MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633 plasmid pCVM19633_110

Total Repeats: 96

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011092	CTTCC	2	10	372	381	0 %	40 %	0 %	60 %	194733785
2	NC_011092	AAAAC	2	10	2338	2347	80 %	0 %	0 %	20 %	194733822
3	NC_011092	AGGCC	2	10	5062	5071	20 %	0 %	40 %	40 %	194733786
4	NC_011092	CATCC	2	10	8577	8586	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
5	NC_011092	ACGCC	2	10	10130	10139	20 %	0 %	20 %	60 %	194733838
6	NC_011092	CGCGC	2	10	10512	10521	0 %	0 %	40 %	60 %	194733838
7	NC_011092	TCGGC	2	10	11656	11665	0 %	20 %	40 %	40 %	194733781
8	NC_011092	GGCCT	2	10	12296	12305	0 %	20 %	40 %	40 %	194733891
9	NC_011092	GAGCA	2	10	12485	12494	40 %	0 %	40 %	20 %	194733891
10	NC_011092	CACAG	2	10	14541	14550	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_011092	AAAGC	2	10	18940	18949	60 %	0 %	20 %	20 %	194733834
12	NC_011092	TTGGC	2	10	22071	22080	0 %	40 %	40 %	20 %	194733826
13	NC_011092	TTTTG	2	10	22351	22360	0 %	80 %	20 %	0 %	194733826
14	NC_011092	CGGGC	2	10	25873	25882	0 %	0 %	60 %	40 %	194733830
15	NC_011092	CCCAG	2	10	27143	27152	20 %	0 %	20 %	60 %	194733886
16	NC_011092	GCGCG	2	10	27690	27699	0 %	0 %	60 %	40 %	194733886
17	NC_011092	AAAGG	2	10	31160	31169	60 %	0 %	40 %	0 %	194733848
18	NC_011092	GCTTC	2	10	31901	31910	0 %	40 %	20 %	40 %	194733819
19	NC_011092	TCCCC	2	10	32261	32270	0 %	20 %	0 %	80 %	194733882
20	NC_011092	TGCCC	2	10	32319	32328	0 %	20 %	20 %	60 %	194733882
21	NC_011092	CCCAG	2	10	32631	32640	20 %	0 %	20 %	60 %	194733801
22	NC_011092	GCGCG	2	10	33178	33187	0 %	0 %	60 %	40 %	194733801
23	NC_011092	GCCGT	2	10	33688	33697	0 %	20 %	40 %	40 %	194733856
24	NC_011092	GCGAA	2	10	34201	34210	40 %	0 %	40 %	20 %	194733856
25	NC_011092	AGCGC	2	10	35111	35120	20 %	0 %	40 %	40 %	194733856
26	NC_011092	GGCCT	2	10	37989	37998	0 %	20 %	40 %	40 %	194733797
27	NC_011092	GAGCA	2	10	38178	38187	40 %	0 %	40 %	20 %	194733797
28	NC_011092	GCTGC	2	10	41064	41073	0 %	20 %	40 %	40 %	194733868
29	NC_011092	TGGCG	2	10	42455	42464	0 %	20 %	60 %	20 %	194733879
30	NC_011092	TTAAA	2	10	43130	43139	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011092	TGCTC	2	10	44886	44895	0 %	40 %	20 %	40 %	194733817
32	NC_011092	AGGCC	2	10	45075	45084	20 %	0 %	40 %	40 %	194733817
33	NC_011092	TATTT	2	10	45807	45816	20 %	80 %	0 %	0 %	194733796
34	NC_011092	GCGCG	2	10	47357	47366	0 %	0 %	60 %	40 %	194733874
35	NC_011092	CGATG	2	10	48535	48544	20 %	20 %	40 %	20 %	194733874
36	NC_011092	TTGGC	2	10	49027	49036	0 %	40 %	40 %	20 %	194733874
37	NC_011092	ATCCT	2	10	50316	50325	20 %	40 %	0 %	40 %	194733793
38	NC_011092	TGCTC	2	10	50995	51004	0 %	40 %	20 %	40 %	194733843
39	NC_011092	AGGCC	2	10	51184	51193	20 %	0 %	40 %	40 %	194733843
40	NC_011092	TCTGG	2	10	51477	51486	0 %	40 %	40 %	20 %	194733824
41	NC_011092	ACAAA	2	10	51620	51629	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_011092	AAAAT	2	10	52675	52684	80 %	20 %	0 %	0 %	194733847
43	NC_011092	TGGTT	2	10	55195	55204	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011092	GCCGC	2	10	55251	55260	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
45	NC_011092	GCCGC	2	10	55762	55771	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
46	NC_011092	GCCGC	2	10	59023	59032	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
47	NC_011092	ATGCG	2	10	59376	59385	20 %	20 %	40 %	20 %	194733892
