MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. AKU_12601 chromosome

Total Repeats: 3131

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011147	AGGTA	2	10	2592	2601	40 %	20 %	40 %	0 %	197361214
2	NC_011147	ATTGC	2	10	3435	3444	20 %	40 %	20 %	20 %	197361215
3	NC_011147	CGGCG	2	10	4183	4192	0 %	0 %	60 %	40 %	197361216
4	NC_011147	CCGCG	2	10	7223	7232	0 %	0 %	40 %	60 %	197361218
5	NC_011147	CCTTC	2	10	8713	8722	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
6	NC_011147	GAAAA	2	10	10100	10109	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011147	TCTTT	2	10	11362	11371	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_011147	GCGTG	2	10	14019	14028	0 %	20 %	60 %	20 %	197361225
9	NC_011147	TATTG	2	10	17609	17618	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011147	GGCTG	2	10	18884	18893	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
11	NC_011147	CCTGA	2	10	19946	19955	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_011147	GGCCG	2	10	21707	21716	0 %	0 %	60 %	40 %	449784909
13	NC_011147	CTTTT	2	10	23426	23435	0 %	80 %	0 %	20 %	197361231
14	NC_011147	CGGTA	2	10	24594	24603	20 %	20 %	40 %	20 %	197361232
15	NC_011147	CTGTT	2	10	24633	24642	0 %	60 %	20 %	20 %	197361232
16	NC_011147	GCGTC	2	10	28390	28399	0 %	20 %	40 %	40 %	197361234
17	NC_011147	ATCTG	2	10	30998	31007	20 %	40 %	20 %	20 %	197361237
18	NC_011147	TTACG	2	10	31053	31062	20 %	40 %	20 %	20 %	197361237
19	NC_011147	GGGCG	2	10	31822	31831	0 %	0 %	80 %	20 %	197361238
20	NC_011147	TGCGT	2	10	32201	32210	0 %	40 %	40 %	20 %	197361239
21	NC_011147	AAAAG	2	10	32595	32604	80 %	0 %	20 %	0 %	197361240
22	NC_011147	TTTTA	2	10	33244	33253	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011147	TATAA	2	10	34198	34207	60 %	40 %	0 %	0 %	197361241
24	NC_011147	ATCGT	2	10	34948	34957	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_011147	ATTTT	2	10	34992	35001	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011147	ATTTT	2	10	35252	35261	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011147	AGCGA	2	10	35621	35630	40 %	0 %	40 %	20 %	197361243
28	NC_011147	TCCTG	2	10	35831	35840	0 %	40 %	20 %	40 %	197361243
29	NC_011147	GGTCA	2	10	38066	38075	20 %	20 %	40 %	20 %	197361244
30	NC_011147	TTCAT	2	10	39338	39347	20 %	60 %	0 %	20 %	197361245
31	NC_011147	TGAAA	2	10	40154	40163	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011147	TAAAA	2	10	44197	44206	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011147	ACGGC	2	10	44493	44502	20 %	0 %	40 %	40 %	197361248
34	NC_011147	TTTTA	2	10	44819	44828	20 %	80 %	0 %	0 %	197361248
35	NC_011147	GGGCT	2	10	46567	46576	0 %	20 %	60 %	20 %	197361249
36	NC_011147	GAAGG	2	10	47370	47379	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011147	GCGTA	2	10	48443	48452	20 %	20 %	40 %	20 %	197361251
38	NC_011147	GACCA	2	10	49048	49057	40 %	0 %	20 %	40 %	197361251
39	NC_011147	CAGAC	2	10	50380	50389	40 %	0 %	20 %	40 %	197361251
40	NC_011147	GTTTG	2	10	55463	55472	0 %	60 %	40 %	0 %	197361256
41	NC_011147	CACTA	2	10	56594	56603	40 %	20 %	0 %	40 %	197361256
