MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 plasmid pUSA300HOUMR

Total Repeats: 361

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010063	TAA	2	6	14	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010063	ACT	2	6	42	47	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_010063	TAA	2	6	67	72	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010063	TAT	2	6	113	118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010063	AAT	2	6	125	130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010063	TTA	2	6	186	191	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010063	TGA	2	6	398	403	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510925
8	NC_010063	ACG	2	6	524	529	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510925
9	NC_010063	AGA	2	6	605	610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510925
10	NC_010063	AAT	2	6	771	776	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510925
11	NC_010063	TGA	2	6	860	865	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510925
12	NC_010063	AAC	2	6	895	900	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161510925
13	NC_010063	ATT	2	6	907	912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510925
14	NC_010063	CTT	2	6	1039	1044	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510925
15	NC_010063	GAA	2	6	1149	1154	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510925
16	NC_010063	AAT	2	6	1210	1215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510925
17	NC_010063	ATC	2	6	1263	1268	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_010063	TGA	2	6	1281	1286	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010063	CGA	2	6	1287	1292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_010063	TGG	2	6	1356	1361	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010063	TGA	2	6	1431	1436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010063	GAA	2	6	1453	1458	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010063	ATT	3	9	1504	1512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010063	TAA	2	6	2033	2038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010063	GAA	2	6	2260	2265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010063	CCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161510927
27	NC_010063	AGT	2	6	2479	2484	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510927
28	NC_010063	TAC	2	6	2509	2514	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510927
29	NC_010063	TAA	2	6	2608	2613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510927
30	NC_010063	CTT	2	6	2643	2648	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
31	NC_010063	TTA	2	6	2742	2747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510927
32	NC_010063	TCT	2	6	2814	2819	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
33	NC_010063	CTT	2	6	2839	2844	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
34	NC_010063	TTC	2	6	2993	2998	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
35	NC_010063	ATT	2	6	3051	3056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510927
36	NC_010063	AAT	2	6	3060	3065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510927
37	NC_010063	ATA	2	6	3094	3099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010063	TGA	2	6	3287	3292	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510928
39	NC_010063	AAT	2	6	3391	3396	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010063	TCT	2	6	3489	3494	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_010063	TCG	2	6	3843	3848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_010063	GTA	2	6	3901	3906	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510929
43	NC_010063	CGA	2	6	3985	3990	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510929
44	NC_010063	ACG	2	6	4066	4071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_010063	TAA	2	6	4182	4187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010063	GAA	2	6	4307	4312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010063	ATT	2	6	4442	4447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010063	TAT	2	6	4495	4500	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
49	NC_010063	GTT	2	6	4511	4516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161510930
50	NC_010063	GCT	3	9	4517	4525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161510930
51	NC_010063	CAG	2	6	4542	4547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510930
52	NC_010063	TTA	2	6	4553	4558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
53	NC_010063	TTA	2	6	4565	4570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
54	NC_010063	TAT	2	6	4639	4644	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
55	NC_010063	ATG	2	6	4758	4763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510930
56	NC_010063	ATA	2	6	4866	4871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510930
57	NC_010063	TCT	2	6	4953	4958	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510930
58	NC_010063	TTG	2	6	5007	5012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161510930
59	NC_010063	TAT	2	6	5038	5043	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
60	NC_010063	TTA	3	9	5064	5072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
61	NC_010063	AGA	2	6	5206	5211	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510931
62	NC_010063	TGA	2	6	5254	5259	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510931
63	NC_010063	GAA	2	6	5260	5265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510931
64	NC_010063	AGA	2	6	5293	5298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510931
65	NC_010063	CAT	2	6	5357	5362	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510931
66	NC_010063	ATT	2	6	5421	5426	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510931
67	NC_010063	TTA	2	6	5427	5432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510931