48	NC_011092	AAGCG	2	10	59478	59487	40 %	0 %	40 %	20 %	194733892
49	NC_011092	CGAAC	2	10	60865	60874	40 %	0 %	20 %	40 %	194733854
50	NC_011092	GGCCT	2	10	62343	62352	0 %	20 %	40 %	40 %	194733805
51	NC_011092	GAGCA	2	10	62532	62541	40 %	0 %	40 %	20 %	194733805
52	NC_011092	AAGCG	2	10	64520	64529	40 %	0 %	40 %	20 %	194733792
53	NC_011092	GCGCT	2	10	65346	65355	0 %	20 %	40 %	40 %	194733875
54	NC_011092	GGCCG	2	10	65383	65392	0 %	0 %	60 %	40 %	194733875
55	NC_011092	GGCCT	2	10	66640	66649	0 %	20 %	40 %	40 %	194733860
56	NC_011092	GAGCA	2	10	66829	66838	40 %	0 %	40 %	20 %	194733860
57	NC_011092	GGCCT	2	10	68236	68245	0 %	20 %	40 %	40 %	194733779
58	NC_011092	GAGCA	2	10	68425	68434	40 %	0 %	40 %	20 %	194733779
59	NC_011092	GATCA	2	10	69136	69145	40 %	20 %	20 %	20 %	194733825
60	NC_011092	GTCCG	2	10	70344	70353	0 %	20 %	40 %	40 %	194733782
61	NC_011092	AGGCC	2	10	70406	70415	20 %	0 %	40 %	40 %	194733782
62	NC_011092	GGCCG	2	10	70479	70488	0 %	0 %	60 %	40 %	194733782
63	NC_011092	GCGCC	2	10	71237	71246	0 %	0 %	40 %	60 %	194733795
64	NC_011092	TGGAT	2	10	71431	71440	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011092	CTCCC	2	10	72491	72500	0 %	20 %	0 %	80 %	194733876
66	NC_011092	AAGGC	2	10	72723	72732	40 %	0 %	40 %	20 %	194733775
67	NC_011092	TATTT	2	10	74366	74375	20 %	80 %	0 %	0 %	194733832
68	NC_011092	TCGTG	2	10	77121	77130	0 %	40 %	40 %	20 %	194733813
69	NC_011092	CAGGG	2	10	80286	80295	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
70	NC_011092	GGCCT	2	10	80831	80840	0 %	20 %	40 %	40 %	194733841
71	NC_011092	GAGCA	2	10	81020	81029	40 %	0 %	40 %	20 %	194733841
72	NC_011092	GGCCT	2	10	83050	83059	0 %	20 %	40 %	40 %	194733890
73	NC_011092	GAGCA	2	10	83239	83248	40 %	0 %	40 %	20 %	194733890
74	NC_011092	CAGGG	2	10	83764	83773	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
75	NC_011092	TCCCA	2	10	84442	84451	20 %	20 %	0 %	60 %	194733789
76	NC_011092	TACCT	2	10	84562	84571	20 %	40 %	0 %	40 %	194733789
77	NC_011092	GCAAT	2	10	84734	84743	40 %	20 %	20 %	20 %	194733789
78	NC_011092	GTATT	2	10	86244	86253	20 %	60 %	20 %	0 %	194733833
79	NC_011092	ATGCA	2	10	86293	86302	40 %	20 %	20 %	20 %	194733833
80	NC_011092	TAGCT	2	10	86999	87008	20 %	40 %	20 %	20 %	194733833
81	NC_011092	AATCA	2	10	88103	88112	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_011092	CCGTC	2	10	89361	89370	0 %	20 %	20 %	60 %	194733837
83	NC_011092	CGCGG	2	10	90617	90626	0 %	0 %	60 %	40 %	194733818
84	NC_011092	CGGGA	2	10	91302	91311	20 %	0 %	60 %	20 %	194733818
85	NC_011092	TCTGG	2	10	94035	94044	0 %	40 %	40 %	20 %	194733870
86	NC_011092	CGGTG	2	10	94473	94482	0 %	20 %	60 %	20 %	194733870
87	NC_011092	ACTGC	2	10	98528	98537	20 %	20 %	20 %	40 %	194733800
88	NC_011092	GCGCA	2	10	100572	100581	20 %	0 %	40 %	40 %	194733844
89	NC_011092	TGCCC	2	10	101784	101793	0 %	20 %	20 %	60 %	194733844
90	NC_011092	TGTTT	2	10	103587	103596	0 %	80 %	20 %	0 %	194733778
91	NC_011092	GCACC	2	10	104079	104088	20 %	0 %	20 %	60 %	194733778
92	NC_011092	AGGCG	2	10	104234	104243	20 %	0 %	60 %	20 %	194733778
93	NC_011092	CGGCG	2	10	106266	106275	0 %	0 %	60 %	40 %	194733783
94	NC_011092	GCTTT	2	10	108367	108376	0 %	60 %	20 %	20 %	194733871
95	NC_011092	TCGCA	2	10	109081	109090	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_011092	GAACA	2	10	109998	110007	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.