42	NC_011147	AGCGC	2	10	57240	57249	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_011147	TTCAC	2	10	57387	57396	20 %	40 %	0 %	40 %	197361258
44	NC_011147	ACGCT	2	10	58782	58791	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_011147	AAAAT	2	10	58958	58967	80 %	20 %	0 %	0 %	197361260
46	NC_011147	GGAAA	2	10	59745	59754	60 %	0 %	40 %	0 %	197361260
47	NC_011147	CGCTG	2	10	60235	60244	0 %	20 %	40 %	40 %	197361261
48	NC_011147	GCCTG	2	10	64770	64779	0 %	20 %	40 %	40 %	197361264
49	NC_011147	GCGCG	2	10	64924	64933	0 %	0 %	60 %	40 %	197361265
50	NC_011147	CGTGC	2	10	71337	71346	0 %	20 %	40 %	40 %	197361271
51	NC_011147	ACCGC	2	10	72067	72076	20 %	0 %	20 %	60 %	197361271
52	NC_011147	TTAAT	2	10	75310	75319	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011147	GCGAA	2	10	78489	78498	40 %	0 %	40 %	20 %	197361276
54	NC_011147	CGTAC	2	10	79379	79388	20 %	20 %	20 %	40 %	197361276
55	NC_011147	TTGCC	2	10	81016	81025	0 %	40 %	20 %	40 %	197361278
56	NC_011147	CGTCC	2	10	81126	81135	0 %	20 %	20 %	60 %	197361278
57	NC_011147	TAGAT	2	10	81235	81244	40 %	40 %	20 %	0 %	197361278
58	NC_011147	TCAGC	2	10	84246	84255	20 %	20 %	20 %	40 %	197361281
59	NC_011147	GGCCA	2	10	84394	84403	20 %	0 %	40 %	40 %	197361281
60	NC_011147	GTACG	2	10	86965	86974	20 %	20 %	40 %	20 %	197361283
61	NC_011147	CAGAA	2	10	87678	87687	60 %	0 %	20 %	20 %	197361283
62	NC_011147	CCGCA	2	10	89806	89815	20 %	0 %	20 %	60 %	197361285
63	NC_011147	CGGTT	2	10	90311	90320	0 %	40 %	40 %	20 %	197361286
64	NC_011147	TGGCG	2	10	92092	92101	0 %	20 %	60 %	20 %	197361288
65	NC_011147	TAAAA	2	10	95552	95561	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011147	TTTCC	2	10	95990	95999	0 %	60 %	0 %	40 %	197361293
67	NC_011147	GTGGC	2	10	96559	96568	0 %	20 %	60 %	20 %	197361293
68	NC_011147	GCGCT	2	10	97858	97867	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_011147	TGCAC	2	10	98624	98633	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_011147	GCGCT	2	10	99329	99338	0 %	20 %	40 %	40 %	197361294
71	NC_011147	GGCGC	2	10	99743	99752	0 %	0 %	60 %	40 %	197361294
72	NC_011147	GCGAC	2	10	100056	100065	20 %	0 %	40 %	40 %	197361294
73	NC_011147	AACGT	2	10	102513	102522	40 %	20 %	20 %	20 %	197361297
74	NC_011147	CCCAA	2	10	104663	104672	40 %	0 %	0 %	60 %	197361300
75	NC_011147	TTGTT	2	10	105370	105379	0 %	80 %	20 %	0 %	197361300
76	NC_011147	GCTTC	2	10	106744	106753	0 %	40 %	20 %	40 %	197361301
77	NC_011147	TGCGT	2	10	107031	107040	0 %	40 %	40 %	20 %	197361301
78	NC_011147	TGATC	2	10	108731	108740	20 %	40 %	20 %	20 %	197361302
79	NC_011147	GCTGA	2	10	110241	110250	20 %	20 %	40 %	20 %	197361304
80	NC_011147	TGGCG	2	10	111891	111900	0 %	20 %	60 %	20 %	197361304
81	NC_011147	AGCGC	2	10	112451	112460	20 %	0 %	40 %	40 %	197361304
82	NC_011147	ACGTT	2	10	113268	113277	20 %	40 %	20 %	20 %	197361305
83	NC_011147	CCGCG	2	10	113536	113545	0 %	0 %	40 %	60 %	197361305
84	NC_011147	GGGGT	2	10	114932	114941	0 %	20 %	80 %	0 %	197361305
85	NC_011147	ACGGT	2	10	116761	116770	20 %	20 %	40 %	20 %	197361307
86	NC_011147	TGGCG	2	10	117129	117138	0 %	20 %	60 %	20 %	197361307