68	NC_010063	TCT	2	6	5491	5496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_010063	GAC	2	6	5535	5540	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_010063	TAA	2	6	5580	5585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010063	CAT	2	6	5659	5664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_010063	TCA	2	6	5673	5678	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_010063	TAT	2	6	5696	5701	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010063	CAA	2	6	5722	5727	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_010063	ACT	2	6	5774	5779	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_010063	TAG	2	6	5845	5850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010063	TTC	2	6	5920	5925	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_010063	TGT	2	6	5931	5936	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010063	TTC	2	6	5969	5974	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_010063	AAT	2	6	6229	6234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010063	TAT	2	6	6259	6264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010063	ATT	3	9	6273	6281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010063	CAC	2	6	6394	6399	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_010063	TGC	2	6	6476	6481	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_010063	CAT	2	6	6576	6581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_010063	CTT	2	6	6606	6611	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_010063	CAA	2	6	6636	6641	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_010063	TCA	2	6	6779	6784	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010063	ACT	2	6	6827	6832	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_010063	CTT	2	6	6855	6860	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_010063	TTG	2	6	6888	6893	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010063	ATT	2	6	6992	6997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510932
93	NC_010063	TTA	2	6	7042	7047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510932
94	NC_010063	CAG	2	6	7067	7072	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510932
95	NC_010063	CAA	2	6	7154	7159	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161510932
96	NC_010063	TAA	2	6	7196	7201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510932
97	NC_010063	AGA	2	6	7225	7230	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510932
98	NC_010063	TAA	2	6	7238	7243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510932
99	NC_010063	TAA	2	6	7302	7307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510932
100	NC_010063	GAA	2	6	7333	7338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510932
101	NC_010063	CTA	2	6	7498	7503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_010063	TAA	2	6	7533	7538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010063	TAT	2	6	7561	7566	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010063	ATT	2	6	7638	7643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010063	TGA	2	6	7703	7708	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010063	TAT	2	6	7733	7738	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010063	ATA	2	6	7805	7810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010063	ATA	2	6	7854	7859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010063	ATA	2	6	7866	7871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010063	CAT	2	6	8049	8054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510933
111	NC_010063	TAT	2	6	8145	8150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510933
112	NC_010063	AGC	2	6	8233	8238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510933
113	NC_010063	GTT	2	6	8337	8342	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161510933
114	NC_010063	TAT	2	6	8391	8396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510933
115	NC_010063	ATC	2	6	8485	8490	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510933
116	NC_010063	TTA	2	6	8519	8524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510933
117	NC_010063	AAT	2	6	8801	8806	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010063	TAT	2	6	8837	8842	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010063	AAG	2	6	8853	8858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010063	TAA	2	6	8880	8885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
121	NC_010063	GTA	2	6	8891	8896	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510934
122	NC_010063	TAA	2	6	9046	9051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
123	NC_010063	AAT	2	6	9056	9061	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
124	NC_010063	ACC	2	6	9113	9118	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161510934
125	NC_010063	ATA	2	6	9174	9179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
126	NC_010063	TTA	2	6	9207	9212	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510934
127	NC_010063	TTA	2	6	9239	9244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510934
128	NC_010063	TCT	2	6	9522	9527	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510934
129	NC_010063	TAT	3	9	9529	9537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510934
130	NC_010063	TAA	2	6	9616	9621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
131	NC_010063	TAT	2	6	9658	9663	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510934
132	NC_010063	CAA	2	6	9691	9696	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161510934
133	NC_010063	AAG	2	6	9762	9767	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510934
134	NC_010063	GAA	2	6	9970	9975	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510934
135	NC_010063	ATG	2	6	10346	10351	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510934
136	NC_010063	TCT	2	6	10394	10399	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510934
137	NC_010063	ATT	2	6	10402	10407	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510934
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163	NC_010063	ATA	2	6	12032	12037	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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266	NC_010063	TCA	2	6	19620	19625	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
267	NC_010063	TAA	2	6	19717	19722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
268	NC_010063	AAT	2	6	19887	19892	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
269	NC_010063	TTC	2	6	19991	19996	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
270	NC_010063	TCA	2	6	20072	20077	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
271	NC_010063	TTC	2	6	20194	20199	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
272	NC_010063	TGC	2	6	20215	20220	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
273	NC_010063	AGT	2	6	20225	20230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
274	NC_010063	ATC	2	6	20239	20244	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
275	NC_010063	ATT	2	6	20254	20259	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
276	NC_010063	GTG	2	6	20267	20272	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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361	NC_010063	TAA	2	6	26924	26929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.