 %	198241705
18	NC_011204	ATATT	2	10	16606	16615	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011204	ACGTC	2	10	20911	20920	20 %	20 %	20 %	40 %	198241686
20	NC_011204	GGACA	2	10	25322	25331	40 %	0 %	40 %	20 %	198241671
21	NC_011204	GTTCA	2	10	25668	25677	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_011204	CCTGG	2	10	26192	26201	0 %	20 %	40 %	40 %	198241684
23	NC_011204	CCGGC	2	10	26605	26614	0 %	0 %	40 %	60 %	198241687
24	NC_011204	GCCAG	2	10	27413	27422	20 %	0 %	40 %	40 %	198241693
25	NC_011204	CTGCC	2	10	28302	28311	0 %	20 %	20 %	60 %	198241700
26	NC_011204	TTCCC	2	10	28681	28690	0 %	40 %	0 %	60 %	198241700
27	NC_011204	ACTTT	2	10	32929	32938	20 %	60 %	0 %	20 %	198241709
28	NC_011204	CTGGT	2	10	33046	33055	0 %	40 %	40 %	20 %	198241709
29	NC_011204	GCCGG	2	10	34283	34292	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
30	NC_011204	GACGA	2	10	36305	36314	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_011204	TCCAG	2	10	37013	37022	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_011204	GCAGC	2	10	38931	38940	20 %	0 %	40 %	40 %	198241638
33	NC_011204	CAGGT	2	10	39580	39589	20 %	20 %	40 %	20 %	198241643
34	NC_011204	CGCTG	2	10	41439	41448	0 %	20 %	40 %	40 %	198241643
35	NC_011204	TTTCG	2	10	41656	41665	0 %	60 %	20 %	20 %	198241643
36	NC_011204	TCCGG	2	10	42879	42888	0 %	20 %	40 %	40 %	198241643
37	NC_011204	CGCGC	2	10	43028	43037	0 %	0 %	40 %	60 %	198241643
38	NC_011204	CCCGG	2	10	43528	43537	0 %	0 %	40 %	60 %	198241643
39	NC_011204	CTGTT	2	10	47461	47470	0 %	60 %	20 %	20 %	198241648
40	NC_011204	GACCA	2	10	47909	47918	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_011204	CTTTT	2	10	48567	48576	0 %	80 %	0 %	20 %	198241731
42	NC_011204	TTTCT	2	10	49005	49014	0 %	80 %	0 %	20 %	198241731
43	NC_011204	TGAAC	2	10	49423	49432	40 %	20 %	20 %	20 %	198241731
44	NC_011204	CCATC	2	10	51191	51200	20 %	20 %	0 %	60 %	198241665
45	NC_011204	ATTTT	2	10	56291	56300	20 %	80 %	0 %	0 %	198241662
46	NC_011204	AAAAC	2	10	56419	56428	80 %	0 %	0 %	20 %	198241736
47	NC_011204	CGATA	2	10	57339	57348	40 %	20 %	20 %	20 %	198241718
48	NC_011204	TTTTC	2	10	61603	61612	0 %	80 %	0 %	20 %	198241712
49	NC_011204	TTGCG	2	10	64243	64252	0 %	40 %	40 %	20 %	198241723
50	NC_011204	TTCTG	2	10	65123	65132	0 %	60 %	20 %	20 %	198241726
51	NC_011204	ACATA	2	10	66294	66303	60 %	20 %	0 %	20 %	198241650
52	NC_011204	TTATC	2	10	68709	68718	20 %	60 %	0 %	20 %	198241721
53	NC_011204	GAAAT	2	10	71020	71029	60 %	20 %	20 %	0 %	198241649

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.