87	NC_011147	TAATT	2	10	118271	118280	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011147	ATTTT	2	10	118297	118306	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011147	ACAGA	2	10	118480	118489	60 %	0 %	20 %	20 %	197361308
90	NC_011147	CAGCG	2	10	119655	119664	20 %	0 %	40 %	40 %	197361310
91	NC_011147	GCCGG	2	10	119955	119964	0 %	0 %	60 %	40 %	197361310
92	NC_011147	CGAGC	2	10	120080	120089	20 %	0 %	40 %	40 %	197361310
93	NC_011147	ATTTG	2	10	120523	120532	20 %	60 %	20 %	0 %	197361310
94	NC_011147	TTGCC	2	10	125027	125036	0 %	40 %	20 %	40 %	197361314
95	NC_011147	AGCAG	2	10	125704	125713	40 %	0 %	40 %	20 %	197361315
96	NC_011147	AGTTT	2	10	127931	127940	20 %	60 %	20 %	0 %	449784910
97	NC_011147	TAGTG	2	10	128349	128358	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011147	TCGAT	2	10	129779	129788	20 %	40 %	20 %	20 %	197361317
99	NC_011147	CGGCG	2	10	132090	132099	0 %	0 %	60 %	40 %	197361319
100	NC_011147	CGTTT	2	10	132552	132561	0 %	60 %	20 %	20 %	197361319
101	NC_011147	GGTTT	2	10	135708	135717	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011147	ATTCC	2	10	137653	137662	20 %	40 %	0 %	40 %	197361324
103	NC_011147	GCTGA	2	10	139593	139602	20 %	20 %	40 %	20 %	197361325
104	NC_011147	CCCAA	2	10	139722	139731	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
105	NC_011147	AAAGC	2	10	139950	139959	60 %	0 %	20 %	20 %	197361326
106	NC_011147	CCGCA	2	10	140483	140492	20 %	0 %	20 %	60 %	197361326
107	NC_011147	TTGTT	2	10	141069	141078	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011147	AGTTC	2	10	142854	142863	20 %	40 %	20 %	20 %	197361328
109	NC_011147	TGCCT	2	10	142954	142963	0 %	40 %	20 %	40 %	197361329
110	NC_011147	AAGCG	2	10	147607	147616	40 %	0 %	40 %	20 %	197361332
111	NC_011147	GTTTG	2	10	149510	149519	0 %	60 %	40 %	0 %	197361334
112	NC_011147	CGTAT	2	10	150981	150990	20 %	40 %	20 %	20 %	449784911
113	NC_011147	CGGGA	2	10	152193	152202	20 %	0 %	60 %	20 %	197361336
114	NC_011147	ATCAG	2	10	152817	152826	40 %	20 %	20 %	20 %	197361337
115	NC_011147	CTGCC	2	10	154826	154835	0 %	20 %	20 %	60 %	197361338
116	NC_011147	CGGCG	2	10	157556	157565	0 %	0 %	60 %	40 %	197361341
117	NC_011147	CGCGG	2	10	160206	160215	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
118	NC_011147	CCGGC	2	10	160910	160919	0 %	0 %	40 %	60 %	197361344
119	NC_011147	GATCA	2	10	165953	165962	40 %	20 %	20 %	20 %	197361349
120	NC_011147	ATCCC	2	10	168399	168408	20 %	20 %	0 %	60 %	197361352
121	NC_011147	TAGCG	2	10	169106	169115	20 %	20 %	40 %	20 %	197361352
122	NC_011147	TGAGC	2	10	170956	170965	20 %	20 %	40 %	20 %	197361353
123	NC_011147	CGCAT	2	10	171218	171227	20 %	20 %	20 %	40 %	197361354
124	NC_011147	GTTCA	2	10	172213	172222	20 %	40 %	20 %	20 %	449784913
125	NC_011147	ATGAC	2	10	173179	173188	40 %	20 %	20 %	20 %	197361356
126	NC_011147	CTGGA	2	10	173769	173778	20 %	20 %	40 %	20 %	197361357
127	NC_011147	CAGAA	2	10	175888	175897	60 %	0 %	20 %	20 %	197361359
128	NC_011147	CATAC	2	10	176439	176448	40 %	20 %	0 %	40 %	197361359
129	NC_011147	CGAAG	2	10	178759	178768	40 %	0 %	40 %	20 %	197361361
130	NC_011147	GACTG	2	10	180560	180569	20 %	20 %	40 %	20 %	197361362
131	NC_011147	AGCAA	2	10	180972	180981	60 %	0 %	20 %	20 %	197361362
132	NC_011147	GGCAT	2	10	186040	186049	20 %	20 %	40 %	20 %	197361365
133	NC_011147	GGCCA	2	10	186462	186471	20 %	0 %	40 %	40 %	197361366
134	NC_011147	GCGCC	2	10	186475	186484	0 %	0 %	40 %	60 %	197361366
135	NC_011147	CGTTT	2	10	186977	186986	0 %	60 %	20 %	20 %	197361366
136	NC_011147	GGGGA	2	10	187029	187038	20 %	0 %	80 %	0 %	197361366
137	NC_011147	TCTGG	2	10	190668	190677	0 %	40 %	40 %	20 %	197361368
138	NC_011147	CGGCG	2	10	192651	192660	0 %	0 %	60 %	40 %	197361370
139	NC_011147	CCGCT	2	10	193358	193367	0 %	20 %	20 %	60 %	197361370
140	NC_011147	GCCCA	2	10	195910	195919	20 %	0 %	20 %	60 %	197361373
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142	NC_011147	ATCGG	2	10	197706	197715	20 %	20 %	40 %	20 %	197361375
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145	NC_011147	GGCGT	2	10	202461	202470	0 %	20 %	60 %	20 %	197361378
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149	NC_011147	TATGA	2	10	207563	207572	40 %	40 %	20 %	0 %	197361384
150	NC_011147	GCTTT	2	10	208106	208115	0 %	60 %	20 %	20 %	197361385
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160	NC_011147	CGCGT	2	10	216718	216727	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
161	NC_011147	CGCGG	2	10	218154	218163	0 %	0 %	60 %	40 %	197361396
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171	NC_011147	ATATA	2	10	234867	234876	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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175	NC_011147	AAGTT	2	10	239691	239700	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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228	NC_011147	TTTGG	2	10	315163	315172	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
229	NC_011147	TGTAG	2	10	318028	318037	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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249	NC_011147	CGCTA	2	10	346780	346789	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
250	NC_011147	CAGCC	2	10	347353	347362	20 %	0 %	20 %	60 %	197361500
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252	NC_011147	TGTGT	2	10	353023	353032	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
253	NC_011147	GCATT	2	10	353216	353225	20 %	40 %	20 %	20 %	197361503
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256	NC_011147	GCCAG	2	10	357698	357707	20 %	0 %	40 %	40 %	197361507
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259	NC_011147	AAACT	2	10	360221	360230	60 %	20 %	0 %	20 %	197361509
260	NC_011147	ATTAC	2	10	362208	362217	40 %	40 %	0 %	20 %	197361511
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263	NC_011147	AAATA	2	10	365589	365598	80 %	20 %	0 %	0 %	197361515
264	NC_011147	GCGCC	2	10	366705	366714	0 %	0 %	40 %	60 %	197361518
265	NC_011147	TGCGC	2	10	368032	368041	0 %	20 %	40 %	40 %	197361518
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390	NC_011147	CGGCG	2	10	525871	525880	0 %	0 %	60 %	40 %	197361634
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